genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
490642--490943	93	3.0	93	81	14	370	22	16	17	44	1.87
490729--491017	107	2.6	112	89	6	421	23	15	18	42	1.88
492058--492142	36	2.4	36	100	0	170	25	9	23	41	1.84
495488--495550	30	2.1	31	93	3	110	31	12	6	49	1.66
500307--500333	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
508325--508428	52	2.0	52	90	0	163	32	22	14	30	1.93
513922--514148	117	1.9	117	95	0	409	33	18	25	21	1.96
515928--515956	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
516426--516516	39	2.4	39	94	5	159	53	4	6	35	1.47
520864--521004	63	2.2	64	92	1	230	39	4	18	36	1.72
525691--526084	154	2.6	153	91	3	614	47	6	14	30	1.70
525691--526084	153	2.6	151	90	2	551	47	6	14	30	1.70
530189--530232	16	2.8	15	80	10	52	38	0	4	56	1.20
530656--530711	28	2.0	28	85	0	76	39	10	23	26	1.87
531090--531171	32	2.6	32	86	0	110	24	39	8	28	1.84
531532--531571	19	2.1	19	100	0	80	30	22	15	32	1.94
544287--544358	35	2.1	35	100	0	144	25	8	11	55	1.62
546245--546283	20	2.0	19	85	14	53	41	0	28	30	1.57
553026--553066	23	1.9	20	85	14	55	51	0	2	46	1.14
556174--556209	2	18.5	2	88	5	56	47	0	0	52	1.00
558826--559273	233	1.9	233	86	4	645	36	20	17	24	1.94
560826--560872	19	2.4	20	89	3	69	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561337--561900	242	2.3	239	82	2	689	41	12	10	34	1.78
562947--563068	60	2.0	60	80	3	138	37	13	41	6	1.71
569483--569574	48	1.9	48	86	8	134	38	13	6	42	1.70
572215--572326	48	2.3	48	86	3	145	29	12	13	44	1.80
573895--574929	64	16.1	63	80	4	1014	38	5	9	46	1.58
573895--575932	192	10.8	191	73	9	1331	38	6	8	45	1.61
574701--574795	21	4.5	21	72	15	70	43	3	6	47	1.44
574742--574789	19	2.3	21	79	10	55	41	2	6	50	1.39
574830--575031	112	1.8	112	84	2	280	41	6	7	44	1.59
574942--575412	64	7.4	63	80	7	434	39	7	7	45	1.61
574942--575412	127	3.7	127	79	5	432	39	7	7	45	1.61
575473--575933	64	7.2	64	79	5	396	37	7	9	44	1.66
575480--575929	128	3.5	128	80	5	480	38	7	9	44	1.66
576732--576777	2	24.5	2	87	12	71	52	0	0	47	1.00
576765--576901	61	2.2	63	89	3	206	40	2	6	49	1.44
576765--577226	64	7.6	61	72	14	271	40	5	6	48	1.50
576861--576945	44	1.9	44	92	4	145	34	3	7	55	1.44
576755--577071	170	1.9	166	84	7	422	40	4	5	48	1.48
576896--577227	64	5.2	64	80	9	302	40	6	5	47	1.52
576806--577008	108	1.9	109	88	2	311	39	4	6	48	1.52
577034--577076	20	2.1	21	86	4	61	37	2	4	55	1.33
576913--577227	126	2.5	126	84	7	370	41	5	5	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
578230--578299	36	1.9	36	94	0	122	18	7	22	51	1.70
580627--580890	21	12.4	20	64	15	82	44	6	3	46	1.43
580627--580923	64	4.6	63	82	8	314	45	6	3	45	1.44
580627--580918	129	2.2	126	80	11	322	45	6	3	45	1.44
581592--581698	48	2.2	48	86	3	144	31	13	12	42	1.80
581683--581713	15	2.1	15	93	0	53	22	12	9	54	1.67
583019--584041	252	4.1	252	82	5	1124	35	9	6	49	1.60
583019--583963	504	1.9	502	84	6	1261	35	8	6	49	1.59
584113--584195	43	1.9	43	82	4	105	43	6	8	42	1.59
584149--585476	64	20.5	63	76	8	938	39	7	7	45	1.60
584208--584296	21	4.2	21	64	23	51	40	10	2	47	1.50
584149--585476	128	10.2	128	75	9	1051	39	7	7	45	1.60
584149--585484	192	6.9	192	76	7	1147	39	6	7	45	1.60
585116--585471	129	2.8	127	78	3	365	38	6	8	46	1.61
586009--586133	64	2.0	64	82	6	155	39	3	9	48	1.52
585999--586278	138	2.0	140	80	8	313	42	5	6	46	1.52
586088--586278	66	2.7	70	80	12	223	42	6	5	45	1.53
586140--586341	66	3.1	66	84	1	210	41	6	6	45	1.57
