genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16099665

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721115--8721342	22	10.5	22	68	11	87	49	6	7	36	1.57
8721284--8721326	19	2.2	20	80	12	54	44	2	9	44	1.49
8721295--8721402	22	5.0	22	72	7	62	45	4	7	42	1.53
8721371--8721415	22	2.2	21	84	11	58	51	2	6	40	1.41
8721352--8721450	52	1.9	52	83	8	130	46	6	4	43	1.47
8721511--8721580	22	3.2	22	83	0	86	44	14	10	31	1.78
8721907--8721971	22	3.0	22	86	0	85	52	6	9	32	1.58
8722018--8722185	22	7.6	22	67	14	85	48	7	8	36	1.61
8722246--8722343	22	4.5	22	71	14	67	46	7	12	33	1.68
8722295--8722345	22	2.3	22	86	6	68	43	3	11	41	1.60
8722708--8722777	31	2.3	30	76	11	72	48	5	14	31	1.67
8722873--8722898	12	2.2	12	100	0	52	38	15	0	46	1.46
8722845--8722929	40	2.1	40	95	0	152	32	16	4	45	1.68
8723805--8723835	15	2.0	16	93	6	55	32	0	12	54	1.38
8725845--8725877	15	2.2	15	89	10	50	48	0	3	48	1.17
8728131--8728187	22	2.6	22	82	0	69	47	0	14	38	1.44
8728320--8728415	22	4.4	22	77	0	93	45	5	11	37	1.63
8728458--8728557	22	4.7	21	72	14	71	50	8	7	35	1.59
8728622--8728730	42	2.7	41	80	7	105	52	3	8	35	1.49
8728477--8728730	22	11.8	22	70	6	110	49	5	8	36	1.58
8728681--8728723	19	2.2	20	84	12	63	41	2	11	44	1.53
8728748--8728799	22	2.4	22	80	6	52	44	3	9	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8728818--8728999	22	8.3	22	71	11	97	46	10	8	34	1.70
8729339--8729389	22	2.3	22	82	0	66	52	3	11	31	1.56
8729398--8729595	44	4.5	44	77	12	163	47	6	9	36	1.62
8729425--8729585	22	7.3	22	66	15	64	47	7	9	36	1.64
8729354--8729565	89	2.4	88	77	6	205	45	6	10	37	1.65
8729437--8729612	43	4.0	44	79	10	128	47	7	9	35	1.65
8729692--8730037	22	15.6	22	69	11	109	45	5	10	38	1.61
8729911--8730032	44	2.8	44	72	5	120	43	3	11	41	1.57
8731863--8731900	12	3.2	12	100	0	76	39	15	0	44	1.47
8732804--8732834	15	2.0	16	93	6	55	32	0	12	54	1.38
8733746--8733776	15	2.0	16	93	6	55	32	0	9	58	1.31
8734328--8734594	58	4.6	58	91	5	389	35	13	8	43	1.73
8737346--8737384	9	4.8	8	84	15	53	10	2	0	87	0.65
8737347--8737390	16	2.8	16	92	0	70	9	2	2	86	0.75
8737528--8737770	42	5.7	44	83	5	232	42	18	15	23	1.88
8737527--8737829	45	7.2	42	79	5	249	42	19	14	23	1.88
8737527--8737771	87	2.9	87	87	3	329	42	18	15	23	1.88
8737562--8737894	42	8.0	41	76	6	253	40	18	14	26	1.89
8738221--8738280	21	2.8	22	69	2	59	35	13	8	43	1.74
8738932--8739067	63	2.2	63	85	2	193	29	22	11	36	1.89
8739769--8739811	19	2.3	18	84	4	50	4	16	0	79	0.90
8743806--8744074	58	4.6	57	84	9	303	36	13	7	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8743804--8744074	118	2.3	117	86	6	354	36	13	7	42	1.73
8746623--8746676	22	2.6	20	75	11	63	72	3	3	20	1.16
8747204--8747237	16	2.1	16	94	0	59	35	0	8	55	1.31
8747475--8747508	17	2.0	17	88	0	50	26	8	5	58	1.51
8750883--8750918	2	17.5	2	88	5	54	47	5	0	47	1.25
8750965--8751230	147	1.8	148	87	2	401	40	5	5	47	1.50
8751592--8751892	154	2.0	153	86	4	426	41	4	5	47	1.48
8754496--8754784	22	13.2	22	68	13	116	51	3	8	36	1.50
8754592--8754787	65	3.0	66	79	5	202	52	4	8	35	1.51
8755080--8755732	22	29.9	22	69	13	195	49	6	9	35	1.60
8755723--8755787	22	3.0	22	95	0	112	43	1	10	44	1.48
8755587--8755977	66	5.8	66	73	12	176	46	7	8	37	1.62
8755801--8755904	22	4.8	22	75	9	88	49	9	4	36	1.57
8755886--8755977	22	4.2	22	75	10	89	45	6	10	36	1.65
8755807--8755977	65	2.6	66	82	9	181	47	7	7	36	1.60
8756216--8756267	22	2.4	22	80	0	59	48	5	7	38	1.56
8756249--8756312	23	2.8	23	81	9	78	43	7	10	37	1.69
