genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5911849--5912095	68	3.6	68	79	3	203	36	17	9	37	1.81
5911973--5912100	68	1.9	68	90	3	204	37	14	9	39	1.78
5916100--5916233	69	1.9	69	90	3	216	38	14	17	29	1.90
5916157--5916285	45	2.9	45	84	2	152	37	16	17	28	1.92
5916214--5916354	69	2.0	69	88	0	210	36	19	18	25	1.94
5916088--5916461	114	3.3	113	86	1	505	36	18	17	27	1.94
5916258--5916304	24	2.0	24	91	0	76	44	17	17	21	1.86
5916282--5916382	45	2.2	45	92	0	166	34	21	18	24	1.96
5916321--5916537	69	3.1	69	91	0	353	36	20	17	24	1.95
5916214--5917017	183	4.4	180	83	3	821	36	19	18	26	1.94
5916442--5916492	24	2.1	24	85	7	68	41	19	15	23	1.90
5916397--5916879	114	4.2	114	81	2	479	36	18	17	27	1.94
5916459--5916581	45	2.7	45	84	2	167	36	19	17	26	1.94
5916553--5916601	24	2.0	24	84	0	62	46	20	14	18	1.83
5916088--5916946	297	2.9	295	88	1	1232	36	18	17	27	1.94
5916583--5916679	45	2.2	45	90	7	153	36	17	17	28	1.93
5916693--5916784	24	4.0	24	65	13	66	41	19	16	22	1.90
5916624--5916834	69	3.1	69	84	4	257	36	19	17	26	1.94
5916805--5917017	69	3.1	68	90	1	318	35	19	19	25	1.95
5916688--5916943	114	2.2	114	91	0	413	36	19	17	26	1.94
5916760--5917039	45	6.2	45	71	11	153	33	19	19	27	1.96
5917023--5917147	25	4.4	31	73	20	103	39	14	17	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5917025--5917130	26	3.9	26	74	13	81	41	15	16	26	1.88
5917822--5917867	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
5918273--5918330	20	2.9	20	97	0	107	31	5	18	44	1.72
5918383--5918435	28	1.9	27	88	3	79	35	20	16	26	1.94
5919022--5919054	10	3.3	10	91	0	57	42	0	21	36	1.53
5921208--5921294	39	2.3	39	93	2	149	56	9	4	29	1.51
5933349--5933421	29	2.5	30	81	2	85	38	1	2	57	1.22
5934104--5934176	33	2.2	33	80	0	83	41	5	12	41	1.66
5941428--5941469	20	2.1	20	100	0	84	33	9	4	52	1.55
5947130--5947319	60	3.2	60	100	0	380	33	36	12	17	1.88
5947561--5947613	24	2.2	24	83	3	63	47	3	47	1	1.31
5951004--5951058	16	3.5	16	70	20	53	54	0	0	45	0.99
5950997--5951068	31	2.3	32	97	2	137	56	0	0	43	0.99
5951093--5951296	109	1.9	105	90	6	320	45	11	3	38	1.58
5962558--5962597	21	1.9	21	84	0	53	50	7	0	42	1.30
5962602--5962657	11	5.5	11	72	18	50	50	0	0	50	1.00
5963648--5963688	21	2.0	21	100	0	82	41	19	19	19	1.91
5966159--5966215	27	2.1	27	83	9	71	54	8	8	28	1.61
5969848--5969892	23	2.0	23	90	0	72	40	17	28	13	1.88
5970187--5970212	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
5986586--5986610	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
5987631--5987676	23	2.0	23	82	0	56	21	13	30	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5988251--5988324	23	3.2	23	78	0	85	25	9	29	35	1.88
5990793--5990833	21	2.0	21	90	0	64	39	21	17	21	1.93
5995052--5995091	14	2.7	15	84	3	55	55	12	2	30	1.50
5994808--5997108	767	3.0	762	87	2	3232	34	17	14	32	1.90
5998620--5998746	43	3.0	43	88	2	184	22	34	18	24	1.96
6003139--6003184	21	2.1	21	84	11	58	23	17	21	36	1.94
6007505--6007553	20	2.3	20	80	16	55	34	24	14	26	1.94
6017310--6017385	28	2.6	30	74	12	77	34	7	3	53	1.48
6017311--6017385	30	2.6	29	73	12	73	34	8	4	53	1.49
6017874--6017928	15	3.5	15	80	5	56	43	0	3	52	1.18
6022175--6022201	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
6024964--6025112	55	2.7	55	81	3	167	34	18	20	27	1.95
6026435--6026494	31	1.9	31	86	0	84	25	0	6	68	1.14
6028127--6028175	21	2.3	21	86	13	66	26	22	10	40	1.86
6028641--6028683	13	2.8	16	76	23	56	27	0	0	72	0.85
6029535--6029647	44	2.5	44	84	7	165	42	16	14	26	1.86
