genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   

This is table  66  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24787978--24788257	95	2.9	95	91	0	479	30	26	16	26	1.97
24788448--24788499	26	2.0	26	88	0	77	57	7	15	19	1.62
24790134--24790227	24	3.9	24	87	5	136	22	23	20	34	1.97
24790183--24790303	63	1.9	63	88	3	181	21	28	17	33	1.96
24790246--24790292	24	2.0	24	95	0	85	25	29	14	29	1.95
24790422--24790481	24	2.5	24	83	0	66	36	18	43	1	1.60
24792297--24792348	23	2.3	23	86	0	68	38	28	13	19	1.89
24801694--24801719	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
24806562--24806631	35	2.0	35	91	0	113	41	10	20	28	1.84
24813794--24813833	19	2.1	19	86	9	55	27	2	0	70	1.01
24814043--24814123	41	2.0	41	90	0	126	41	18	2	37	1.64
24815393--24815511	34	3.5	34	77	0	121	36	10	36	15	1.83
24816383--24816468	15	5.7	15	76	10	77	75	1	2	20	0.98
24816394--24816468	16	4.7	15	76	14	62	76	1	2	20	0.99
24816383--24816471	23	3.7	23	75	13	72	75	1	2	21	0.98
24816742--24816796	16	3.4	17	83	16	73	74	0	1	23	0.91
24816750--24816797	21	2.2	21	82	10	53	75	0	2	22	0.91
24816878--24816933	22	2.5	22	77	11	60	67	0	10	21	1.20
24829942--24829999	21	2.7	21	83	2	71	48	15	8	27	1.74
24831141--24831356	39	5.6	39	89	1	285	26	36	12	24	1.92
24839751--24839794	4	11.2	4	83	13	56	25	0	0	75	0.81
24850348--24850394	12	3.8	12	78	10	58	14	4	2	78	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24850860--24850923	26	2.5	26	97	0	119	50	28	10	10	1.71
24850860--24850934	26	2.9	26	88	4	71	52	26	10	10	1.69
24851567--24851635	35	2.0	34	85	2	93	31	26	13	28	1.93
24854224--24854277	15	3.5	15	71	14	56	25	7	18	48	1.74
24854227--24854288	31	2.0	31	100	0	124	25	9	16	48	1.76
24854779--24854854	31	2.5	31	91	6	122	53	3	9	32	1.51
24855294--24855350	24	2.4	23	80	5	69	43	17	12	26	1.84
24860901--24860954	25	2.2	25	86	6	74	38	3	9	48	1.53
24862452--24862521	15	4.7	14	73	16	61	77	1	4	17	1.01
24862451--24862509	18	3.3	18	76	19	61	77	1	5	15	1.01
24862452--24862516	7	8.9	7	71	15	51	78	1	4	15	0.99
24862746--24862803	22	2.6	22	83	0	71	68	0	8	22	1.16
24874830--24875252	37	11.3	37	82	4	404	25	15	16	43	1.86
24874827--24875242	111	3.7	112	82	5	502	25	14	15	43	1.86
24875281--24875385	7	14.5	8	73	22	74	80	18	0	0	0.76
24875280--24875388	28	4.0	26	78	13	112	81	17	0	0	0.74
24875265--24875386	36	3.3	37	85	5	167	80	18	0	0	0.76
24875280--24875386	8	13.6	8	71	11	87	81	17	0	0	0.75
24875953--24876063	41	2.7	41	78	0	123	22	18	41	18	1.90
24877319--24877388	15	4.7	14	79	13	70	78	1	1	18	0.90
24877319--24877383	7	8.9	7	74	15	60	80	1	1	16	0.88
24877645--24877689	18	2.6	17	83	13	56	71	0	8	20	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24883640--24883693	24	2.3	24	83	3	65	40	20	5	33	1.76
24885798--24885888	30	3.1	30	76	6	87	36	12	10	40	1.78
24885798--24885888	29	3.1	29	77	3	83	36	12	10	40	1.78
24890257--24890303	13	3.7	13	75	13	53	76	0	6	17	0.98
24894040--24894071	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
24895841--24895879	12	2.9	15	75	25	50	38	0	25	35	1.56
24896344--24896400	2	29.5	2	89	7	91	45	0	0	52	1.00
24899052--24899590	187	2.9	185	86	4	725	38	10	13	37	1.79
24900258--24900486	121	1.8	121	82	9	291	32	5	17	44	1.71
24900590--24900638	25	1.9	26	91	4	82	42	4	8	44	1.53
24903940--24903981	22	1.9	22	85	9	59	2	16	4	76	1.07
24904561--24904613	22	2.3	22	75	15	54	5	26	1	66	1.25
24912695--24912740	21	2.2	22	88	7	69	36	15	10	36	1.82
24913758--24913804	24	2.0	24	86	0	67	44	14	6	34	1.71
24913739--24913807	24	3.0	22	72	14	59	47	15	4	31	1.65
24914735--24914789	27	2.0	27	85	3	74	40	7	3	49	1.48
24914954--24914978	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
