genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  55  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20972199--20972456	62	4.2	62	80	3	272	24	24	18	32	1.97
20972228--20972453	124	1.8	123	86	0	326	23	24	18	33	1.97
20978643--20978683	21	2.0	21	85	0	55	12	26	7	53	1.64
20983711--20983740	12	2.6	12	94	5	53	83	0	16	0	0.65
20983950--20984001	2	26.5	2	90	3	79	48	0	48	1	1.13
20984912--20984950	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
20989331--20989468	42	3.1	45	82	11	185	24	15	34	25	1.95
20991416--20991569	52	2.9	53	87	2	220	33	14	18	34	1.91
21002764--21002817	23	2.3	23	74	0	63	9	27	7	55	1.58
21020100--21020191	43	2.2	43	84	3	116	38	13	18	30	1.89
21020795--21020824	16	1.9	16	93	6	53	40	6	13	40	1.71
21021279--21021387	55	2.0	55	90	1	175	39	11	11	36	1.79
21022917--21023057	36	3.9	35	74	7	106	29	13	21	34	1.92
21028987--21029023	16	2.2	17	90	4	58	13	18	10	56	1.66
21029948--21029977	3	10.0	3	92	0	51	3	30	0	66	1.07
21032664--21032711	21	2.3	20	75	10	51	12	22	8	56	1.63
21034063--21034146	37	2.3	38	93	4	145	35	25	9	29	1.87
21037645--21037717	35	2.1	35	86	0	101	26	9	32	31	1.88
21039954--21040095	42	3.4	42	88	0	212	22	23	30	22	1.99
21044120--21044186	33	2.0	33	94	0	116	46	7	14	31	1.73
21045544--21045580	19	1.9	19	94	0	65	13	27	32	27	1.94
21045986--21046026	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21047009--21047063	23	2.5	21	82	8	65	23	18	0	58	1.39
21048622--21048670	20	2.5	20	82	0	62	4	24	2	69	1.17
21048661--21048696	16	2.2	17	90	5	56	8	27	0	63	1.23
21049496--21049657	55	2.9	55	88	2	227	22	14	36	27	1.92
21049558--21049645	28	3.2	28	64	15	74	22	14	36	26	1.93
21049571--21049657	28	3.1	28	63	19	65	24	14	36	24	1.93
21050194--21050272	39	2.0	39	100	0	158	22	17	15	44	1.86
21053238--21053336	36	2.8	36	75	6	119	33	18	16	32	1.93
21055005--21055111	52	2.1	52	89	0	160	29	14	13	42	1.83
21055302--21055337	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
21060124--21060223	52	1.9	52	83	0	128	34	18	7	41	1.77
21074499--21074589	46	2.0	46	85	8	123	21	24	35	18	1.96
21074605--21074647	21	2.0	21	82	8	52	11	27	30	30	1.92
21075649--21075721	27	2.6	28	77	14	71	42	0	1	56	1.08
21075806--21075908	51	2.0	51	84	3	136	64	1	2	31	1.19
21077691--21077784	39	2.4	39	96	0	179	26	13	23	36	1.92
21081798--21082045	123	2.0	123	99	0	487	29	14	17	38	1.89
21084889--21084921	15	2.1	17	88	11	52	54	6	0	39	1.25
21101259--21101300	16	2.6	16	96	0	75	35	11	19	33	1.88
21106129--21106365	60	4.0	60	78	6	239	27	15	28	28	1.96
21115199--21115280	37	2.2	37	88	0	137	24	35	9	30	1.88
21115900--21115928	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21116126--21116164	20	2.0	20	89	0	60	41	10	33	15	1.81
21119990--21120471	242	2.0	240	98	0	919	35	19	11	33	1.88
21122425--21122451	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
21122451--21122489	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
21123458--21123487	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
21125093--21125285	60	3.2	60	79	2	217	30	16	26	26	1.97
21138829--21138860	9	3.4	10	87	12	50	0	12	0	87	0.54
21138829--21138864	18	2.1	17	89	5	54	0	11	0	88	0.50
21138816--21138862	10	4.5	10	84	10	67	0	14	0	85	0.61
21142230--21142358	35	3.8	35	76	6	129	27	14	24	32	1.95
21142227--21142415	67	2.8	67	89	0	252	27	14	25	32	1.94
21142265--21142367	32	3.1	32	78	13	136	24	14	28	33	1.94
21147489--21147672	94	2.0	94	90	2	289	33	23	7	35	1.83
21147583--21147742	80	2.0	80	86	4	225	32	23	10	33	1.89
21151197--21151235	15	2.4	17	83	12	55	41	0	0	58	0.98
21154382--21154429	25	1.9	25	100	0	96	39	4	14	41	1.65
