genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  47  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13008827--13008950	44	2.9	40	76	13	115	34	25	16	23	1.95
13022295--13022627	43	7.8	43	76	4	273	43	21	13	21	1.87
13022331--13022635	129	2.4	129	86	1	423	43	20	13	21	1.86
13023164--13023276	55	2.1	55	94	0	199	41	19	7	31	1.78
13029587--13029879	43	6.9	43	87	2	396	28	28	18	24	1.98
13034918--13034992	16	4.7	16	69	24	52	50	0	0	49	1.00
13034926--13034977	18	2.9	18	78	13	54	53	0	0	46	1.00
13034926--13034981	19	2.9	19	82	15	55	53	0	0	46	1.00
13038499--13038526	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13040285--13040338	19	2.8	19	91	0	90	38	16	7	37	1.77
13044867--13044901	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
13045248--13045292	22	2.0	23	83	8	58	31	4	8	55	1.51
13067557--13067669	56	2.0	56	89	0	172	31	5	18	44	1.72
13067625--13067690	33	2.0	33	85	5	89	25	10	18	45	1.81
13078415--13078439	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13081285--13081320	15	2.4	15	90	0	54	52	0	0	47	1.00
13081920--13081965	21	2.2	21	84	7	58	65	6	0	28	1.17
13081997--13082059	20	3.2	19	74	21	58	69	3	1	25	1.12
13089571--13089612	19	2.3	19	88	12	61	69	4	21	4	1.26
13089737--13089761	10	2.5	10	100	0	50	60	0	16	24	1.36
13091553--13091577	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
13094311--13094335	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13096477--13096520	23	1.9	23	85	0	61	38	2	2	56	1.24
13097820--13097965	41	3.6	40	79	12	147	28	28	19	23	1.98
13102204--13102235	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
13103170--13103209	6	6.5	6	82	5	53	75	0	0	25	0.81
13103170--13103209	19	2.2	18	86	4	53	75	0	0	25	0.81
13103182--13103402	9	23.2	9	65	16	63	61	1	5	32	1.27
13103227--13103285	10	6.0	10	76	9	59	61	3	3	32	1.29
13103268--13103339	30	2.5	29	78	13	76	62	0	5	31	1.18
13103270--13103339	29	2.4	28	81	11	79	62	0	5	31	1.18
13103230--13103397	19	8.7	19	69	15	103	61	1	7	29	1.32
13103607--13103724	19	6.3	19	69	16	77	33	2	1	62	1.18
13103600--13103724	9	13.4	9	72	15	85	32	2	2	63	1.20
13103588--13103720	47	2.8	48	76	11	123	33	3	2	61	1.23
13103832--13104006	93	1.9	90	85	3	242	33	9	20	36	1.85
13110940--13111286	50	6.8	50	82	3	329	27	19	28	23	1.99
13113866--13113978	16	7.1	16	91	0	181	33	4	37	24	1.76
13113861--13113978	48	2.5	48	98	0	227	33	4	36	26	1.76
13113957--13114047	45	2.0	44	89	6	139	31	5	28	34	1.80
13114306--13114352	15	3.0	16	78	12	53	53	2	0	44	1.12
13114189--13114479	120	2.4	120	94	0	501	49	5	2	42	1.38
13114239--13114425	61	3.1	60	66	22	156	49	6	3	40	1.46
13114427--13114590	44	3.7	44	75	15	165	50	2	1	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13114469--13114530	28	2.3	28	86	5	83	51	3	0	45	1.17
13119022--13119119	42	2.3	42	80	3	108	42	15	18	23	1.88
13119397--13119432	17	2.1	17	100	0	72	27	41	5	25	1.77
13122497--13122539	14	2.9	15	82	6	61	67	2	11	18	1.32
13125281--13125347	34	2.0	34	93	0	116	35	13	11	38	1.82
13127424--13127579	71	2.2	71	90	1	251	12	22	16	48	1.80
13128294--13128331	16	2.3	16	86	13	51	57	10	2	28	1.45
13135038--13135092	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
13147586--13147610	13	1.9	13	100	0	50	40	24	20	16	1.91
13150322--13150368	21	2.1	22	84	7	60	55	10	12	21	1.67
13150484--13150522	11	3.4	12	86	10	55	64	30	5	0	1.15
13150484--13150530	22	2.1	22	84	7	60	63	29	4	2	1.25
13152006--13152071	33	2.0	32	82	8	80	63	3	3	30	1.24
13154673--13154796	44	2.8	45	85	1	160	38	13	24	23	1.91
13154675--13154796	45	2.8	44	84	1	154	38	13	24	22	1.91
13156037--13156242	102	2.0	102	97	0	385	29	13	22	34	1.92
