genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  82  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24061714--24061747	5	6.6	5	86	6	50	58	0	41	0	0.98
24067996--24068088	28	3.3	28	80	3	116	33	22	20	23	1.97
24070561--24070594	5	6.6	5	93	6	59	61	0	38	0	0.96
24073424--24073453	4	7.5	4	92	0	51	76	0	20	3	0.92
24075683--24075767	42	2.0	43	88	2	127	25	20	2	51	1.59
24089205--24089265	31	2.0	31	100	0	122	29	13	27	29	1.94
24089978--24090067	42	2.1	43	95	4	173	43	10	20	26	1.83
24104121--24104164	22	2.0	22	81	0	52	59	0	0	40	0.98
24106717--24106818	50	2.0	50	100	0	204	39	17	15	27	1.90
24109740--24109863	66	1.9	66	87	0	185	23	17	25	33	1.96
24117952--24118016	21	3.2	20	70	18	55	33	6	36	23	1.80
24119949--24120001	22	2.4	22	96	0	97	33	13	24	28	1.93
24120149--24120484	50	6.7	50	81	3	338	22	27	21	28	1.99
24120149--24120484	150	2.2	149	82	2	379	22	27	21	28	1.99
24124082--24124123	5	8.4	5	80	19	52	42	0	16	40	1.48
24124082--24124123	16	2.8	15	80	20	52	42	0	16	40	1.48
24124452--24124550	41	2.4	41	84	0	144	18	19	29	33	1.95
24131530--24131562	17	1.9	17	100	0	66	18	12	12	57	1.64
24136751--24136786	11	3.0	13	80	19	51	30	0	0	69	0.89
24136909--24136971	30	2.1	30	94	5	110	55	15	3	25	1.55
24142958--24142989	16	2.0	16	100	0	64	31	25	37	6	1.81
24149549--24149658	44	2.6	43	76	15	118	38	26	14	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24149635--24149684	26	1.9	26	95	0	91	30	34	18	18	1.94
24149658--24149768	41	2.7	42	88	1	161	23	27	19	29	1.98
24156965--24157203	42	5.7	41	74	12	155	28	23	18	28	1.98
24156966--24157203	41	5.7	44	75	11	128	28	23	18	28	1.98
24156966--24157121	41	3.7	44	75	15	132	31	25	17	25	1.97
24164412--24165062	150	4.4	148	90	4	1006	30	9	6	53	1.58
24164412--24165062	296	2.2	300	91	3	1071	30	9	6	53	1.58
24170479--24170507	14	2.0	15	93	6	51	58	0	41	0	0.98
24181464--24181511	21	2.3	21	85	7	62	29	18	10	41	1.84
24184038--24184072	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
24186154--24186711	50	11.1	50	74	3	476	23	21	23	31	1.98
24186136--24186708	100	5.7	100	89	1	824	23	21	24	31	1.98
24186897--24187006	44	2.5	44	86	5	134	29	26	18	26	1.98
24186954--24187629	132	5.1	132	88	1	953	28	24	19	27	1.98
24187324--24187642	44	7.2	44	64	12	136	26	25	18	29	1.98
24187622--24187944	45	7.2	45	75	3	242	27	25	17	29	1.97
24187622--24187944	134	2.4	134	85	1	414	27	25	17	29	1.97
24189231--24189281	7	7.3	7	80	14	61	13	13	0	72	1.12
24189231--24189272	13	3.2	13	89	3	57	11	14	0	73	1.09
24190151--24190270	12	9.8	12	76	5	80	10	7	7	74	1.23
24190231--24190270	6	6.7	6	97	0	71	15	0	12	72	1.12
24190151--24190271	6	19.8	6	79	9	66	10	7	7	74	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24191051--24191107	25	2.2	25	84	9	71	54	5	17	22	1.63
24195075--24195106	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
24200863--24200919	26	2.2	25	84	6	78	29	14	5	50	1.64
24202676--24202748	30	2.5	29	82	6	85	60	0	1	38	1.06
24202746--24202837	19	4.8	18	77	13	87	65	3	4	27	1.27
24202736--24202837	38	2.7	38	80	6	118	65	2	3	27	1.24
24202652--24202840	10	20.0	9	68	20	57	64	2	2	31	1.19
24203032--24203112	20	4.1	20	79	14	89	30	1	0	67	0.98
24203016--24203105	41	2.2	41	82	7	112	31	1	0	67	0.98
24203005--24203112	30	3.6	29	81	10	110	28	2	0	67	1.10
24203577--24203628	25	2.1	25	96	0	95	28	15	11	44	1.81
24207435--24207625	50	3.7	50	80	4	193	24	27	20	27	1.99
24223341--24223375	15	2.3	15	90	9	54	25	25	0	48	1.51
24229476--24229722	50	4.8	50	79	6	221	22	27	21	28	1.99
24230993--24231024	5	6.4	5	100	0	64	43	0	0	56	0.99
24232962--24232992	14	2.2	14	94	0	53	48	38	0	12	1.42
