genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062904--24062952	20	2.5	19	93	6	80	81	6	2	10	0.94
24062978--24063169	97	2.0	95	98	1	366	16	8	33	41	1.79
24064261--24064328	24	2.8	23	79	16	75	72	2	5	19	1.19
24064643--24064715	39	1.9	36	86	8	101	42	31	10	15	1.81
24064853--24065024	41	4.1	41	75	9	159	22	13	41	22	1.88
24066118--24066174	18	3.2	18	75	12	55	56	3	1	38	1.27
24070887--24070933	20	2.3	20	92	0	76	44	8	25	21	1.80
24078413--24078786	37	10.1	37	80	5	380	22	14	16	45	1.85
24078456--24078779	146	2.2	146	82	4	393	23	14	17	44	1.85
24078808--24078849	13	3.2	13	83	6	57	80	14	0	4	0.86
24078788--24078849	27	2.2	28	88	2	90	83	12	0	3	0.75
24078787--24078884	15	6.3	15	71	15	74	82	12	0	5	0.82
24078787--24078884	27	4.4	22	73	20	80	82	12	0	5	0.82
24078788--24078861	9	7.9	9	80	14	78	83	10	0	5	0.79
24079467--24079742	85	3.2	85	89	1	410	25	13	37	23	1.92
24079605--24079802	41	4.8	41	72	8	166	23	13	40	22	1.89
24080486--24080513	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24080933--24080975	18	2.4	17	82	17	52	72	0	4	23	1.04
24087348--24087397	27	2.0	24	85	14	66	46	0	0	54	1.00
24087356--24087419	27	2.6	26	81	18	75	48	0	1	50	1.10
24087683--24087716	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
24087792--24087831	16	2.6	16	88	11	57	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24087772--24087868	41	2.4	42	77	6	110	41	2	0	56	1.11
24087795--24087863	21	3.3	21	73	20	65	44	0	0	55	0.99
24088161--24088186	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24088517--24088558	17	2.5	16	85	11	57	19	0	4	76	0.96
24088517--24088559	19	2.4	18	84	7	52	20	0	4	74	1.00
24091158--24091199	21	2.0	21	86	4	59	14	2	11	71	1.24
24101962--24102000	19	2.1	18	85	9	51	43	20	20	15	1.88
24103148--24103211	13	4.8	13	75	17	51	59	1	0	39	1.07
24103160--24103211	26	2.1	25	85	7	70	57	1	0	40	1.10
24107550--24107574	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24117899--24117936	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
24119820--24119880	2	32.5	2	87	12	94	52	0	0	47	1.00
24120394--24120435	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
24122373--24122436	29	2.2	29	86	2	85	29	9	18	42	1.82
24123585--24123609	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24125930--24125983	27	2.0	27	82	7	65	48	5	0	46	1.25
24131205--24131239	15	2.2	16	90	5	54	11	0	22	65	1.24
24132898--24132931	17	2.0	17	88	0	50	61	2	2	32	1.26
24134740--24135018	93	3.0	93	96	0	504	29	15	21	34	1.93
24139503--24139543	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
24153709--24153760	26	2.0	26	96	0	95	21	13	11	53	1.70
24157402--24157501	2	51.5	2	86	5	143	48	2	2	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24157588--24157694	36	3.0	36	87	0	160	24	32	13	29	1.93
24160501--24160547	3	15.7	3	95	0	85	29	0	2	68	1.02
24167344--24167436	38	2.4	39	78	7	91	18	20	13	47	1.82
24171981--24172074	36	2.6	36	94	0	161	20	12	43	23	1.86
24172055--24172149	33	2.6	36	87	9	124	24	15	32	27	1.95
24172089--24172186	36	2.8	36	83	4	103	24	13	34	27	1.93
24172284--24172308	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
24182342--24182367	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
24183736--24183773	19	2.0	19	89	0	58	42	26	0	31	1.56
24184998--24185040	16	2.6	17	86	13	56	0	20	2	76	0.89
24185001--24185041	17	2.4	18	80	19	52	0	19	2	78	0.87
24185231--24185264	17	2.0	17	88	0	50	17	29	5	47	1.71
24185835--24185889	28	2.0	28	89	7	85	60	16	1	21	1.45
24186174--24186240	22	2.8	23	75	16	64	47	4	2	44	1.38
24188949--24188991	22	2.0	22	95	0	77	18	27	2	51	1.59
24198401--24198429	14	2.1	14	93	6	51	55	13	0	31	1.39
