genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8465898--8465993	16	6.1	16	81	11	110	46	2	2	48	1.25
8465876--8465992	46	2.5	46	93	2	173	47	1	2	47	1.25
8466705--8466783	22	3.7	22	68	17	60	54	2	0	43	1.14
8466915--8466948	16	2.1	16	94	0	59	58	2	0	38	1.13
8466953--8467010	27	2.1	27	81	6	64	56	3	1	37	1.26
8467060--8467272	117	1.8	115	88	4	329	53	2	2	42	1.26
8467587--8467681	39	2.5	38	88	6	138	34	23	11	30	1.90
8477082--8477132	22	2.5	20	81	12	66	17	0	13	68	1.21
8477082--8477131	11	4.7	11	79	13	52	18	0	14	68	1.22
8493809--8493873	3	22.0	3	77	3	60	64	0	30	4	1.14
8493735--8493873	9	15.6	9	68	10	79	59	1	34	4	1.26
8493743--8493859	15	8.1	13	70	21	65	56	1	37	4	1.29
8494738--8494832	3	32.3	3	72	8	79	62	1	34	2	1.14
8498231--8498270	21	1.9	21	84	0	53	32	20	30	17	1.95
8500826--8500987	76	2.1	76	91	0	261	35	8	15	40	1.78
8500868--8500983	38	3.1	37	63	18	85	36	9	13	40	1.78
8502315--8502341	12	2.2	12	100	0	54	44	7	14	33	1.73
8504411--8504442	16	2.0	16	100	0	64	56	18	12	12	1.67
8505388--8505439	25	2.2	24	83	13	63	63	13	3	19	1.44
8509163--8509219	29	2.0	29	85	0	78	43	10	29	15	1.80
8509480--8509581	35	2.9	35	82	0	123	19	11	18	50	1.78
8509776--8509817	15	2.9	15	85	3	50	33	21	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8509813--8509855	15	2.9	15	85	0	59	34	11	16	37	1.85
8509798--8509854	30	1.9	30	85	0	78	35	15	15	33	1.90
8512174--8512389	72	3.0	72	81	6	231	33	14	22	29	1.94
8527312--8527493	68	2.7	68	83	5	233	38	10	15	34	1.83
8528274--8528458	67	2.8	67	80	3	185	28	12	24	34	1.92
8528723--8528883	65	2.4	67	83	5	193	36	10	18	34	1.85
8529001--8529069	31	2.2	31	81	0	84	31	23	26	18	1.97
8543531--8543589	2	29.5	2	85	0	82	42	0	6	50	1.28
8543471--8543605	44	3.3	40	79	14	134	36	7	7	48	1.59
8543535--8543597	20	3.2	20	95	0	108	39	0	9	50	1.35
8543531--8543597	24	2.8	24	97	0	125	40	0	8	50	1.34
8544125--8544164	19	2.1	19	90	0	62	47	0	0	52	1.00
8548098--8548236	2	70.5	2	83	8	160	47	1	0	49	1.15
8548320--8548410	33	2.6	35	86	5	114	30	37	10	20	1.88
8548390--8548452	31	2.1	31	90	3	101	28	47	11	12	1.76
8550469--8550571	38	2.6	40	86	3	138	20	39	17	22	1.92
8550690--8550726	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
8550726--8550764	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8554586--8554639	26	2.1	26	82	0	63	25	14	12	46	1.81
8555288--8555336	2	24.5	2	93	0	71	53	2	0	44	1.12
8566106--8566165	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
8572131--8572250	37	3.2	38	86	6	158	29	8	38	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8576954--8577007	24	2.2	24	100	0	108	11	22	11	55	1.66
8577524--8577566	20	2.2	20	83	8	52	67	9	2	20	1.30
8577533--8577580	19	2.5	21	83	16	68	66	12	0	20	1.24
8583136--8583187	19	2.7	19	93	0	86	55	0	0	44	0.99
8583170--8583199	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
8583142--8583206	19	3.7	18	72	19	57	50	0	0	49	1.00
8591133--8591179	19	2.6	19	83	9	55	65	6	4	23	1.33
8597490--8597593	35	3.0	35	89	0	154	29	28	10	30	1.90
8597533--8597606	35	2.1	35	89	0	112	28	37	6	27	1.82
8598858--8598899	19	2.2	19	95	0	75	40	9	33	16	1.81
8599299--8599355	17	3.3	16	75	15	51	50	1	0	47	1.11
8602371--8602419	24	2.0	24	92	0	80	40	14	10	34	1.79
8604698--8604832	43	3.1	43	86	4	157	24	19	33	22	1.97
8604751--8604859	43	2.5	43	90	0	164	25	21	33	20	1.97
8604858--8604920	20	3.2	20	86	2	92	25	4	39	30	1.76
8607632--8607673	21	2.0	21	100	0	84	19	23	19	38	1.93
8615697--8615739	20	2.1	21	86	4	61	27	25	9	37	1.87
