genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27392046--27392283	82	2.8	83	77	6	262	46	10	37	5	1.61
27393292--27393388	2	50.0	2	86	10	121	43	2	2	51	1.25
27399600--27399702	54	1.9	54	88	7	156	43	8	12	34	1.74
27400318--27400366	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
27407363--27407424	32	1.9	33	83	3	81	27	6	17	48	1.72
27407735--27407813	34	2.3	34	86	2	104	43	18	2	35	1.64
27407790--27407951	78	2.1	78	100	0	324	36	22	6	34	1.80
27412572--27412674	54	1.9	52	88	3	152	47	15	9	27	1.76
27412688--27412764	39	2.0	39	92	0	127	38	7	6	46	1.59
27412973--27413026	14	3.6	14	76	13	63	18	9	7	64	1.45
27413128--27413336	92	2.3	92	85	2	278	38	8	15	37	1.77
27413128--27413391	92	2.9	92	80	6	259	41	7	15	35	1.75
27426555--27426595	21	1.9	22	90	5	66	19	17	4	58	1.56
27426823--27426855	12	2.8	12	90	4	50	30	12	0	57	1.35
27432037--27432074	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
27435336--27435389	25	2.2	25	86	6	74	37	3	11	48	1.57
27441742--27441927	55	3.4	54	79	3	210	12	11	33	42	1.79
27441954--27442035	31	2.6	31	88	3	112	25	18	24	31	1.97
27444990--27445152	82	2.0	82	96	0	299	22	39	17	20	1.93
27445252--27445374	42	2.9	42	92	0	201	23	33	21	21	1.97
27448598--27448905	31	9.9	31	77	4	271	41	20	15	22	1.89
27448606--27448907	93	3.2	92	82	3	327	41	20	15	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27449472--27449513	23	2.0	21	86	13	59	47	4	14	33	1.65
27449560--27449620	14	4.1	15	81	8	63	47	4	13	34	1.64
27449570--27449617	16	3.1	16	81	6	62	45	4	14	35	1.64
27449563--27449652	45	2.0	45	85	10	121	51	3	11	34	1.54
27449570--27449627	14	3.9	15	78	14	59	51	3	12	32	1.56
27451101--27451430	31	10.6	31	72	7	220	40	20	18	20	1.92
27451157--27451430	62	4.4	62	81	5	266	41	19	18	20	1.91
27453555--27453756	31	6.5	30	85	2	190	35	20	17	26	1.95
27453555--27453756	62	3.3	60	79	4	217	35	20	17	26	1.95
27453560--27453739	93	1.9	93	83	4	229	34	20	17	27	1.95
27454330--27454629	47	6.4	46	78	6	293	23	33	15	27	1.95
27454330--27454628	94	3.2	94	82	2	361	23	33	15	27	1.95
27454330--27454687	94	3.8	93	81	4	335	23	33	15	27	1.95
27456757--27456824	15	4.3	15	70	26	50	47	1	1	50	1.19
27456745--27456824	27	3.2	25	76	13	67	43	1	1	53	1.16
27456748--27456809	27	2.2	28	86	8	83	45	1	0	53	1.10
27456652--27457217	160	3.7	151	71	15	385	40	3	1	54	1.27
27456821--27457010	105	1.8	102	84	11	258	37	2	2	57	1.22
27456824--27457045	105	2.1	105	80	6	245	38	2	2	57	1.24
27457072--27457183	42	2.7	42	95	0	197	45	5	0	49	1.25
27456892--27457132	118	2.1	115	79	4	252	39	2	1	56	1.23
27457109--27457178	22	3.3	22	66	22	67	45	5	0	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27460261--27460312	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
27478459--27478487	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
27483079--27483116	14	2.7	14	92	8	60	63	0	2	34	1.09
27483079--27483124	14	3.4	13	85	8	56	58	0	4	36	1.18
27483920--27483976	27	2.1	27	83	9	71	49	0	0	50	1.00
27495239--27495327	37	2.6	33	81	13	115	32	14	12	40	1.83
27495256--27495327	37	1.9	37	94	0	126	30	13	11	44	1.79
27497886--27497973	42	2.1	41	81	12	99	39	13	15	30	1.87
27499044--27499071	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27503923--27504138	102	2.1	103	92	0	353	43	7	5	43	1.54
27515294--27515531	120	2.0	118	99	0	458	37	6	8	47	1.60
27518307--27518354	21	2.3	21	86	10	64	56	2	0	41	1.11
27518376--27518406	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
27518420--27518450	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
27518597--27518638	11	3.9	11	81	6	50	64	0	0	35	0.94
27518754--27518827	23	3.3	23	83	5	80	56	4	1	37	1.27
