genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  50  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13978850--13978909	23	2.6	22	82	7	66	41	8	8	41	1.65
13980824--13980867	21	2.2	20	83	4	52	31	0	13	54	1.39
13992905--13993048	20	7.2	20	75	3	128	35	18	31	15	1.91
13992900--13993048	40	3.7	39	82	1	181	36	17	30	15	1.91
13992900--13993050	80	1.9	80	85	0	212	36	17	30	15	1.91
13992892--13993038	60	2.5	60	75	4	161	34	18	32	14	1.91
13999378--13999471	46	2.0	46	93	0	161	31	27	3	37	1.73
14000471--14000508	19	2.1	18	85	14	51	52	10	0	36	1.36
14002595--14002641	24	2.0	24	91	0	76	23	21	6	48	1.72
14010837--14010880	20	2.2	20	91	0	70	50	18	20	11	1.77
14010802--14010925	60	2.1	59	80	8	144	41	13	27	17	1.87
14010857--14010960	40	2.6	40	83	3	129	37	13	28	20	1.90
14013203--14013248	21	2.2	21	88	0	65	21	15	39	23	1.92
14017816--14017855	18	2.2	18	100	0	80	35	0	22	42	1.54
14017822--14017867	18	2.5	18	85	3	56	32	0	26	41	1.56
14018702--14018744	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
14026170--14026201	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
14032700--14032890	51	3.8	51	77	10	221	30	28	16	23	1.96
14032698--14032882	101	1.8	102	91	5	313	31	28	17	23	1.97
14033108--14033138	16	1.9	16	93	0	53	38	9	6	45	1.63
14038996--14039020	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
14040106--14040147	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14040378--14040412	17	1.9	17	88	11	52	82	0	0	17	0.66
14040476--14040575	30	3.3	31	72	6	87	45	5	11	39	1.61
14040828--14040876	23	2.1	23	84	0	62	63	14	0	22	1.30
14041063--14041120	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14046031--14046471	114	3.9	114	87	3	640	24	22	26	25	2.00
14046366--14046550	73	2.5	72	92	3	307	27	23	24	24	2.00
14047165--14047208	22	2.0	22	95	0	79	18	0	47	34	1.49
14047151--14047197	14	3.3	14	90	3	67	19	0	46	34	1.50
14052571--14052701	50	2.6	50	80	0	154	22	30	21	25	1.99
14053047--14053104	30	1.9	30	85	0	80	31	24	5	39	1.77
14054752--14054905	40	3.8	40	83	5	186	35	19	22	22	1.96
14054944--14055092	41	3.7	41	89	1	212	22	20	27	30	1.98
14059522--14059564	13	3.3	13	80	0	50	55	4	2	37	1.33
14061012--14061239	43	5.3	43	82	2	253	23	18	29	28	1.98
14061031--14061239	87	2.5	84	86	2	283	24	19	28	27	1.98
14060963--14061239	130	2.2	120	81	9	308	24	18	28	28	1.98
14065980--14066040	31	2.0	31	90	0	95	44	8	8	39	1.64
14071787--14071851	20	3.3	20	86	2	96	9	29	18	43	1.81
14071826--14071989	80	2.0	80	89	0	247	18	27	17	35	1.94
14071773--14071981	40	5.2	40	78	2	224	19	27	17	35	1.94
14073001--14073046	19	2.4	18	85	7	65	19	19	4	56	1.58
14079365--14079449	40	2.1	40	84	0	107	16	28	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14092361--14092403	19	2.3	19	84	8	52	23	18	6	51	1.70
14096012--14096060	25	2.0	25	95	0	89	34	16	10	38	1.82
14096205--14096241	18	2.1	18	89	0	56	16	21	0	62	1.33
14100895--14101153	105	2.5	107	93	3	431	18	19	30	31	1.96
14107649--14108019	105	3.6	104	93	1	602	19	20	29	30	1.97
14114698--14114728	16	2.0	15	93	6	53	3	12	0	83	0.75
14117646--14117675	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
14120946--14120986	21	2.0	21	100	0	82	14	17	19	48	1.81
14122466--14122499	15	2.3	15	89	0	50	64	14	11	8	1.49
14123477--14123587	42	2.6	42	79	0	123	22	32	20	24	1.98
14138931--14139271	169	2.0	170	93	1	576	37	9	33	20	1.84
14150417--14150517	51	2.0	51	90	0	157	28	16	25	28	1.97
14150414--14150844	123	3.4	122	77	10	466	31	17	24	27	1.97
14150633--14150701	36	1.9	36	93	0	120	28	23	20	27	1.99
14150531--14150782	138	1.8	138	86	1	371	32	17	21	28	1.96
