genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7725464--7725497	6	5.7	6	92	0	50	79	0	5	14	0.91
7732956--7733077	64	1.9	65	86	5	176	31	13	20	34	1.92
7733057--7733133	28	2.8	28	83	0	100	29	14	19	36	1.91
7732955--7733106	64	2.4	63	80	8	164	31	13	19	34	1.91
7738008--7738049	16	2.4	18	81	18	54	26	2	11	59	1.45
7740291--7740323	13	2.6	13	85	4	50	18	12	0	69	1.18
7747882--7747966	41	2.1	41	90	0	134	41	7	4	47	1.52
7753168--7753213	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
7761181--7761226	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
7763899--7763933	15	2.3	15	95	0	61	51	17	11	20	1.75
7764685--7764722	20	2.0	20	89	5	60	21	23	15	39	1.92
7776465--7776520	15	3.7	15	85	2	76	1	30	0	67	1.01
7776982--7777119	73	1.9	73	86	3	197	42	21	17	19	1.90
7776982--7777149	73	2.3	73	81	8	191	42	20	18	17	1.89
7780452--7780503	21	2.5	21	93	0	86	30	21	26	21	1.98
7789940--7789964	11	2.3	11	100	0	50	24	12	32	32	1.91
7791497--7791540	22	2.0	22	86	8	63	40	6	20	31	1.79
7792215--7792380	41	4.1	41	90	6	259	24	13	35	26	1.93
7792444--7792488	2	22.0	2	90	4	72	46	2	0	51	1.13
7801370--7801468	19	5.1	19	64	9	56	22	38	16	23	1.93
7821757--7821813	29	2.0	29	92	0	96	43	5	31	19	1.73
7822044--7822166	35	3.5	35	77	4	124	16	19	19	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7826294--7826321	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
7827913--7827951	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
7831745--7831864	25	4.8	25	84	0	114	19	10	25	44	1.83
7835382--7835506	47	2.7	47	88	0	160	33	13	20	32	1.92
7835596--7835867	83	3.3	83	81	1	276	24	10	25	39	1.87
7836085--7836127	16	2.7	16	77	0	50	25	18	25	30	1.98
7836141--7836198	23	2.5	23	82	0	80	18	12	25	43	1.85
7839699--7839744	19	2.4	19	82	10	58	4	19	2	73	1.10
7840885--7840914	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7841025--7841171	41	3.6	41	77	11	160	22	16	36	25	1.94
7841144--7841248	54	1.9	55	90	1	167	18	13	46	21	1.83
7843500--7843542	2	21.5	2	80	0	50	44	6	2	46	1.43
7845503--7845585	42	2.0	42	92	0	139	19	24	34	21	1.96
7846262--7846298	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
7855041--7855087	2	24.0	2	93	4	78	51	2	0	46	1.13
7855128--7855293	42	3.9	42	87	2	226	23	33	21	21	1.97
7857195--7857287	43	2.2	43	92	0	150	27	33	13	24	1.94
7858062--7858103	22	2.0	21	85	4	57	52	9	26	11	1.68
7858716--7859170	23	19.8	23	73	5	310	22	12	23	40	1.89
7858716--7859170	69	6.6	69	76	8	399	22	12	23	40	1.89
7864368--7864401	15	2.3	15	89	0	50	29	14	26	29	1.95
7864398--7864482	42	2.0	42	84	4	109	31	17	16	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7865411--7865544	44	3.0	44	81	6	128	43	29	8	18	1.79
7865454--7865522	22	3.1	22	74	0	75	40	34	7	17	1.77
7865465--7865545	22	3.7	22	81	0	81	39	30	11	18	1.86
7870361--7870401	21	2.0	21	100	0	82	39	14	19	26	1.90
7877715--7877751	19	2.1	19	85	14	53	59	13	18	8	1.58
7881484--7881579	32	3.0	32	100	0	192	31	12	25	31	1.92
7895513--7895552	19	2.0	20	95	4	73	30	0	27	42	1.56
7896823--7896847	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7897068--7897302	117	2.0	117	92	0	389	22	19	33	24	1.97
7903286--7903473	65	3.0	63	83	3	223	47	19	6	26	1.73
7904643--7904713	34	2.1	34	94	0	124	43	8	16	30	1.78
7908169--7908229	31	1.9	32	87	9	90	27	19	11	40	1.86
7908680--7908966	122	2.3	122	83	5	355	31	18	14	35	1.91
7925332--7925409	24	3.3	23	89	8	95	58	7	3	29	1.43
7925347--7925411	24	2.7	24	100	0	130	58	4	4	32	1.39
7929536--7929560	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7933614--7933665	28	1.9	27	84	7	70	26	19	21	32	1.97
