genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22361035--22361230	104	1.9	104	97	0	374	35	10	15	38	1.82
22370201--22370274	21	3.5	21	70	7	69	41	20	20	17	1.90
22371561--22371651	31	2.8	32	85	3	112	35	9	16	38	1.82
22390773--22390853	16	4.9	16	72	14	58	75	2	3	18	1.07
22390774--22390859	24	3.5	24	72	15	68	73	2	4	19	1.12
22391455--22391539	3	29.7	3	73	21	60	69	1	1	28	1.03
22391458--22391519	22	2.7	23	78	16	74	67	1	0	30	1.00
22391453--22391541	11	9.3	9	79	16	67	70	1	1	26	1.01
22391654--22391700	22	2.0	23	84	12	60	74	2	6	17	1.12
22391638--22391700	25	2.6	25	70	12	58	73	3	4	19	1.15
22403609--22403898	36	7.8	37	85	4	381	22	15	20	42	1.89
22403609--22403902	74	3.9	75	87	4	393	23	14	20	41	1.89
22403608--22403898	110	2.6	110	90	2	431	22	15	20	42	1.89
22403881--22403924	22	2.0	22	90	0	70	31	4	13	50	1.62
22403771--22404105	137	2.5	135	85	4	462	22	12	20	45	1.84
22403846--22403958	60	1.9	59	87	1	163	23	10	18	47	1.79
22403903--22404039	37	3.6	38	80	5	159	22	10	18	47	1.80
22403807--22403996	97	2.0	96	84	3	247	21	11	20	46	1.82
22404041--22404129	38	2.4	38	86	5	119	22	15	20	41	1.90
22403976--22404095	58	2.0	60	85	6	163	23	11	18	46	1.81
22404291--22404340	12	4.2	12	82	12	50	84	6	4	6	0.88
22410202--22410239	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22417453--22417484	13	2.5	13	100	0	64	68	6	0	25	1.12
22434077--22434114	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
22439378--22439505	28	4.8	28	77	11	133	26	13	15	44	1.83
22439411--22439486	24	3.0	24	76	10	89	23	11	18	46	1.82
22439383--22439486	51	2.0	52	96	1	192	25	12	17	45	1.83
22442521--22442553	16	2.0	17	88	5	50	6	12	12	69	1.35
22447707--22447840	44	3.2	43	66	23	122	47	5	6	38	1.54
22447718--22447849	39	3.3	39	66	23	112	50	5	6	37	1.50
22447701--22447865	82	2.0	81	97	1	312	47	6	6	39	1.55
22455429--22455471	16	2.6	16	85	3	50	30	2	4	62	1.28
22464096--22464130	17	2.0	18	88	5	54	20	2	20	57	1.54
22465837--22465889	27	2.0	28	85	7	74	67	0	11	20	1.21
22466644--22466714	34	2.1	34	94	0	124	36	18	16	28	1.93
22471278--22471428	74	2.0	74	96	0	275	44	7	16	31	1.76
22473238--22473354	55	2.1	55	100	0	234	23	8	35	32	1.85
22474205--22476588	170	14.0	170	79	7	2293	38	12	12	35	1.82
22474205--22476588	341	7.0	340	81	6	2559	38	12	12	35	1.82
22474205--22476588	513	4.7	512	81	4	2594	38	12	12	35	1.82
22479656--22479749	49	1.9	49	82	4	118	19	21	34	25	1.96
22486478--22486510	17	1.9	17	93	0	57	36	18	6	39	1.75
22486604--22486657	21	2.6	21	93	0	90	18	18	25	37	1.94
22486647--22486971	26	13.6	26	73	16	233	24	13	25	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22486591--22486971	95	4.0	95	84	4	468	24	13	25	36	1.92
22486857--22486972	23	5.0	24	80	15	120	24	12	27	35	1.92
22489995--22490019	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22492983--22493028	15	3.1	15	78	12	58	54	19	0	26	1.44
22497045--22497098	27	2.0	27	100	0	108	29	29	11	29	1.91
22499492--22499552	15	4.1	15	86	0	86	31	29	8	31	1.86
22507619--22507786	43	4.0	43	84	9	181	25	35	15	23	1.94
22526490--22526519	5	6.0	5	96	0	51	40	23	0	36	1.55
22526554--22526597	22	2.0	22	90	0	70	45	18	4	31	1.69
22543110--22543135	3	8.7	3	100	0	52	30	69	0	0	0.89
22549603--22549634	17	1.9	17	93	6	57	15	6	6	71	1.26
22569713--22569889	93	1.9	93	80	4	205	38	16	8	36	1.79
22570440--22570471	14	2.3	14	94	0	55	9	21	0	68	1.17
22570477--22570625	74	2.0	74	86	2	210	40	4	18	35	1.72
22572027--22572069	20	2.1	21	95	4	79	25	25	0	48	1.51
22576116--22576144	9	3.0	10	90	10	51	51	6	0	41	1.28
22577183--22577241	30	2.0	30	90	3	93	32	25	3	38	1.72
