genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21965144--21965270	25	5.1	25	75	3	112	39	24	13	22	1.90
21969879--21969903	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
21975216--21976132	86	10.9	86	84	5	1112	44	6	7	41	1.59
21975216--21976132	246	3.6	246	84	6	1140	44	6	7	41	1.59
21975216--21976132	167	5.4	166	84	6	1032	44	6	7	41	1.59
21992059--21992112	21	2.5	22	84	6	74	29	0	3	66	1.09
21994486--21994551	34	2.0	34	87	3	98	21	12	28	37	1.89
21995385--21995456	20	3.9	20	72	20	75	47	0	1	51	1.09
21996865--21996917	27	2.0	27	92	0	88	26	13	30	30	1.94
22003253--22003537	48	5.9	48	80	4	270	39	16	10	32	1.84
22003253--22003549	98	3.1	96	81	5	287	39	17	11	31	1.85
22011880--22011978	50	2.0	49	82	9	121	29	9	6	55	1.55
22016526--22016565	18	2.2	18	100	0	80	42	0	12	45	1.42
22022171--22022213	16	2.7	16	89	7	61	37	9	0	53	1.33
22032550--22032593	22	2.0	22	86	13	63	11	11	4	72	1.25
22032550--22032607	24	2.4	25	78	21	63	13	10	3	72	1.24
22032463--22032784	131	2.5	131	97	1	610	31	6	3	59	1.38
22032681--22032724	22	2.0	22	86	13	63	11	11	4	72	1.25
22032681--22032738	24	2.4	25	78	21	63	13	10	3	72	1.24
22032795--22032880	41	2.1	41	82	8	104	45	3	0	51	1.18
22032810--22032875	17	3.8	17	80	13	73	46	0	0	53	1.00
22039997--22040145	81	1.8	81	88	0	226	20	13	18	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22041333--22041372	19	2.0	20	90	4	64	32	0	25	42	1.55
22042463--22042487	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22042712--22042943	117	2.0	117	90	3	369	24	21	30	24	1.99
22066602--22066640	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
22066959--22067118	60	2.7	60	85	1	169	20	35	8	35	1.84
22067023--22067121	30	3.3	30	74	5	110	20	33	8	38	1.82
22067013--22067135	60	2.0	60	93	0	210	21	29	8	41	1.81
22067023--22067146	30	4.1	30	72	4	97	21	31	7	39	1.81
22067724--22067752	15	1.9	15	100	0	58	31	6	27	34	1.83
22067968--22068054	34	2.6	32	79	12	95	28	2	1	67	1.10
22068050--22068108	30	2.0	30	86	6	84	33	8	0	57	1.29
22068097--22068135	15	2.7	15	84	4	53	33	0	0	66	0.92
22069557--22069601	21	2.2	20	88	4	63	64	6	0	28	1.19
22070768--22070795	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22070861--22070886	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22070741--22070918	91	2.0	89	93	6	306	34	8	6	49	1.60
22071545--22071731	44	4.3	44	84	2	252	29	12	14	43	1.82
22071545--22071732	88	2.2	88	89	1	281	29	12	14	43	1.82
22081535--22081561	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
22081561--22081612	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
22090651--22090679	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
22091570--22091610	15	2.7	16	88	7	59	70	0	24	4	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22091579--22091634	28	2.0	29	82	3	69	67	5	21	5	1.31
22101302--22101372	31	2.3	31	97	0	133	28	7	9	54	1.59
22101274--22101372	31	3.2	31	86	0	117	30	10	10	49	1.69
22113741--22113783	21	2.0	22	90	4	70	67	0	0	32	0.91
22113741--22113781	10	3.9	10	84	9	55	68	0	0	31	0.90
22119972--22120031	30	2.1	29	81	6	68	30	6	23	40	1.80
22123223--22123268	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
22123271--22123335	23	2.8	23	90	0	103	27	35	7	29	1.85
22126613--22126644	16	2.0	17	88	11	50	18	6	0	75	1.01
22127058--22127165	48	2.2	48	82	6	130	34	12	13	39	1.82
22127310--22127717	48	8.4	48	78	5	367	30	11	15	42	1.82
22127310--22127727	145	2.9	145	81	3	450	30	11	15	42	1.83
22127305--22127718	97	4.3	96	78	4	386	30	11	16	42	1.82
22128709--22128757	23	2.1	24	81	11	57	12	10	6	71	1.30
22131251--22131315	28	2.2	29	83	5	78	44	20	6	29	1.75
