genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13303795--13303925	69	1.9	69	85	0	181	35	17	24	22	1.95
13306299--13306357	26	2.3	26	78	16	70	42	3	16	37	1.66
13308279--13308305	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
13308344--13308413	31	2.3	31	87	2	97	38	0	0	61	0.96
13308547--13308576	5	6.0	5	92	0	51	3	60	36	0	1.14
13310310--13310350	21	1.9	22	85	5	57	26	21	19	31	1.97
13310308--13310556	106	2.3	108	86	3	331	26	18	15	40	1.90
13314438--13314467	16	1.9	15	93	6	51	93	0	6	0	0.35
13314438--13314469	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
13317299--13317335	13	2.7	14	83	8	58	70	2	0	27	1.01
13328834--13328917	42	2.0	43	90	2	134	25	33	20	21	1.97
13329317--13329370	21	2.6	21	87	0	72	7	44	14	33	1.73
13329419--13329458	21	1.9	21	89	0	62	5	45	15	35	1.68
13329330--13329535	87	2.4	87	85	4	256	12	31	17	39	1.86
13329424--13329466	21	2.0	21	86	0	59	4	41	18	34	1.71
13331628--13331663	15	2.5	15	90	4	56	63	8	16	11	1.49
13334630--13334878	74	3.4	73	93	1	408	33	19	18	28	1.95
13335959--13336052	41	2.3	41	79	3	109	22	23	23	30	1.99
13336023--13336216	41	4.7	41	83	7	234	31	22	25	20	1.98
13338657--13338745	35	2.5	35	81	15	96	37	3	2	57	1.28
13339539--13339604	31	2.2	29	86	5	87	25	6	13	54	1.62
13341820--13341847	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13348425--13348536	34	3.3	34	81	7	147	28	16	16	39	1.89
13348611--13348715	45	2.3	45	85	3	140	26	17	14	41	1.87
13348733--13348758	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
13348917--13349047	41	3.2	41	92	0	217	19	19	30	29	1.97
13349356--13349397	20	2.0	20	95	4	75	14	0	35	50	1.43
13349326--13349397	15	5.1	14	76	15	67	18	0	36	45	1.49
13349326--13349397	7	10.1	7	72	14	58	18	0	36	45	1.49
13349572--13349609	14	2.7	15	84	12	53	28	0	28	42	1.56
13349596--13349674	21	3.7	21	77	11	72	25	1	37	35	1.64
13355830--13356849	43	23.2	43	72	11	496	25	20	28	25	1.99
13356040--13356143	55	1.9	54	92	2	172	22	25	28	23	1.99
13355868--13356873	351	2.8	351	89	2	1451	26	20	28	25	1.99
13361324--13361360	18	2.1	18	94	0	65	48	27	2	21	1.63
13393805--13393847	8	5.1	8	94	5	68	41	11	23	23	1.87
13393805--13393847	16	2.6	17	92	7	79	41	11	23	23	1.87
13400589--13400638	26	1.9	26	95	0	91	16	20	34	30	1.94
13400548--13400679	67	2.0	68	86	4	187	23	18	28	28	1.98
13400618--13400768	42	3.6	43	77	7	139	21	17	25	35	1.95
13406542--13406590	20	2.5	20	83	12	66	22	26	0	51	1.49
13408191--13408418	42	5.4	42	73	7	167	21	22	19	36	1.95
13409883--13409930	21	2.3	20	82	6	60	66	2	2	29	1.14
13415718--13415824	44	2.4	44	90	3	171	31	23	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13419008--13419056	24	1.9	27	84	12	68	22	22	8	46	1.77
13423363--13423550	92	2.1	91	84	3	243	19	21	34	24	1.97
13430170--13430218	25	2.0	24	92	4	80	22	28	20	28	1.98
13434305--13434350	17	2.4	20	79	13	53	50	0	2	47	1.13
13438327--13438394	18	3.7	17	73	21	57	39	1	4	54	1.30
13438358--13438394	18	2.1	18	90	5	58	40	2	2	54	1.29
13438512--13438608	44	2.2	45	88	1	142	36	28	4	30	1.76
13438588--13438640	16	3.3	16	94	0	97	22	33	5	37	1.78
13441173--13441235	18	3.3	18	74	14	56	26	1	3	68	1.14
13442498--13442540	16	2.6	16	85	3	50	34	0	0	65	0.93
13442859--13442918	31	1.9	32	86	3	86	55	5	3	36	1.38
13444196--13444243	18	2.8	17	78	6	60	72	2	20	4	1.11
13447666--13447818	40	3.8	40	88	0	216	30	24	15	29	1.95
13447659--13447830	80	2.2	80	82	0	218	31	22	13	31	1.93
13457706--13457740	15	2.2	16	90	5	54	71	2	0	25	1.00
13458295--13458350	20	2.7	22	81	8	55	35	3	1	58	1.26
13461101--13461125	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13465640--13465678	12	3.2	12	88	3	51	48	0	0	51	1.00
