genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19459307--19459375	26	2.7	26	86	0	102	26	14	17	42	1.87
19463603--19463664	27	2.3	27	100	0	124	17	30	20	30	1.96
19467890--19467991	3	34.0	3	87	3	134	29	2	1	65	1.18
19473492--19473654	92	1.8	87	81	9	202	34	19	15	30	1.93
19473584--19473886	49	6.5	46	77	6	290	34	21	17	26	1.95
19473589--19473886	95	3.2	92	79	7	266	34	20	18	26	1.96
19473541--19473989	44	10.0	44	75	8	350	33	20	17	28	1.96
19473541--19473989	139	3.3	136	83	6	504	33	20	17	28	1.96
19479306--19479379	37	2.0	36	87	10	105	45	0	9	44	1.36
19496258--19496289	14	2.4	14	94	5	57	21	6	0	71	1.07
19499466--19499523	22	2.6	23	81	8	66	34	22	24	18	1.96
19499465--19499555	23	4.0	22	77	9	78	36	19	23	20	1.95
19502018--19502052	17	2.1	17	88	0	52	22	2	2	71	1.13
19507370--19507407	3	12.3	3	84	15	51	65	0	2	31	1.06
19507370--19507407	11	3.1	12	88	11	51	65	0	2	31	1.06
19507370--19507407	14	2.7	14	91	0	58	65	0	2	31	1.06
19508897--19509305	50	8.2	50	75	5	378	24	19	22	33	1.97
19508877--19509291	100	4.2	100	86	3	557	24	19	21	34	1.96
19508877--19509326	150	3.0	149	74	8	419	25	19	21	33	1.97
19517183--19517223	3	14.3	3	85	10	59	65	0	0	34	0.93
19517183--19517223	17	2.4	17	88	8	57	65	0	0	34	0.93
19517183--19517224	14	3.0	14	92	0	66	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19520977--19521037	30	2.0	30	93	0	104	31	9	19	39	1.84
19524016--19524106	43	2.1	43	87	4	130	17	15	28	38	1.90
19526760--19526837	36	2.2	36	95	0	138	35	8	16	38	1.80
19536922--19536973	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19538829--19538856	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
19538920--19538955	17	2.1	17	89	5	54	11	2	19	66	1.35
19538920--19538955	6	6.2	6	93	6	56	11	2	19	66	1.35
19540532--19540566	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
19540751--19540817	34	2.0	34	88	5	100	32	32	7	26	1.84
19541290--19541365	39	1.9	40	94	2	136	17	13	6	63	1.50
19541470--19541527	26	2.3	25	80	11	64	36	20	6	36	1.80
19546961--19547195	50	4.6	50	78	5	197	28	21	26	23	1.99
19562334--19562362	12	2.4	12	100	0	58	82	17	0	0	0.66
19563333--19563426	4	23.8	4	72	8	59	23	8	1	67	1.25
19563333--19563372	21	1.9	21	90	10	64	20	12	0	67	1.22
19563337--19563380	21	2.1	21	83	8	54	20	13	0	65	1.26
19563333--19563416	35	2.6	31	80	14	91	23	9	1	65	1.29
19566724--19566786	5	12.8	5	75	9	58	79	1	14	4	0.97
19566729--19566786	24	2.4	25	85	8	75	79	1	15	3	0.95
19566724--19566780	19	3.2	18	74	25	59	78	1	14	5	0.99
19567939--19568240	92	3.3	92	76	11	341	30	19	21	28	1.97
19567613--19568100	137	3.6	137	75	6	484	32	18	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19567618--19568467	44	18.8	45	68	13	300	32	18	20	27	1.97
19567903--19568237	181	1.9	181	93	0	580	30	19	22	28	1.98
19568379--19568453	37	2.0	37	86	0	105	30	22	22	24	1.99
19573379--19573430	27	2.0	27	85	11	72	19	1	5	73	1.14
19574244--19574281	20	1.9	20	94	0	67	21	10	5	63	1.46
19587139--19587188	26	2.0	25	84	11	66	20	2	6	72	1.16
19588005--19588041	19	1.9	19	94	0	65	21	10	5	62	1.48
19592495--19592616	23	5.3	23	96	0	226	30	28	21	19	1.98
19592842--19592880	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
19606609--19606648	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
19606594--19606660	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
19606588--19606664	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
19607374--19607423	23	2.2	23	85	7	66	26	2	6	66	1.26
19617589--19617780	72	2.7	72	94	0	330	21	5	16	55	1.62
19619047--19619156	45	2.4	45	87	3	159	46	20	13	20	1.83
19619362--19619447	39	2.2	39	81	6	102	39	20	8	31	1.82
