genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27650943--27650975	17	1.9	17	93	0	57	51	15	9	24	1.72
27652314--27652363	25	2.0	26	92	4	84	68	0	2	30	1.01
27654002--27654026	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27660263--27660330	35	1.9	35	96	0	127	20	13	25	41	1.88
27660920--27660960	19	2.0	20	90	9	66	56	7	9	26	1.58
27661376--27661442	27	2.4	28	79	18	77	49	2	4	43	1.38
27673083--27673132	23	2.2	23	88	0	73	30	10	22	38	1.86
27675378--27675548	95	1.8	94	83	6	231	40	5	32	20	1.76
27676841--27677015	48	3.5	48	72	13	165	27	12	21	38	1.90
27677022--27677053	15	2.1	15	94	0	55	31	12	15	40	1.85
27676841--27677094	102	2.5	103	85	0	330	27	13	21	37	1.91
27677624--27677683	30	2.0	30	100	0	120	23	16	30	30	1.96
27678322--27678755	111	3.8	111	82	7	516	17	11	25	44	1.83
27678543--27678795	119	2.1	119	85	2	341	18	11	25	43	1.84
27678322--27678755	228	1.9	223	85	8	592	17	11	25	44	1.83
27678543--27678827	119	2.4	118	84	2	340	17	12	25	43	1.84
27686858--27686919	26	2.5	24	80	14	72	59	6	12	20	1.55
27686865--27686917	26	2.0	26	88	0	79	58	7	13	20	1.59
27688537--27688583	24	2.0	24	95	0	85	25	23	17	34	1.96
27688708--27688753	24	1.9	24	90	0	74	30	15	47	6	1.70
27690598--27690649	23	2.3	23	86	0	68	38	28	13	19	1.89
27692739--27692771	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27692913--27693083	59	2.9	57	82	6	218	38	12	7	40	1.72
27692913--27693080	29	5.8	28	83	7	192	38	13	7	40	1.73
27700588--27702390	252	7.2	252	82	2	1793	47	5	12	34	1.65
27700586--27702395	756	2.4	752	82	4	2109	47	5	12	34	1.65
27702205--27702706	258	1.9	261	83	6	651	44	3	8	43	1.52
27714032--27714109	4	19.8	4	78	12	72	48	21	2	26	1.63
27715186--27715214	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
27722593--27722629	3	12.3	3	94	0	65	32	2	32	32	1.72
27735131--27735167	19	1.9	19	94	0	65	40	29	2	27	1.70
27743060--27743099	17	2.5	17	88	8	57	27	0	7	65	1.20
27744426--27744475	21	2.4	21	86	10	75	56	12	8	24	1.62
27770622--27770731	53	2.0	55	84	10	147	36	10	17	35	1.85
27770622--27770748	53	2.4	54	80	10	136	34	10	18	37	1.84
27777264--27777313	2	25.0	2	95	0	91	50	2	0	48	1.12
27782262--27782303	19	2.2	19	91	8	68	59	0	0	40	0.97
27782421--27782482	26	2.6	23	87	10	81	46	1	1	50	1.20
27782375--27782575	92	2.2	90	81	11	227	53	1	1	42	1.21
27782411--27782489	22	3.4	22	75	14	77	53	2	1	43	1.22
27787716--27787757	21	2.0	21	85	0	57	33	21	7	38	1.81
27806787--27806875	35	2.6	34	81	13	85	22	8	1	67	1.25
27806946--27806993	17	2.5	20	80	16	57	29	2	0	68	1.01
27806952--27807001	17	2.9	17	85	11	59	30	2	0	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27809000--27809525	77	6.9	76	84	5	641	42	20	14	22	1.88
27809000--27809525	38	13.8	38	85	4	641	42	20	14	22	1.88
27816865--27816896	14	2.3	14	100	0	64	31	21	18	28	1.97
27821328--27821399	10	6.4	11	73	23	53	23	4	0	72	1.02
27821323--27821363	22	1.9	21	90	5	64	17	0	2	80	0.82
27821331--27821400	19	3.7	20	68	21	60	24	4	0	71	1.04
27821497--27821570	13	5.3	14	73	20	66	25	1	0	72	0.92
27821496--27821551	17	3.4	16	79	20	62	26	1	0	71	0.96
27821521--27821568	8	5.9	8	79	11	53	27	0	0	72	0.84
27821502--27821567	17	4.1	15	79	11	69	27	1	0	71	0.95
27821826--27821889	13	4.9	13	76	14	60	21	7	0	70	1.12
27828162--27828285	62	2.0	62	98	0	239	25	23	16	35	1.95
27836623--27836662	21	1.9	21	100	0	80	20	10	30	40	1.85
27838877--27838920	22	2.0	22	82	8	54	27	13	18	40	1.88
27841094--27841155	30	2.1	30	87	0	88	50	8	12	29	1.69
27841981--27842017	18	2.0	20	84	10	51	35	16	2	45	1.61
27846341--27846367	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