21154711--21154748	18	2.1	18	85	9	51	39	2	13	44	1.57
21156324--21156372	16	3.0	16	81	3	62	44	24	12	18	1.84
21161776--21161939	71	2.3	72	83	5	215	23	23	19	32	1.97
21167602--21167661	18	3.4	18	72	4	59	35	10	13	41	1.78
21167562--21167810	35	7.1	35	87	3	315	35	7	12	44	1.70
21167558--21167811	71	3.6	71	86	4	338	36	7	12	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21167555--21167807	142	1.8	138	87	3	380	35	7	12	44	1.70
21170273--21170402	43	3.0	43	87	4	174	24	16	34	24	1.95
21170437--21170490	2	27.0	2	96	0	99	48	0	0	50	1.01
21171977--21172180	73	2.8	73	88	4	286	40	17	20	22	1.92
21173664--21173704	21	2.0	21	85	9	57	68	4	26	0	1.10
21176319--21176619	60	5.0	60	83	4	374	24	31	16	26	1.96
21176319--21176619	121	2.5	119	83	4	365	24	31	16	26	1.96
21177184--21177237	27	2.0	27	85	0	72	0	29	0	70	0.88
21177140--21177312	63	2.7	66	80	9	189	1	32	4	61	1.22
21177247--21177302	20	3.0	19	75	20	55	0	32	3	64	1.11
21177519--21177555	17	2.2	16	90	4	56	2	21	0	75	0.92
21180507--21180559	22	2.4	22	78	12	63	73	5	18	1	1.12
21190769--21190874	43	2.5	43	79	3	115	27	18	33	19	1.96
21191173--21191220	21	2.5	19	83	12	62	39	27	16	16	1.90
21195036--21195114	40	2.0	40	83	11	101	31	12	15	40	1.84
21198735--21198919	73	2.5	73	83	1	219	39	15	20	24	1.91
21210505--21210571	30	2.2	30	75	0	71	31	14	10	43	1.80
21211897--21211928	7	4.6	7	96	0	55	3	21	0	75	0.95
21212873--21212902	14	2.1	14	100	0	60	20	0	13	66	1.24
21213064--21213092	15	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
21212978--21213245	146	1.9	141	89	6	414	45	7	7	39	1.61
21216039--21216065	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21223471--21223581	32	3.3	32	67	13	80	39	24	9	26	1.86
21223457--21223588	67	2.0	68	87	4	196	38	25	9	26	1.87
21224690--21224765	37	2.1	37	94	0	134	42	26	9	22	1.83
21225881--21226029	71	2.1	70	89	1	226	45	14	6	33	1.70
21225881--21226029	35	4.2	36	85	3	196	45	14	6	33	1.70
21240914--21240961	24	2.0	24	84	8	62	2	29	2	66	1.14
21244461--21244498	15	2.5	15	86	0	58	63	0	5	31	1.17
21245195--21245238	22	2.0	22	95	0	79	27	6	18	47	1.73
21250776--21250899	28	4.3	28	78	12	135	39	8	10	41	1.71
21252332--21252372	19	2.1	20	86	4	57	63	7	29	0	1.21
21255124--21255166	17	2.5	17	100	0	86	37	18	16	27	1.92
21255532--21255585	27	2.0	27	100	0	108	33	7	3	55	1.45
21261270--21261302	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
21277901--21277934	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
21288192--21288233	23	1.9	23	85	9	61	73	0	21	4	1.01
21289490--21289561	2	36.0	2	86	5	83	44	1	2	48	1.26
21300556--21300677	34	3.6	33	85	5	154	37	23	9	29	1.86
21301795--21301851	20	2.8	20	100	0	114	38	10	15	35	1.82
21303257--21303282	7	3.7	7	100	0	52	57	0	11	30	1.34
21304767--21304848	33	2.5	33	79	0	83	35	14	9	40	1.79
21304903--21304979	30	2.5	30	78	2	82	44	5	16	33	1.70
21318363--21318391	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325614--21325638	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21325847--21325905	30	2.0	29	90	3	91	35	13	8	42	1.75
21329278--21329306	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21349799--21350081	142	2.0	142	80	4	320	36	10	23	28	1.89
21352885--21352911	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
21366301--21366379	36	2.2	36	90	0	131	26	17	36	18	1.94
21370872--21370921	26	1.9	26	95	0	91	22	14	6	58	1.58
21373117--21373271	70	2.2	70	94	0	265	30	12	25	30	1.93
21375885--21375938	21	2.6	21	93	0	99	18	20	25	35	1.95
21375927--21375994	26	2.6	26	85	0	82	22	13	23	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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