14150854--14151381	96	5.8	88	86	3	437	32	18	20	29	1.96
14150831--14151206	133	2.8	132	76	5	380	31	18	21	28	1.97
14150831--14151509	45	14.9	45	72	9	437	32	18	19	29	1.96
14151126--14151479	96	3.7	96	93	1	599	34	18	18	28	1.95
14153079--14153191	3	38.3	3	71	7	61	30	5	4	60	1.39
14157308--14157391	42	2.0	42	95	0	150	38	21	1	39	1.61
14159383--14159424	9	4.8	9	88	5	68	54	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14159383--14159424	17	2.4	18	84	8	68	54	0	2	42	1.13
14159468--14159507	21	1.9	21	89	0	62	52	2	2	42	1.28
14159493--14159553	31	1.9	32	83	3	79	60	6	3	29	1.38
14159933--14159985	10	5.3	10	77	8	54	24	0	1	73	0.93
14159943--14159985	20	2.2	19	91	4	68	25	0	0	74	0.82
14159950--14159992	19	2.2	20	83	4	52	32	0	2	65	1.06
14160668--14160698	8	3.9	8	100	0	62	12	0	0	87	0.55
14163950--14164388	221	2.0	219	94	1	772	35	15	18	30	1.92
14165426--14165477	3	17.3	3	80	7	61	65	3	1	28	1.21
14165426--14165498	15	5.1	14	74	9	58	67	4	1	27	1.17
14166160--14166232	6	12.2	6	91	0	119	79	0	0	20	0.73
14166160--14166241	24	3.4	24	91	1	128	76	0	1	21	0.85
14167093--14168243	89	12.9	90	85	3	952	24	23	22	28	1.99
14167084--14168346	179	7.1	178	87	0	1217	24	23	22	28	1.99
14167227--14168076	45	19.0	44	68	11	296	24	24	22	28	1.99
14168066--14168199	44	3.1	43	63	12	110	24	26	22	26	2.00
14167756--14168367	265	2.3	266	90	0	938	26	25	19	28	1.99
14167938--14168341	45	9.1	45	64	6	151	26	25	19	29	1.99
14175335--14175414	3	26.7	3	89	0	124	65	3	1	30	1.18
14176918--14176951	14	2.4	14	90	9	52	67	2	0	29	1.05
14182647--14182739	29	3.2	29	72	17	95	25	23	19	31	1.98
14182588--14182757	57	3.0	57	80	5	184	26	26	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14182659--14182747	29	3.1	29	76	9	110	23	24	17	33	1.96
14184574--14184666	29	3.2	29	75	14	102	25	21	20	32	1.98
14184570--14184702	57	2.3	57	82	0	167	27	23	18	31	1.97
14191217--14191281	27	2.4	27	78	12	71	35	15	7	41	1.76
14194630--14194875	127	1.9	127	93	0	420	33	18	13	35	1.89
14197873--14197912	15	2.7	15	100	0	80	15	27	0	57	1.38
14204120--14204208	43	2.1	43	86	0	124	17	17	20	43	1.88
14211850--14211932	42	2.0	42	97	0	157	27	6	31	34	1.81
14217037--14217066	15	1.9	16	93	6	53	53	20	0	26	1.46
14217111--14217151	22	1.9	21	85	14	57	46	29	2	21	1.64
14220075--14220114	19	2.1	19	95	0	71	37	22	15	25	1.93
14233491--14233722	124	1.9	124	93	1	403	28	11	21	39	1.87
14239783--14239810	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
14240928--14241053	24	5.2	25	75	8	127	18	26	19	34	1.95
14240928--14241052	48	2.6	48	93	3	207	18	27	20	34	1.95
14243306--14243349	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
14243394--14243487	45	2.1	45	89	0	143	31	23	19	25	1.98
14243490--14243709	101	2.2	102	78	6	232	30	27	15	27	1.96
14257924--14257957	17	2.1	17	94	5	61	50	0	0	50	1.00
14263682--14263727	24	2.0	24	82	4	58	58	0	0	41	0.98
14263892--14263930	20	2.0	19	90	5	60	58	0	2	38	1.12
14273597--14273644	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14274947--14274997	12	4.2	12	80	5	59	17	23	5	52	1.66
14275245--14275487	50	4.7	50	84	3	270	23	29	20	25	1.99
14286303--14286385	37	2.3	37	95	2	150	37	18	15	28	1.91
14287669--14287722	8	6.6	8	80	4	54	70	0	1	27	0.98
14287896--14287943	24	2.0	25	87	4	71	45	2	33	18	1.61
14294660--14294701	15	2.7	16	77	7	50	57	2	0	40	1.12
14294907--14294974	30	2.2	31	84	2	84	26	19	7	47	1.75
14297680--14297809	65	2.0	65	100	0	260	49	15	16	18	1.80
14297879--14297914	17	2.1	17	90	10	56	38	44	0	16	1.48
14303322--14303408	43	2.0	43	84	0	111	22	24	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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