24920331--24920409	33	2.4	33	86	2	104	16	17	31	34	1.93
24920801--24920881	27	2.9	29	77	17	84	44	12	7	35	1.70
24939686--24939724	14	2.7	15	84	4	53	58	0	0	41	0.98
24941506--24941555	18	2.8	18	96	0	91	50	20	10	20	1.76
24941518--24941551	8	4.0	8	85	14	50	50	23	11	14	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24945351--24945410	28	2.1	29	84	6	79	26	21	20	31	1.98
24945454--24945491	19	2.0	19	94	0	67	44	28	0	26	1.54
24946472--24946531	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
24953926--24954008	43	1.9	44	95	2	150	22	12	12	53	1.71
24954138--24954253	28	4.1	28	84	7	137	29	12	16	42	1.84
24954146--24954297	56	2.7	57	81	10	170	28	13	17	40	1.87
24954247--24954307	27	2.3	27	86	8	81	32	13	16	37	1.87
24954649--24954714	31	2.1	31	88	0	96	42	16	13	27	1.86
24955087--24955132	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
24955527--24955564	20	1.9	20	94	0	67	31	5	18	44	1.72
24955762--24955807	23	2.0	24	91	4	76	13	8	21	56	1.63
24956024--24956091	30	2.3	30	92	2	111	55	14	7	22	1.63
24956701--24956792	46	2.0	46	100	0	184	41	26	8	23	1.83
24963114--24963144	7	4.3	7	92	8	53	58	0	0	41	0.98
24964250--24964282	17	2.0	17	88	5	50	48	15	36	0	1.45
24971228--24971259	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
24975179--24975212	14	2.4	14	85	14	52	55	0	5	38	1.24
24981206--24981246	18	2.3	18	91	0	64	51	4	34	9	1.56
24986395--24986420	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24986706--24986750	19	2.4	19	85	3	56	13	15	22	48	1.79
24990339--24990421	37	2.2	37	85	4	105	31	21	26	20	1.98
24999337--24999366	10	2.9	10	95	5	51	56	13	0	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25098006--25098064	27	2.2	27	87	0	82	28	15	25	30	1.96
25107100--25107126	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25114606--25114665	30	2.1	29	81	6	68	30	6	23	40	1.80
25120209--25120270	23	2.7	23	76	11	65	27	9	25	37	1.87
25120155--25120289	46	2.9	45	74	8	137	26	8	27	37	1.86
25120155--25120322	92	1.8	92	84	0	228	26	9	25	38	1.87
25120274--25120322	23	2.1	23	84	0	62	24	12	24	38	1.90
25120211--25120472	138	1.9	138	83	3	339	26	11	25	35	1.91
25124052--25124095	15	2.9	15	82	3	52	84	2	11	2	0.81
25124911--25124937	14	1.9	14	100	0	54	74	0	18	7	1.05
25126351--25126401	22	2.4	22	87	9	70	31	23	9	35	1.87
25126351--25126414	22	3.0	21	82	11	58	29	21	10	37	1.88
25126761--25126811	22	2.3	21	83	12	59	27	3	3	64	1.28
25128733--25128774	15	2.9	14	86	10	57	76	4	2	16	1.07
25130666--25130943	102	2.7	103	91	1	459	27	10	23	38	1.88
25130862--25130956	48	2.0	48	82	0	118	23	12	23	41	1.88
25131658--25131698	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
25131658--25131702	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
25131656--25131703	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
25134489--25134549	30	2.0	30	96	0	113	27	16	26	29	1.97
25137560--25137632	30	2.5	29	76	12	78	36	2	4	56	1.33
25147813--25147837	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25153688--25153745	21	2.8	20	82	5	62	43	10	10	36	1.73
25153839--25153902	30	2.1	30	85	5	85	32	4	6	56	1.45
25157565--25157640	39	1.9	39	86	5	109	30	25	13	31	1.93
25167888--25167922	18	1.9	17	88	11	52	2	25	0	71	1.00
25168312--25168365	28	2.0	26	85	7	72	51	1	0	46	1.11
25168309--25168401	8	11.4	8	76	12	82	54	1	1	41	1.14
25168516--25168554	15	2.6	15	83	0	51	58	0	0	41	0.98
25168536--25168583	25	1.9	25	86	0	69	47	2	4	45	1.33
25168504--25168593	40	2.2	40	79	14	96	51	1	2	45	1.21
25175811--25175866	28	2.0	28	86	6	78	39	17	16	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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