24242315--24242449	45	2.9	46	70	14	116	25	20	21	33	1.97
24242411--24243378	89	10.9	89	85	2	1268	27	24	18	29	1.98
24242411--24243377	177	5.5	177	86	3	1239	27	24	18	29	1.98
24242411--24243378	266	3.6	266	87	2	1340	27	24	18	29	1.98
24244250--24244300	26	2.0	26	88	0	75	52	15	17	13	1.74
24248225--24248250	12	2.2	12	100	0	52	76	0	15	7	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24258304--24258333	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
24258325--24258359	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24258506--24258607	44	2.4	43	79	12	122	36	29	2	31	1.72
24258519--24258611	44	2.1	46	87	4	136	37	27	3	31	1.73
24258593--24258678	16	5.4	16	90	5	129	26	32	1	39	1.64
24258593--24258680	32	2.8	32	89	3	142	26	32	2	38	1.69
24259800--24259840	19	2.1	20	82	13	50	65	2	9	21	1.34
24261423--24261464	18	2.3	18	80	12	50	4	0	19	76	0.96
24263867--24263916	25	2.0	26	84	4	66	34	16	18	32	1.92
24265880--24265924	17	2.6	17	92	0	72	35	11	20	33	1.88
24267408--24267506	37	2.6	39	79	14	111	39	2	6	52	1.38
24267537--24267570	12	2.8	12	83	16	52	50	0	0	50	1.00
24273487--24273614	67	1.9	67	83	3	168	23	23	23	29	1.99
24273918--24273944	7	3.9	7	100	0	54	14	0	11	74	1.08
24275941--24276075	58	2.3	58	96	0	243	37	19	8	34	1.81
24279550--24279608	24	2.5	24	76	15	61	37	16	20	25	1.93
24279575--24279620	24	1.9	24	86	0	65	30	21	19	28	1.98
24280765--24280802	20	1.9	19	89	5	58	52	2	0	44	1.14
24281539--24281671	27	5.0	27	77	9	96	18	31	21	29	1.96
24281580--24281710	27	4.9	26	80	8	120	19	31	19	29	1.96
24281595--24281719	27	4.6	27	84	0	151	20	31	18	29	1.96
24284161--24284272	40	2.8	40	81	9	104	34	23	22	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24284177--24284273	40	2.5	37	80	14	122	38	23	20	17	1.93
24284352--24284626	41	6.8	40	81	7	279	21	23	25	29	1.99
24286136--24286207	20	3.6	19	72	9	63	44	1	2	51	1.24
24286142--24286201	10	5.8	10	76	11	50	46	0	3	50	1.18
24291339--24291427	42	2.1	42	83	8	110	22	13	30	33	1.92
24291472--24291695	43	5.2	43	90	0	313	21	19	33	25	1.97
24294416--24294449	15	2.3	15	100	0	68	50	20	20	8	1.75
24301518--24301598	22	3.9	19	72	18	56	74	1	4	19	1.08
24302107--24302165	19	3.1	19	95	2	100	37	16	8	37	1.80
24302115--24302175	19	3.3	18	88	4	61	37	16	11	34	1.85
24302980--24303619	44	14.6	45	74	7	528	29	26	16	27	1.97
24302980--24303619	132	4.9	132	91	1	815	29	26	16	27	1.97
24303088--24303619	219	2.4	220	88	1	746	29	26	15	28	1.96
24304883--24304916	6	5.7	6	100	0	68	0	14	0	85	0.60
24304877--24304916	12	3.3	13	93	6	59	2	12	0	85	0.71
24309563--24309614	23	2.2	23	83	10	61	76	1	5	15	1.05
24310137--24310196	21	2.9	21	90	7	88	38	15	8	38	1.77
24311667--24311733	9	7.4	9	78	6	73	43	17	8	29	1.80
24312361--24312389	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24322524--24322572	25	2.0	25	91	0	80	38	22	20	18	1.93
24322550--24322676	64	2.0	64	81	3	148	32	21	22	24	1.98
24326970--24327021	21	2.4	22	81	12	63	48	25	5	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24328081--24328125	23	2.0	23	100	0	90	26	17	4	51	1.65
24330427--24330473	24	2.0	24	83	8	60	34	0	12	53	1.39
24332275--24332326	21	2.4	22	84	12	63	71	15	5	7	1.29
24332279--24332326	24	2.0	24	88	4	71	70	16	6	6	1.28
24332827--24332880	26	2.1	24	83	10	63	25	11	1	61	1.40
24332955--24332992	11	3.5	11	92	0	67	47	0	28	23	1.52
24332955--24332998	22	2.0	23	95	4	81	45	0	29	25	1.54
24334091--24334122	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
24339102--24339161	31	1.9	32	82	3	77	53	0	28	18	1.45
24341313--24341342	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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