7934872--7934898	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
7949035--7949071	18	2.1	18	100	0	74	40	5	16	37	1.71
7951992--7952115	43	2.9	42	80	6	133	24	33	14	27	1.94
7953382--7953446	18	3.7	17	75	6	60	20	15	20	44	1.86
7953469--7953547	26	3.1	26	67	10	72	35	15	7	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7954685--7954716	13	2.6	13	85	14	50	56	6	18	18	1.62
7959123--7959154	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
7966550--7967222	229	3.0	227	83	4	790	41	6	7	44	1.61
7987267--7987303	16	2.4	16	90	4	58	40	0	10	48	1.38
7988433--7988470	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
7988544--7988598	29	1.9	28	85	3	74	41	3	20	34	1.69
7988634--7988700	30	2.3	30	82	5	75	28	4	20	46	1.70
7991047--7991087	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
7991043--7991088	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
7991123--7991155	5	6.8	5	93	6	59	39	0	21	39	1.53
7991123--7991155	14	2.3	15	94	5	59	39	0	21	39	1.53
7991124--7991163	19	2.1	19	90	0	62	35	5	22	37	1.76
7994948--7994972	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8003891--8003928	5	7.6	5	90	0	58	39	21	0	39	1.53
8003959--8003997	11	3.5	11	89	0	60	51	15	0	33	1.44
8009396--8009433	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
8010913--8010961	25	2.0	25	87	0	71	16	20	16	46	1.83
8010952--8010994	22	2.0	22	86	8	63	11	16	0	72	1.13
8011050--8011119	22	3.2	22	93	0	122	10	44	11	34	1.74
8011039--8011119	44	1.9	41	90	7	126	9	44	12	33	1.75
8011256--8011348	35	2.7	35	93	1	152	31	19	16	33	1.94
8012865--8013226	95	3.8	95	87	2	489	49	4	24	21	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8021341--8021378	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8027891--8027950	20	3.0	20	80	7	70	53	0	6	40	1.27
8032993--8033052	20	3.0	20	85	7	79	55	0	5	40	1.22
8032993--8033086	20	4.5	21	73	15	63	52	1	3	43	1.24
8038533--8038593	25	2.4	25	97	0	113	40	0	27	31	1.57
8041913--8041973	26	2.3	28	80	11	74	32	24	27	14	1.95
8041906--8041972	26	2.5	26	78	9	73	29	22	29	17	1.97
8042383--8042422	15	2.7	14	84	7	53	17	25	2	55	1.55
8044556--8044601	2	23.0	2	86	0	56	0	41	4	54	1.20
8045382--8046579	595	2.0	596	90	1	1866	28	14	19	37	1.91
8049574--8049627	29	2.0	28	92	7	85	61	1	0	35	1.07
8051813--8051843	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
8062750--8062817	2	33.5	2	97	2	127	50	1	0	48	1.10
8064920--8065084	77	2.1	77	92	0	267	39	14	7	38	1.74
8073283--8073323	22	1.9	22	85	14	59	48	9	4	36	1.58
8091681--8091713	17	1.9	17	88	11	50	66	18	3	12	1.36
8091868--8091922	18	3.1	18	74	10	58	49	20	7	23	1.74
8100979--8101023	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
8101023--8101047	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8102562--8102609	23	2.1	23	96	0	87	18	22	12	45	1.83
8103123--8103164	22	1.9	22	85	0	57	26	9	19	45	1.80
8103154--8103202	21	2.3	21	82	0	62	22	10	24	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8103212--8103329	22	5.1	23	81	8	125	24	11	28	35	1.90
8103297--8103348	23	2.3	23	89	0	77	25	7	30	36	1.84
8117549--8117615	28	2.4	27	80	11	73	46	17	7	28	1.75
8124901--8126124	611	2.0	610	89	1	1846	35	13	16	34	1.88
8135704--8135958	129	2.0	129	85	1	350	29	10	25	34	1.89
8136087--8136134	22	2.2	21	82	7	60	18	12	25	43	1.85
8137832--8137931	39	2.6	39	84	3	123	40	24	8	28	1.83
8138301--8138355	22	2.6	21	80	11	58	5	25	3	65	1.31
8142009--8142159	73	2.1	72	96	1	275	32	6	15	45	1.72
8145381--8145427	3	16.0	3	78	12	53	29	2	0	68	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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