genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16099665

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134681--2134709	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2135425--2135460	8	4.4	8	89	3	54	41	0	0	58	0.98
2138048--2138289	130	1.9	129	80	7	285	39	10	12	37	1.78
2137743--2138679	305	3.1	303	78	7	991	36	12	14	36	1.85
2138713--2138782	35	2.0	35	85	0	95	32	11	18	37	1.87
2141974--2142039	24	2.7	25	92	4	116	39	25	7	27	1.83
2142019--2142115	28	3.6	28	78	6	94	46	24	5	23	1.73
2142835--2143490	187	3.5	184	84	6	831	42	10	11	35	1.77
2149986--2150030	21	2.2	21	84	4	56	44	8	24	22	1.81
2150691--2150788	34	2.9	34	83	7	119	37	17	11	33	1.85
2152191--2152242	26	2.0	26	88	0	77	44	0	9	46	1.36
2154656--2154691	9	3.9	9	88	3	54	16	8	0	75	1.04
2158563--2158623	31	2.0	30	87	3	86	19	11	9	59	1.60
2164322--2164357	15	2.4	15	90	0	54	22	8	5	63	1.43
2164755--2164859	48	2.2	48	83	6	124	44	8	17	29	1.78
2164903--2165049	51	2.7	54	72	12	149	45	12	15	26	1.81
2169178--2169230	18	2.9	18	83	13	56	15	0	9	75	1.04
2169188--2169230	19	2.3	18	88	11	61	16	0	6	76	0.99
2171176--2171217	19	2.3	19	88	8	61	7	4	7	80	1.00
2172898--2172962	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
2187991--2188190	87	2.3	90	80	7	248	48	7	7	37	1.59
2188269--2188300	13	2.6	12	90	9	55	46	0	6	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188579--2188619	21	2.0	20	90	4	64	56	2	2	39	1.26
2191895--2191936	22	1.9	22	85	9	59	35	0	9	54	1.33
2192918--2192974	26	2.2	26	90	0	87	38	5	1	54	1.33
2195569--2196074	207	2.5	201	78	8	493	41	11	11	35	1.78
2196137--2196200	24	2.7	24	82	0	74	28	34	6	31	1.82
2196919--2196996	38	2.1	38	100	0	156	44	17	2	34	1.63
2203907--2203970	31	2.1	31	100	0	128	45	15	9	29	1.78
2205943--2205988	19	2.5	20	89	10	71	13	4	2	80	0.95
2216092--2216197	3	36.0	3	70	17	62	28	7	0	63	1.28
2216950--2217001	15	3.4	14	84	10	59	17	3	0	78	0.89
2216951--2217009	7	7.9	7	77	9	55	16	3	1	77	0.98
2216967--2217026	24	2.5	24	89	8	86	16	6	1	75	1.10
2216966--2217026	25	2.5	25	84	10	81	16	6	1	75	1.09
2217081--2217115	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2217767--2217848	43	1.9	43	92	0	137	21	10	4	62	1.47
2227442--2227565	66	1.9	65	88	5	187	64	11	10	13	1.50
2227517--2227633	54	2.1	54	87	1	162	61	11	9	17	1.55
2227718--2229103	692	2.0	692	98	0	2691	32	15	16	35	1.90
2229160--2229431	114	2.4	113	74	7	255	25	25	13	35	1.93
2229685--2229725	10	4.1	10	100	0	82	39	12	0	48	1.41
2229686--2229805	3	40.0	3	69	21	56	33	5	3	58	1.36
2229706--2229780	26	2.7	26	83	12	78	36	4	5	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230565--2230666	14	7.2	14	69	10	73	15	7	1	74	1.13
2230593--2230650	25	2.4	24	81	16	66	15	8	3	72	1.23
2230563--2230624	28	2.2	29	82	8	83	17	8	0	74	1.06
2230704--2230738	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2235029--2235108	29	2.7	30	84	3	108	47	0	0	52	1.00
2237034--2237084	2	25.0	2	80	11	50	43	3	0	52	1.19
2237034--2237093	27	2.2	27	80	16	79	40	3	0	56	1.16
2238042--2238067	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2238243--2238302	24	2.5	24	86	7	79	38	1	1	58	1.18
2238246--2238302	7	7.9	7	77	13	53	38	1	1	57	1.19
2240365--2240403	20	2.0	20	85	5	53	41	5	5	48	1.47
2242169--2242212	22	2.0	22	81	0	52	34	2	13	50	1.55
2242980--2243018	20	2.0	20	100	0	78	25	20	20	33	1.97
2245923--2245968	10	4.6	10	94	5	76	6	10	0	82	0.83
2245934--2246005	10	6.7	11	80	4	60	9	16	0	73	1.08
2246282--2246339	24	2.4	25	79	2	64	8	18	1	70	1.21