13159587--13159672	38	2.2	39	93	4	156	26	19	4	48	1.68
13159598--13159716	38	2.9	39	85	8	123	31	20	6	42	1.78
13170341--13170446	41	2.6	41	77	7	115	29	31	22	16	1.96
13176635--13176719	26	3.3	26	72	18	86	25	12	23	37	1.91
13176604--13176717	52	2.2	53	87	3	158	23	11	24	40	1.88
13193722--13193769	26	2.0	22	84	15	60	37	6	14	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13198322--13198352	15	2.1	15	93	0	53	32	12	9	45	1.75
13205333--13205373	21	2.0	21	85	9	57	36	2	17	43	1.62
13205412--13205540	52	2.6	49	80	9	154	36	2	16	44	1.60
13208235--13208267	6	5.5	6	92	0	57	21	0	0	78	0.75
13208235--13208271	18	2.1	18	100	0	74	21	0	0	78	0.75
13208241--13208282	18	2.3	18	87	0	57	26	0	2	71	0.98
13210155--13210179	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13218498--13218555	24	2.4	24	82	0	71	60	22	5	12	1.51
13218513--13218563	24	2.1	24	88	0	75	60	19	5	13	1.53
13220836--13220896	25	2.5	23	78	10	59	31	1	1	65	1.12
13221089--13221113	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
13221100--13221223	55	2.2	55	87	4	178	54	2	5	37	1.37
13227975--13228000	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13231332--13231455	34	3.6	34	86	0	158	33	9	14	42	1.78
13233956--13234020	3	21.7	3	93	6	114	66	0	1	32	1.01
13235381--13235416	18	1.9	19	88	5	56	22	5	11	61	1.50
13235756--13235800	22	2.0	22	95	0	81	31	15	24	28	1.96
13235764--13235805	22	1.9	22	85	0	57	35	16	23	23	1.95
13239073--13239099	14	1.9	14	100	0	54	22	11	14	51	1.73
13240899--13240936	19	2.0	19	85	10	51	50	7	7	34	1.61
13245975--13246078	24	4.4	24	68	18	74	50	2	3	43	1.35
13245957--13246098	70	2.0	70	100	0	284	47	2	5	43	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13246508--13246578	17	4.4	17	72	16	69	39	2	1	56	1.23
13246491--13246566	37	2.1	36	83	11	93	39	2	2	55	1.28
13246602--13246639	11	3.5	11	82	7	51	44	0	0	55	0.99
13252690--13252750	27	2.2	28	85	8	81	26	18	4	50	1.66
13260768--13260814	11	4.5	10	79	15	51	55	4	0	40	1.19
13266146--13266192	14	3.1	15	84	9	51	42	2	2	53	1.25
13266163--13266213	23	2.2	23	82	0	57	41	7	1	49	1.43
13275115--13275152	18	2.2	17	86	13	51	42	15	23	18	1.89
13275115--13275152	17	2.2	18	86	13	53	42	15	23	18	1.89
13280704--13280884	97	1.9	97	81	4	222	26	16	9	46	1.78
13281331--13282045	44	16.5	44	67	12	350	31	21	21	25	1.98
13281463--13282075	85	7.1	84	67	13	269	31	22	21	25	1.98
13281303--13282075	129	5.9	129	89	3	1104	31	22	20	25	1.98
13281303--13282078	261	3.0	259	86	5	1077	31	22	21	25	1.98
13281326--13282075	390	1.9	390	88	3	1118	31	22	20	25	1.98
13282460--13282571	55	2.0	55	98	0	215	42	4	5	47	1.46
13282560--13282599	14	3.0	13	89	7	62	50	2	0	47	1.14
13283922--13283960	19	2.0	20	85	5	53	58	0	2	38	1.12
13284017--13284097	35	2.3	36	81	14	98	53	3	1	41	1.27
13284030--13284163	17	7.6	17	67	15	58	53	2	2	41	1.28
13284182--13284256	22	3.5	22	69	7	73	41	2	2	53	1.29
13284173--13284291	42	2.9	42	96	2	215	42	1	1	53	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13286631--13286686	6	9.7	6	88	7	89	33	1	16	48	1.56
13296057--13296096	11	3.9	11	78	18	50	70	15	0	15	1.18
13296110--13296200	17	5.2	19	69	29	69	29	1	13	56	1.45
13296303--13296383	37	2.2	35	78	12	83	34	4	9	50	1.57
13296178--13296395	76	2.8	76	71	14	174	35	4	10	49	1.58
13301558--13302126	158	3.6	159	89	4	888	28	11	7	52	1.64
13302112--13302178	16	4.2	15	83	9	80	22	7	1	68	1.23
13302112--13302178	17	4.1	16	77	14	75	22	7	1	68	1.23
13302397--13302427	4	8.0	4	92	7	55	0	22	0	77	0.77
13302410--13302512	43	2.4	41	79	10	102	0	38	1	58	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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