genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   

This is table  39  of  103  ( 12320 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14681639--14681757	43	2.8	43	85	2	159	21	19	37	21	1.94
14682101--14682243	59	2.4	60	85	9	202	23	18	23	34	1.96
14690192--14691184	497	2.0	497	95	0	1783	35	12	21	31	1.90
14698178--14698217	19	2.0	20	95	4	73	30	0	27	42	1.56
14700687--14700761	20	3.7	20	80	3	78	70	1	26	1	1.03
14703330--14703372	22	2.0	23	90	9	72	30	25	18	25	1.98
14703640--14703695	23	2.4	23	84	0	85	28	42	5	23	1.76
14703690--14703821	43	3.1	43	76	0	111	22	34	18	25	1.96
14707492--14707542	5	10.4	5	78	4	50	74	3	19	1	1.07
14707492--14707542	15	3.5	14	86	7	66	74	3	19	1	1.07
14721002--14721056	5	10.8	5	92	3	83	0	23	0	76	0.79
14721573--14721617	16	2.6	18	79	13	58	2	22	4	71	1.15
14721828--14721861	17	2.0	17	94	0	59	38	2	0	58	1.13
14722619--14722872	71	3.6	71	81	5	295	37	6	10	45	1.64
14722619--14722892	142	1.9	139	87	5	399	37	6	11	44	1.66
14722619--14722892	35	7.8	35	80	3	266	37	6	11	44	1.66
14724653--14724793	29	5.0	28	82	6	167	40	12	12	34	1.81
14724653--14724804	57	2.7	56	83	4	187	40	11	11	36	1.78
14724968--14725000	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
14732037--14732087	15	3.4	15	86	5	68	49	11	3	35	1.58
14734854--14734917	28	2.2	29	83	2	76	45	18	6	29	1.74
14738374--14738511	28	4.9	28	90	0	204	35	13	13	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14743585--14743855	74	3.7	73	81	10	309	21	19	16	42	1.89
14743585--14743855	148	1.8	147	84	3	375	21	19	16	42	1.89
14744928--14744952	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
14747179--14747292	35	3.2	36	85	10	130	28	33	14	23	1.94
14747266--14747367	52	2.0	52	92	0	168	28	33	14	23	1.94
14748183--14748214	15	2.1	15	94	0	55	75	0	21	3	0.95
14760030--14760249	29	7.6	29	83	5	266	36	11	12	38	1.80
14760030--14760249	57	3.8	57	80	5	262	36	11	12	38	1.80
14767130--14767279	46	3.3	46	79	12	202	28	37	10	23	1.88
14767166--14767380	43	4.9	43	82	7	272	27	37	12	22	1.90
14767126--14767380	89	2.9	89	91	4	394	27	37	12	22	1.90
14768167--14768209	21	2.0	21	86	0	59	46	9	27	16	1.77
14771129--14771181	28	1.9	27	88	3	79	26	18	20	33	1.96
14771626--14771708	36	2.2	38	87	6	116	20	15	36	27	1.93
14777485--14777509	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14778733--14778770	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
14780264--14780288	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14786742--14786779	19	2.0	19	94	0	67	26	2	31	39	1.70
14789594--14789644	15	3.4	15	80	0	57	31	1	15	50	1.55
14798218--14798268	27	1.9	26	92	4	84	31	5	29	33	1.81
14802815--14802869	27	2.0	27	82	6	67	67	3	25	3	1.23
14807861--14807935	25	2.8	26	88	6	107	16	24	14	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14807923--14807971	21	2.3	20	80	10	53	4	18	0	77	0.92
14807992--14808034	22	2.0	22	90	0	68	11	48	9	30	1.71
14808279--14808326	25	1.9	25	83	8	62	25	25	6	43	1.77
14814014--14814374	178	2.0	177	92	1	598	48	15	14	21	1.80
14819854--14819972	63	1.9	62	89	5	186	38	8	10	42	1.70
14821498--14821546	23	2.1	24	85	11	66	57	2	20	20	1.51
14821772--14821809	20	2.0	20	94	5	69	13	36	10	39	1.79
14823564--14823668	32	3.2	32	73	12	95	30	11	22	35	1.90
14823544--14823701	67	2.3	67	83	3	192	29	9	24	37	1.87
14836089--14836321	117	2.0	117	95	0	421	21	20	33	24	1.97
14837442--14837551	35	3.2	35	74	7	109	30	12	24	31	1.93
14837420--14837581	67	2.4	67	88	2	227	26	13	25	34	1.93
14837458--14837581	32	3.8	32	75	10	115	26	14	26	32	1.95
14837457--14837595	67	2.1	67	90	0	215	28	12	26	32	1.93
14838350--14838476	43	3.0	42	88	9	177	25	18	33	22	1.96
14838595--14838640	24	1.9	24	82	8	58	36	10	13	39	1.79
14852847--14852876	2	15.0	2	92	0	51	3	0	50	46	1.18
