genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16099665

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14787217--14787281	20	3.2	20	79	10	62	47	21	0	30	1.51
14787258--14787363	7	15.6	7	70	13	69	45	25	0	28	1.60
14787199--14787275	27	2.8	28	81	11	88	49	20	0	29	1.49
14787232--14787329	20	4.8	20	76	12	76	48	23	0	27	1.51
14787665--14787698	17	2.1	16	88	5	50	32	0	8	58	1.29
14789445--14789515	13	5.3	13	72	11	54	46	19	2	30	1.64
14789444--14789518	20	3.8	20	74	13	73	44	21	2	32	1.66
14789626--14789672	20	2.3	21	85	3	60	44	34	0	21	1.52
14789630--14789833	14	14.9	14	64	14	50	43	30	0	25	1.61
14789817--14789873	20	2.8	20	82	12	64	49	28	1	21	1.59
14790096--14790534	7	66.4	7	71	15	174	45	30	1	22	1.61
14790181--14790210	11	2.7	11	94	0	51	40	40	0	20	1.52
14790096--14790534	20	22.1	20	69	16	195	45	30	1	22	1.61
14790018--14790566	26	20.8	26	69	11	158	45	31	1	21	1.59
14790452--14790567	34	3.3	34	75	17	110	43	32	0	23	1.54
14790189--14790534	13	26.8	13	73	14	190	44	31	0	22	1.59
14790344--14790560	7	32.0	7	70	19	52	45	32	0	22	1.52
14790351--14790567	73	2.9	73	84	6	217	45	32	0	22	1.53
14790659--14790768	7	16.4	7	81	10	63	50	31	0	18	1.47
14790659--14790714	27	2.1	27	83	6	69	57	32	0	10	1.33
14790658--14790711	20	2.7	20	82	5	65	57	33	0	9	1.31
14790679--14790748	20	3.6	19	81	9	61	47	32	0	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14792932--14792956	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14796317--14796410	39	2.4	39	80	3	109	19	1	58	21	1.45
14796928--14796976	25	1.9	26	95	4	91	48	2	8	40	1.44
14797218--14797245	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
14803037--14803245	58	3.6	58	80	8	201	38	11	5	45	1.62
14803037--14803252	59	3.7	59	80	8	228	37	10	5	47	1.60
14803279--14803355	5	14.4	5	97	2	109	81	0	0	18	0.68
14803381--14803423	22	2.0	22	90	4	70	76	4	0	18	0.95
14803906--14803962	11	5.0	11	80	14	62	52	8	3	35	1.50
14803916--14803956	13	3.2	13	82	6	57	60	7	2	29	1.36
14804203--14804309	21	5.1	21	71	10	76	66	2	4	26	1.25
14804257--14804434	4	45.5	4	68	18	83	64	2	2	30	1.22
14804259--14804356	22	4.6	22	78	6	103	62	2	4	31	1.25
14804258--14804494	8	33.1	7	68	22	88	66	2	3	27	1.19
14804257--14804503	14	17.2	15	69	18	113	67	2	3	27	1.19
14804447--14804511	20	3.2	19	83	12	76	80	3	0	16	0.85
14804370--14804511	7	19.9	7	71	11	74	72	2	2	21	1.11
14805737--14806247	57	8.9	57	80	9	522	36	12	6	44	1.68
14805735--14806247	115	4.5	113	83	6	518	36	12	6	44	1.68
14808084--14808131	22	2.2	22	96	0	87	8	33	8	50	1.63
14808501--14808527	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
14808544--14809030	56	8.6	56	78	8	431	36	12	6	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14808545--14809044	169	2.9	169	85	5	636	36	12	6	44	1.68
14809059--14809089	6	5.3	6	92	7	55	83	0	0	16	0.64
14809060--14809085	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
14810871--14810916	22	2.1	22	95	0	83	8	32	8	50	1.64
14812801--14813041	58	4.1	58	91	7	373	34	12	9	43	1.75
14812801--14813041	117	2.1	116	91	6	389	34	12	9	43	1.75
14812999--14813081	40	2.0	41	88	4	123	37	10	9	42	1.73
14812941--14813125	99	1.9	100	90	5	304	34	12	8	44	1.72
14813565--14813602	20	1.9	20	94	0	67	23	18	26	31	1.97
14813566--14813610	20	2.3	20	88	3	65	26	22	24	26	2.00
14813663--14813732	31	2.2	32	80	12	83	27	24	21	27	1.99
14818589--14818618	15	2.1	15	93	6	53	33	3	0	63	1.11
14818622--14818683	23	2.7	23	81	18	60	51	0	0	48	1.00
14818649--14818698	20	2.5	19	75	12	55	54	0	0	46	1.00
14823380--14823413	12	2.8	12	90	0	50	35	8	11	44	1.72
14823966--14823998	12	2.8	12	95	0	57	15	12	24	48	1.78
