genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21700020--21700265	123	2.0	122	99	0	483	31	13	14	40	1.84
21701505--21701531	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
21705311--21705389	40	2.0	40	87	5	115	34	21	22	21	1.97
21709152--21709247	32	3.2	28	84	8	86	35	11	23	29	1.90
21709158--21709281	30	3.8	32	84	8	135	33	12	23	30	1.91
21709703--21709789	33	2.6	33	83	1	111	28	4	0	66	1.11
21716574--21716612	17	2.3	17	90	0	60	23	33	10	33	1.88
21718732--21718830	42	2.4	42	84	0	126	22	24	32	21	1.98
21721571--21721616	21	2.3	19	85	11	56	73	2	21	2	1.04
21726239--21726288	20	2.5	19	78	12	55	78	4	14	4	1.05
21728336--21728417	37	2.2	37	93	0	137	25	39	8	26	1.85
21729034--21729074	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
21729274--21729313	20	2.0	20	90	0	62	40	10	35	15	1.80
21730711--21730755	22	2.0	22	86	4	63	44	0	33	22	1.53
21731494--21731694	73	2.8	73	86	0	285	39	17	18	23	1.92
21734501--21734538	20	1.9	20	94	0	67	36	23	7	31	1.84
21740408--21740448	21	1.9	22	90	5	66	48	4	26	19	1.69
21740407--21740454	21	2.2	21	81	3	60	56	4	22	16	1.58
21743623--21743681	31	1.9	31	85	0	82	47	8	11	32	1.70
21744369--21744412	23	1.9	23	90	0	70	38	20	2	38	1.65
21750513--21750633	32	3.7	32	72	12	102	28	14	22	34	1.94
21750509--21750604	32	2.9	33	76	10	106	28	15	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21750507--21750657	67	2.3	67	84	2	196	25	14	24	35	1.94
21765046--21765086	20	2.0	20	90	0	64	36	4	19	39	1.73
21767610--21767790	35	5.3	35	74	10	151	27	16	25	30	1.96
21767588--21767775	67	2.8	66	88	4	279	24	15	26	33	1.95
21767588--21767751	32	4.9	32	76	12	152	25	15	25	33	1.95
21770954--21770999	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
21771439--21771504	22	3.0	22	78	12	66	56	1	3	39	1.24
21771443--21771541	41	2.3	43	83	10	132	51	2	2	44	1.24
21771605--21771716	34	3.2	33	76	13	100	48	0	0	51	1.00
21771741--21771774	16	2.2	15	89	5	50	58	0	2	38	1.13
21771713--21771776	14	4.6	14	71	26	55	53	0	6	40	1.26
21772356--21772422	27	2.4	29	82	7	86	46	0	1	52	1.09
21772908--21773154	73	3.4	72	85	5	300	36	17	21	23	1.94
21789705--21790095	200	1.9	196	80	9	414	41	8	7	41	1.65
21791013--21791113	48	2.1	47	85	7	141	45	10	7	35	1.69
21793381--21793405	7	3.6	7	100	0	50	28	12	32	28	1.92
21794607--21794637	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21799407--21799497	34	2.8	33	83	9	98	31	37	12	18	1.88
21799438--21799633	34	5.8	33	83	11	181	34	38	9	18	1.83
21799490--21799602	35	3.3	35	96	1	201	38	38	7	15	1.75
21800168--21800205	12	3.2	12	85	14	60	15	15	0	68	1.22
21800169--21800205	6	6.3	6	82	17	51	16	16	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21800170--21800223	28	1.9	29	85	7	76	16	12	1	68	1.29
21811411--21811435	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21815846--21815882	19	1.9	19	94	0	65	51	8	8	32	1.61
21815866--21816367	42	11.9	41	73	15	302	40	7	7	44	1.61
21815866--21816364	86	5.9	86	90	3	780	40	7	7	44	1.60
21816163--21816376	79	2.6	79	88	5	284	41	7	5	44	1.57
21816230--21816373	45	3.3	45	68	24	117	40	7	4	46	1.54
21824991--21825028	20	2.0	20	89	5	60	68	2	18	10	1.30
21827737--21828169	111	3.8	110	86	6	557	17	11	26	44	1.82
21827737--21828155	228	1.9	222	86	7	594	16	10	26	45	1.81
21827960--21828209	118	2.1	118	85	2	315	18	12	26	43	1.85
21832415--21832453	13	3.0	13	85	11	53	74	5	17	2	1.12
21834485--21834541	23	2.5	23	85	0	69	31	28	17	22	1.97
21836189--21836252	23	2.8	23	82	0	83	31	28	17	23	1.97
21837645--21837813	49	3.4	49	91	0	275	22	35	17	24	1.95
21839418--21839483	26	2.8	23	77	18	64	56	6	15	22	1.61
