genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39371879

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1883001--1883074	22	3.3	21	80	10	76	35	2	4	58	1.31
1883371--1883411	15	2.7	15	88	3	55	51	2	0	46	1.14
1883456--1883510	22	2.6	21	82	5	65	40	0	0	60	0.97
1889709--1889762	28	2.0	26	92	3	81	42	3	38	12	1.61
1889692--1889726	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
1894831--1894864	15	2.2	16	89	5	52	76	14	5	2	1.09
1914954--1914989	3	12.0	3	88	11	56	33	0	33	33	1.58
1922449--1922492	21	2.0	21	86	8	61	59	0	0	40	0.98
1923026--1923083	25	2.3	25	100	0	116	27	20	20	31	1.98
1950917--1950958	11	3.9	11	84	6	59	54	0	0	45	0.99
1951406--1951436	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
1967277--1967315	18	2.2	18	100	0	78	28	15	30	25	1.96
1968070--1968113	17	2.5	17	85	10	54	43	9	0	45	1.35
1968241--1968294	25	2.2	25	86	6	74	20	1	1	75	0.98
1968349--1968391	21	2.0	21	82	8	52	34	4	0	60	1.17
1968413--1968561	77	1.9	77	84	0	199	49	4	10	36	1.55
1978428--1978520	2	46.5	2	87	6	127	45	1	2	50	1.20
1981243--1981271	14	2.1	14	100	0	58	20	0	6	72	1.07
1981406--1981443	16	2.4	16	95	0	67	18	31	15	34	1.92
1981891--1981924	7	4.9	7	96	0	59	44	0	8	47	1.34
1982795--1982926	14	9.0	15	67	23	61	31	1	0	66	1.01
1982805--1982892	35	2.6	34	82	10	101	31	2	0	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1982818--1982885	10	6.3	10	71	15	55	30	1	0	67	0.99
1982817--1982929	55	2.1	53	85	12	151	30	1	0	68	1.00
1982758--1982932	20	9.6	19	65	19	70	30	2	0	66	1.04
1982890--1982931	15	2.9	15	85	3	59	28	0	0	71	0.86
1985774--1985849	26	2.8	26	78	9	82	76	0	2	21	0.91
1986611--1986636	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1986612--1986710	45	2.2	45	92	7	173	49	8	6	35	1.57
1987219--1987267	5	9.6	5	86	4	71	75	2	22	0	0.90
1988723--1988767	21	2.1	21	84	8	56	31	0	4	64	1.13
1988736--1988811	30	2.5	30	84	0	107	39	0	2	57	1.12
1991268--1991378	57	1.9	57	87	3	161	37	7	9	45	1.63
1998300--1998357	19	3.2	18	77	20	59	68	3	18	8	1.30
1998878--1998941	27	2.4	27	84	10	78	31	3	0	65	1.08
2003003--2003054	21	2.4	22	83	6	61	50	1	0	48	1.12
2012520--2012558	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
2014165--2014217	13	4.1	13	78	7	54	24	0	0	75	0.80
2014167--2014213	4	11.2	4	78	17	51	25	0	0	74	0.82
2014168--2014216	25	2.0	25	91	0	80	26	0	0	73	0.83
2014175--2014233	25	2.3	25	82	8	66	27	3	0	69	1.04
2014359--2014393	16	2.2	16	90	5	54	40	0	0	60	0.97
2029759--2029791	11	2.8	12	90	9	50	42	3	0	54	1.15
2034171--2034285	30	3.8	29	82	7	122	57	0	3	39	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034364--2034408	22	2.1	21	84	12	56	46	6	2	44	1.42
2036051--2036118	33	2.1	33	91	5	111	22	16	14	47	1.82
2036746--2036815	34	2.1	34	86	0	95	27	17	21	34	1.95
2036806--2036858	18	2.9	18	82	0	70	28	18	20	32	1.97
2036807--2036880	18	4.1	18	78	0	58	31	17	17	33	1.93
2038377--2038401	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
2038380--2038421	19	2.2	20	83	8	52	33	0	7	59	1.25
2038535--2038594	25	2.4	25	85	0	93	26	23	13	36	1.92
2038808--2039874	163	6.8	162	80	9	870	42	12	8	36	1.74
2038808--2039521	327	2.2	325	81	7	815	41	12	8	36	1.74
2039310--2039664	145	2.4	145	86	3	475	42	12	8	36	1.73
2043108--2043325	109	2.0	109	93	1	375	24	17	13	44	1.85
2053368--2053471	30	3.5	30	84	1	120	36	1	2	58	1.24
2062823--2062869	18	2.6	18	77	19	53	34	0	2	63	1.06
2067149--2067186	20	1.9	20	84	10	51	47	2	7	42	1.46
2068575--2068761	81	2.3	81	81	4	198	39	20	18	21	1.93
