genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  71  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20806668--20806735	24	2.6	26	90	9	104	39	10	0	50	1.37
20806866--20807007	4	35.0	4	76	17	109	70	0	29	0	0.88
20806865--20807031	18	8.6	19	72	20	125	69	0	29	0	0.93
20806901--20807041	40	3.4	43	81	15	188	70	0	29	0	0.93
20806873--20807069	73	2.8	70	78	19	173	69	0	29	0	0.92
20806906--20807047	43	3.3	45	75	19	160	69	0	30	0	0.94
20806901--20807067	82	2.0	83	87	8	245	70	0	28	0	0.92
20808915--20808982	22	3.4	18	80	20	66	7	22	2	67	1.29
20808935--20808982	22	2.2	22	100	0	96	8	16	4	70	1.27
20809088--20809176	21	4.0	24	84	10	102	40	14	5	39	1.70
20809111--20809207	21	4.7	21	93	2	144	40	11	8	40	1.71
20809088--20809207	42	2.9	42	86	7	156	40	12	7	39	1.71
20814524--20814561	18	2.1	18	90	0	58	2	42	15	39	1.61
20815121--20815150	12	2.5	12	94	0	51	60	20	0	20	1.37
20815133--20815243	26	3.4	34	71	25	89	51	11	0	36	1.39
20815157--20815209	26	2.0	26	96	0	97	49	7	0	43	1.31
20815399--20815445	3	15.7	3	100	0	94	68	31	0	0	0.90
20815444--20815490	3	15.3	3	91	4	76	63	4	0	31	1.13
20815536--20815574	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
20815601--20815638	11	3.5	11	85	7	51	0	26	0	73	0.83
20815605--20815638	10	3.4	10	92	8	52	0	26	0	73	0.83
20815737--20815821	27	3.1	27	87	0	125	15	30	28	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20815874--20815912	19	2.1	19	90	0	60	61	2	7	28	1.37
20818519--20818555	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
20823526--20823566	18	2.3	18	86	0	55	39	7	26	26	1.82
20832462--20832505	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
20832550--20832643	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
20832640--20832835	51	3.9	50	80	4	223	31	27	16	23	1.96
20832645--20832831	101	1.8	101	89	3	277	32	27	16	23	1.96
20836443--20836526	42	2.0	42	88	0	123	47	10	11	29	1.74
20836564--20836609	19	2.5	19	89	10	69	45	8	4	41	1.55
20837510--20837540	15	2.1	15	100	0	62	38	19	19	22	1.93
20841118--20841201	42	2.0	42	95	0	150	46	13	10	29	1.76
20841120--20841215	42	2.3	42	88	0	138	47	12	7	32	1.69
20855060--20855138	37	2.1	37	95	0	140	25	10	25	39	1.87
20858569--20858660	26	3.6	26	81	7	91	15	26	22	35	1.94
20858569--20858685	25	4.6	25	77	11	96	17	26	21	34	1.96
20864173--20864224	26	2.0	26	100	0	104	38	0	11	50	1.39
20868482--20868522	20	2.0	20	85	0	55	31	4	0	63	1.15
20868642--20868678	18	2.0	19	89	5	58	51	0	2	45	1.15
20872025--20872334	43	7.3	41	87	7	376	31	20	22	25	1.98
20872025--20872334	84	3.7	84	86	6	396	31	20	22	25	1.98
20872758--20872797	12	3.3	12	96	0	71	2	40	17	40	1.63
20878519--20878760	9	27.8	9	69	12	148	31	3	19	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20878508--20878612	25	4.2	25	75	11	106	33	2	17	46	1.62
20878665--20878758	34	2.7	35	79	15	95	28	3	23	44	1.69
20878905--20879040	53	2.6	53	89	0	218	44	5	11	38	1.64
20879008--20879059	13	4.0	13	87	9	70	42	3	9	44	1.55
20879172--20879283	53	2.1	54	88	3	172	47	5	10	36	1.61
20879772--20879887	21	5.4	21	87	3	160	72	10	10	6	1.28
20879772--20879893	7	17.3	7	82	4	138	72	10	9	6	1.26
20879898--20879941	18	2.4	19	84	3	54	56	13	15	13	1.67
20881768--20881859	47	2.0	47	84	0	121	46	3	7	42	1.48
20881847--20881896	18	2.6	19	76	17	59	14	4	2	80	0.95
20882185--20882220	7	5.1	7	96	0	63	27	55	0	16	1.42
20882209--20882267	7	8.4	7	80	0	55	32	33	1	32	1.68
20882195--20882248	14	3.9	14	85	0	63	31	40	0	27	1.57
20882185--20882286	21	4.8	21	75	8	73	29	43	0	26	1.62
20882188--20882277	28	3.2	29	78	6	78	30	42	1	26	1.63
20882381--20882431	7	7.6	7	80	8	61	33	47	0	19	1.50
20882373--20882431	21	3.0	19	82	5	55	33	44	0	22	1.53
