genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16099665

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7912185--7912229	11	4.0	11	94	2	72	68	0	0	31	0.89
7912502--7912560	32	1.9	31	86	6	84	47	28	0	23	1.52
7913014--7913059	25	1.9	23	82	8	56	65	2	2	30	1.16
7916007--7916033	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
7917921--7918321	106	3.8	106	77	11	321	28	9	11	50	1.69
7930334--7930372	20	2.0	20	84	0	51	51	2	30	15	1.57
7930858--7930885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7931790--7931853	22	3.0	22	77	13	62	53	1	0	45	1.10
7932721--7932927	107	1.9	108	94	2	364	19	11	13	56	1.67
7938829--7938893	31	2.1	31	94	0	112	49	7	4	38	1.52
7942051--7942184	48	2.8	48	76	4	126	29	23	8	38	1.84
7942156--7942239	36	2.3	36	87	0	114	28	20	8	42	1.81
7945370--7945413	22	2.0	23	90	4	72	15	0	4	79	0.89
7945676--7946055	48	7.9	48	78	5	354	36	20	12	30	1.89
7945676--7946063	95	4.0	97	79	5	356	36	20	12	30	1.89
7958321--7958363	12	3.5	12	81	15	52	27	0	0	72	0.85
7959403--7959438	16	2.2	16	100	0	72	47	11	5	36	1.63
7959601--7959662	16	4.0	16	77	8	56	72	3	3	20	1.13
7960834--7960861	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7962971--7963035	34	1.9	34	96	0	121	27	1	36	33	1.67
7967226--7967268	22	2.0	22	100	0	86	27	9	18	44	1.80
7982469--7982508	20	2.0	20	85	0	53	52	2	7	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7983525--7983913	99	3.9	98	79	5	369	31	15	11	41	1.82
7983530--7983911	198	1.9	198	84	6	506	31	15	11	41	1.82
7986987--7987037	24	2.1	24	88	0	75	41	15	7	35	1.76
7989165--7989723	295	1.9	295	93	0	965	29	15	12	42	1.83
7991062--7991256	101	1.9	101	95	0	354	41	13	8	36	1.75
7991737--7991780	22	2.1	20	87	8	61	38	0	6	54	1.27
7993108--7993238	42	3.1	42	67	23	121	48	19	1	31	1.58
7993108--7993276	84	2.0	84	97	0	320	46	17	2	33	1.63
7993192--7994080	386	2.3	386	80	7	947	39	12	9	38	1.75
7994881--7995007	55	2.3	55	73	21	129	44	4	3	46	1.42
7994999--7995050	27	2.0	26	81	11	61	42	1	0	55	1.10
7997101--7997215	58	2.0	58	91	0	185	14	38	19	27	1.91
7997532--7997794	45	5.9	43	77	8	226	37	13	10	38	1.79
7997533--7997717	44	4.2	43	79	8	117	37	13	12	36	1.83
7997885--7998009	47	2.7	46	84	2	169	35	12	10	42	1.76
7997875--7998044	47	3.7	44	75	11	146	38	11	10	40	1.75
7999398--7999466	34	2.0	34	97	0	129	46	17	18	17	1.85
8000199--8000240	21	2.0	22	90	4	68	38	9	4	47	1.57
8000662--8000698	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8006394--8006448	28	2.0	26	82	6	65	47	5	9	38	1.58
8006219--8007202	491	2.0	490	95	1	1792	47	7	6	38	1.58
8008125--8008171	23	2.0	23	84	8	60	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8008394--8008432	8	5.0	8	84	3	53	41	0	0	58	0.98
8008388--8008455	16	4.3	16	74	10	52	45	0	0	54	0.99
8008383--8008432	16	3.1	16	82	5	57	42	0	0	58	0.98
8010057--8010092	18	2.0	18	94	0	63	16	30	22	30	1.96
8021765--8021855	11	8.1	11	70	21	55	24	1	24	50	1.56
8021929--8021974	19	2.4	19	92	3	74	36	4	10	47	1.58
8023251--8023299	23	2.1	23	85	7	64	44	2	2	51	1.24
8024502--8024540	11	3.1	14	82	17	50	35	0	5	58	1.20
8028849--8028892	4	10.8	4	81	13	54	75	0	2	22	0.92
8028851--8028893	17	2.6	17	88	3	61	74	0	2	23	0.93
8036830--8036885	21	2.7	21	76	15	62	23	17	8	50	1.74
8037637--8038389	161	4.7	159	79	5	681	43	13	10	32	1.79
8041775--8041818	21	2.1	21	82	0	52	40	25	4	29	1.75
8044419--8044566	63	2.3	66	74	11	153	36	10	8	43	1.71
8044639--8044830	62	3.1	63	74	7	194	34	15	10	39	1.82
8044256--8044826	130	4.5	125	72	11	351	36	13	9	40	1.77
