genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60255306--60255473	47	3.7	46	71	13	148	47	3	2	45	1.35
60255365--60255425	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
60261165--60261202	19	2.1	19	90	5	60	57	7	0	34	1.28
60261329--60261379	20	2.5	20	84	9	59	47	0	3	49	1.20
60261329--60261376	21	2.3	21	82	7	53	45	0	2	52	1.12
60261360--60261395	18	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
60262481--60262556	9	8.4	9	85	0	107	23	13	25	38	1.91
60262481--60262556	18	4.2	18	94	0	125	23	13	25	38	1.91
60277173--60277198	6	4.3	6	100	0	52	30	19	15	34	1.93
60278260--60278302	19	2.3	19	88	8	61	2	13	6	76	1.08
60278253--60278302	20	2.5	19	75	18	57	4	14	6	76	1.13
60292441--60292467	4	6.8	4	100	0	54	0	74	0	25	0.83
60296409--60296458	25	2.0	25	100	0	100	40	12	16	32	1.84
60297953--60297983	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
60297983--60298020	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
60305997--60306054	24	2.3	26	82	17	77	43	6	1	48	1.40
60306100--60306152	27	2.0	27	100	0	106	22	32	30	15	1.94
60308210--60308295	22	3.9	22	90	0	118	27	15	27	29	1.96
60309227--60309277	23	2.3	23	93	3	86	37	3	1	56	1.29
60309237--60309289	23	2.3	23	83	6	63	47	5	3	43	1.45
60310000--60310089	3	29.3	3	77	12	53	0	30	0	70	0.88
60310003--60310064	20	2.9	22	74	13	67	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60310014--60310199	4	45.8	4	74	19	113	0	30	0	69	0.89
60310011--60310196	34	5.4	35	72	17	124	0	30	0	69	0.89
60309998--60310208	77	2.7	75	77	18	209	0	32	0	67	0.91
60310003--60310209	74	2.7	76	80	11	203	0	32	0	67	0.91
60310025--60310179	57	2.8	57	79	9	151	0	32	0	67	0.91
60310345--60310410	27	2.5	27	87	2	89	50	1	10	37	1.47
60312999--60313037	17	2.2	17	86	4	51	74	7	10	7	1.22
60316150--60316239	45	2.0	45	91	0	144	24	15	15	44	1.85
60337410--60337575	83	2.0	82	88	5	246	48	13	5	33	1.65
60339331--60339359	12	2.3	13	94	5	51	72	10	0	17	1.11
60355656--60355680	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
60357638--60357671	13	2.6	13	85	0	50	41	38	0	20	1.53
60357718--60357752	6	5.8	6	100	0	70	65	17	0	17	1.27
60357791--60357902	9	12.4	9	85	0	134	26	7	23	42	1.79
60358062--60358086	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
60361432--60361483	25	2.1	25	100	0	104	25	19	25	30	1.98
60370077--60370140	31	2.1	31	100	0	128	40	23	9	26	1.85
60376446--60376498	22	2.4	22	90	0	79	30	15	26	28	1.96
60376459--60376522	22	2.9	22	92	0	101	25	15	28	31	1.96
60381244--60381295	24	2.2	24	100	0	104	51	13	19	15	1.75
60386761--60386854	41	2.3	41	92	0	152	23	23	22	30	1.99
60386761--60386887	41	3.1	41	87	0	146	22	22	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60387409--60387571	88	1.8	89	90	1	265	26	1	27	44	1.62
60387550--60387607	21	2.7	22	76	12	57	20	0	41	37	1.53
60387589--60387618	15	2.0	15	93	0	51	23	0	33	43	1.54
60388712--60388756	21	2.1	22	87	4	65	22	51	2	24	1.60
60389350--60389397	25	2.0	24	88	12	71	47	2	20	29	1.61
60394437--60394467	16	1.9	16	93	0	53	48	9	3	38	1.52
60399582--60399639	29	2.0	30	82	3	73	31	13	18	36	1.90
60407130--60407166	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
60410416--60410450	3	11.7	3	87	0	52	34	5	0	60	1.21
60410416--60410447	12	2.7	12	100	0	64	34	6	0	59	1.23
60410805--60410858	15	3.8	14	77	18	58	22	3	1	72	1.10
60410815--60410902	4	20.8	4	77	11	70	21	4	3	70	1.20
60411040--60411354	106	2.9	106	89	1	450	30	17	18	33	1.94
60420712--60420765	3	18.3	3	80	3	65	38	1	0	59	1.08
60423289--60423331	18	2.3	19	84	4	52	62	6	0	30	1.21
60423301--60423340	18	2.2	18	86	8	55	60	5	0	35	1.19
60423584--60423632	25	1.9	26	88	12	75	26	24	10	38	1.87
60428279--60428313	18	1.9	18	88	11	54	40	2	0	57	1.14