2076657--2076721	30	2.2	30	91	0	103	53	4	4	36	1.42
2078757--2078805	5	10.0	5	78	12	57	46	0	0	53	1.00
2078750--2078785	13	2.8	13	91	0	63	41	0	0	58	0.98
2078765--2078811	8	5.6	8	76	18	51	48	0	0	51	1.00
2078882--2078934	23	2.5	21	81	9	63	66	0	0	33	0.92
2084675--2085353	241	2.9	235	87	4	953	34	11	14	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086601--2086723	64	1.9	64	91	3	203	34	20	17	27	1.95
2093343--2093455	58	1.9	58	89	3	174	13	15	22	49	1.78
2098124--2098240	58	2.0	58	88	6	175	16	14	20	48	1.80
2117077--2117217	69	2.0	69	90	2	221	39	4	8	48	1.53
2121022--2121056	18	1.9	18	88	0	52	45	8	5	40	1.58
2124912--2124959	4	12.0	4	88	0	69	45	2	2	50	1.25
2124912--2124959	10	4.8	10	92	0	69	45	2	2	50	1.25
2137307--2137341	11	3.1	11	84	8	52	31	0	2	65	1.07
2147305--2147331	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2148467--2148499	16	2.1	16	100	0	66	24	18	18	39	1.92
2148772--2148902	55	2.4	55	81	0	145	13	12	32	41	1.82
2148929--2149008	31	2.6	31	88	4	108	25	15	25	35	1.94
2152408--2152676	31	8.7	31	79	6	258	40	21	15	23	1.91
2152408--2152676	93	2.9	93	80	8	296	40	21	15	23	1.91
2152400--2152677	62	4.5	62	78	9	289	40	20	15	23	1.91
2153312--2153362	15	3.4	15	83	5	59	47	3	13	35	1.62
2153312--2153359	16	3.1	16	81	6	62	45	4	14	35	1.64
2153312--2153369	14	3.9	15	78	14	59	51	3	12	32	1.56
2154872--2155070	62	3.2	62	85	4	249	40	19	20	20	1.92
2154840--2155078	31	7.7	31	73	6	189	40	18	19	21	1.91
2155436--2155931	156	3.2	156	85	0	652	28	18	18	34	1.95
2157564--2157855	62	4.7	62	82	2	318	36	20	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157563--2157835	93	2.9	93	85	2	343	36	20	16	26	1.94
2157564--2157855	31	9.4	31	86	0	289	36	20	16	26	1.94
2158464--2158518	23	2.4	23	84	0	65	23	30	18	27	1.97
2158485--2158708	47	4.8	46	81	5	218	21	34	16	27	1.95
2158435--2158565	70	1.9	70	88	3	201	22	32	17	26	1.96
2158504--2158743	93	2.6	93	84	3	286	20	34	17	28	1.95
2158504--2158764	94	2.8	93	81	3	274	21	34	16	27	1.95
2159516--2159548	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2160836--2160887	26	2.0	26	92	0	86	51	9	5	32	1.58
2165113--2165170	26	2.2	27	81	9	66	36	0	1	62	1.06
2165232--2165263	16	2.1	16	94	5	57	34	0	0	65	0.93
2165212--2165475	125	2.1	129	83	8	328	38	2	4	54	1.33
2166481--2166517	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2172879--2172950	30	2.4	30	85	2	90	27	5	4	62	1.36
2174306--2174447	70	2.0	69	94	1	248	33	13	15	38	1.86
2187723--2187747	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2194388--2194423	18	2.0	18	100	0	72	22	22	33	22	1.97
2200423--2200750	117	2.8	117	90	2	498	28	20	24	26	1.99
2201748--2201819	29	2.4	31	81	6	87	31	0	4	63	1.13
2222403--2222491	30	3.0	30	83	8	110	38	2	2	57	1.24
2222463--2222511	22	2.3	21	78	3	53	46	0	0	53	1.00
2224831--2224906	29	2.6	29	78	14	84	32	10	6	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232196--2232525	165	2.0	165	91	3	540	40	24	9	25	1.85
2234297--2234387	27	3.4	27	81	0	101	27	19	27	25	1.99
2266653--2266682	14	2.1	14	100	0	60	43	20	30	6	1.77
2274610--2274675	17	3.5	17	70	23	51	54	0	4	40	1.21
2274713--2274779	26	2.6	25	79	6	80	58	1	0	40	1.07
2277238--2277332	45	2.1	45	82	7	113	30	14	22	32	1.94
2277295--2277355	24	2.5	24	86	0	86	36	18	18	27	1.94
2277366--2277503	26	5.1	27	74	17	92	42	13	10	33	1.78
2277395--2277471	24	3.1	23	78	10	73	45	14	10	29	1.78
2277441--2277523	29	2.8	29	90	1	121	45	14	4	34	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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