genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19791761--19791825	26	2.3	26	82	10	76	15	3	4	76	1.07
19793531--19793574	5	8.8	5	94	0	79	0	61	2	36	1.09
19801120--19801396	33	7.5	33	69	23	160	33	26	18	21	1.97
19801149--19801363	43	5.5	42	66	23	153	33	26	17	22	1.96
19801113--19801409	76	3.9	76	89	2	445	32	26	18	22	1.97
19814638--19814679	19	2.2	19	86	4	57	23	11	30	33	1.91
19825217--19825245	13	2.1	14	93	6	51	58	0	6	34	1.25
19825320--19825354	18	1.9	18	88	0	52	45	5	0	48	1.26
19829819--19829863	18	2.5	20	82	17	62	37	17	4	40	1.70
19830621--19830645	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
19832886--19833113	92	2.5	91	83	5	307	37	10	20	31	1.87
19835038--19835084	23	2.0	23	100	0	94	8	21	29	40	1.83
19840569--19840611	15	3.1	14	84	15	54	81	0	16	2	0.79
19840932--19840966	16	2.1	17	94	5	63	22	0	2	74	0.95
19843057--19843115	12	4.9	12	83	6	57	22	35	35	6	1.80
19843057--19843115	18	3.3	17	81	9	55	22	35	35	6	1.80
19843650--19843768	62	1.9	62	92	0	202	49	10	6	33	1.63
19846985--19847047	27	2.3	27	88	0	90	22	31	25	20	1.98
19847905--19847957	27	2.0	26	82	7	63	41	3	0	54	1.18
19848348--19848395	20	2.3	22	85	7	64	66	0	2	31	1.03
19848356--19848401	22	2.2	20	92	7	74	63	0	0	36	0.95
19848825--19848873	20	2.5	20	89	0	71	55	8	6	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19850985--19851018	18	1.9	17	88	5	50	50	14	0	35	1.44
19851469--19851503	18	1.9	18	94	0	61	42	2	0	54	1.15
19853557--19853588	13	2.3	15	89	10	50	40	3	15	40	1.63
19853568--19853733	34	4.9	34	74	7	122	42	12	13	31	1.81
19864818--19864899	44	1.9	43	82	7	105	37	19	18	24	1.94
19865111--19865242	67	2.0	68	81	4	160	45	10	12	31	1.77
19865135--19865242	34	3.2	34	72	9	87	45	11	12	31	1.76
19866085--19866129	22	2.0	22	95	0	81	42	6	17	33	1.76
19867755--19867780	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
19871695--19871720	10	2.6	10	100	0	52	26	0	7	65	1.20
19882647--19882684	20	1.9	20	88	0	58	18	18	15	47	1.83
19888963--19889036	26	2.8	25	80	8	85	44	10	16	28	1.81
19892345--19892411	27	2.5	27	85	0	89	32	17	22	26	1.96
19893782--19893813	14	2.3	14	100	0	64	46	0	6	46	1.27
19898080--19898105	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
19898765--19898809	22	2.0	22	86	0	63	35	22	22	20	1.96
19910342--19910375	14	2.5	13	90	4	50	85	0	8	5	0.75
19920964--19921074	49	2.3	49	85	0	150	46	13	26	13	1.80
19922544--19923006	50	9.3	50	72	2	374	29	20	25	25	1.99
19922542--19922990	100	4.5	100	95	0	774	28	20	25	25	1.99
19923011--19923287	132	2.1	132	84	4	362	28	20	22	28	1.98
19925251--19925280	16	1.9	15	93	6	51	30	10	0	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19926068--19926142	37	2.0	37	97	0	141	17	29	26	26	1.97
19932315--19932457	44	3.2	43	72	16	139	27	23	19	29	1.98
19932305--19932512	89	2.4	88	93	0	344	26	22	20	29	1.99
19932353--19932509	44	3.5	45	72	9	151	26	22	21	29	1.99
19932770--19932918	50	3.0	50	72	3	156	26	28	17	28	1.98
19932960--19933174	44	4.9	44	71	2	162	26	26	20	26	1.99
19932892--19933161	132	2.0	131	93	2	461	27	24	19	28	1.99
19933092--19933187	44	2.2	44	81	3	104	25	28	23	22	2.00
19938348--19938385	20	1.9	20	89	10	60	60	5	15	18	1.53
19943113--19943229	51	2.3	50	90	8	184	26	17	7	48	1.73
19948385--19948425	21	1.9	22	90	5	66	46	0	0	53	1.00
19948412--19948437	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19950164--19950214	14	3.6	14	82	17	61	35	13	0	50	1.42
19950219--19950248	13	2.3	13	94	0	51	33	0	3	63	1.11
19951908--19952066	63	2.5	63	83	2	185	31	35	6	27	1.82
19956989--19957129	41	3.4	41	83	0	156	24	26	13	35	1.92