14866777--14866811	5	7.0	5	93	0	61	37	20	0	42	1.52
14868277--14868301	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14869424--14869481	28	2.1	28	84	9	75	24	22	22	31	1.99
14869535--14869572	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
14873724--14873763	5	8.0	5	91	0	62	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14873807--14873849	15	2.9	15	85	0	59	46	16	6	30	1.73
14875243--14875268	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
14876394--14876445	28	1.9	27	84	7	70	28	21	19	30	1.97
14876499--14876536	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
14882551--14882710	28	5.4	30	77	8	168	42	9	7	40	1.65
14882551--14882713	30	5.5	29	78	11	152	42	9	7	40	1.66
14882541--14882710	90	1.9	89	86	3	243	40	10	7	42	1.67
14884493--14884650	63	2.5	63	89	2	228	25	36	16	21	1.94
14889870--14889907	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
14895680--14895793	38	3.0	38	89	0	165	29	34	7	28	1.85
14895707--14895804	38	2.6	37	88	4	119	28	35	6	29	1.81
14895707--14895816	38	3.0	36	85	9	116	29	36	5	29	1.80
14911741--14911774	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
14912300--14912537	68	3.5	68	78	8	234	37	9	20	32	1.84
14912995--14913036	21	2.0	21	86	9	59	40	11	16	30	1.85
14914797--14914844	23	2.1	23	84	7	62	35	33	0	31	1.58
14919957--14920062	37	2.9	37	74	13	92	33	6	8	51	1.58
14926799--14926831	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
14926973--14927146	29	6.0	28	80	9	179	37	13	8	40	1.75
14926983--14927146	59	2.8	58	85	6	217	39	12	8	39	1.74
14926973--14927143	28	5.9	28	81	7	180	38	13	8	40	1.74
14931261--14931642	57	6.8	57	75	9	295	35	11	12	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14931261--14931642	28	13.6	29	73	8	290	35	11	12	40	1.79
14931371--14931632	142	1.9	141	85	2	364	36	9	12	40	1.77
14934174--14934218	21	2.2	20	84	11	56	15	20	6	57	1.60
14938818--14938861	22	2.0	22	86	4	63	27	18	15	38	1.91
14938824--14938868	21	2.1	22	83	4	56	31	15	17	35	1.92
14948394--14949183	171	4.6	169	83	2	898	40	11	14	33	1.82
14948402--14949183	343	2.3	342	83	2	962	40	11	13	33	1.81
14957677--14957720	22	2.0	22	86	0	61	43	18	6	31	1.76
14960892--14963936	171	17.8	170	76	6	2171	36	15	14	32	1.88
14960905--14963936	512	5.9	509	77	5	2420	36	15	14	32	1.88
14964960--14971101	171	36.0	171	77	6	4940	36	15	15	32	1.88
14975828--14975930	38	2.7	38	81	3	116	22	19	36	21	1.95
14977817--14977861	19	2.3	19	92	3	72	71	0	26	2	0.98
14977807--14977854	19	2.3	21	75	20	55	72	2	22	2	1.05
14977818--14977854	9	4.0	9	89	6	56	75	0	21	2	0.92
14981353--14981384	16	2.0	16	93	0	55	46	18	3	31	1.65
14981453--14981493	20	2.0	20	95	0	73	43	14	0	41	1.45
14982374--14982505	66	2.0	66	88	2	194	25	36	19	18	1.95
14993219--14993243	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14999884--14999921	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
15001149--15001183	16	2.2	16	89	0	52	40	2	8	48	1.49
15001434--15001686	129	2.0	129	91	0	407	22	17	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15014446--15014571	37	3.4	37	84	9	161	26	34	7	30	1.85
15014565--15014607	20	2.1	21	82	4	52	39	27	4	27	1.76
15015064--15015104	20	2.0	20	95	0	73	39	0	17	43	1.49
15015073--15015121	25	2.0	25	84	8	64	40	0	22	36	1.54
15020593--15020702	37	3.0	37	90	0	184	27	40	9	22	1.84
15020693--15020734	20	2.0	21	86	4	59	38	28	2	30	1.70
15021376--15021415	20	2.0	20	90	9	64	40	10	32	17	1.83
15022083--15023433	171	7.9	171	81	4	1367	36	14	14	33	1.87
15022083--15023433	337	4.0	339	81	3	1403	36	14	14	33	1.87
15024781--15024880	36	2.8	35	80	6	119	23	12	37	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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