13471882--13471941	25	2.3	25	83	16	70	41	5	1	51	1.33
13488980--13489006	14	1.9	14	100	0	54	18	0	7	74	1.05
13489122--13489188	27	2.4	28	80	7	66	34	1	1	62	1.13
13490846--13490886	17	2.3	19	80	16	52	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13490845--13490884	18	2.2	18	86	8	55	65	12	0	22	1.26
13493346--13493465	19	6.0	19	85	10	150	34	9	18	38	1.82
13493346--13493465	40	3.0	38	83	9	150	34	9	18	38	1.82
13495450--13496077	88	7.1	88	90	0	932	25	24	26	24	2.00
13496055--13496235	42	4.1	45	73	8	183	30	16	25	28	1.96
13495450--13496168	264	2.7	262	86	1	704	26	22	26	24	2.00
13496580--13496673	19	4.8	19	89	5	143	36	9	18	36	1.83
13496580--13496680	40	2.7	38	85	8	143	36	8	18	35	1.83
13498887--13498939	19	2.9	17	81	13	61	64	1	3	30	1.22
13510330--13510399	6	10.5	6	73	19	50	77	5	1	15	1.03
13512051--13512092	20	2.1	20	86	8	59	73	2	0	23	0.94
13512045--13512099	27	2.0	27	86	6	76	72	3	0	23	1.00
13529789--13530163	184	2.0	184	95	0	678	35	10	20	33	1.87
13530614--13530648	17	2.1	17	89	5	54	54	0	5	40	1.24
13533526--13533561	17	2.1	17	100	0	72	36	22	11	30	1.89
13536426--13536471	20	2.3	20	84	0	56	15	17	6	60	1.55
13540244--13540281	19	2.0	20	89	5	60	44	2	21	31	1.66
13548506--13548534	14	2.0	15	93	6	51	62	6	17	13	1.52
13549851--13549893	22	1.9	22	95	4	77	46	0	0	53	1.00
13549854--13549910	22	2.5	22	85	2	69	49	0	3	47	1.18
13549983--13550010	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
13549899--13550108	68	3.1	68	97	1	388	40	4	9	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13550051--13550078	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
13550181--13550226	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
13551932--13551959	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13566887--13566941	27	2.0	27	100	0	110	25	9	14	50	1.72
13571558--13571613	27	2.1	27	100	0	112	25	3	33	37	1.73
13581471--13581575	38	2.8	38	86	2	131	34	20	13	31	1.91
13583156--13583414	45	5.8	45	89	0	374	24	20	17	37	1.94
13583153--13583517	135	2.6	138	83	6	421	25	20	16	37	1.93
13583401--13583429	15	1.9	15	100	0	58	13	20	20	44	1.85
13583356--13583474	60	2.0	60	91	0	193	22	21	16	38	1.93
13583315--13583517	105	1.9	105	89	0	316	25	20	15	38	1.92
13583416--13583517	45	2.3	45	92	0	168	27	19	14	38	1.91
13583268--13583562	150	2.0	150	83	1	376	25	19	16	38	1.92
13584143--13584179	16	2.2	17	81	18	51	29	18	2	48	1.62
13585184--13585221	14	2.6	15	80	19	53	52	13	0	34	1.40
13586747--13586945	54	3.7	54	76	7	181	44	19	16	19	1.87
13586747--13586902	53	2.9	54	80	5	172	46	18	16	17	1.84
13586747--13586943	27	7.3	27	78	5	159	44	19	16	19	1.87
13600507--13600536	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
13603431--13603512	40	2.0	41	92	2	139	23	20	10	45	1.83
13603783--13603823	20	2.0	20	86	9	57	73	2	0	24	0.96
13604131--13604170	21	2.0	20	85	14	55	62	2	5	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13604710--13604744	17	2.0	18	88	5	54	22	5	2	68	1.24
13605110--13605135	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
13605561--13605597	18	2.0	20	84	10	51	35	5	0	59	1.20
13606016--13606140	34	3.7	34	78	10	130	36	0	16	46	1.48
13606227--13606748	251	2.1	251	87	2	744	38	17	16	28	1.91
13606226--13606748	126	4.2	126	88	1	721	38	17	16	28	1.91
13609083--13609117	13	2.7	13	100	0	70	20	8	28	42	1.81
13611133--13611303	72	2.4	72	86	4	249	54	14	5	25	1.62
13611728--13611793	18	3.7	18	97	0	123	39	12	13	34	1.82
13616508--13616540	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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