21839425--21839476	26	2.0	26	92	0	86	55	7	15	21	1.64
21841050--21841097	24	2.0	24	87	0	69	22	25	18	33	1.97
21841036--21841170	63	2.1	63	91	0	216	22	31	17	28	1.97
21841102--21841162	24	2.5	24	91	0	95	21	32	19	26	1.97
21841298--21841348	24	2.1	24	88	0	75	43	11	43	1	1.52
21863553--21863599	23	2.1	22	84	4	58	38	4	12	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21864257--21864303	19	2.5	19	92	0	76	65	12	8	12	1.46
21864259--21864303	9	4.8	9	83	8	54	66	11	8	13	1.44
21872261--21872294	17	2.0	17	88	11	52	47	14	0	38	1.45
21872469--21872611	29	5.0	28	84	6	178	37	13	9	39	1.78
21872446--21872611	59	2.8	58	85	4	217	40	12	9	37	1.74
21872436--21872608	29	5.9	28	81	8	175	39	12	9	38	1.76
21872683--21872796	56	2.1	55	93	1	192	37	14	19	28	1.90
21875160--21875255	31	3.3	30	66	19	76	40	21	7	30	1.80
21886160--21886211	25	2.2	24	82	6	61	38	0	0	61	0.96
21886217--21886259	21	2.0	22	82	13	54	48	0	6	44	1.29
21886297--21886347	22	2.3	21	80	12	50	52	0	0	47	1.00
21886299--21886358	8	7.4	8	73	16	52	51	0	0	48	1.00
21896542--21896578	17	2.2	17	95	0	65	8	35	24	32	1.85
21897756--21897860	32	3.3	32	82	2	86	29	17	24	28	1.97
21897775--21897860	32	2.7	32	85	3	102	27	19	25	26	1.99
21898845--21899040	74	2.7	73	87	5	270	20	20	17	41	1.90
21899305--21899334	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
21905406--21905468	22	2.8	22	80	2	63	30	11	19	39	1.86
21912637--21912838	84	2.4	84	90	3	309	39	27	12	20	1.89
21912767--21912905	68	2.0	68	87	2	199	39	25	10	23	1.87
21912697--21912988	152	1.9	152	86	1	415	40	25	11	22	1.88
21912916--21912974	23	2.6	23	71	10	57	38	23	13	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21913521--21913669	35	4.5	32	73	13	122	36	25	12	24	1.91
21913498--21913669	67	2.6	67	82	7	206	36	23	12	27	1.91
21917125--21917446	161	2.0	160	98	0	617	39	12	11	36	1.79
21925169--21925271	32	3.1	32	70	15	93	35	24	13	26	1.92
21925186--21925297	35	3.3	34	74	12	104	33	24	13	29	1.93
21925145--21925317	67	2.6	66	81	9	199	35	25	12	26	1.91
21925728--21925906	65	2.8	65	93	0	313	20	17	27	34	1.96
21926843--21926983	54	2.6	54	87	2	203	21	14	41	21	1.89
21936441--21936483	5	8.8	5	84	5	61	37	23	2	37	1.68
21947574--21947603	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
21948049--21948105	19	2.9	18	84	10	60	3	26	1	68	1.15
21948929--21949071	54	2.6	54	93	0	232	20	14	42	22	1.88
21952072--21952118	18	2.6	17	75	21	51	70	0	4	25	1.05
21953447--21953488	18	2.3	19	95	4	77	71	0	0	28	0.86
21953447--21953488	22	2.0	21	86	13	59	71	0	0	28	0.86
21953447--21953504	19	3.1	17	81	16	53	72	3	0	24	1.00
21953697--21953760	13	4.9	13	74	14	51	71	6	4	17	1.24
21954012--21954046	10	3.7	10	88	11	56	71	5	0	22	1.07
21953985--21954062	8	9.1	8	72	17	59	70	3	1	24	1.11
21953999--21954064	18	3.6	19	80	8	66	71	3	1	24	1.09
21953983--21954062	18	4.7	15	74	19	61	71	3	1	23	1.10
21962221--21962305	10	9.1	8	76	20	53	22	0	2	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962219--21962305	18	4.6	19	80	9	90	22	0	2	74	0.93
21962213--21962305	28	3.2	28	82	10	107	23	0	2	74	0.93
21962496--21962587	11	7.8	11	72	20	62	29	2	3	65	1.20
21962476--21962630	21	8.1	18	70	24	70	24	3	2	69	1.16
21962568--21962630	13	4.9	13	83	11	76	20	3	1	74	1.04
21962495--21962625	11	11.9	11	67	24	55	25	3	3	67	1.19
21962823--21962887	29	2.3	29	84	12	82	23	0	3	73	0.97
21963640--21963800	74	2.2	74	82	4	182	19	46	11	22	1.81
21965087--21965156	24	2.8	25	86	4	97	41	20	11	27	1.86
21965117--21965212	25	3.8	25	84	0	102	39	25	11	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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