genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18112886--18112952	20	3.4	19	80	10	80	35	19	28	16	1.93
18115329--18115354	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
18116261--18116446	83	2.4	79	85	8	247	27	13	16	41	1.87
18116303--18116476	83	2.1	82	79	6	181	27	12	12	47	1.78
18117011--18117059	20	2.4	20	80	13	55	46	0	8	44	1.33
18117021--18117058	20	1.9	20	89	10	60	52	0	5	42	1.24
18117292--18117316	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
18117385--18117419	9	3.8	9	85	7	52	77	5	2	14	1.07
18121076--18121135	20	2.8	24	79	20	64	8	21	3	66	1.33
18121098--18121135	20	1.9	20	100	0	76	10	21	5	63	1.46
18121269--18121365	21	4.7	21	92	2	153	39	11	9	40	1.73
18121246--18121365	42	2.9	42	87	7	165	40	12	8	39	1.73
18121569--18121653	44	1.9	44	85	4	118	28	24	17	29	1.97
18121651--18122576	132	7.0	132	94	0	1564	25	24	19	30	1.98
18122494--18122805	88	3.6	88	85	3	220	23	22	24	29	1.99
18122650--18122793	44	3.3	44	66	7	121	20	22	31	25	1.98
18130493--18130546	22	2.5	22	90	6	83	7	24	5	62	1.42
18130680--18130776	21	4.7	21	92	2	153	39	11	9	40	1.73
18130657--18130776	42	2.9	42	87	7	165	40	12	8	39	1.73
18131083--18131134	13	3.9	13	85	5	52	73	1	1	23	1.04
18131080--18131133	22	2.5	22	82	8	74	72	1	1	24	1.05
18132907--18132979	33	2.2	33	85	0	92	15	10	34	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18141899--18142140	50	4.7	50	82	6	238	27	21	27	23	1.99
18142343--18142381	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
18157661--18157784	30	4.2	28	86	5	97	41	25	12	20	1.88
18157682--18157791	30	3.7	30	93	0	184	39	27	10	22	1.88
18157900--18158050	55	2.7	54	80	8	171	25	26	15	32	1.95
18158720--18158789	34	2.1	34	91	0	113	31	20	24	24	1.98
18161322--18161375	28	2.0	27	85	10	74	20	27	20	31	1.97
18162643--18162691	18	2.6	18	83	6	53	38	18	18	24	1.93
18163425--18163504	27	3.0	27	98	0	151	20	11	8	60	1.57
18163609--18163633	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18163840--18163875	17	2.1	17	100	0	72	36	5	5	52	1.48
18166453--18166511	24	2.5	24	94	0	100	42	0	27	30	1.56
18166561--18166658	17	5.4	17	66	13	61	33	3	12	51	1.55
18166552--18166664	37	3.1	37	94	1	192	33	4	13	48	1.62
18166665--18166774	9	11.6	9	83	11	121	22	7	31	38	1.82
18166665--18166776	20	5.8	20	85	6	142	22	7	31	39	1.81
18166665--18166775	29	3.9	27	80	13	132	22	7	31	38	1.81
18169932--18169956	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
18178033--18178130	10	9.8	10	68	22	55	65	4	2	28	1.22
18178321--18178377	21	2.8	20	79	15	64	28	5	1	64	1.25
18178408--18178521	28	3.9	28	80	14	117	36	1	1	59	1.18
18178445--18178530	41	2.2	38	81	6	100	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18178383--18178521	10	14.5	10	70	16	89	36	2	1	59	1.18
18178504--18178542	20	2.0	20	85	10	53	28	0	2	69	1.02
18178383--18178521	19	7.2	20	72	12	89	36	2	1	59	1.18
18178507--18178545	17	2.3	16	86	8	51	25	0	2	71	0.98
18179343--18179376	17	1.9	18	88	5	52	29	38	0	32	1.58
18179803--18179840	19	2.0	19	94	0	67	26	13	34	26	1.93
18200358--18200401	19	2.2	20	84	11	56	45	4	13	36	1.64
18203419--18203456	9	4.3	9	80	6	51	44	0	7	47	1.32
18203425--18203463	17	2.3	17	95	0	69	43	0	5	51	1.24
18204566--18204614	20	2.5	20	89	0	71	53	0	24	22	1.47
18210255--18210337	6	13.5	6	71	18	64	78	7	1	13	1.01
18210255--18210337	19	4.5	18	72	18	64	78	7	1	13	1.01
18210348--18210530	3	62.0	3	69	16	64	62	5	4	27	1.38
18210444--18210558	16	7.3	16	73	14	53	68	2	1	26	1.12
18210472--18210571	4	25.5	4	73	18	61	71	2	1	26	1.04
18210447--18210566	27	4.5	25	71	21	86	70	2	1	25	1.10
18210483--18210571	16	5.3	16	73	17	74	71	2	1	24	1.04