60428869--60428910	22	1.9	22	90	9	68	64	0	2	33	1.07
60429181--60429211	16	2.0	16	93	6	55	70	9	0	19	1.14
60430186--60430299	54	2.1	55	93	3	196	43	13	19	23	1.86
60431213--60431249	18	2.1	18	100	0	74	51	16	5	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60439321--60439479	73	2.2	73	82	8	182	23	20	27	28	1.99
60439803--60439840	17	2.4	16	86	8	51	26	2	31	39	1.70
60440871--60441207	147	2.3	145	80	5	354	26	14	21	36	1.93
60440925--60441336	147	2.8	147	77	7	345	25	16	22	35	1.94
60443750--60443801	13	4.0	13	82	5	61	44	7	1	46	1.43
60443803--60443914	27	3.9	27	71	23	93	39	6	12	41	1.68
60443773--60444211	63	7.0	63	95	0	797	40	7	9	41	1.67
60443830--60444193	36	11.4	32	66	28	167	40	7	9	41	1.68
60443929--60444040	27	3.9	27	71	23	93	39	6	12	41	1.68
60444210--60444257	23	2.1	23	96	0	87	43	16	0	39	1.48
60444233--60444325	38	2.4	39	90	1	152	43	11	1	44	1.48
60444310--60444717	9	46.0	9	72	15	271	44	18	1	35	1.57
60444399--60444437	16	2.3	18	91	8	64	43	23	0	33	1.54
60444442--60444507	28	2.4	28	92	0	114	45	15	4	34	1.66
60450310--60450377	21	3.2	21	87	0	82	36	19	38	5	1.76
60450368--60450414	12	3.9	12	88	0	67	46	14	36	2	1.57
60450868--60451062	85	2.3	85	84	6	252	24	23	22	30	1.99
60450883--60451062	43	4.2	41	86	8	236	25	23	21	30	1.99
60451396--60451438	16	2.6	16	88	3	59	60	0	2	37	1.10
60451339--60451467	42	3.2	39	75	13	125	53	1	6	38	1.35
60452339--60452363	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
60452346--60452399	18	3.0	18	81	10	58	59	7	0	33	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60459262--60459429	55	3.0	55	94	2	291	44	13	20	21	1.85
60461488--60461522	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
60461530--60461635	44	2.4	45	74	3	108	54	5	6	33	1.50
60461847--60461889	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
60462635--60462660	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
60462636--60462671	16	2.2	17	90	5	56	77	0	2	19	0.88
60463394--60463740	175	2.0	176	91	1	563	28	20	18	32	1.96
60463479--60463736	46	5.8	45	71	11	174	27	20	19	31	1.97
60476160--60476205	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
60476955--60476980	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
60476956--60476991	16	2.2	17	90	5	56	77	0	2	19	0.88
60477525--60477724	46	4.3	46	90	0	292	43	20	13	23	1.86
60479371--60479434	33	1.9	33	84	6	85	67	4	0	28	1.11
60480085--60480142	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
60480098--60480214	19	5.8	19	83	8	117	38	15	8	37	1.78
60480132--60480213	21	4.1	21	83	12	118	37	13	9	39	1.78
60480114--60480214	38	2.7	38	83	8	134	36	15	8	38	1.79
60484716--60484818	37	2.8	37	88	2	154	37	12	21	28	1.90
60484780--60484903	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
60487174--60487330	86	1.8	84	81	11	194	32	28	16	22	1.96
60488592--60488617	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
60493077--60493111	17	2.1	17	89	10	54	48	0	17	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60496575--60496642	29	2.3	30	77	10	77	23	16	19	41	1.90
60499925--60499973	8	6.4	8	83	9	57	67	0	8	24	1.18
60499920--60499973	12	4.7	12	73	17	51	68	0	7	24	1.15
60508300--60508330	9	3.4	9	100	0	62	45	19	9	25	1.81
60508370--60508411	6	6.7	6	86	10	57	21	0	11	66	1.23
60511402--60511441	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
60511390--60511456	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
60513557--60513622	32	2.1	32	85	5	89	40	15	7	36	1.75
60513545--60513622	32	2.5	31	78	10	81	38	15	8	37	1.79
60514490--60514550	22	2.7	22	73	16	63	22	27	0	49	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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