8048771--8048912	64	2.2	64	76	11	141	36	14	10	38	1.81
8049343--8049498	63	2.5	63	79	11	169	31	13	15	39	1.86
8054146--8054205	27	2.2	27	93	0	102	36	15	1	46	1.55
8059104--8059162	29	2.1	29	87	3	84	55	1	1	40	1.20
8059238--8059298	11	5.0	13	74	23	53	54	0	1	44	1.10
8062513--8062554	22	2.0	22	85	4	59	35	21	2	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8062708--8062775	34	2.0	34	85	0	91	48	10	2	38	1.52
8068160--8068190	11	2.8	11	90	0	53	0	9	0	90	0.46
8068928--8069084	52	3.0	52	88	3	219	39	8	26	24	1.85
8070431--8070465	14	2.5	14	95	0	61	20	22	8	48	1.76
8073626--8073694	22	3.1	22	80	14	79	57	13	1	27	1.44
8073633--8073941	41	7.6	41	84	5	351	55	11	4	29	1.55
8073990--8074082	20	4.6	20	82	1	87	51	9	6	32	1.60
8074103--8074143	18	2.3	18	77	22	50	48	12	7	31	1.68
8074069--8074133	32	2.0	33	82	8	80	53	9	4	32	1.53
8074106--8074143	20	2.0	18	90	10	58	47	10	7	34	1.67
8075216--8075243	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8076534--8076565	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8077702--8077785	10	8.3	10	78	16	68	36	2	3	57	1.29
8077723--8077862	18	7.2	19	74	11	88	41	2	3	52	1.30
8077718--8077858	31	4.8	30	77	11	121	43	2	3	50	1.31
8077719--8077795	9	7.7	10	72	15	61	35	2	5	57	1.35
8077789--8077858	10	7.1	10	70	15	56	52	1	1	44	1.18
8077778--8077835	28	2.0	29	87	9	84	43	0	1	55	1.10
8077807--8077854	21	2.3	22	82	10	64	47	2	2	47	1.25
8077810--8077862	21	2.7	19	78	16	63	47	1	1	49	1.23
8079462--8079530	28	2.4	26	79	15	66	60	1	4	33	1.25
8079473--8079530	28	2.0	28	83	9	73	62	0	3	34	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8079596--8079645	14	3.6	14	78	13	50	52	0	0	48	1.00
8079602--8079645	14	3.3	13	78	15	54	52	0	0	47	1.00
8079685--8079726	21	2.0	21	85	0	57	33	2	0	64	1.07
8079961--8080021	28	2.2	28	88	5	88	50	1	1	45	1.21
8081453--8081531	40	2.0	39	95	2	140	44	2	11	41	1.54
8084378--8084409	15	2.1	15	100	0	64	40	18	12	28	1.87
8084377--8084416	15	2.9	14	86	13	57	42	17	12	27	1.85
8084432--8084618	20	9.1	20	72	15	105	54	12	5	28	1.59
8084406--8084668	41	6.5	41	80	5	196	54	11	4	28	1.57
8084406--8084667	82	3.2	80	83	7	309	54	11	4	28	1.56
8084415--8084668	123	2.1	119	86	4	339	55	11	4	29	1.55
8084698--8084766	21	3.3	21	91	2	104	50	11	7	30	1.65
8085452--8085494	20	2.2	20	87	8	61	74	4	0	20	1.00
8085775--8085973	43	4.6	43	75	12	183	38	15	13	32	1.86
8085775--8085973	88	2.3	85	81	7	231	38	15	13	32	1.86
8086144--8086168	13	1.9	13	100	0	50	40	12	24	24	1.88
8087440--8087480	16	2.6	15	85	11	55	12	2	2	82	0.86
8087770--8087815	14	3.3	14	82	14	51	2	10	2	84	0.79
8087783--8087815	12	2.6	13	90	4	50	3	9	0	87	0.63
8090254--8090301	24	2.0	24	84	11	64	39	12	12	35	1.81
8090543--8090590	22	2.2	21	85	10	62	58	16	2	22	1.49
8090550--8090864	41	7.7	41	82	5	309	54	12	3	28	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8090906--8091010	20	5.3	20	77	7	81	53	8	5	32	1.55
8090987--8091049	32	1.9	33	87	3	92	53	6	6	33	1.51
8091022--8091059	20	2.0	18	90	10	58	47	10	7	34	1.67
8090997--8091073	32	2.5	31	80	4	75	51	10	7	29	1.64
8093451--8093500	21	2.4	21	87	12	68	56	2	6	36	1.36
8094903--8095046	20	7.3	19	75	12	103	38	2	4	54	1.34
8094882--8095047	10	16.3	10	71	17	85	40	2	3	53	1.31
8097077--8097136	15	4.1	15	76	20	54	56	0	1	41	1.09
8097090--8097120	12	2.6	12	89	0	53	61	0	0	38	0.96
8097081--8097137	29	2.0	29	86	6	82	59	0	1	38	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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