18210497--18210570	24	2.8	27	71	25	77	71	1	1	25	1.02
18231054--18231326	42	6.4	41	82	7	262	30	20	21	26	1.98
18231054--18231282	42	5.4	43	86	3	270	31	20	22	25	1.98
18231054--18231325	86	3.2	83	81	9	289	30	20	22	26	1.98
18231204--18231325	43	2.8	43	85	2	138	29	21	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18231774--18231839	21	3.1	21	86	4	89	3	43	19	33	1.66
18237892--18237932	21	2.0	20	85	4	55	19	0	39	41	1.52
18243641--18243811	66	2.6	65	87	4	227	39	19	28	12	1.88
18243782--18243831	21	2.4	21	86	0	64	36	18	42	4	1.69
18243795--18243873	21	3.8	21	81	5	88	36	15	43	5	1.69
18244252--18244600	43	8.1	43	90	1	407	23	18	32	25	1.97
18244265--18244598	171	1.9	172	87	3	485	22	18	32	26	1.97
18244602--18244647	23	2.0	23	95	0	83	6	26	19	47	1.73
18245157--18245378	41	5.4	40	78	4	246	36	22	23	16	1.94
18245179--18245378	82	2.4	82	91	0	328	35	23	24	17	1.95
18248627--18249695	269	3.9	274	88	2	1567	37	15	14	33	1.87
18252070--18252099	9	3.3	9	100	0	60	53	0	0	46	1.00
18253213--18253253	21	2.0	21	85	9	57	29	0	9	60	1.28
18253447--18253551	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
18253445--18253553	45	2.6	44	81	8	129	31	29	5	33	1.80
18253995--18254053	29	2.0	30	87	9	86	30	5	16	47	1.69
18255772--18255811	19	2.0	20	86	13	57	37	0	0	62	0.95
18255771--18255815	20	2.2	21	81	18	60	37	0	0	62	0.96
18255821--18255865	21	2.2	20	84	8	54	31	0	2	66	1.04
18257623--18257673	17	2.7	19	79	17	61	25	15	17	41	1.89
18259051--18259111	30	2.0	30	81	6	70	39	4	1	54	1.32
18259768--18259829	30	2.1	29	82	8	72	41	0	4	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18262613--18262959	32	10.8	32	87	0	469	30	8	17	43	1.79
18272911--18273321	32	12.8	32	81	3	450	32	9	15	43	1.77
18272917--18273321	96	4.2	96	90	1	623	32	9	15	42	1.78
18276810--18276951	41	3.5	40	84	4	176	35	16	27	19	1.94
18276804--18276951	20	7.1	21	66	11	72	35	16	29	19	1.93
18283407--18283627	41	5.4	41	77	2	194	37	15	28	19	1.92
18283407--18283627	82	2.7	82	82	2	239	37	15	28	19	1.92
18288116--18288583	253	1.8	253	89	0	731	29	20	7	42	1.80
18297330--18297364	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
18309860--18309980	51	2.4	51	77	5	129	27	16	25	30	1.97
18309998--18310232	128	1.8	128	81	7	298	29	21	20	28	1.98
18309996--18310443	44	10.6	42	73	15	268	30	20	21	27	1.98
18309996--18310414	163	2.5	168	84	5	566	31	20	21	26	1.98
18311354--18311411	29	2.0	29	100	0	116	24	20	24	31	1.98
18312021--18312111	3	30.3	3	88	0	92	32	7	1	58	1.34
18316476--18316568	34	2.7	36	83	11	122	55	1	0	43	1.06
18332917--18332951	17	2.0	18	88	5	54	60	0	8	31	1.27
18370109--18370445	50	6.8	49	69	5	192	21	19	24	33	1.97
18370076--18370745	100	6.7	100	88	1	862	22	19	24	33	1.97
18370327--18370687	50	7.2	50	69	5	201	22	19	24	34	1.96
18372408--18372442	15	2.3	15	85	0	52	14	14	0	71	1.15
18373288--18373327	8	5.2	8	88	11	66	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18373287--18373327	14	2.9	14	92	7	66	0	14	0	85	0.60
18373318--18373376	30	1.9	31	86	10	86	11	3	8	76	1.13
18374052--18374130	35	2.3	35	93	2	142	43	5	12	39	1.65
18388667--18388828	84	1.9	84	84	0	216	37	18	19	25	1.94
18389686--18389768	41	2.0	41	100	0	166	37	19	12	31	1.88
18397813--18397898	27	3.2	27	88	3	120	33	15	29	22	1.94
18397988--18398074	27	3.2	27	86	0	102	39	16	21	22	1.92
18404799--18404827	12	2.3	13	94	5	51	0	17	0	82	0.66
18406999--18407229	103	2.2	103	93	3	392	29	29	19	20	1.97
18412278--18412368	44	2.1	44	95	4	166	12	30	4	52	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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