2249328--2249381	21	2.6	20	83	13	65	81	1	1	14	0.86
2249345--2249370	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2254308--2254354	24	2.0	24	100	0	94	29	10	12	46	1.76
2259643--2259674	15	2.1	15	100	0	64	46	12	0	40	1.42
2264861--2264907	11	3.9	12	81	8	51	21	0	4	74	0.99
2266613--2266660	24	2.0	24	95	0	87	41	18	0	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266753--2266778	13	2.0	13	100	0	52	53	30	7	7	1.57
2272998--2273040	21	2.0	21	90	0	68	25	32	16	25	1.96
2278263--2278334	17	4.0	17	76	18	74	83	0	11	5	0.80
2278253--2278324	37	1.9	37	91	0	117	84	0	8	6	0.77
2278263--2278348	27	3.3	24	75	13	64	82	0	12	4	0.81
2278253--2278333	37	2.2	37	86	2	108	83	0	9	6	0.79
2279765--2279827	21	3.0	21	88	0	90	33	7	15	42	1.76
2280321--2280651	44	7.5	44	79	4	299	23	15	16	44	1.85
2280321--2280653	88	3.8	88	79	3	339	23	15	16	44	1.85
2280327--2280686	132	2.7	130	80	5	389	24	14	16	44	1.85
2280833--2280871	11	3.5	11	83	10	53	82	0	7	10	0.86
2281148--2281212	31	2.1	31	88	2	96	23	9	15	52	1.71
2283734--2283770	15	2.4	16	82	8	51	48	13	5	32	1.65
2288374--2288481	33	3.3	33	100	0	216	42	8	2	46	1.48
2289631--2289664	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2292520--2292571	26	2.0	26	100	0	104	50	19	0	30	1.48
2297901--2297941	19	2.2	19	90	0	64	9	12	4	73	1.24
2298486--2298532	23	2.1	23	88	11	71	57	4	17	21	1.56
2301193--2301258	22	3.1	21	79	14	64	25	0	4	69	1.07
2301224--2301261	3	13.3	3	83	10	53	28	0	2	68	1.03
2301210--2301271	25	2.5	24	89	5	88	27	3	3	66	1.23
2301633--2301694	24	2.6	24	80	12	74	72	0	6	20	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301652--2301686	13	2.6	14	90	4	54	68	0	8	22	1.16
2301787--2301907	55	2.2	56	83	5	156	42	7	14	34	1.74
2304860--2304892	7	4.9	7	85	7	50	84	0	3	12	0.72
2304942--2305067	3	46.3	3	68	21	82	59	4	0	34	1.24
2304943--2305084	5	27.6	5	75	19	98	59	5	0	34	1.26
2304946--2305067	8	15.8	8	75	19	91	59	4	0	35	1.25
2305076--2305137	20	3.2	20	77	6	65	46	9	4	38	1.58
2305656--2305862	55	3.8	55	74	10	163	41	14	20	24	1.89
2310598--2310636	20	2.0	19	85	5	51	20	2	0	76	0.90
2311573--2311616	16	2.8	16	80	16	56	81	0	4	13	0.83
2311573--2311614	22	2.0	20	86	9	57	83	0	2	14	0.75
2311651--2311777	3	45.3	3	68	18	69	58	3	3	34	1.32
2311652--2311777	25	5.2	24	74	13	102	57	3	3	34	1.33
2311723--2311775	20	2.7	20	82	5	72	64	3	0	32	1.12
2311732--2311785	16	3.1	18	76	17	69	62	7	0	29	1.22
2311651--2311811	78	2.1	77	82	9	193	56	5	3	34	1.38
2311724--2311815	33	2.7	33	81	6	96	58	7	1	32	1.33
2311795--2311847	25	2.2	23	86	6	70	49	9	1	39	1.46
2311907--2311945	19	2.1	19	90	0	60	53	10	7	28	1.62
2313836--2313913	36	2.2	35	80	8	86	7	11	8	71	1.30
2313882--2313921	13	3.0	13	85	3	53	7	12	5	75	1.18
2329896--2329945	16	3.1	16	76	0	55	46	0	2	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330151--2330244	27	3.5	26	73	15	77	55	1	0	43	1.06
2330166--2330248	27	3.1	26	78	14	89	51	0	0	48	1.00
2330279--2330316	18	2.1	18	85	9	51	52	0	0	47	1.00
2334111--2334157	2	24.0	2	82	4	60	51	0	2	46	1.13
2335311--2335342	17	1.9	16	93	6	55	46	0	0	53	1.00
2335634--2335667	13	2.8	13	91	8	54	11	29	0	58	1.33
2336210--2336260	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2336390--2336487	31	3.2	31	72	13	85	44	17	14	23	1.85
2353108--2353133	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2357630--2357708	40	2.0	40	85	9	108	41	5	13	39	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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