genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  187  of  208  ( 24913 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57124350--57124475	22	5.3	24	80	10	127	38	21	25	15	1.92
57124763--57124792	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
57125976--57126030	21	2.6	21	73	21	53	49	1	5	43	1.36
57126024--57126066	9	4.7	9	81	16	52	58	0	6	34	1.25
57126032--57126075	19	2.3	19	88	7	63	63	2	6	27	1.31
57126059--57126098	18	2.4	17	87	8	55	77	2	0	20	0.88
57126069--57126120	18	2.8	18	82	5	68	76	3	1	17	1.02
57127408--57127464	28	2.0	28	100	0	114	29	7	28	35	1.83
57127647--57127723	6	12.8	6	94	0	100	0	7	49	42	1.31
57127647--57127723	18	4.3	18	93	0	118	0	7	49	42	1.31
57127989--57128032	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
57128036--57128080	7	6.3	7	84	5	63	2	11	13	73	1.19
57128021--57128067	21	2.2	22	88	3	69	4	8	10	76	1.13
57128847--57129124	25	10.7	26	75	13	130	45	20	2	31	1.65
57128807--57129113	9	34.4	9	73	14	228	45	20	2	31	1.65
57128847--57129109	43	6.3	42	72	13	197	45	20	2	31	1.65
57128850--57129124	52	5.3	50	74	11	155	45	20	2	32	1.65
57132646--57132915	42	6.4	41	82	4	297	27	18	18	35	1.95
57136891--57136916	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57137562--57137600	17	2.3	17	100	0	78	61	5	0	33	1.18
57145622--57145697	3	25.3	3	94	0	125	64	1	2	31	1.15
57147416--57147906	44	11.2	44	64	12	130	23	24	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57147327--57147912	132	4.4	132	90	0	904	24	24	21	29	1.99
57155314--57155343	6	5.0	6	100	0	60	50	16	16	16	1.79
57155393--57155429	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
57161569--57161639	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
57161575--57161643	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
57161717--57161802	27	3.2	27	81	4	95	20	25	22	31	1.98
57162676--57162723	22	2.2	22	84	0	60	12	16	6	64	1.46
57166565--57166606	7	6.1	7	97	2	77	28	57	0	14	1.38
57172527--57172637	42	2.6	42	84	0	132	19	36	21	21	1.95
57172539--57172649	42	2.6	41	78	2	114	18	35	22	24	1.96
57178031--57178073	21	2.0	21	86	8	61	44	20	6	27	1.77
57178752--57178793	9	4.7	9	88	8	59	30	0	0	69	0.89
57178918--57178953	14	2.7	13	87	8	54	50	0	0	50	1.00
57182144--57182192	21	2.3	21	96	0	89	44	18	24	12	1.84
57189742--57189770	13	2.2	13	100	0	58	37	0	13	48	1.43
57203998--57204189	21	9.2	21	76	3	120	42	16	23	17	1.88
57203998--57204190	42	4.6	42	77	7	173	43	16	23	17	1.88
57203998--57204189	63	3.1	63	76	5	149	42	16	23	17	1.88
57206149--57206193	15	2.7	17	80	19	51	46	8	0	44	1.34
57206416--57206449	18	1.9	17	94	5	59	41	0	2	55	1.15
57206807--57206883	23	3.3	23	89	3	102	45	2	0	51	1.14
57206853--57206890	11	3.5	11	85	0	58	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57210627--57210782	76	2.1	76	95	0	276	35	25	12	26	1.91
57211019--57211100	21	3.9	21	73	12	71	23	26	8	41	1.83
57211644--57211727	43	2.0	43	83	9	109	45	21	3	29	1.69
57212833--57212870	18	2.1	19	85	5	51	57	15	7	18	1.62
57215128--57215174	25	1.9	25	86	4	69	17	25	17	40	1.90
57215243--57215290	25	2.0	24	91	4	78	18	25	20	35	1.95
57217380--57217455	26	2.9	26	90	0	107	43	3	7	44	1.51
57220046--57220379	51	6.6	50	78	5	334	21	17	29	31	1.96
57220152--57220234	28	3.1	28	64	22	79	19	15	32	32	1.93
57220052--57220379	101	3.2	99	83	8	342	21	17	29	31	1.96
57220043--57220379	152	2.2	152	95	0	602	21	17	29	31	1.96
57223655--57223768	54	2.1	54	80	6	124	12	35	23	28	1.91
57228549--57228573	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
57235560--57235626	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
57235554--57235630	14	5.0	15	71	20	52	33	7	14	44	1.74