14824005--14824034	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
14830803--14830836	13	2.5	14	85	9	52	20	5	5	67	1.33
14830807--14830843	13	3.0	13	84	7	51	21	5	8	64	1.40
14840723--14840756	13	2.7	13	90	4	52	88	8	2	0	0.62
14841798--14842575	73	10.8	73	79	8	711	21	22	12	43	1.86
14841798--14842572	142	5.4	141	81	4	784	21	22	13	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14841872--14842497	35	17.5	35	68	11	196	20	22	13	44	1.86
14841799--14842572	215	3.6	214	87	2	1052	21	22	13	43	1.86
14844125--14844167	22	1.9	23	85	4	61	44	0	6	48	1.29
14846045--14846245	63	3.4	59	84	11	254	33	16	6	43	1.74
14846045--14846263	119	1.8	121	85	6	313	33	15	5	44	1.71
14846288--14846372	6	13.7	6	68	19	50	76	1	7	15	1.06
14846288--14846336	16	3.1	15	80	11	53	77	0	6	16	0.96
14846307--14846352	20	2.2	21	84	3	58	76	2	6	15	1.09
14846727--14846765	19	2.0	20	85	5	53	33	15	23	28	1.95
14846789--14846829	19	2.1	19	86	4	55	21	19	29	29	1.98
14847322--14847420	3	32.3	3	73	18	64	64	4	0	31	1.12
14847322--14847432	6	16.1	7	72	20	60	64	4	0	30	1.13
14847559--14847597	21	1.9	21	89	5	62	15	28	35	20	1.93
14847766--14847982	40	5.3	40	90	7	330	38	20	17	23	1.93
14847766--14847982	82	2.7	81	94	2	364	38	20	17	23	1.93
14849927--14849954	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
14850496--14850537	22	2.0	22	86	13	61	38	0	4	57	1.20
14851066--14851105	19	2.1	19	95	0	71	52	10	12	25	1.70
14852326--14852362	15	2.5	15	91	4	58	72	5	0	21	1.04
14853135--14853174	15	2.8	14	85	7	53	42	0	5	52	1.23
14853532--14853568	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
14854010--14854058	15	3.3	14	80	11	53	55	4	0	40	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854195--14854272	38	2.1	38	97	0	147	35	8	6	48	1.60
14855092--14855122	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
14855094--14855130	12	3.2	12	88	7	51	59	0	0	40	0.97
14856247--14856334	45	2.0	44	97	2	167	51	9	2	37	1.46
14856537--14856574	13	2.7	14	80	11	51	36	0	5	57	1.21
14856585--14856633	25	2.0	25	88	8	73	24	2	2	71	1.07
14856760--14856812	13	4.3	12	75	13	54	41	3	0	54	1.18
14856760--14856822	31	2.0	33	84	12	87	42	3	1	52	1.27
14864124--14864161	20	1.9	20	84	10	51	42	5	5	47	1.48
14866283--14866331	11	4.5	11	82	5	55	59	2	2	36	1.21
14866281--14866415	19	6.9	18	73	12	99	54	2	2	39	1.31
14866281--14866415	10	13.8	9	74	14	99	54	2	2	39	1.31
14866472--14866524	10	5.6	9	78	10	52	73	3	0	22	0.99
14866670--14866696	13	2.1	13	100	0	54	22	7	0	70	1.12
14866681--14866745	19	3.5	19	74	4	69	24	1	6	67	1.22
14866862--14866891	15	2.0	15	93	0	51	36	0	3	60	1.14
14866981--14867014	11	3.2	11	83	8	52	26	0	2	70	1.01
14867131--14867182	20	2.6	20	84	6	61	36	1	3	57	1.28
14867131--14867196	21	3.3	19	75	10	60	40	4	3	51	1.38
14867234--14867278	20	2.3	19	84	3	54	42	4	6	46	1.50
14867254--14867321	16	4.0	16	77	9	64	44	1	2	51	1.25
14867255--14867314	17	3.5	17	77	9	59	41	1	3	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14867255--14867321	33	2.0	34	85	2	91	43	1	2	52	1.25
14869002--14869054	20	2.5	20	84	6	61	77	1	13	7	1.06
14869455--14869510	25	2.2	24	76	14	60	73	0	12	14	1.11
14869974--14870012	15	2.7	14	81	18	53	71	0	5	23	1.05
14872852--14872893	2	21.0	2	95	0	75	50	47	2	0	1.14
14879079--14879130	25	2.1	25	92	0	86	11	5	13	69	1.35
14879264--14879310	23	2.0	23	100	0	94	38	27	0	34	1.57
14881440--14881575	67	2.0	67	83	5	168	42	12	7	37	1.71
14881881--14881924	19	2.3	19	96	0	79	68	0	0	31	0.90
14881888--14881919	15	2.3	15	89	10	50	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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