genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28065442--28065494	2	27.0	2	88	3	72	52	3	0	43	1.19
28065601--28065648	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
28067494--28067525	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28075409--28075438	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
28075363--28075587	120	1.9	122	91	2	373	50	4	1	42	1.34
28075501--28075533	18	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
28078383--28078487	49	2.1	49	92	0	174	51	9	9	29	1.66
28080309--28080374	33	2.0	33	96	0	123	37	3	18	40	1.66
28080587--28080623	19	1.9	19	94	0	65	35	0	21	43	1.53
28080925--28080959	18	1.9	18	88	0	52	37	0	5	57	1.23
28081182--28081210	13	2.2	13	100	0	58	48	20	6	24	1.74
28084097--28084150	25	2.1	26	86	3	74	46	1	5	46	1.37
28091169--28091248	39	2.1	39	97	0	151	42	5	2	50	1.37
28092136--28092181	21	2.2	21	84	7	58	41	2	0	56	1.11
28093902--28093948	23	2.0	23	100	0	94	12	21	29	36	1.91
28094817--28094873	24	2.3	24	87	6	87	22	8	17	50	1.73
28095882--28095931	24	2.1	24	96	0	91	40	20	14	26	1.90
28096579--28096609	16	1.9	16	93	0	53	22	29	9	38	1.86
28099863--28100027	43	3.9	42	80	7	163	27	14	25	32	1.95
28101170--28101460	145	2.0	145	99	0	573	32	6	20	39	1.80
28104393--28104423	16	1.9	16	100	0	62	61	6	6	25	1.45
28106569--28106632	29	2.2	29	81	13	78	67	3	18	10	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28112904--28113156	43	5.9	43	81	5	278	28	29	17	24	1.97
28112904--28113145	85	2.8	85	79	6	265	29	29	17	23	1.97
28118648--28118733	35	2.4	37	80	7	106	34	41	0	23	1.55
28119325--28119437	41	2.8	41	95	0	199	32	27	20	19	1.97
28119537--28119613	40	1.9	40	86	5	111	19	19	23	37	1.94
28119617--28119642	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
28120186--28120211	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
28120917--28121017	49	2.1	47	82	10	127	30	15	6	46	1.72
28123846--28123876	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
28123930--28123966	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
28124015--28124099	30	2.8	30	96	0	152	21	45	0	32	1.52
28126688--28126787	49	2.0	49	82	3	121	31	16	11	42	1.82
28133034--28133058	12	2.1	12	100	0	50	20	0	8	72	1.10
28141318--28141358	16	2.6	16	80	0	55	53	7	9	29	1.60
28141696--28141732	14	2.8	13	87	4	56	70	0	2	27	1.01
28142085--28142121	19	1.9	19	88	0	56	45	0	2	51	1.15
28157468--28157553	45	1.9	45	87	0	127	36	23	13	26	1.93
28157564--28157750	51	3.7	49	78	9	198	29	27	17	25	1.97
28157562--28157746	101	1.8	101	89	3	291	30	27	17	24	1.97
28180479--28180871	140	2.8	137	88	3	599	41	8	5	44	1.59
28180587--28180805	71	3.1	70	64	19	166	41	7	5	46	1.55
28184246--28184295	18	2.8	17	76	8	55	8	34	16	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28187599--28187675	34	2.2	34	79	6	84	32	22	19	25	1.97
28187679--28187738	29	2.0	32	87	9	90	43	11	13	31	1.80
28188128--28188472	27	12.8	27	82	3	345	22	16	19	41	1.90
28188137--28188472	81	4.2	80	83	3	388	21	17	18	42	1.89
28196439--28196531	6	15.5	6	84	4	107	67	4	25	2	1.20
28196439--28196518	30	2.7	30	90	1	126	67	5	25	2	1.23
28200974--28201015	21	2.0	21	95	0	75	35	23	7	33	1.82
28217271--28217688	140	3.0	136	88	5	590	38	8	6	45	1.61
28222079--28222147	26	2.7	26	81	0	84	27	27	18	26	1.98
28227802--28227841	20	2.0	20	100	0	80	40	20	0	40	1.52
28230362--28230419	23	2.4	25	85	5	75	22	6	25	44	1.77
28232158--28232211	16	3.3	17	73	17	51	53	1	0	44	1.11
28232635--28232745	35	3.4	33	74	15	106	24	0	9	65	1.27
28232797--28232833	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
28236689--28237000	107	2.9	106	93	0	525	30	17	17	34	1.94
28236689--28237005	106	3.0	106	92	0	526	30	17	17	34	1.94