57257444--57257470	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
57259194--57259255	19	3.2	19	78	15	65	61	6	4	27	1.41
57268683--57268909	113	2.0	113	100	0	454	19	19	14	46	1.83
57275698--57275734	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
57276086--57276147	17	3.5	17	75	18	54	22	32	0	45	1.53
57276759--57276784	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
57277498--57277548	25	2.0	25	100	0	102	27	23	11	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57283157--57283187	14	2.1	15	94	5	55	35	0	0	64	0.94
57292075--57292110	16	2.4	15	90	9	56	44	0	0	55	0.99
57293550--57293580	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
57299193--57299273	29	2.8	29	98	0	153	23	11	16	49	1.77
57299392--57299427	16	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
57300240--57300275	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
57304894--57304940	23	2.0	25	87	8	71	57	0	2	40	1.11
57305785--57305848	31	2.1	30	88	5	94	31	9	14	45	1.76
57305785--57305861	31	2.5	30	85	6	84	32	7	12	46	1.71
57307336--57307452	35	3.5	34	75	8	98	41	1	2	54	1.24
57312236--57312306	27	2.6	28	77	6	92	23	33	33	8	1.85
57312636--57313025	160	2.4	160	89	3	581	25	8	8	56	1.59
57312962--57313076	51	2.3	46	78	14	106	20	11	5	63	1.46
57313089--57313119	16	1.9	16	93	0	53	70	9	6	12	1.31
57319092--57319145	27	2.0	27	88	0	81	38	1	7	51	1.41
57319228--57319299	34	2.0	37	86	10	105	54	4	13	27	1.58
57326681--57327232	51	10.9	50	76	6	470	29	25	14	29	1.95
57326682--57327232	102	5.4	102	89	2	779	29	25	14	29	1.95
57336496--57336535	20	2.0	21	85	14	57	32	2	2	62	1.22
57341368--57341414	19	2.5	19	77	19	53	70	17	10	2	1.26
57342143--57342193	26	2.0	26	84	7	68	72	1	19	5	1.15
57349871--57349905	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57350038--57350102	32	2.0	32	96	0	121	27	9	12	50	1.70
57365991--57366077	36	2.4	35	76	12	86	40	18	8	33	1.80
57366283--57366474	41	4.7	41	91	0	294	22	26	21	29	1.99
57368664--57368758	42	2.3	42	94	0	163	25	27	10	36	1.89
57370456--57370488	17	1.9	17	100	0	66	24	0	18	57	1.40
57371673--57371855	46	4.0	46	94	0	303	33	10	27	27	1.90
57377193--57377304	21	5.3	21	80	4	127	14	20	16	48	1.81
57377533--57377583	17	3.1	17	76	18	54	45	0	13	41	1.44
57382344--57382474	62	2.1	62	97	1	244	36	6	19	37	1.77
57396543--57396581	17	2.4	16	86	4	51	58	0	0	41	0.98
57396739--57396777	19	2.1	19	85	4	53	53	0	2	43	1.14
57398659--57398790	67	2.0	67	82	8	164	29	4	25	40	1.76
57412881--57412925	21	2.3	19	81	11	54	33	2	2	62	1.20
57421534--57421785	139	1.8	139	86	1	371	52	14	9	23	1.71
57421484--57421853	139	2.7	136	72	10	324	50	14	12	22	1.76
57429313--57429379	25	2.7	25	90	0	98	17	29	20	31	1.96
57429371--57429416	24	1.9	24	95	0	83	28	19	21	30	1.98
57429322--57429425	25	4.2	24	79	8	77	21	25	22	31	1.98
57433010--57433034	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
57433013--57433121	27	3.9	27	75	7	101	44	29	13	11	1.80
57439702--57439728	12	2.2	12	100	0	54	48	37	0	14	1.45
57441813--57441845	16	2.0	17	94	5	59	42	3	12	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57442603--57442820	92	2.4	92	90	3	332	31	11	14	42	1.82
57460665--57460863	98	2.0	98	88	1	292	31	9	22	37	1.85
57467712--57467763	20	2.8	18	77	11	61	50	3	3	42	1.39
57469382--57469413	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
57471258--57471296	16	2.4	16	86	0	51	38	7	2	51	1.44
57476276--57476334	31	1.9	31	83	13	77	42	10	3	44	1.55
57482865--57482922	9	6.4	9	82	7	64	24	6	24	44	1.77
57482873--57482922	18	2.8	18	87	0	73	24	8	24	44	1.80
57484481--57484666	50	3.7	50	91	0	291	19	31	24	25	1.98
57494003--57494389	44	8.6	44	77	6	364	26	25	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208