27518752--27518828	22	3.5	21	79	11	91	58	3	1	36	1.25
27546521--27546714	102	1.9	102	92	0	325	43	19	15	21	1.87
27548030--27548055	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
27559349--27559466	15	7.9	15	71	14	66	44	1	2	51	1.25
27559377--27559470	31	3.1	31	70	21	81	43	1	3	52	1.24
27559387--27559470	16	5.3	16	75	15	61	42	1	3	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27559479--27559542	23	2.9	23	77	9	71	51	0	0	48	1.00
27559488--27559551	23	3.2	20	71	16	51	50	0	0	50	1.00
27559499--27559608	40	2.7	41	76	11	100	49	0	1	49	1.11
27560002--27560026	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
27560709--27560749	21	2.0	21	85	4	57	39	17	9	34	1.82
27566073--27566154	42	2.0	42	95	0	146	58	8	15	17	1.61
27576935--27577017	42	2.0	42	97	0	157	46	16	7	28	1.74
27576946--27577009	19	3.2	19	67	16	56	46	15	4	32	1.67
27578008--27578078	23	3.0	24	82	12	85	21	16	16	45	1.86
27578035--27578087	23	2.3	23	86	0	70	16	18	20	43	1.88
27578866--27578974	28	3.7	28	76	15	112	44	6	14	33	1.71
27579809--27579908	35	2.9	35	89	0	146	41	18	19	22	1.91
27579809--27579931	35	3.5	35	85	0	138	43	15	18	21	1.87
27580186--27580305	29	4.1	29	82	0	123	18	27	6	47	1.73
27580999--27581168	36	4.6	35	78	14	164	25	17	18	38	1.92
27580999--27581180	74	2.4	74	85	7	242	26	16	17	39	1.91
27582212--27582236	13	1.9	13	100	0	50	24	8	40	28	1.83
27582579--27582682	34	3.0	34	81	12	106	26	12	29	30	1.93
27582851--27582890	5	8.4	5	86	8	57	80	0	20	0	0.72
27582846--27582890	15	3.2	14	87	9	65	77	0	22	0	0.76
27583013--27583050	14	2.7	14	92	8	60	78	0	21	0	0.74
27582857--27583167	156	2.0	156	95	2	554	53	10	26	10	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27585245--27585292	25	1.9	25	91	0	78	39	16	31	12	1.86
27586285--27586420	34	3.9	34	74	9	98	31	28	10	29	1.90
27587460--27587498	19	2.2	17	90	9	60	48	0	0	51	1.00
27588649--27588843	60	3.1	65	86	8	285	17	18	13	50	1.78
27595958--27596072	49	2.3	49	86	3	149	27	18	17	36	1.93
27596073--27596166	23	3.9	25	77	17	83	21	22	18	38	1.93
27596102--27596177	23	3.3	23	92	3	118	17	26	21	35	1.95
27596432--27596546	57	2.0	57	80	9	128	43	6	6	44	1.53
27596489--27596735	81	3.1	80	88	3	345	40	7	10	40	1.68
27605539--27605569	5	6.2	5	96	0	53	22	3	0	74	0.96
27618174--27618308	48	2.9	44	75	11	128	37	3	3	55	1.35
27618349--27618387	19	2.2	17	86	9	51	28	2	2	66	1.18
27619174--27619316	76	1.9	76	83	2	189	37	14	22	25	1.93
27620165--27620206	15	2.7	15	79	17	50	50	4	0	45	1.23
27620171--27620237	15	4.4	15	73	16	57	47	5	1	44	1.36
27620438--27620464	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
27620111--27620802	366	1.9	366	88	2	1059	39	6	9	44	1.63
27638955--27639005	2	27.0	2	80	11	63	50	1	0	47	1.12
27642097--27642179	37	2.2	38	84	2	105	38	15	15	30	1.89
27642097--27642196	37	2.7	37	76	7	94	39	15	18	28	1.90
27642414--27642458	20	2.4	19	85	7	56	48	13	6	31	1.68
27642409--27642465	29	2.0	29	85	0	78	49	12	7	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27642460--27642498	14	2.6	16	84	15	57	61	2	2	33	1.23
27642917--27643000	38	2.2	38	87	6	118	35	13	19	32	1.90
27647522--27647597	27	2.9	27	80	3	75	31	21	14	32	1.93
27647546--27647596	26	1.9	27	84	4	68	33	23	11	31	1.91
27648878--27648959	37	2.2	37	97	0	155	28	9	36	25	1.88
27649018--27649070	2	26.5	2	96	0	97	49	0	1	49	1.12
27649291--27649464	71	2.5	70	84	0	204	22	20	24	31	1.98
27650488--27650541	27	2.0	27	88	0	81	33	12	14	38	1.85
27650528--27650611	30	2.8	31	90	3	111	28	23	17	29	1.97
27650562--27650677	27	4.2	27	88	3	142	29	23	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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