24210309--24210333	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24236710--24236747	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24241160--24241189	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
24241587--24241621	17	2.0	18	88	5	54	60	5	5	28	1.43
24241638--24241700	27	2.3	27	86	2	81	52	3	3	41	1.33
24242571--24242599	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24242846--24242890	12	3.4	12	80	19	54	35	0	0	64	0.94
24250818--24250864	5	9.4	5	88	6	60	2	23	0	74	0.93
24250825--24250870	9	4.9	9	82	10	56	0	23	2	73	0.94
24250818--24250864	20	2.4	19	89	7	67	2	23	0	74	0.93
24250818--24250875	20	2.9	18	82	14	53	1	24	1	72	1.03
24252358--24252434	2	38.5	2	83	14	97	44	2	1	50	1.24
24258566--24258598	8	4.1	8	92	0	57	39	0	9	51	1.34
24258596--24258696	2	50.5	2	81	0	76	6	2	36	53	1.43
24258612--24258690	30	2.6	30	97	0	149	8	3	32	54	1.49
24258959--24258989	16	1.9	16	100	0	62	32	0	16	51	1.44
24258951--24258985	8	4.4	8	88	0	52	37	0	11	51	1.38
24259404--24259547	74	1.9	74	84	5	193	43	4	12	38	1.64
24265054--24265196	71	2.0	71	98	0	277	39	8	18	32	1.81
24269144--24269186	21	2.0	21	86	0	59	18	30	6	44	1.76
24273074--24273121	21	2.3	21	92	0	78	33	33	2	31	1.70
24277741--24277785	23	2.0	23	90	0	72	26	13	35	24	1.92
24277790--24277866	24	3.2	24	83	3	111	25	14	31	28	1.95
24277790--24277889	23	4.2	24	78	3	96	25	15	32	28	1.95
24277790--24277889	47	2.1	47	92	0	164	25	15	32	28	1.95
24277764--24277971	105	2.0	105	81	5	242	25	15	31	26	1.96
24277835--24277946	58	1.9	58	81	3	136	27	16	28	26	1.97
24277965--24278222	47	5.5	47	78	0	230	29	20	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24277965--24278222	94	2.7	94	84	0	300	29	20	26	23	1.99
24277974--24278236	141	1.9	141	79	1	303	29	19	26	24	1.99
24278902--24279133	31	7.5	31	91	3	335	28	17	17	37	1.92
24280861--24281015	37	4.2	37	87	4	224	25	36	8	29	1.85
24280861--24281015	73	2.1	74	87	3	224	25	36	8	29	1.85
24281840--24281879	20	2.0	20	95	0	71	37	10	37	15	1.80
24283069--24283329	145	1.8	145	87	3	391	31	20	18	29	1.96
24285472--24285950	118	4.1	118	84	1	597	27	28	20	23	1.99
24285472--24285950	233	2.0	233	85	1	636	27	28	20	23	1.99
24286200--24286233	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
24289771--24289941	31	5.5	31	92	0	288	38	17	16	27	1.91
24292106--24292174	26	2.7	26	78	10	79	33	0	4	62	1.15
24308237--24308386	67	2.3	64	82	5	176	28	22	19	30	1.98
24308273--24308393	64	1.9	64	87	3	181	28	23	19	29	1.98
24311277--24311466	84	2.3	84	79	1	202	27	8	22	41	1.83
24311275--24311465	42	4.5	42	78	2	177	27	9	21	41	1.84
24315400--24315449	2	26.0	2	84	8	59	54	2	0	44	1.11
24315405--24315455	15	3.3	15	83	8	59	54	0	0	45	0.99
24315405--24315448	17	2.6	17	85	0	61	54	0	0	45	0.99
24319708--24319774	32	2.1	32	88	5	100	2	44	22	29	1.67
24319857--24319992	62	2.2	61	80	6	141	11	41	11	35	1.77
24319884--24319999	62	1.9	60	91	3	187	12	40	12	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24324043--24324076	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24326738--24326767	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
24327972--24328025	28	1.9	28	88	0	81	40	16	12	29	1.86
24329322--24329350	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24333996--24334029	17	2.0	17	88	11	52	38	5	52	2	1.41
24334140--24334177	19	2.0	19	89	0	58	5	47	0	47	1.24
24340064--24341187	336	3.3	335	79	4	1061	30	17	22	30	1.96
24341071--24341323	136	1.9	136	83	3	330	27	19	20	33	1.96
24342500--24342580	23	3.6	21	71	19	65	58	12	4	24	1.54
24345611--24345658	25	1.9	25	83	8	62	56	0	6	37	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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