19622297--19622335	21	1.9	20	85	15	53	43	5	20	30	1.73
19622942--19622979	13	3.0	13	92	3	60	39	28	10	21	1.86
19623412--19623452	22	1.9	22	85	5	57	31	12	7	48	1.68
19628803--19628832	14	2.1	14	93	0	51	20	13	20	46	1.83
19634275--19634325	20	2.6	20	81	9	61	41	11	11	35	1.78
19639926--19639996	35	2.0	35	94	0	124	26	12	32	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19645206--19645313	55	2.0	55	90	3	173	22	12	13	51	1.74
19647972--19648008	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
19648061--19648091	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19662275--19662312	19	2.0	19	100	0	76	21	5	42	31	1.75
19670602--19670666	13	4.7	13	74	20	60	33	0	1	64	1.03
19670609--19670665	3	21.0	3	73	20	54	29	0	1	68	1.00
19674517--19674623	53	2.0	53	92	0	178	38	18	10	32	1.85
19675458--19675567	36	3.1	36	78	16	129	42	0	3	52	1.25
19675489--19675565	39	1.9	40	82	15	97	41	1	2	54	1.22
19675669--19675698	13	2.3	13	100	0	60	36	16	20	26	1.93
19675738--19675786	25	1.9	26	87	4	73	26	0	4	69	1.06
19675848--19675909	27	2.3	27	97	0	115	29	22	33	14	1.94
19677126--19677202	27	2.9	28	90	3	115	19	38	24	16	1.92
19682178--19682347	81	2.1	81	98	0	331	22	28	15	32	1.95
19693661--19693686	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
19695382--19695425	17	2.5	18	82	14	56	65	9	0	25	1.21
19695388--19695425	8	4.8	8	81	12	51	65	7	0	26	1.19
19695382--19695432	18	2.9	16	85	11	57	64	7	1	25	1.31
19696344--19696555	115	1.8	115	81	4	266	27	24	23	25	2.00
19700757--19700818	26	2.4	26	91	5	99	29	11	33	25	1.91
19700768--19700820	26	2.0	26	100	0	106	26	16	30	26	1.97
19703462--19703509	25	1.9	25	86	0	69	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19706580--19706641	31	2.0	30	84	3	79	43	3	3	50	1.34
19708844--19710214	468	2.9	465	82	2	1610	30	9	27	32	1.89
19710369--19710484	57	2.0	57	89	0	178	38	14	9	37	1.79
19722629--19722669	23	1.9	21	85	14	57	21	4	4	68	1.28
19728813--19729203	138	2.8	137	80	1	424	33	16	21	28	1.95
19729020--19729190	94	1.8	94	83	2	227	35	18	18	28	1.94
19729057--19729707	94	6.9	94	80	3	621	33	18	19	27	1.96
19729213--19729701	187	2.6	189	84	2	610	33	19	19	28	1.96
19729013--19729582	44	12.3	44	67	17	163	33	18	19	28	1.96
19728781--19729582	44	17.3	44	65	19	150	33	17	20	28	1.95
19729038--19729718	282	2.4	282	78	7	736	33	18	20	27	1.96
19729641--19729755	50	2.3	50	100	0	230	30	20	20	27	1.98
19729533--19729847	144	2.2	145	80	5	350	34	20	18	26	1.96
19737290--19737318	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
19740455--19740487	11	3.1	11	91	4	50	81	0	0	18	0.68
19750623--19750672	24	2.1	24	100	0	100	50	12	12	26	1.74
19753100--19753142	18	2.4	18	84	0	59	32	2	2	62	1.20
19753228--19753276	25	2.0	25	87	0	71	51	4	4	40	1.40
19754711--19754779	32	2.2	32	86	2	95	56	2	4	36	1.34
19755349--19755387	17	2.3	17	81	0	51	69	0	2	28	1.02
19755338--19755387	25	2.0	26	81	14	61	68	0	2	30	1.01
19766490--19766559	25	2.8	25	80	6	72	15	22	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19766542--19766627	25	3.4	24	76	19	86	19	22	20	37	1.95
19766676--19766734	25	2.4	25	88	0	82	25	18	20	35	1.95
19770437--19770489	21	2.5	21	84	0	61	35	20	41	1	1.64
19770803--19770900	43	2.2	44	85	1	135	33	23	16	26	1.95
19772196--19772255	9	6.6	9	78	16	61	68	0	1	30	0.99
19772313--19772357	23	2.0	23	90	0	72	57	28	0	13	1.36
19779357--19779400	22	2.0	22	86	4	61	38	18	27	15	1.91
19781168--19781266	51	1.9	51	87	4	146	25	30	1	43	1.61
19781168--19781250	11	7.8	11	70	21	52	25	30	1	43	1.62
19791759--19791795	15	2.3	17	86	9	51	16	2	2	78	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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