20882381--20882438	21	2.8	20	82	5	73	34	43	0	22	1.54
20883377--20883542	75	2.2	75	78	8	185	31	22	16	29	1.95
20883777--20883916	74	1.9	75	84	1	192	28	22	18	30	1.98
20883651--20884052	188	2.1	189	87	3	562	28	20	17	32	1.96
20883851--20884088	114	2.1	113	89	0	368	28	21	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20885220--20885269	18	2.7	19	70	17	52	24	2	2	72	1.06
20885774--20885798	7	3.6	7	100	0	50	16	12	0	72	1.13
20888281--20888337	22	2.5	22	80	13	62	33	12	28	26	1.92
20892923--20892969	17	2.8	17	75	9	51	53	6	6	34	1.52
20893230--20893289	30	2.0	30	83	3	75	45	0	35	20	1.51
20893503--20893539	9	4.1	9	89	0	56	29	10	10	48	1.72
20898645--20898695	24	2.2	22	83	13	59	27	9	13	49	1.74
20902040--20902500	50	9.3	50	70	7	260	25	21	22	31	1.98
20902021--20902500	100	4.8	99	84	3	570	25	20	22	31	1.98
20902519--20902718	44	4.5	45	73	7	133	27	24	19	29	1.98
20902811--20903083	88	3.1	88	81	0	312	23	24	24	27	2.00
20904406--20904454	21	2.3	21	82	3	62	14	12	0	73	1.10
20904421--20904457	15	2.4	17	82	17	53	10	13	0	75	1.04
20905270--20905347	12	6.1	13	75	11	72	15	3	6	74	1.17
20905271--20905347	25	3.1	24	77	7	73	15	3	6	74	1.18
20914296--20914417	30	4.1	30	82	0	145	14	27	26	31	1.95
20916025--20916076	6	8.2	6	79	12	50	78	9	0	11	0.95
20916028--20916076	12	3.8	13	78	15	57	77	10	0	12	0.99
20918811--20918840	12	2.5	12	100	0	60	33	43	16	6	1.74
20926041--20926088	20	2.4	20	82	0	60	20	27	0	52	1.47
20926957--20927033	35	2.2	35	88	4	111	41	32	11	14	1.82
20931290--20931336	24	1.9	24	86	4	67	72	2	0	25	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20931319--20931393	31	2.5	31	93	2	125	62	2	9	25	1.38
20942852--20942881	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
20942859--20942897	20	2.0	20	85	10	53	51	0	2	46	1.14
20944998--20945069	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
20958915--20959248	171	1.9	172	84	4	442	32	19	10	37	1.86
20959628--20959675	24	2.0	24	91	0	78	29	14	2	54	1.52
20976028--20976062	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
20978680--20978907	127	1.8	126	85	4	291	33	17	16	32	1.92
20981043--20981502	89	5.2	89	89	0	668	23	23	23	28	2.00
20981073--20981293	44	5.0	44	66	14	130	23	23	25	28	2.00
20981097--20981502	45	9.1	45	65	16	191	23	23	23	29	1.99
21002215--21002295	41	2.0	41	92	0	135	30	11	14	43	1.81
21006770--21006816	24	2.0	24	82	0	58	21	27	21	29	1.98
21007735--21007777	18	2.3	18	84	11	52	53	0	4	41	1.21
21015947--21016077	6	22.5	6	82	6	135	58	0	19	22	1.40
21015959--21016077	35	3.4	35	89	4	161	57	0	19	22	1.40
21015947--21016077	29	4.5	28	84	8	147	58	0	19	22	1.40
21016740--21016766	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
21016760--21016802	18	2.4	17	77	11	50	46	0	13	39	1.44
21017913--21017983	29	2.6	28	86	6	92	29	14	21	35	1.92
21018027--21018062	19	1.9	19	88	5	56	30	25	22	22	1.99
21018057--21018134	34	2.3	34	86	4	113	28	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21024705--21024745	18	2.3	18	82	0	55	48	12	14	24	1.78
21026912--21027005	42	2.2	42	86	0	134	18	17	17	47	1.82
21026927--21027046	42	2.9	42	83	5	127	20	20	15	44	1.87
21033860--21033969	42	2.6	43	82	2	141	25	16	26	31	1.96
21037082--21037136	21	2.6	21	88	0	83	23	9	38	29	1.85
21040987--21041182	31	6.6	30	85	10	278	38	10	0	51	1.40
21041029--21041075	24	2.0	24	100	0	94	48	12	0	38	1.41
21040993--21041160	55	2.9	56	90	6	248	39	11	0	48	1.39
21040987--21041182	61	3.3	61	86	8	296	38	10	0	51	1.40
21041210--21041250	16	2.5	16	84	4	55	9	56	2	31	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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