genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21383028--21383298	110	2.4	111	88	2	375	43	28	11	16	1.83
21384582--21384739	48	3.5	46	75	13	157	37	23	12	26	1.90
21384582--21384649	22	2.8	25	71	15	79	41	23	11	23	1.87
21384567--21384730	88	1.9	87	90	1	265	36	23	13	26	1.92
21386635--21386769	45	2.9	45	73	13	121	34	8	22	34	1.85
21388986--21389036	25	2.0	26	81	11	61	50	0	1	47	1.12
21392898--21392928	16	1.9	16	93	0	53	6	9	9	74	1.23
21394209--21394283	33	2.4	30	82	13	80	49	2	0	48	1.15
21399449--21399473	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
21399842--21399891	20	2.4	22	86	10	77	52	0	2	46	1.12
21409200--21409235	17	2.1	17	90	10	56	80	0	0	19	0.71
21411092--21411202	39	2.8	39	86	0	141	40	19	16	23	1.91
21411182--21411234	21	2.5	21	81	3	61	28	28	18	24	1.98
21411550--21411681	43	3.1	43	74	2	122	21	36	18	23	1.95
21415959--21416129	88	1.9	89	84	1	227	35	20	12	32	1.90
21417653--21417699	21	2.2	21	88	7	69	36	25	19	19	1.95
21417739--21417792	21	2.6	21	96	0	99	42	22	16	18	1.89
21418992--21419019	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
21420612--21420705	10	10.3	9	84	12	61	44	0	0	55	0.99
21420624--21420707	2	44.5	2	88	11	133	46	0	0	53	1.00
21421271--21421320	21	2.3	22	86	10	68	44	12	6	38	1.66
21421575--21421682	35	3.1	35	85	2	128	30	31	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21421615--21421693	35	2.3	35	88	0	113	29	35	5	30	1.79
21423314--21423347	4	8.5	4	100	0	68	50	23	0	26	1.50
21431263--21431325	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
21431324--21431442	43	2.8	43	88	2	159	21	37	19	21	1.94
21434313--21434691	192	2.0	192	94	1	661	29	13	17	40	1.87
21435190--21435318	63	2.0	63	95	2	233	29	13	16	41	1.86
21435516--21435570	21	2.6	21	76	0	56	27	14	14	43	1.84
21436047--21436076	14	2.1	14	93	0	51	70	6	0	23	1.11
21440679--21440738	23	2.6	23	89	0	84	30	43	5	21	1.74
21454008--21454535	269	2.0	268	88	3	787	33	8	7	51	1.60
21454599--21454854	127	2.0	127	88	0	377	42	11	7	39	1.69
21456268--21456311	17	2.7	17	82	10	56	11	9	2	77	1.08
21456266--21456326	17	3.8	16	76	8	52	18	6	1	73	1.12
21459985--21460043	26	2.2	28	82	11	70	32	20	30	16	1.95
21460041--21460104	27	2.4	26	76	5	65	25	29	28	17	1.97
21465773--21465813	21	2.0	21	100	0	82	41	29	9	19	1.83
21468204--21468243	3	13.7	3	94	5	73	70	0	0	30	0.88
21495769--21495872	40	2.7	40	80	7	124	24	15	39	21	1.91
21495769--21495868	38	2.6	39	80	7	114	23	15	41	21	1.90
21499252--21499357	54	1.9	55	94	3	180	60	9	17	11	1.56
21500324--21500476	43	3.6	43	86	1	209	24	18	35	21	1.96
21500475--21500517	20	2.2	20	100	0	86	25	4	39	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21504036--21504074	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
21510088--21510225	35	4.0	35	70	12	108	36	27	8	26	1.86
21510616--21510818	74	2.8	73	81	4	203	23	23	14	38	1.92
21519291--21519345	23	2.4	23	87	6	76	0	29	0	70	0.87
21526410--21526542	35	3.9	35	73	5	119	35	27	12	24	1.92
21526447--21526547	32	3.1	31	71	13	94	39	24	11	23	1.89
21526412--21526547	67	2.0	67	92	0	227	36	26	12	24	1.91
21535049--21535147	19	5.1	19	64	9	56	22	16	39	22	1.92
21535045--21535147	38	2.6	40	81	3	129	21	15	39	23	1.91
21552329--21552362	9	3.8	9	96	0	59	0	41	0	58	0.98
21552329--21552362	3	11.3	3	87	0	50	0	41	0	58	0.98
21566548--21566655	35	3.0	36	82	10	134	27	36	13	22	1.92
21570668--21570722	25	2.2	25	78	15	60	14	23	14	47	1.81
21570739--21570788	5	9.8	5	91	4	82	0	22	0	78	0.76
21572933--21572957	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21579960--21580032	25	2.9	25	82	8	85	56	4	1	38	1.27
21579986--21580043	25	2.3	25	82	5	64	56	5	1	36	1.32