27865174--27865198	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
27868223--27868274	23	2.2	23	86	10	70	63	3	9	23	1.41
27874905--27874941	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
27880257--27880303	23	2.0	23	95	0	85	63	8	8	19	1.48
27880264--27880313	23	2.2	23	81	0	55	70	6	12	12	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27888887--27888938	12	4.0	13	80	12	54	53	0	0	46	1.00
27889356--27889545	101	1.9	101	92	0	317	32	17	16	33	1.93
27894194--27894372	90	2.0	90	82	4	218	26	8	18	46	1.78
27894619--27894690	28	2.6	28	84	0	99	34	16	18	30	1.93
27894619--27894704	28	3.1	28	83	3	93	36	13	19	30	1.91
27899329--27899392	29	2.2	29	88	2	94	46	18	4	29	1.69
27907762--27907813	28	1.9	27	84	7	70	26	21	21	30	1.98
27907867--27907904	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
27915227--27915255	14	2.0	15	93	6	51	13	31	0	55	1.39
27915250--27915420	86	2.0	86	97	0	324	39	32	10	18	1.84
27932462--27932499	19	2.0	19	89	0	58	28	2	26	42	1.69
27932679--27932732	28	2.0	28	88	3	83	31	25	22	20	1.98
27933874--27933898	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27935198--27935433	119	2.0	119	93	0	400	35	8	14	41	1.76
27943776--27943832	4	14.8	4	74	7	55	0	29	0	70	0.88
27943776--27943838	8	8.0	8	82	7	76	0	31	1	66	1.01
27952084--27952129	22	2.1	22	88	8	67	52	15	6	26	1.67
27957756--27957818	2	31.5	2	76	12	58	42	6	1	47	1.38
27958055--27958100	23	2.0	23	86	4	65	69	2	8	19	1.25
27958050--27958100	24	2.2	23	82	6	68	72	1	7	17	1.18
27962836--27962968	34	3.9	33	81	3	131	20	13	26	39	1.89
27962836--27962968	68	2.0	67	83	4	169	20	13	26	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963130--27963189	29	2.0	30	83	3	77	40	8	11	40	1.72
27964810--27964872	14	4.2	15	75	18	60	23	1	0	74	0.90
27964810--27964870	22	2.8	22	77	18	56	24	1	0	73	0.92
27965014--27965068	9	6.2	9	74	19	53	23	3	0	72	1.00
27965015--27965068	17	3.1	17	78	21	58	24	3	0	72	1.01
27965025--27965080	25	2.2	25	84	12	71	25	5	0	69	1.09
27965011--27965125	35	3.5	33	78	11	94	20	7	0	71	1.11
27965079--27965113	18	2.0	18	88	5	54	11	8	0	80	0.92
27965933--27966334	212	1.9	212	89	1	617	12	34	24	28	1.92
27965933--27966334	106	3.8	106	85	3	531	12	34	24	28	1.92
27966912--27966948	17	2.4	16	86	13	51	10	5	27	56	1.55
27967343--27967646	158	1.9	158	87	1	448	40	21	6	30	1.79
27968975--27968999	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
27981635--27981659	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
27982675--27982717	12	3.6	12	82	17	54	83	0	6	9	0.80
27982678--27982724	17	2.7	17	81	18	53	80	0	6	12	0.88
27982683--27982719	16	2.3	16	90	9	58	83	0	8	8	0.80
27982807--27982857	2	25.5	2	100	0	102	49	0	50	0	1.00
27982921--27982962	2	21.0	2	95	0	75	47	0	52	0	1.00
27986383--27986415	17	1.9	17	93	0	57	27	0	24	48	1.51
27987252--27987313	29	2.3	25	75	22	63	43	14	1	40	1.55
27987916--27987983	19	3.9	18	73	23	65	42	5	7	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27988405--27988448	21	2.2	20	84	12	54	56	0	27	15	1.40
27988599--27988706	44	2.5	44	92	0	171	32	13	14	38	1.86
27989609--27989650	17	2.4	18	84	11	52	40	16	9	33	1.81
27992561--27992603	18	2.3	19	80	4	52	18	9	4	67	1.36
27996449--27996477	13	2.1	14	93	6	51	72	0	6	20	1.07
28000677--28000748	37	1.9	37	94	0	126	34	9	0	55	1.33
28001122--28001320	111	1.8	109	80	4	238	31	6	15	46	1.70
28002594--28002654	31	2.0	31	87	6	88	9	6	36	47	1.63
28003882--28003921	19	2.0	20	90	4	64	27	2	27	42	1.68
28006248--28006285	20	1.9	20	94	0	67	28	7	13	50	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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