8626155--8626345	75	2.5	75	84	0	238	30	22	21	25	1.99
8626306--8626439	73	1.9	71	84	6	180	28	26	22	22	1.99
8626603--8626712	36	3.1	36	74	7	91	28	34	12	24	1.92
8627381--8627427	5	9.4	5	79	6	51	74	2	21	2	1.03
8627381--8627421	14	2.8	15	88	3	57	75	2	21	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8627391--8627427	19	1.9	19	89	10	58	72	2	21	2	1.09
8634929--8635109	66	2.8	64	80	6	204	26	17	19	35	1.94
8635621--8635660	21	2.0	21	85	5	55	45	0	7	47	1.31
8647124--8647183	23	2.6	23	94	0	102	33	41	1	23	1.64
8652209--8652243	18	1.9	18	88	0	52	5	2	60	31	1.35
8652405--8652485	2	40.5	2	81	16	89	44	0	49	3	1.20
8654130--8654201	35	2.1	34	94	2	126	38	11	15	34	1.83
8658710--8658750	21	2.0	21	90	0	64	26	7	19	46	1.76
8663010--8663127	42	2.8	43	83	5	150	22	19	38	20	1.94
8670360--8670431	36	2.0	35	86	7	101	33	5	29	31	1.80
8672435--8672791	60	5.9	60	87	1	455	23	30	19	27	1.98
8673970--8674012	20	2.3	18	84	15	52	2	27	0	69	1.00
8673957--8674013	23	2.6	22	76	17	64	1	28	0	70	0.98
8674113--8674146	15	2.3	15	89	0	50	2	29	0	67	1.05
8681160--8681455	60	4.9	60	83	3	346	26	31	15	26	1.96
8683422--8683456	17	2.1	17	89	10	54	11	37	20	31	1.88
8691873--8691928	28	1.9	30	82	7	71	25	14	26	33	1.94
8693071--8693095	12	2.1	12	100	0	50	8	16	8	68	1.38
8695029--8695135	43	2.5	43	84	0	142	27	20	32	19	1.97
8697010--8697079	35	2.0	34	83	2	86	32	27	11	28	1.91
8700144--8700320	74	2.3	75	79	3	203	22	12	38	25	1.89
8700283--8700421	33	4.1	33	83	2	170	22	11	37	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8700260--8700422	33	4.5	36	74	16	115	22	11	38	27	1.89
8706648--8706772	42	3.0	41	88	4	178	21	32	23	22	1.98
8708236--8708265	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
8710574--8710607	16	2.1	16	94	0	59	29	14	11	44	1.81
8715910--8715964	20	2.8	20	81	10	69	47	1	5	45	1.36
8717608--8717821	91	2.4	91	90	4	333	29	20	17	32	1.95
8721900--8721993	36	2.6	36	87	0	134	21	15	38	24	1.92
8721910--8722005	36	2.7	36	86	0	129	21	17	38	21	1.93
8727352--8727376	12	2.1	12	100	0	50	8	0	40	52	1.31
8727354--8727380	14	1.9	14	100	0	54	7	0	40	51	1.30
8727405--8727588	42	4.4	42	88	0	251	23	22	32	21	1.98
8728814--8729022	42	5.0	42	85	3	170	23	31	21	23	1.98
8728814--8729022	84	2.5	84	83	1	258	23	31	21	23	1.98
8733561--8733693	42	3.2	42	85	0	176	24	30	23	22	1.99
8739403--8739447	21	2.1	21	87	0	63	22	31	15	31	1.95
8759854--8759954	36	2.8	36	86	0	139	19	17	39	22	1.92
8761370--8761410	19	2.2	19	95	0	73	21	17	29	31	1.96
8761859--8761888	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
8761929--8762047	42	2.8	42	85	2	159	22	31	20	26	1.98
8764864--8764893	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
8771860--8771899	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8771924--8772047	42	3.0	42	81	0	140	23	20	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8776663--8776710	21	2.3	20	79	10	60	14	22	6	56	1.61
8776668--8776708	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
8782545--8782583	19	2.1	18	85	9	51	5	23	7	64	1.40
8790585--8790644	28	2.1	29	84	6	77	40	18	10	31	1.84
8796461--8796499	14	2.7	15	88	4	53	0	23	2	74	0.94
8796455--8796501	5	9.4	5	79	6	51	2	21	2	74	1.03
8796455--8796491	18	1.9	19	89	10	58	2	21	2	72	1.09
8797362--8797449	36	2.5	36	88	1	124	21	17	37	23	1.94
8817415--8817593	43	4.2	43	84	2	209	27	18	32	21	1.97
8817428--8817591	86	1.9	86	88	2	249	26	18	32	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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