genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19197425--19197856	102	4.2	100	80	8	476	27	1	13	57	1.45
19197835--19197870	16	2.2	16	90	5	54	30	0	8	61	1.26
19204180--19204228	26	2.0	26	88	8	75	61	10	0	28	1.29
19204341--19204378	4	9.2	4	83	16	51	0	26	0	73	0.83
19207525--19207552	6	4.7	6	100	0	56	67	17	0	14	1.22
19207601--19207634	6	5.7	6	92	0	59	82	0	17	0	0.67
19209428--19209769	123	2.8	123	90	0	558	29	16	21	33	1.95
19212038--19212306	29	9.3	29	86	8	363	29	0	26	43	1.60
19212075--19212322	30	9.1	23	78	20	136	29	0	25	44	1.58
19212277--19212329	23	2.7	18	85	14	61	28	0	20	50	1.48
19212328--19212512	71	2.6	71	92	0	307	44	14	3	37	1.63
19212400--19212510	25	4.6	25	69	20	83	45	14	2	37	1.59
19212914--19212948	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
19214705--19214770	10	6.5	10	75	3	60	65	0	0	34	0.93
19214705--19214769	31	2.1	31	100	0	130	66	0	0	33	0.92
19214705--19214756	21	2.5	20	75	6	59	69	0	0	30	0.89
19214781--19214867	40	2.2	40	93	0	147	43	0	25	31	1.55
19214850--19214875	12	2.2	12	100	0	52	42	0	34	23	1.54
19215765--19215796	13	2.5	13	94	0	55	50	0	12	37	1.41
19217369--19217401	13	2.5	13	90	9	50	72	6	3	18	1.18
19217799--19217839	17	2.3	19	83	12	59	63	0	7	29	1.21
19217829--19217880	26	2.0	27	88	3	79	61	3	1	32	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19226024--19226075	27	1.9	27	84	0	68	19	19	21	40	1.92
19229210--19229326	46	2.6	46	93	2	193	29	23	14	32	1.94
19230138--19230196	28	2.1	28	96	0	109	35	6	5	52	1.50
19230145--19230204	28	2.3	27	85	8	79	31	10	6	51	1.61
19235415--19235458	20	2.2	20	95	0	79	40	9	13	36	1.76
19235422--19235465	20	2.2	20	91	0	70	40	9	18	31	1.81
19242412--19242441	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
19251095--19251136	17	2.5	17	92	0	75	42	0	21	35	1.53
19251280--19251328	24	2.0	24	96	0	89	53	4	14	28	1.59
19252329--19252377	21	2.3	21	92	0	89	34	22	18	24	1.96
19253093--19253135	18	2.4	18	100	0	86	44	13	20	20	1.86
19254116--19254407	145	2.0	145	92	1	487	36	15	14	33	1.88
19255168--19255220	17	3.4	17	75	20	69	13	11	20	54	1.69
19255167--19255225	30	2.0	30	96	0	109	13	11	20	54	1.70
19258361--19258412	18	2.7	19	85	5	61	36	3	11	48	1.58
19258535--19258635	3	33.7	3	88	4	150	63	1	1	32	1.17
19260942--19261034	32	2.9	32	93	0	168	27	4	16	51	1.63
19262396--19262444	19	2.5	19	76	3	62	55	12	6	26	1.60
19266428--19266474	22	2.1	22	96	0	85	21	8	19	51	1.73
19269514--19269659	72	2.0	72	92	2	240	37	13	14	34	1.85
19277946--19278042	48	2.0	48	95	0	176	28	30	6	34	1.82
19285061--19285101	20	2.2	19	86	8	57	73	7	4	14	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19285308--19285382	23	3.1	24	78	5	80	65	21	4	9	1.38
19285391--19285437	24	2.0	23	83	4	58	53	21	0	25	1.46
19290626--19290695	29	2.4	29	82	0	95	58	20	10	11	1.61
19294661--19294752	29	3.1	29	81	4	105	22	43	18	15	1.87
19302768--19302822	25	2.2	25	86	0	74	49	21	12	16	1.79
19302806--19302891	20	4.2	20	76	12	75	46	24	13	15	1.82
19306630--19306810	88	2.1	88	100	0	362	40	14	14	30	1.85
19313263--19313303	17	2.4	17	77	22	50	14	7	0	78	0.96
19314067--19314101	18	1.9	18	100	0	70	40	14	11	34	1.82
19317972--19318143	91	1.9	89	85	5	231	40	15	8	35	1.78
19318305--19318351	10	4.7	10	76	10	51	63	0	2	34	1.06
19318324--19318397	29	2.5	29	72	12	78	64	2	2	29	1.21
19318285--19318360	20	3.8	20	72	14	68	64	2	3	28	1.25
19318337--19318437	29	3.4	29	75	14	100	61	1	4	31	1.28
19318446--19318498	10	5.2	11	71	17	51	71	1	5	20	1.16
19318441--19318499	10	6.0	10	75	9	50	67	1	8	22	1.26
19318440--19318498	19	2.9	20	80	10	66	67	3	8	20	1.31