19959581--19959956	41	9.2	41	86	0	466	20	28	16	34	1.94
19959598--19959786	20	9.3	19	64	15	74	18	31	16	33	1.93
19970945--19970995	13	3.9	13	92	0	84	39	21	7	31	1.82
19972002--19972065	30	2.1	30	100	0	128	53	3	3	40	1.33
19972726--19972772	6	7.8	6	76	9	51	68	0	0	31	0.90
19972721--19972772	18	2.9	17	80	8	68	71	0	0	28	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19973732--19973771	16	2.5	17	84	11	50	52	5	5	37	1.45
19977760--19977875	22	5.1	23	80	4	137	44	37	3	13	1.61
19977760--19977875	45	2.6	46	84	4	155	44	37	3	13	1.61
19980019--19980103	44	1.9	44	95	0	152	28	12	15	43	1.83
19985431--19985895	231	2.0	231	99	0	912	39	18	12	30	1.87
19989046--19989110	25	2.6	25	75	4	60	40	13	13	32	1.85
20014350--20014397	25	2.0	24	84	8	62	29	2	16	52	1.56
20016281--20016346	31	2.2	31	83	2	80	28	33	13	24	1.93
20019467--20019575	12	9.1	12	72	0	92	43	17	20	19	1.89
20019467--20019575	6	18.2	6	67	0	56	43	17	20	19	1.89
20019730--20019789	25	2.3	27	73	18	65	45	18	13	23	1.84
20021365--20021407	21	2.0	21	100	0	86	44	4	27	23	1.73
20022872--20022904	15	2.2	15	89	10	50	21	0	3	75	0.93
20026456--20026500	24	1.9	23	86	13	65	20	4	8	66	1.36
20028375--20028498	32	3.9	32	83	0	158	38	19	19	22	1.93
20028360--20028498	64	2.2	64	82	1	172	40	18	18	22	1.92
20028677--20028722	11	4.0	11	81	10	56	52	26	2	19	1.58
20028670--20028751	24	3.4	24	84	0	92	48	23	4	23	1.70
20028684--20028756	24	3.0	24	88	4	94	47	23	4	24	1.69
20028771--20029155	27	14.4	27	77	9	237	21	20	19	38	1.94
20028771--20028935	53	3.1	53	82	6	167	20	20	21	37	1.94
20028771--20029155	80	4.8	80	75	12	244	21	20	19	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20028815--20029177	81	4.5	80	77	9	278	21	19	20	38	1.93
20028959--20029177	27	8.1	27	82	5	178	22	19	19	38	1.93
20028959--20029177	54	4.1	54	80	6	212	22	19	19	38	1.93
20029828--20029856	12	2.3	13	94	5	51	82	0	17	0	0.66
20030698--20030806	41	2.7	41	81	2	121	20	20	26	33	1.97
20031482--20031507	12	2.2	12	100	0	52	38	7	19	34	1.80
20031719--20031761	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
20034855--20035013	41	3.9	40	80	6	149	21	19	25	33	1.97
20034859--20035013	82	1.9	82	80	7	181	21	20	25	33	1.97
20036814--20036963	74	2.0	74	100	0	300	50	8	24	17	1.73
20038890--20038977	46	1.9	46	86	4	124	38	19	20	21	1.93
20039193--20039331	32	4.4	31	79	6	118	39	17	20	23	1.92
20039476--20039557	24	3.4	24	89	0	110	46	21	8	23	1.79
20039489--20039584	24	4.0	24	87	0	102	46	20	7	25	1.76
20039630--20039937	27	11.4	27	79	9	142	23	18	18	39	1.92
20039623--20039909	54	5.3	52	78	8	163	24	18	18	39	1.92
20039630--20039884	81	3.1	81	78	9	211	23	18	17	40	1.91
20039740--20039959	81	2.7	81	82	4	230	25	19	17	38	1.92
20039740--20039959	54	4.1	54	82	4	203	25	19	17	38	1.92
20040481--20040516	8	4.5	8	96	0	63	0	13	22	63	1.29
20047494--20047805	159	2.0	159	90	2	493	35	11	15	37	1.84
20049556--20049632	13	5.9	13	93	0	136	23	10	27	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20052510--20052571	32	1.9	32	100	0	124	45	0	8	46	1.32
20055145--20055433	143	2.0	143	92	0	479	28	13	23	33	1.93
20060616--20060663	8	6.1	8	86	11	64	54	31	0	14	1.41
20060611--20060664	16	3.3	16	84	10	74	57	27	0	14	1.38
20060620--20060672	24	2.2	25	80	10	65	62	22	0	15	1.32
20061925--20061950	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
20070149--20070210	12	5.4	12	71	11	58	32	25	0	41	1.56
20070125--20070216	22	4.2	22	88	4	132	31	26	0	42	1.56
20070166--20070268	52	2.0	51	83	5	127	33	31	0	34	1.58
20070218--20070259	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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