genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   

This is table  6  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283052--2283131	30	2.7	27	82	16	97	45	3	1	50	1.28
2293715--2293855	69	2.0	69	86	0	192	37	13	14	34	1.86
2293872--2293922	24	2.1	24	92	0	84	41	17	11	29	1.85
2293780--2293954	90	1.9	90	88	2	262	35	16	15	33	1.90
2293896--2294038	45	3.2	45	87	0	196	32	13	19	34	1.90
2294030--2294124	29	3.3	29	80	4	104	41	11	8	38	1.72
2298537--2298577	14	2.9	14	81	0	55	14	9	4	70	1.30
2301978--2302015	2	19.5	2	94	5	69	0	50	0	50	1.00
2306493--2306538	21	2.1	22	84	4	58	39	0	0	60	0.97
2307208--2307293	45	1.9	45	83	9	113	36	18	18	26	1.94
2307270--2307601	24	14.2	24	72	10	222	37	21	18	21	1.94
2307220--2307391	69	2.5	69	84	1	211	38	22	16	22	1.93
2307269--2307595	45	7.0	48	76	9	232	38	22	18	21	1.94
2307270--2307484	117	1.8	117	88	4	326	37	22	18	21	1.94
2307289--2307623	162	2.1	162	93	0	580	36	21	18	22	1.95
2307663--2307877	26	8.0	25	69	20	114	43	14	13	28	1.83
2307581--2307893	82	3.9	82	87	3	417	42	15	13	28	1.85
2307720--2307876	24	5.9	25	68	16	75	43	15	12	28	1.82
2307770--2307935	29	5.8	30	72	18	104	42	14	10	31	1.80
2307663--2307945	32	10.2	27	69	18	104	41	14	12	31	1.83
2327741--2327819	33	2.4	32	79	6	95	40	10	8	40	1.70
2329310--2329340	14	2.2	14	94	0	53	3	9	6	80	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329549--2329586	20	1.9	20	89	10	60	57	2	13	26	1.49
2329568--2329610	23	1.9	22	86	13	61	53	0	16	30	1.43
2329950--2329991	22	1.9	22	90	9	68	57	0	11	30	1.35
2329524--2330286	381	2.0	382	94	0	1341	42	10	7	39	1.67
2333378--2333436	2	29.5	2	82	0	73	1	6	45	45	1.40
2352599--2352636	15	2.5	15	100	0	76	26	15	18	39	1.91
2352651--2352706	21	2.7	21	88	0	76	26	19	17	35	1.94
2352702--2352754	24	2.2	24	82	0	61	37	18	18	24	1.94
2353307--2353357	23	2.2	23	82	0	57	52	5	25	15	1.65
2364136--2364172	1	37.0	1	88	0	56	2	94	0	2	0.36
2368210--2368358	72	2.1	72	100	0	298	33	22	18	24	1.97
2368660--2368795	39	3.6	36	78	9	130	25	39	11	22	1.88
2368727--2368875	39	3.8	39	84	3	192	26	36	14	22	1.92
2368660--2368912	78	3.3	76	78	5	253	25	37	13	22	1.92
2369047--2369154	55	2.0	53	98	1	198	50	11	7	29	1.65
2370484--2370553	29	2.5	27	72	19	63	60	4	0	35	1.17
2377879--2378117	120	2.0	118	82	6	286	25	26	10	36	1.89
2379225--2380601	686	2.0	684	91	1	2242	38	12	13	35	1.83
2380658--2380894	80	3.0	79	83	6	291	33	25	13	28	1.93
2399490--2399584	16	5.5	16	70	21	59	53	1	1	44	1.14
2399496--2399571	8	9.8	8	68	11	50	53	0	1	44	1.08
2399519--2399578	23	2.6	23	81	0	57	55	0	1	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399495--2399575	27	2.9	28	74	16	80	51	0	1	46	1.08
2399762--2399806	20	2.5	17	77	19	54	57	0	0	42	0.98
2403516--2403611	36	2.8	35	83	12	135	34	5	13	46	1.65
2403516--2403622	36	3.1	35	80	6	128	32	5	14	46	1.68
2403600--2403640	18	2.3	18	86	0	55	34	7	14	43	1.73
2414769--2414812	24	1.9	22	86	9	61	45	0	2	52	1.13
2421271--2421295	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2422196--2422340	76	1.9	76	87	1	211	40	3	9	46	1.53
2422422--2422478	21	2.8	20	78	5	60	40	1	1	56	1.20
2423074--2423111	19	2.0	20	85	10	53	42	2	7	47	1.46
2424686--2424752	19	3.3	19	69	20	55	44	0	0	55	0.99
2424668--2424761	42	2.2	43	84	7	129	44	0	0	55	0.99
2424696--2424756	16	4.3	15	70	19	58	40	0	0	59	0.98
2424691--2424740	26	1.9	26	91	0	82	40	0	0	60	0.97
2424632--2424772	64	2.2	64	83	7	169	41	0	1	57	1.07
2425339--2425363	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