19318700--19318738	20	2.0	20	84	0	51	35	10	0	53	1.35
19318759--19318824	19	3.4	19	76	2	60	34	0	1	63	1.04
19320190--19320544	96	3.7	96	94	0	586	29	18	24	28	1.98
19326924--19326983	30	2.0	30	96	0	111	28	3	11	56	1.51
19327110--19327141	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19332042--19332140	42	2.3	42	84	1	117	32	25	18	24	1.97
19332026--19332179	43	3.6	43	78	4	134	30	27	18	23	1.97
19334288--19334329	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
19334434--19334499	2	33.5	2	96	3	125	50	0	0	50	1.00
19343702--19343794	44	2.1	44	97	0	177	36	16	20	26	1.93
19346143--19346186	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
19346360--19346499	51	2.8	50	86	6	194	30	27	15	26	1.95
19361243--19361301	15	3.8	15	75	16	66	54	1	0	44	1.10
19361335--19361419	23	3.5	24	73	15	77	41	0	2	56	1.12
19365433--19365586	70	2.2	71	85	2	204	29	20	20	29	1.97
19365619--19365673	22	2.5	22	69	0	56	23	16	21	38	1.93
19368293--19368317	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19369433--19369549	43	2.7	44	79	13	118	23	16	29	29	1.96
19384323--19384394	26	2.8	25	89	4	99	40	15	23	20	1.91
19387022--19387088	3	22.3	3	96	0	125	67	1	0	31	1.00
19392247--19392388	43	3.3	43	80	3	144	32	25	14	28	1.94
19392269--19392402	43	3.1	43	75	6	130	30	23	14	31	1.94
19397216--19397706	9	53.9	9	68	17	180	33	1	18	46	1.56
19397216--19397420	53	3.8	52	78	15	200	35	1	17	45	1.58
19397286--19397404	61	2.0	60	90	5	186	32	1	20	45	1.61
19397214--19397420	51	3.8	52	77	17	215	35	1	17	45	1.57
19397216--19397420	114	1.8	112	85	8	290	35	1	17	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19397304--19397594	30	10.2	29	68	19	125	33	0	19	46	1.55
19397488--19397554	21	3.4	20	70	16	59	38	0	17	43	1.50
19397490--19397564	38	2.0	38	94	0	132	37	0	18	44	1.50
19397713--19397763	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
19397811--19397878	9	7.3	9	77	12	66	35	0	19	45	1.50
19397811--19397878	28	2.4	28	79	16	79	35	0	19	45	1.50
19397845--19397898	18	2.9	18	86	5	72	37	1	18	42	1.61
19398059--19398198	76	1.9	74	92	3	235	46	7	10	35	1.66
19398353--19398404	16	3.0	18	84	13	65	63	0	1	34	1.06
19398353--19398396	19	2.5	17	85	10	61	61	0	2	36	1.09
19398353--19398416	18	4.0	17	69	25	50	60	0	3	35	1.12
19398846--19398996	66	2.3	65	86	3	203	49	11	3	35	1.56
19400947--19401006	30	2.0	30	100	0	120	30	6	10	53	1.60
19401390--19401601	7	29.7	7	71	12	83	43	33	0	22	1.60
19401464--19401511	15	3.3	15	79	5	53	43	35	0	20	1.52
19401442--19401601	21	7.5	21	72	10	119	46	30	0	21	1.56
19401902--19402203	114	2.7	109	87	5	421	26	23	20	29	1.99
19402132--19402241	40	2.8	40	78	2	114	23	26	20	29	1.99
19402303--19402408	52	2.0	52	100	0	212	35	7	13	43	1.72
19402389--19402422	10	3.4	10	87	0	50	44	14	0	41	1.45
19413373--19413410	19	2.0	19	85	10	51	42	2	5	50	1.39
19418814--19418901	43	2.0	43	100	0	176	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19423974--19424014	14	2.8	15	82	10	50	24	2	4	68	1.22
19424104--19424192	35	2.5	35	80	8	110	22	23	14	39	1.91
19424104--19424202	35	2.9	34	78	4	108	22	23	15	39	1.91
19426237--19426277	6	6.8	6	100	0	82	34	0	48	17	1.47
19426620--19426667	23	2.0	25	84	15	66	16	6	2	75	1.11
19428647--19428684	9	4.3	9	90	3	60	44	0	10	44	1.38
19428804--19428858	28	2.0	27	89	3	83	40	3	3	52	1.36
19428806--19428871	28	2.4	28	84	5	80	37	6	4	51	1.47
19433297--19433323	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
19434576--19434653	34	2.3	34	88	0	111	15	11	28	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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