8756227--8756301	22	3.3	23	81	7	75	48	6	9	36	1.62
8757973--8758263	144	2.0	144	96	0	537	38	9	8	42	1.70
8766024--8766052	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8767253--8767291	16	2.5	16	87	4	53	30	30	7	30	1.85
8767264--8767294	16	1.9	16	100	0	62	25	38	6	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769142--8769172	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8776090--8776119	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8784342--8784385	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
8786461--8786503	22	2.0	22	90	0	68	44	9	11	34	1.73
8786472--8786522	21	2.4	22	83	9	61	50	11	7	29	1.67
8789357--8789400	23	2.0	23	86	4	63	56	9	18	15	1.65
8789513--8789556	22	2.0	22	90	0	70	45	13	9	31	1.75
8793391--8793440	24	2.1	24	81	7	57	52	8	20	20	1.71
8793582--8793625	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
8797644--8797699	6	9.7	6	80	3	62	30	0	1	67	1.01
8797627--8797699	12	6.4	11	77	16	69	28	1	1	68	1.06
8797622--8797699	22	3.6	22	79	12	74	28	1	1	69	1.04
8797615--8797699	40	2.0	43	88	6	131	29	1	1	68	1.05
8797650--8797700	16	2.9	18	80	11	61	31	0	1	66	1.03
8806497--8806540	18	2.3	18	84	7	52	20	0	20	59	1.39
8809980--8810084	33	3.2	33	73	0	84	27	20	34	18	1.95
8810026--8810105	18	4.6	18	78	9	85	26	23	35	15	1.94
8810037--8810150	15	7.2	15	73	5	66	25	21	35	17	1.95
8810119--8810159	15	2.7	15	84	0	64	21	14	36	26	1.93
8810498--8810548	25	2.0	25	81	14	59	33	19	9	37	1.85
8815191--8815247	30	1.9	30	85	7	80	15	0	19	64	1.28
8815775--8815810	3	12.0	3	93	0	63	30	0	2	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819876--8819970	5	18.2	5	69	25	56	38	4	2	54	1.32
8819914--8819971	3	20.3	3	79	10	68	36	3	0	60	1.14
8819886--8819971	8	10.0	8	76	10	73	38	3	2	55	1.29
8819972--8820028	23	2.4	23	85	8	71	3	15	0	80	0.84
8821112--8821153	17	2.5	17	80	11	50	61	11	0	26	1.30
8823007--8823050	18	2.2	20	88	11	65	50	0	0	50	1.00
8824538--8824572	18	1.9	18	88	0	52	25	40	8	25	1.84
8825158--8825194	15	2.5	15	86	0	56	32	21	35	10	1.88
8825141--8825238	18	5.6	18	83	7	112	25	24	33	16	1.96
8825095--8825199	33	3.2	33	77	0	102	28	20	33	17	1.95
8825252--8825292	15	2.7	15	80	0	55	24	14	34	26	1.94
8830758--8830817	32	1.9	31	86	3	84	43	15	13	28	1.84
8842979--8843018	20	2.0	20	100	0	80	65	10	5	20	1.42
8850331--8850407	32	2.4	32	91	0	118	31	9	19	40	1.83
8852959--8852991	17	1.9	17	93	0	57	45	0	6	48	1.27
8853125--8853149	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8853165--8853222	26	2.4	24	82	8	73	48	5	1	44	1.35
8864792--8864831	20	2.0	20	100	0	80	65	10	5	20	1.42
8872149--8872225	32	2.4	32	86	0	100	28	10	20	40	1.86
8874884--8875020	18	7.8	18	66	18	58	42	0	2	54	1.21
8886474--8886870	42	9.5	41	83	5	431	43	18	12	25	1.85
8886474--8886876	83	4.8	82	82	6	443	43	18	12	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8886788--8887043	127	2.0	127	99	0	503	36	20	15	27	1.93
8886920--8886996	41	1.9	40	94	2	136	45	22	10	22	1.82
8887431--8887870	157	2.8	158	85	2	571	33	17	10	38	1.84
8887398--8887870	236	2.0	238	86	3	659	33	17	11	37	1.85
8887398--8887870	79	6.0	79	86	2	594	33	17	11	37	1.85
8888246--8888374	63	2.0	63	83	2	161	29	27	8	34	1.86
8889076--8889120	8	5.5	8	94	5	81	11	0	0	88	0.50
8889056--8889120	16	3.9	16	87	6	85	10	4	0	84	0.75
8889465--8889512	26	1.9	24	83	8	60	6	14	2	77	1.06
8891895--8891937	20	2.2	20	91	0	68	46	4	20	27	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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