586274--586420	79	1.9	78	85	8	208	38	4	8	48	1.52
586353--586707	64	5.5	64	79	5	363	44	4	4	47	1.43
586349--586707	131	2.8	129	84	3	398	44	4	4	46	1.43
586143--586702	195	2.8	195	79	6	530	42	5	5	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586571--586616	20	2.4	20	82	7	60	41	6	4	47	1.49
587160--587303	65	2.2	65	96	0	261	42	25	12	19	1.86
589202--589244	16	2.7	15	82	10	50	62	4	0	32	1.15
589215--589246	15	2.1	16	94	5	57	65	3	0	31	1.08
591774--591858	44	1.9	44	88	4	127	24	20	8	47	1.77
596724--596769	24	2.0	24	91	4	76	26	0	4	69	1.07
601642--601840	99	2.0	99	100	0	398	35	12	15	37	1.84
610336--610446	12	9.6	12	73	14	99	37	0	13	47	1.49
610336--610445	14	7.6	14	78	8	112	38	0	12	48	1.48
610336--610445	2	55.0	2	77	0	76	38	0	12	48	1.48
611032--611064	18	1.9	17	88	11	50	78	3	3	15	0.99
620129--620191	28	2.2	28	91	0	99	26	20	7	44	1.79
626660--626702	21	2.0	23	81	9	54	25	2	13	58	1.48
633807--633904	26	3.7	26	87	4	126	37	10	21	30	1.87
633807--633958	28	5.6	28	86	2	161	38	13	19	28	1.90
637620--637706	44	2.0	43	93	0	138	41	13	18	25	1.87
643366--643408	23	1.9	22	95	4	77	18	18	16	46	1.84
662169--662202	11	3.1	11	82	0	50	32	14	11	41	1.82
664350--664375	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
671035--671085	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
672545--672716	86	2.0	86	94	0	299	35	21	21	21	1.96
674584--674840	75	3.4	75	82	3	266	43	11	6	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674788--674887	50	2.0	50	90	0	155	39	12	7	42	1.69
677706--678026	164	2.0	165	88	1	484	26	25	16	31	1.96
678528--678559	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
678709--678733	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
678712--678753	19	2.2	20	83	8	52	33	0	7	59	1.25
678885--678909	13	1.9	13	100	0	50	12	8	8	72	1.29
679951--679986	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
686990--687014	4	6.2	4	100	0	50	0	28	0	72	0.86
692393--692456	10	6.7	10	77	10	53	57	1	1	39	1.17
702996--703033	19	2.0	20	89	5	60	31	2	0	65	1.06
703840--703885	21	2.2	21	84	0	56	23	6	19	50	1.71
704002--704062	21	2.9	21	82	0	86	39	24	13	22	1.90
705390--705425	18	2.0	18	100	0	72	50	22	5	22	1.70
708458--708499	18	2.1	21	87	12	63	76	0	0	23	0.79
708782--708824	10	4.1	10	82	11	59	81	9	0	9	0.88
708776--708820	11	4.0	12	83	13	60	84	6	0	8	0.78
708780--708827	12	4.2	12	86	10	64	81	10	0	8	0.88
710118--710178	14	4.1	14	72	15	59	70	4	3	21	1.21
710104--710211	42	2.5	44	76	18	118	69	3	2	24	1.18
719331--719355	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
725991--726021	12	2.7	12	95	5	55	80	0	0	19	0.71
742105--742280	88	2.0	87	95	3	318	28	10	15	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742513--742537	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
764703--764748	22	2.1	22	100	0	92	13	13	21	52	1.73
805459--805490	11	2.8	11	95	4	55	87	9	3	0	0.64
806251--806331	29	2.8	29	85	7	110	37	0	0	62	0.95
806252--806337	30	2.9	29	84	5	111	36	0	0	63	0.94
816608--816645	14	2.7	14	80	12	51	68	0	2	28	1.03
820343--820410	30	2.3	30	89	5	102	23	33	13	29	1.93
822019--822236	117	1.9	117	83	5	289	46	5	10	38	1.59
825407--825431	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
829218--829292	36	2.1	36	94	0	132	42	20	9	28	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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