22578575--22578621	20	2.4	19	89	10	76	38	8	14	38	1.77
22578624--22578665	21	2.0	21	90	0	66	40	9	11	38	1.75
22578821--22578885	21	3.1	21	77	4	69	50	21	4	23	1.67
22578832--22578899	21	3.3	21	83	2	75	48	20	4	26	1.68
22578927--22579007	21	3.8	22	83	8	78	54	18	3	23	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22578938--22579024	21	4.1	22	88	2	108	51	19	4	24	1.65
22578967--22579024	10	5.4	11	73	24	52	50	22	1	25	1.59
22578938--22579024	43	2.0	42	82	6	104	51	19	4	24	1.65
22579117--22579182	21	3.1	21	82	6	80	45	19	7	27	1.77
22579859--22579913	22	2.5	21	85	5	74	21	10	25	41	1.86
22579921--22579981	23	2.7	23	84	5	79	31	24	18	26	1.97
22579921--22580027	23	4.7	22	73	12	74	34	27	14	24	1.93
22580012--22580080	22	3.1	22	80	0	66	46	17	10	26	1.79
22580249--22580278	9	3.3	9	95	0	51	50	13	10	26	1.73
22580502--22580557	29	2.0	28	82	10	69	37	12	10	39	1.78
22582561--22582613	4	13.8	4	79	18	51	79	1	18	0	0.83
22582557--22582615	16	3.8	16	80	6	68	77	3	18	0	0.90
22582798--22583244	223	2.0	223	98	0	867	33	24	17	24	1.96
22606472--22606540	26	2.5	27	76	6	77	59	2	0	37	1.12
22607184--22607359	40	4.3	40	77	11	169	56	17	1	25	1.48
22618736--22618770	17	2.1	17	94	0	61	34	5	40	20	1.76
22631723--22631852	62	2.1	62	95	0	233	20	24	13	41	1.88
22639218--22639276	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
22641900--22641941	20	2.1	20	86	8	59	40	19	4	35	1.72
22654132--22654173	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
22656775--22657038	55	4.8	55	92	1	449	21	15	35	27	1.93
22658063--22658098	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22660223--22660268	2	23.0	2	100	0	92	50	50	0	0	1.00
22674809--22674868	23	2.6	23	94	0	102	31	43	3	21	1.69
22683896--22683933	20	1.9	20	89	10	60	31	0	18	50	1.47
22684386--22684577	68	2.8	67	84	3	231	29	21	22	26	1.99
22687263--22687306	23	1.9	23	90	0	70	31	25	27	15	1.96
22688654--22688695	4	10.5	4	100	0	84	50	23	0	26	1.50
22688751--22688815	28	2.3	29	81	5	80	44	20	13	21	1.86
22696500--22696544	15	3.1	15	84	12	58	40	0	2	57	1.11
22696507--22696544	15	2.7	14	92	8	60	39	0	2	57	1.12
22698328--22698464	44	3.2	43	90	3	213	37	27	13	21	1.91
22701008--22701133	54	2.3	54	93	0	207	20	14	38	26	1.91
22702360--22702389	16	1.9	15	93	6	51	66	16	3	13	1.37
22702834--22702871	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
22710691--22710716	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
22714906--22714947	19	2.2	19	83	8	50	59	0	19	21	1.38
22715935--22716003	2	34.0	2	89	2	102	44	1	2	50	1.25
22721591--22721636	22	2.1	22	91	0	74	30	10	19	39	1.86
22733246--22733426	95	1.9	95	96	0	335	24	29	6	39	1.80
22735841--22735905	3	21.7	3	90	0	94	33	29	0	36	1.58
22740991--22741115	43	2.9	42	84	2	142	23	18	35	23	1.96
22744576--22744607	12	2.5	13	95	5	57	43	31	0	25	1.55
22749526--22749551	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22760750--22760774	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
22765400--22765487	21	4.2	21	78	10	81	28	21	14	35	1.93
22769298--22769348	15	3.4	14	78	10	57	47	15	5	31	1.70
22774566--22774606	21	1.9	21	85	5	55	48	4	24	21	1.69
22774564--22774611	21	2.3	20	75	10	51	54	4	22	18	1.61
22789014--22789119	38	2.7	39	83	4	142	20	37	17	23	1.94
22793510--22793548	19	2.1	19	85	0	51	12	30	0	56	1.37
22795842--22795915	4	19.2	4	71	18	59	67	0	31	1	0.99
22795842--22795915	20	3.6	20	87	7	87	67	0	31	1	0.99
22797029--22797176	37	4.0	37	84	2	183	31	8	29	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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