28248246--28248610	84	4.3	82	68	12	216	32	21	22	24	1.98
28248202--28248658	44	10.7	42	67	11	196	32	20	21	25	1.97
28248197--28248697	128	3.9	128	92	1	824	32	20	21	25	1.98
28248330--28248713	84	4.5	86	68	12	227	32	21	20	24	1.98
28249079--28249121	4	10.5	4	80	5	50	18	2	2	76	1.00
28249079--28249121	17	2.6	16	88	3	59	18	2	2	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28250342--28250658	107	3.0	106	91	1	501	31	17	16	35	1.92
28258270--28258301	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
28259664--28259706	10	4.1	10	77	11	50	65	2	4	27	1.25
28260840--28260871	16	1.9	17	93	6	57	71	0	15	12	1.14
28262911--28263028	50	2.3	50	84	5	139	33	16	12	36	1.87
28266427--28266470	22	2.0	22	90	0	70	22	13	9	54	1.67
28266503--28266559	30	1.9	30	96	0	105	26	5	12	56	1.57
28266857--28266894	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
28273790--28273866	38	2.0	38	94	0	136	38	6	19	35	1.78
28273797--28273878	38	2.2	38	88	2	121	36	8	19	35	1.82
28273828--28273940	50	2.3	50	83	3	140	36	7	23	32	1.84
28279261--28279289	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
28280247--28280276	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
28300184--28300222	21	1.9	21	89	5	62	66	2	25	5	1.25
28307468--28307533	30	2.2	30	86	0	87	19	24	34	21	1.96
28308381--28308434	23	2.4	23	96	3	101	22	9	7	61	1.51
28312195--28312235	20	2.0	20	100	0	82	24	7	9	58	1.55
28314383--28314416	18	1.9	18	88	5	52	47	11	0	41	1.40
28317765--28317832	21	3.2	21	76	15	68	60	0	2	36	1.12
28319042--28319083	14	2.7	16	78	17	52	71	7	0	21	1.09
28322038--28322093	22	2.5	22	85	8	69	12	10	1	75	1.14
28322082--28322106	9	2.8	9	100	0	50	12	16	0	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28324026--28324063	6	6.2	6	96	3	67	15	18	0	65	1.27
28324961--28325004	23	1.9	23	100	0	88	31	11	22	34	1.90
28328459--28328528	27	2.6	27	76	13	65	57	2	14	25	1.51
28328648--28328702	23	2.4	24	75	9	60	58	0	7	34	1.26
28328709--28328765	24	2.3	25	79	8	64	54	1	8	35	1.42
28329682--28329771	42	2.1	42	81	0	99	55	14	8	21	1.66
28329696--28329779	42	2.0	42	100	0	168	45	16	9	28	1.79
28330530--28330775	131	1.9	131	87	2	368	26	26	19	27	1.99
28330479--28330775	132	2.2	132	84	3	375	26	25	19	28	1.98
28330778--28331271	45	11.0	45	88	1	708	30	24	16	28	1.97
28330778--28331271	224	2.2	224	88	3	717	30	24	16	28	1.97
28332536--28332561	10	2.6	10	100	0	52	7	0	0	92	0.39
28332522--28332559	16	2.4	17	82	13	53	13	2	0	84	0.73
28332555--28332644	46	2.0	46	88	2	137	14	22	20	43	1.87
28333378--28333419	22	1.9	22	100	0	84	50	19	14	16	1.79
28333446--28333485	11	3.6	11	80	12	55	2	20	0	77	0.88
28333447--28333486	17	2.4	17	91	4	64	2	20	0	77	0.88
28336146--28336178	16	2.1	16	94	0	57	39	21	18	21	1.93
28337249--28337306	24	2.4	25	80	8	66	53	1	8	36	1.42
28338926--28339070	72	2.0	72	94	0	254	50	17	8	23	1.74
28344514--28344754	129	1.9	128	83	2	313	39	12	13	34	1.82
28344776--28345016	120	2.0	120	89	0	365	37	5	19	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28344808--28345041	120	2.0	118	83	4	292	36	5	21	36	1.76
28351133--28351174	13	3.2	13	86	0	57	42	2	11	42	1.54
28357374--28357417	20	2.1	21	84	12	56	61	2	0	36	1.09
28360234--28360263	13	2.4	12	89	10	51	30	3	23	43	1.70
28361284--28361323	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
28361272--28361338	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
28362165--28362231	33	2.0	33	100	0	134	50	11	17	19	1.77
28363844--28363924	34	2.4	34	77	8	85	39	3	17	39	1.67
28372455--28372517	17	3.5	17	70	12	54	73	4	3	19	1.15
28372755--28372827	16	4.7	16	68	11	62	63	2	4	30	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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