genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28011294--28011365	2	37.0	2	86	10	105	47	0	0	51	1.00
28013277--28013312	19	1.9	18	88	5	54	0	2	30	66	1.06
28017864--28017899	15	2.5	15	86	4	56	61	0	0	38	0.96
28018537--28018583	18	2.6	19	80	6	53	76	4	0	19	0.95
28020800--28020885	30	2.9	29	77	6	102	59	2	4	33	1.31
28024904--28024945	22	2.0	21	95	4	75	54	0	0	45	0.99
28030187--28030218	8	4.0	8	100	0	64	50	12	0	37	1.41
28036633--28036728	48	2.0	48	97	0	183	19	28	10	41	1.84
28041890--28041915	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28042502--28042547	17	2.5	19	82	13	60	71	0	2	26	0.97
28042499--28042557	28	2.1	29	84	9	77	71	0	3	25	1.02
28045139--28045170	9	3.6	9	91	0	55	40	21	9	28	1.84
28045131--28045170	18	2.2	18	95	0	71	37	22	12	27	1.90
28045416--28045452	18	2.1	18	94	0	65	40	21	10	27	1.86
28065890--28065934	14	3.1	14	84	6	63	66	4	26	2	1.22
28100214--28100241	5	5.6	5	100	0	56	0	0	60	39	0.97
28103348--28103419	28	2.6	29	82	10	80	55	4	4	36	1.38
28107355--28107414	29	2.1	29	93	0	102	28	11	3	56	1.51
28123337--28123381	23	2.0	22	86	4	63	2	28	0	68	1.01
28123543--28123575	16	2.0	17	94	5	59	33	6	0	60	1.21
28124346--28124852	258	2.0	257	92	1	838	36	6	12	44	1.68
28127014--28127044	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28138159--28138191	16	2.1	16	94	0	57	21	12	9	57	1.62
28156214--28156330	27	4.3	27	81	2	119	43	11	5	39	1.65
28166865--28166936	37	2.0	36	83	2	90	33	19	11	36	1.87
28170449--28170481	16	2.1	16	88	11	50	27	6	6	60	1.44
28170597--28170681	33	2.6	32	85	5	116	69	1	3	25	1.12
28170632--28170672	20	2.1	19	86	4	55	75	0	2	21	0.92
28171228--28171305	33	2.4	32	87	8	106	26	1	1	70	1.03
28171230--28171305	20	4.2	20	65	23	60	26	1	1	71	1.02
28172664--28172690	5	5.4	5	100	0	54	22	0	59	18	1.38
28173847--28173882	16	2.2	17	90	5	56	0	36	2	61	1.11
28188860--28188913	2	27.5	2	83	3	56	42	3	5	48	1.44
28188862--28188892	16	1.9	16	100	0	62	45	6	3	45	1.45
28192720--28192751	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
28192751--28192794	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
28192888--28192944	2	29.0	2	92	3	98	52	0	0	47	1.00
28200386--28200441	19	3.0	18	80	12	69	71	7	7	14	1.29
28200386--28200441	17	3.0	19	76	21	64	71	7	7	14	1.29
28200361--28200441	38	2.1	38	90	4	128	69	4	7	18	1.31
28200387--28200449	17	3.5	17	78	8	63	74	6	7	11	1.21
28223895--28223936	15	2.6	16	85	11	59	71	2	0	26	0.98
28225360--28225493	37	3.4	39	91	6	227	68	9	14	6	1.37
28244477--28244527	18	2.7	19	68	14	52	78	9	5	5	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28244461--28244517	24	2.3	24	82	8	62	77	8	7	7	1.13
28244733--28244785	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
28245511--28245576	21	3.1	21	80	2	78	28	7	13	50	1.69
28254265--28254336	37	1.9	38	91	2	119	45	15	9	29	1.78
28264790--28264957	71	2.3	72	83	3	205	40	14	18	26	1.89
28272594--28272947	175	2.0	176	87	1	514	15	39	8	35	1.78
28274166--28274209	14	3.1	14	80	6	52	38	0	2	59	1.10
28279680--28279714	18	1.9	18	88	11	54	51	2	31	14	1.57
28280440--28280477	21	1.9	20	84	10	51	39	0	10	50	1.37
28281837--28281938	50	2.0	50	96	0	186	33	16	15	34	1.91
28282235--28282338	45	2.3	45	85	6	131	36	16	15	31	1.90
28282845--28282880	18	2.0	18	100	0	72	22	11	11	55	1.66
28290716--28290752	2	19.5	2	83	10	51	54	0	0	45	1.00
28292072--28292106	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
28293201--28293270	27	2.6	28	70	19	67	50	10	4	35	1.56
28293239--28293310	29	2.4	30	83	2	83	38	15	6	38	1.74
28293342--28293396	26	2.1	26	82	0	65	32	14	9	43	1.77
28293256--28293842	79	7.3	79	78	7	502	32	13	11	42	1.81
