genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24357750--24357929	86	2.1	86	92	2	299	32	22	8	36	1.84
24366928--24366957	15	1.9	16	93	6	53	63	6	23	6	1.43
24384784--24384808	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24385961--24386024	28	2.2	29	80	2	76	42	18	7	31	1.79
24388284--24388457	59	3.0	58	84	5	217	30	14	13	40	1.85
24394671--24394749	41	1.9	41	89	0	122	31	34	7	26	1.85
24395417--24395444	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
24401119--24401309	103	1.8	104	89	1	303	18	24	5	51	1.67
24403082--24403123	22	1.9	22	90	0	66	28	19	0	52	1.46
24403728--24403755	13	2.2	13	100	0	56	28	21	0	50	1.49
24407095--24407134	18	2.2	18	86	0	53	10	2	17	70	1.27
24407987--24408046	29	2.1	29	100	0	120	41	6	31	20	1.78
24413494--24413566	31	2.4	31	100	0	146	28	35	0	35	1.58
24420958--24420999	16	2.4	19	88	11	63	40	4	7	47	1.52
24431532--24431581	22	2.4	20	83	9	64	38	0	0	62	0.96
24432311--24432352	20	2.1	20	86	8	59	45	0	0	54	0.99
24432311--24432357	23	2.1	22	84	11	60	44	0	0	55	0.99
24432440--24432497	18	3.1	18	92	5	89	0	3	3	93	0.43
24432440--24432485	1	46.0	1	95	0	83	0	2	0	97	0.15
24436382--24436443	30	2.0	31	87	3	90	58	8	6	27	1.52
24436844--24436878	17	2.1	17	89	10	54	2	20	0	77	0.90
24438530--24438587	30	1.9	30	96	0	107	50	6	10	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24441497--24441540	21	2.1	20	83	8	52	29	11	2	56	1.46
24449517--24449588	28	2.6	27	82	2	81	29	8	22	40	1.83
24450125--24450168	21	2.1	21	82	0	52	31	20	27	20	1.97
24453014--24453147	71	1.9	70	83	7	173	26	20	12	40	1.88
24457141--24457282	42	3.4	41	87	3	187	23	32	22	21	1.98
24466666--24467109	213	2.1	213	84	3	572	35	20	15	29	1.93
24467748--24468051	23	13.2	23	76	6	224	22	27	13	35	1.92
24467750--24468051	46	6.6	46	76	6	274	22	27	13	36	1.92
24467750--24468051	69	4.4	69	77	7	285	22	27	13	36	1.92
24471839--24471868	15	2.0	15	93	0	51	23	0	13	63	1.29
24474824--24475014	2	95.5	2	98	0	373	0	49	0	50	1.00
24477294--24477496	80	2.5	82	77	4	205	57	19	2	20	1.52
24477378--24477437	14	4.4	14	73	12	52	60	18	1	20	1.45
24477294--24477495	40	5.0	41	78	4	185	57	19	2	20	1.51
24477502--24477559	28	2.1	28	93	0	98	50	3	15	31	1.61
24477610--24477642	16	2.1	17	88	11	52	39	0	6	54	1.25
24478275--24478308	10	3.3	10	84	8	50	79	0	0	20	0.73
24478273--24478320	17	2.9	17	84	9	55	79	2	0	18	0.84
24488714--24488780	20	3.3	20	68	15	66	19	29	13	37	1.90
24488705--24488785	40	2.0	40	100	0	162	19	29	12	38	1.89
24496788--24496825	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
24500651--24500693	14	2.9	14	80	19	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24503727--24503786	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
24506905--24506957	21	2.5	21	96	3	97	41	18	13	26	1.87
24508310--24508348	5	7.8	5	83	11	53	20	2	0	76	0.90
24508393--24508493	12	7.4	12	69	26	60	63	6	1	27	1.31
24508393--24508484	31	3.1	30	84	6	125	63	6	2	28	1.31
24508477--24508513	16	2.3	16	90	0	65	81	5	0	13	0.86
24516807--24516852	3	16.0	3	78	17	53	30	36	2	30	1.70
24516784--24516852	29	2.4	29	92	2	113	31	39	2	26	1.71
24516904--24517069	86	1.9	86	93	0	287	20	40	16	22	1.91
24517169--24517418	42	6.0	42	92	0	401	23	32	21	23	1.98
24521930--24522035	38	2.8	37	94	2	185	23	33	20	21	1.97
24522255--24522326	30	2.4	30	97	0	135	55	13	2	27	1.52
24523564--24523599	18	2.1	17	89	5	54	2	27	0	69	1.02
24527405--24527457	17	3.2	16	82	10	54	26	0	7	66	1.18
24528573--24528601	13	2.1	14	93	6	51	3	10	13	72	1.24
24537378--24537432	2	27.5	2	96	0	101	49	0	1	49	1.11
24543076--24543114	20	2.0	20	85	10	53	35	12	17	33	1.88