22131740--22131764	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22142065--22142108	19	2.4	18	80	3	52	59	2	0	38	1.10
22144808--22144852	15	3.0	15	86	0	63	31	8	28	31	1.88
22157533--22157589	29	2.0	29	96	0	105	38	14	14	33	1.85
22162601--22162699	47	2.1	47	100	0	198	32	26	6	35	1.81
22168857--22168891	15	2.3	15	85	0	52	42	5	2	48	1.41
22169121--22169194	35	2.1	35	85	2	96	25	1	12	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22169472--22169603	61	2.2	61	83	2	158	35	9	3	51	1.52
22171896--22171943	20	2.3	22	85	7	64	41	0	4	54	1.20
22180538--22181308	59	13.1	59	78	5	635	38	16	11	33	1.85
22180538--22181308	117	6.5	118	79	4	608	38	16	11	33	1.85
22181837--22181881	22	2.0	22	87	8	65	28	28	2	40	1.69
22183223--22183283	30	2.0	30	87	6	88	3	4	8	83	0.89
22185120--22185152	15	2.1	16	88	5	50	75	0	15	9	1.03
22187088--22187121	18	1.9	17	88	5	50	8	11	2	76	1.12
22191940--22192002	22	2.9	22	97	0	117	30	3	23	42	1.70
22197537--22197596	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
22211142--22211188	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
22223114--22223182	36	1.9	36	84	0	93	34	20	11	33	1.89
22223114--22223194	36	2.2	36	82	0	90	32	20	11	35	1.88
22224110--22224135	12	2.2	12	100	0	52	50	38	0	11	1.39
22225906--22225977	33	2.2	33	97	0	135	25	19	9	45	1.80
22227869--22227918	21	2.4	21	96	0	91	16	8	46	30	1.75
22234025--22234049	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22236565--22236656	36	2.6	36	87	0	130	31	21	13	33	1.92
22239418--22239456	13	2.8	14	84	11	53	79	7	2	10	1.02
22248296--22248347	25	2.1	25	96	0	95	42	30	0	26	1.56
22252161--22252413	124	2.0	123	87	6	368	39	12	14	33	1.84
22253708--22253742	11	3.2	11	87	0	52	68	2	22	5	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22262587--22262687	24	3.9	24	75	23	98	38	6	53	0	1.35
22262602--22262670	32	2.2	32	92	5	113	42	4	53	0	1.20
22262621--22262670	16	3.1	16	76	0	64	44	4	52	0	1.20
22262587--22262696	56	2.0	54	89	7	168	40	6	52	0	1.33
22262652--22262703	22	2.3	23	83	6	61	42	3	50	3	1.39
22274432--22274461	15	2.0	15	93	0	51	33	6	16	43	1.74
22277412--22277451	12	3.3	12	85	0	53	20	27	5	47	1.70
22279222--22279424	74	2.8	74	78	3	185	41	16	19	22	1.90
22279786--22279817	7	4.6	7	92	0	55	3	0	43	53	1.16
22280883--22280922	18	2.3	17	91	4	62	72	5	22	0	1.04
22287391--22287435	23	2.0	23	86	8	65	48	0	31	20	1.49
22288173--22288345	73	2.4	74	85	1	224	41	17	20	20	1.91
22290968--22291002	14	2.5	14	95	0	61	48	5	5	40	1.51
22291243--22291287	23	1.9	24	81	4	56	40	13	13	33	1.83
22295429--22295468	19	2.0	20	95	4	73	42	27	0	30	1.56
22304780--22304822	22	2.0	22	86	4	61	39	18	11	30	1.86
22311999--22312074	38	2.0	38	84	5	100	30	15	30	23	1.96
22313023--22313051	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22313639--22313722	31	2.7	31	79	3	89	55	8	14	21	1.64
22317817--22317876	25	2.4	25	86	2	77	53	6	3	36	1.44
22320540--22320801	85	3.1	85	88	4	384	40	17	3	37	1.67
22322383--22322505	42	2.9	42	85	2	167	19	20	34	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22332442--22332559	42	2.8	42	83	5	130	19	19	33	27	1.96
22337172--22337240	12	5.2	13	75	13	61	69	1	28	0	0.97
22337208--22337239	15	2.1	15	94	0	55	78	0	21	0	0.76
22337414--22337453	17	2.4	17	87	8	55	77	0	22	0	0.77
22337711--22337747	18	2.2	18	85	9	51	37	2	5	54	1.38
22346687--22346737	21	2.5	21	84	9	61	31	0	7	60	1.25
22355229--22355264	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
22355305--22355506	42	4.8	42	87	0	242	24	30	19	24	1.98
22358848--22358951	2	52.5	2	83	9	106	42	0	7	49	1.31
22358838--22358957	61	2.0	60	100	0	231	38	0	11	49	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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