21580219--21580279	22	2.7	22	84	5	68	42	3	0	54	1.17
21586536--21586582	21	2.3	20	85	7	67	34	6	10	48	1.63
21586543--21586592	21	2.4	21	89	0	82	32	8	14	46	1.73
21589516--21589550	17	2.0	18	88	5	54	62	0	2	34	1.10
21601537--21601612	25	3.0	26	94	3	129	15	34	7	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21603329--21603465	52	2.6	52	100	0	274	50	12	9	27	1.71
21603614--21603698	34	2.5	33	84	7	116	40	22	10	27	1.87
21605009--21605051	18	2.3	19	81	18	54	30	0	2	67	1.03
21605010--21605065	17	3.1	18	79	10	60	39	0	1	58	1.08
21618951--21618990	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
21619599--21619673	4	18.8	4	88	0	87	40	0	9	50	1.35
21619599--21619705	12	8.9	12	85	0	124	37	1	12	48	1.51
21619611--21619709	24	4.1	24	93	0	162	35	2	14	48	1.55
21619603--21619709	8	13.4	8	87	0	133	36	1	13	48	1.53
21625781--21625948	73	2.5	62	70	20	147	44	11	18	25	1.83
21625818--21625960	73	2.0	73	98	0	277	43	11	17	27	1.83
21626697--21626861	31	5.4	31	77	6	149	37	12	19	30	1.88
21633022--21633232	54	3.9	54	90	3	318	25	41	13	20	1.88
21633340--21633389	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
21637604--21637762	54	2.9	54	97	0	291	18	14	42	25	1.88
21640699--21640731	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
21640731--21640767	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
21640805--21640837	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
21640837--21640873	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
21640670--21640873	106	1.9	105	100	0	399	29	4	24	40	1.76
21643792--21643910	42	2.9	41	88	2	157	23	19	31	26	1.98
21643951--21643995	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21645409--21645437	15	1.9	15	100	0	58	72	0	20	6	1.07
21645701--21645766	18	3.6	18	75	21	57	68	0	22	9	1.18
21645933--21646041	35	3.1	34	90	3	164	37	2	24	34	1.70
21645962--21646068	34	3.1	34	85	7	103	39	5	25	29	1.78
21647457--21647665	54	3.9	54	86	5	289	20	14	40	24	1.90
21647461--21647595	29	5.0	28	65	18	88	20	14	42	23	1.88
21648511--21648559	8	6.4	8	79	13	50	0	12	2	85	0.68
21648514--21648557	9	4.8	9	86	13	63	0	9	2	88	0.59
21654155--21654367	54	3.9	54	89	0	327	23	39	14	22	1.91
21655599--21655654	9	5.9	10	76	19	66	0	17	1	80	0.80
21655599--21655663	19	3.5	19	76	21	66	0	20	1	78	0.83
21655601--21655663	16	3.7	16	78	16	56	0	19	1	79	0.82
21655599--21655654	25	2.2	25	78	12	62	0	17	1	80	0.80
21655768--21655864	34	2.8	35	83	9	126	27	21	6	44	1.76
21656929--21656970	14	3.0	14	79	6	50	42	2	0	54	1.13
21658460--21658508	16	2.9	16	81	6	53	30	0	6	63	1.19
21665767--21665857	42	2.1	43	87	2	130	26	15	32	25	1.95
21665889--21665913	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21665913--21666041	2	64.5	2	95	0	132	10	0	39	49	1.36
21668343--21668382	21	2.0	20	90	5	62	37	10	15	37	1.80
21668510--21668553	16	2.6	18	75	14	56	72	4	4	18	1.19
21680506--21680668	82	2.0	81	100	0	317	22	26	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21680827--21680870	17	2.6	17	86	10	56	0	22	0	77	0.77
21680824--21680869	18	2.4	21	79	17	55	0	23	0	76	0.79
21680827--21680870	19	2.4	17	82	14	52	0	22	0	77	0.77
21680991--21681151	69	2.3	68	83	8	191	28	32	9	28	1.89
21681032--21681127	34	2.8	34	75	7	95	32	34	9	23	1.87
21680961--21681138	35	5.1	35	76	10	152	26	33	11	27	1.91
21681146--21681230	35	2.4	36	81	9	95	35	27	8	29	1.86
21682136--21682178	19	2.3	19	88	4	61	46	2	0	51	1.13
21684453--21684647	71	2.8	70	84	3	230	26	20	21	31	1.98
21688770--21688806	16	2.2	17	90	4	58	70	0	10	18	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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