2425345--2425386	11	3.7	11	81	15	50	19	4	0	76	0.96
2425346--2425393	22	2.1	23	84	3	62	16	4	2	77	1.03
2425151--2425560	203	2.0	204	83	4	515	32	12	6	47	1.68
2426297--2426340	23	2.0	22	81	4	52	38	0	6	54	1.27
2426384--2426455	33	2.2	32	83	9	85	44	8	0	47	1.33
2426415--2426507	44	2.1	43	86	9	127	46	3	1	49	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426442--2426507	11	6.0	11	74	13	55	50	1	1	46	1.20
2435022--2435069	20	2.2	21	85	10	62	77	0	14	8	0.99
2440650--2440729	23	3.5	21	73	13	61	42	1	1	55	1.16
2440894--2440927	16	2.1	16	89	10	52	47	0	0	52	1.00
2440931--2441001	30	2.6	25	72	19	70	60	2	0	36	1.11
2440943--2441018	29	2.6	28	85	10	91	65	3	0	30	1.10
2450863--2450927	27	2.6	25	85	9	80	44	1	3	50	1.26
2460263--2460302	20	2.0	20	85	0	53	10	17	7	65	1.46
2466858--2466910	26	2.0	26	88	0	79	37	3	13	45	1.61
2468420--2468477	30	2.0	29	82	3	71	50	1	0	48	1.11
2468728--2468784	28	2.0	29	86	10	82	61	0	1	36	1.07
2470716--2470767	25	2.1	25	82	7	61	30	7	7	53	1.57
2482153--2482255	54	1.9	54	92	4	172	18	19	33	28	1.95
2494866--2494921	16	3.5	16	74	13	53	35	7	12	44	1.70
2496296--2496362	30	2.2	32	89	5	102	61	0	0	38	0.96
2499600--2499631	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2514979--2515016	3	12.7	3	100	0	76	34	34	0	31	1.58
2525199--2525234	12	3.0	12	91	0	54	38	0	58	2	1.13
2534076--2534379	166	1.8	166	81	0	374	38	11	12	36	1.81
2548056--2548109	16	3.3	15	80	14	54	62	1	0	35	1.06
2548056--2548115	15	3.8	15	79	14	59	58	1	0	40	1.08
2561279--2561304	6	4.3	6	100	0	52	0	19	46	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568330--2568371	22	2.0	22	90	4	68	57	0	4	38	1.20
2573195--2573242	24	2.0	24	88	8	71	47	14	8	29	1.73
2573147--2573418	69	3.9	69	81	3	314	37	15	18	29	1.91
2573331--2573380	24	2.1	24	88	0	73	40	16	16	28	1.89
2573345--2573551	45	4.6	45	89	2	317	32	18	21	26	1.97
2573147--2573416	138	2.0	138	85	1	371	37	14	18	30	1.91
2575882--2575935	26	2.0	27	82	10	67	53	18	3	24	1.60
2576536--2576613	26	2.9	27	81	11	81	43	6	19	30	1.76
2585465--2585489	12	2.1	12	100	0	50	8	24	16	52	1.70
2592118--2592226	55	2.0	55	85	0	146	37	22	11	29	1.88
2594762--2594838	34	2.3	32	89	8	111	45	9	6	38	1.62
2598537--2598577	19	2.2	19	100	0	82	31	21	0	46	1.52
2598544--2598589	19	2.3	19	85	7	56	32	23	2	41	1.67
2599489--2599736	125	2.0	125	88	1	372	26	14	20	37	1.92
2601448--2601666	111	2.0	110	94	0	384	36	6	9	47	1.62
2601666--2601749	33	2.5	33	76	0	105	38	9	16	35	1.81
2615169--2615204	17	2.1	17	90	10	56	52	0	11	36	1.37
2616177--2616229	25	2.1	25	86	6	72	66	0	0	33	0.92
2616239--2616307	27	2.6	26	78	13	86	56	0	0	43	0.99
2616238--2616290	20	2.8	19	77	8	63	52	0	0	47	1.00
2616346--2616388	17	2.4	18	80	7	52	48	2	0	48	1.14
2616410--2616461	16	3.2	16	73	10	61	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617403--2617442	18	2.2	18	86	0	53	27	17	35	20	1.95
2626424--2626509	43	2.0	43	93	0	145	23	22	11	43	1.86
2627307--2627347	15	2.8	15	78	17	50	4	43	2	48	1.37
2633860--2633913	22	2.5	22	82	8	67	64	9	25	0	1.23
2636767--2636791	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2637293--2638247	488	2.0	488	86	2	1344	28	18	15	37	1.92
2638183--2638284	40	2.6	40	84	4	127	27	24	23	24	2.00
2641162--2641232	32	2.3	30	80	7	79	33	1	0	64	1.02
2642741--2642816	29	2.6	28	81	8	89	57	1	3	36	1.25
2659984--2660025	12	2.9	15	76	23	54	47	0	19	33	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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