24547644--24547689	24	1.9	24	86	0	65	32	15	13	39	1.85
24562336--24562370	16	2.2	16	89	0	52	85	2	11	0	0.69
24566590--24566770	99	1.9	95	86	13	259	58	13	16	11	1.62
24570047--24570087	20	2.0	20	86	9	57	29	12	12	46	1.77
24581980--24582026	21	2.3	20	85	3	58	27	10	17	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24582173--24582222	21	2.4	22	83	6	59	48	12	6	34	1.65
24582284--24582370	21	4.1	22	85	2	108	50	19	4	25	1.66
24582285--24582368	43	2.0	42	88	6	125	48	20	4	26	1.69
24582454--24582512	21	2.8	21	84	2	73	49	18	5	27	1.68
24594419--24594463	2	23.5	2	91	8	76	0	53	0	46	1.00
24601936--24601990	2	27.0	2	96	3	101	49	0	0	49	1.01
24605212--24605285	38	1.9	38	86	0	103	35	24	4	36	1.74
24606949--24606981	17	2.0	16	94	5	57	57	0	6	36	1.23
24607150--24607185	18	1.9	19	88	5	56	72	0	27	0	0.85
24607294--24607431	47	2.9	48	87	7	192	55	7	5	31	1.51
24607293--24607430	46	2.9	47	87	6	190	55	7	5	31	1.51
24610487--24610531	19	2.4	19	100	0	90	35	15	8	40	1.79
24611159--24611283	65	1.9	65	83	0	160	32	21	16	28	1.95
24617214--24617240	14	1.9	14	100	0	54	22	29	29	18	1.97
24620113--24620152	9	4.2	9	81	12	53	45	0	25	30	1.54
24620107--24620148	20	2.2	19	95	4	75	38	0	30	30	1.58
24621018--24621170	44	3.7	41	69	22	113	24	13	37	24	1.92
24620964--24621205	80	3.0	81	87	4	357	23	13	37	25	1.92
24633362--24633428	30	2.2	30	83	0	80	47	17	5	28	1.71
24636280--24636344	22	2.8	24	82	11	66	3	21	3	72	1.12
24639307--24639355	6	8.2	6	95	0	80	16	63	16	4	1.46
24643853--24643878	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24645833--24645950	29	4.0	29	78	1	119	22	22	18	36	1.95
24658807--24658845	21	1.9	20	84	5	51	33	28	12	25	1.93
24665110--24665138	14	2.1	14	93	6	51	51	13	0	34	1.42
24685816--24685897	27	3.0	27	100	0	164	36	29	8	25	1.86
24687304--24687409	52	2.0	53	92	1	178	36	15	17	30	1.91
24695120--24695178	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
24703799--24703844	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
24706638--24706678	17	2.3	19	79	8	50	43	7	2	46	1.44
24706744--24706788	2	21.5	2	82	8	54	46	4	2	46	1.35
24707224--24707261	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
24712418--24712455	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
24716524--24716559	16	2.2	17	95	5	65	58	5	0	36	1.22
24716565--24716700	40	3.4	40	86	1	173	23	1	16	58	1.47
24717168--24717221	28	2.0	27	88	3	81	29	18	20	31	1.96
24724907--24724995	39	2.2	40	86	2	117	22	19	24	33	1.97
24749438--24749473	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
24750267--24750347	26	3.1	26	84	7	92	38	14	17	29	1.90
24750392--24750457	28	2.4	28	82	5	80	42	13	15	28	1.85
24752764--24752899	43	3.2	42	85	6	166	27	18	32	21	1.97
24753172--24753223	22	2.4	22	83	6	61	28	23	19	28	1.98
24755588--24755613	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
24765719--24765767	21	2.5	19	81	12	62	26	22	0	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765725--24765767	21	2.0	21	95	0	77	23	20	0	55	1.43
24768250--24768283	12	2.8	12	90	4	50	79	11	8	0	0.94
24775685--24775728	22	2.0	23	90	4	72	18	15	27	38	1.91
24776294--24776353	30	2.0	30	93	0	102	26	16	26	30	1.97
24776988--24777493	118	4.4	111	81	6	487	18	11	25	44	1.82
24776988--24777493	229	2.2	224	80	7	518	18	11	25	44	1.82
24781199--24781242	20	2.2	20	88	8	63	29	38	4	27	1.76
24781236--24781350	43	2.7	43	77	11	110	21	33	17	27	1.96
24786293--24786351	25	2.4	25	100	0	118	27	25	16	30	1.97
24787999--24788253	49	5.3	49	64	12	161	30	25	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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