6029594--6029734	75	1.9	75	92	0	237	41	14	16	27	1.87
6029490--6029779	119	2.4	121	83	4	372	41	15	16	26	1.88
6029661--6029957	44	6.6	44	81	6	346	38	15	18	28	1.91
6029676--6029998	94	3.5	93	81	5	404	39	16	17	27	1.90
6029661--6029948	88	3.2	88	83	5	387	37	15	18	28	1.91
6029668--6029998	182	1.8	182	90	0	536	38	16	17	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6032162--6032191	9	3.3	9	90	0	51	20	3	16	60	1.50
6033728--6033760	17	1.9	17	88	11	50	12	3	18	66	1.36
6033726--6033788	31	2.0	31	81	0	72	17	1	12	68	1.29
6036009--6036161	81	1.9	79	82	5	191	45	8	5	40	1.59
6037024--6037169	26	5.3	29	77	14	98	33	13	13	39	1.83
6037160--6037250	45	2.0	45	93	0	155	24	20	21	32	1.98
6037176--6037388	69	3.1	69	85	6	288	23	18	20	37	1.94
6037160--6037682	183	2.9	183	89	2	811	25	18	19	35	1.95
6037330--6037431	45	2.3	45	87	0	141	26	17	19	36	1.94
6037359--6037575	69	3.1	69	87	0	308	23	17	22	35	1.95
6037247--6037502	114	2.2	114	87	1	343	25	17	19	36	1.94
6037474--6037530	24	2.4	24	84	0	69	19	12	26	42	1.86
6037443--6037917	114	4.2	114	86	0	644	25	17	20	36	1.94
6037498--6037613	45	2.6	45	90	0	169	25	18	21	34	1.96
6037542--6037682	69	2.0	69	88	0	210	25	18	19	36	1.94
6037592--6037638	24	2.0	24	91	0	76	21	17	17	44	1.86
6037611--6037729	45	2.6	45	84	2	150	27	16	17	37	1.92
6037656--6037804	69	2.1	70	86	4	212	25	16	19	38	1.92
6037204--6037980	183	4.2	182	81	6	564	25	18	19	36	1.94
6037741--6037842	45	2.3	45	87	0	141	26	17	19	36	1.94
6037435--6037897	228	2.0	228	91	0	737	26	18	19	36	1.94
6037770--6037991	69	3.2	69	87	0	309	24	18	21	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6037885--6037941	24	2.4	24	84	0	69	19	12	26	42	1.86
6049465--6049503	15	2.5	15	87	4	51	46	0	0	53	1.00
6049901--6049937	17	2.2	17	100	0	74	32	18	16	32	1.93
6051084--6051147	23	3.0	23	77	13	82	51	0	0	48	1.00
6053313--6053355	14	3.1	14	83	6	61	25	0	23	51	1.49
6053313--6053350	13	2.8	14	88	8	60	26	0	23	50	1.50
6058777--6058830	25	2.2	25	100	0	108	44	0	3	51	1.19
6060167--6060205	18	2.2	18	95	0	69	0	53	0	46	1.00
6071547--6071624	20	3.7	21	76	10	61	28	6	14	51	1.66
6071696--6071778	21	3.9	21	80	3	94	27	7	15	49	1.71
6071710--6071788	21	3.7	21	79	3	68	31	6	12	49	1.66
6071821--6071863	21	2.0	21	82	8	52	37	2	16	44	1.60
6071828--6071868	21	2.0	21	85	9	57	34	0	14	51	1.43
6071864--6071909	22	2.0	22	87	4	65	28	6	10	54	1.60
6071653--6071915	139	1.9	140	82	7	338	32	8	15	43	1.77
6072091--6072118	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
6075606--6075667	12	4.9	12	72	16	54	24	4	0	70	1.06
6075773--6075815	11	3.9	11	87	6	61	18	0	0	81	0.69
6078555--6078675	59	2.0	60	88	1	181	47	12	8	31	1.70
6078622--6078718	51	1.9	51	85	4	133	49	13	8	28	1.71
6082878--6083185	107	3.0	102	81	9	356	42	19	14	23	1.88
6082928--6083185	99	2.5	101	84	7	299	43	18	14	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6084882--6084940	15	3.9	15	79	0	55	8	52	0	38	1.32
6084881--6084948	24	2.8	24	80	8	75	8	50	0	41	1.34
6124611--6124651	21	2.0	20	85	4	55	34	7	2	56	1.40
6128422--6128470	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
6128618--6128819	54	3.7	54	87	2	280	21	15	40	22	1.90
6136177--6136223	18	2.5	19	86	13	62	31	0	0	68	0.90
6137727--6137792	18	3.9	17	71	20	50	68	0	1	30	0.99
6141407--6141623	34	6.4	33	75	4	141	35	23	18	22	1.95
6142499--6142748	134	1.9	134	81	5	308	38	21	9	31	1.85
6142870--6142897	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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