28293687--28293823	26	5.3	26	70	22	83	30	13	13	42	1.83
28301074--28301119	16	2.8	16	87	9	58	47	6	0	45	1.28
28301531--28301577	23	2.1	23	84	11	62	51	8	4	36	1.52
28301108--28302092	398	2.5	398	90	2	1517	46	4	9	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28303142--28303169	14	2.0	14	100	0	56	42	35	0	21	1.53
28309337--28309379	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28319339--28319366	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
28320156--28320196	14	3.0	14	86	10	50	51	7	0	41	1.30
28325470--28325497	14	2.0	14	100	0	56	21	14	0	64	1.29
28330180--28330238	26	2.3	26	96	0	109	62	0	0	37	0.95
28330225--28330558	140	2.5	136	81	11	391	53	3	1	41	1.26
28330410--28330468	28	2.0	29	87	6	84	66	1	0	32	1.02
28350926--28350950	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28355615--28355691	39	2.0	38	87	2	109	25	7	24	41	1.82
28371727--28371773	21	2.2	21	100	0	94	53	23	4	19	1.63
28372148--28372204	2	29.0	2	79	10	64	54	3	42	0	1.17
28382824--28382889	34	1.9	34	100	0	132	39	12	9	39	1.74
28389294--28389348	25	2.2	25	83	0	65	41	16	9	32	1.80
28390129--28390186	26	2.3	26	84	3	82	36	12	15	36	1.85
28391353--28391414	21	3.0	21	76	2	63	32	11	25	30	1.91
28393015--28393050	16	2.2	17	90	5	56	55	0	8	36	1.30
28413011--28413087	29	2.6	29	79	2	73	16	27	3	51	1.62
28416954--28416979	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28417478--28417518	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
28422764--28422790	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28430760--28430813	20	2.7	20	82	0	72	35	12	1	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28430955--28430979	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28431921--28431985	31	2.1	31	94	0	112	53	10	12	23	1.69
28433564--28433721	64	2.5	64	87	2	228	22	7	15	54	1.66
28440630--28440678	26	2.0	25	88	8	73	44	2	0	53	1.12
28450284--28450347	23	2.8	23	88	6	69	37	7	15	39	1.77
28450292--28450347	23	2.4	23	94	5	96	30	8	17	42	1.80
28450504--28450557	20	2.7	20	85	5	74	33	16	22	27	1.95
28453687--28453781	11	9.6	10	68	22	51	75	3	3	17	1.06
28453720--28453773	18	3.1	17	77	12	56	77	5	3	12	1.07
28453687--28453780	7	13.0	7	68	16	50	75	3	3	18	1.07
28454062--28454088	14	1.9	14	100	0	54	66	14	0	18	1.25
28454285--28454336	17	2.8	20	74	17	65	13	19	50	17	1.78
28454273--28454331	17	3.3	17	73	13	55	15	16	50	16	1.78
28455972--28456027	22	2.5	22	82	0	67	69	1	8	19	1.24
28456011--28456058	21	2.3	20	80	16	53	70	2	6	20	1.19
28456023--28456063	20	2.0	22	85	9	59	73	2	7	17	1.17
28461925--28462003	40	2.0	40	94	0	140	26	26	21	25	1.99
28467981--28468281	37	8.1	37	82	6	306	26	13	14	45	1.82
28467981--28468282	114	2.7	113	81	7	364	26	13	14	45	1.82
28468210--28468288	38	2.1	38	85	0	104	35	13	13	36	1.85
28470451--28470488	17	2.2	18	85	4	51	73	2	2	21	1.07
28470563--28470607	10	4.1	11	86	13	58	68	0	4	26	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28470797--28470847	26	2.0	26	84	7	68	33	17	11	37	1.86
28473202--28473236	15	2.4	14	90	9	52	74	0	0	25	0.82
28473271--28473353	25	3.1	26	75	21	73	71	0	3	25	1.02
28486576--28486898	158	2.0	158	83	2	398	28	19	18	34	1.95
28490211--28490265	4	13.8	4	100	0	110	0	25	0	74	0.82
28497831--28497885	16	3.4	16	76	0	65	34	3	10	50	1.55
28499295--28499349	29	1.9	29	85	3	76	30	7	1	60	1.35
28500031--28500060	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
28502879--28502944	4	16.5	4	90	0	96	50	6	0	43	1.27
28502879--28502944	6	11.0	6	93	0	96	50	6	0	43	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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