genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16099665

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2358638--2358982	173	2.0	172	94	0	609	32	12	22	32	1.91
2361558--2361662	19	5.5	19	72	11	81	58	14	3	23	1.53
2361604--2361675	19	3.7	20	66	15	53	56	11	5	26	1.55
2361715--2361782	18	3.8	18	72	18	52	39	14	19	26	1.90
2361749--2361796	18	2.7	18	87	3	62	37	18	18	25	1.94
2362100--2362154	25	2.2	24	84	6	74	20	0	10	69	1.18
2363138--2363203	13	5.1	12	76	12	60	9	7	1	81	0.92
2363141--2363213	19	3.7	21	75	14	66	9	6	4	79	1.04
2363208--2363247	13	3.1	14	83	16	52	30	0	0	70	0.88
2363208--2363246	14	2.9	14	88	3	53	30	0	0	69	0.89
2363327--2363365	20	2.0	19	85	5	51	23	2	10	64	1.37
2363407--2363476	20	3.5	20	94	2	113	35	5	12	45	1.66
2363389--2363476	20	4.4	20	87	4	99	35	5	12	46	1.65
2364704--2364748	21	2.1	21	83	0	54	24	4	11	60	1.49
2367752--2367799	11	4.7	10	82	12	62	79	2	10	8	1.02
2367751--2367798	9	4.9	9	80	14	51	77	2	12	8	1.08
2367752--2367810	30	1.9	31	86	3	84	79	5	8	6	1.04
2367774--2367814	22	1.9	21	90	5	64	82	4	4	7	0.93
2369298--2369385	17	5.1	18	68	9	58	31	15	17	35	1.91
2369289--2369468	69	2.6	67	78	14	179	34	16	15	34	1.89
2369298--2369467	35	4.9	33	71	16	105	34	15	15	34	1.90
2369423--2369458	17	2.1	18	89	5	56	38	22	11	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369909--2369964	26	2.1	26	83	9	69	17	1	8	71	1.21
2370378--2370437	31	1.9	30	83	12	77	20	0	15	65	1.28
2370757--2370798	22	2.0	21	85	4	57	33	0	0	66	0.92
2370965--2371039	21	3.5	21	76	5	71	37	4	10	48	1.57
2370955--2371031	21	3.6	23	76	13	67	36	2	9	51	1.47
2371837--2371987	23	6.7	22	74	7	99	42	15	5	37	1.69
2371836--2372003	67	2.5	68	85	2	205	42	14	5	36	1.69
2372298--2372383	12	7.4	11	71	22	61	1	17	2	79	0.91
2372292--2372338	23	2.1	23	88	4	69	2	21	2	74	1.03
2372292--2372353	22	2.8	23	83	11	69	1	22	1	74	1.00
2372318--2372403	4	22.0	4	73	15	65	1	18	3	76	0.99
2372298--2372412	29	3.9	29	81	15	128	0	17	3	78	0.94
2372314--2372416	12	8.9	12	77	15	85	0	17	2	78	0.93
2372298--2372417	13	9.6	12	68	14	73	0	16	3	79	0.92
2372711--2372763	15	3.5	15	80	12	54	7	16	0	75	1.02
2375589--2375663	34	2.2	34	97	0	141	52	12	9	26	1.69
2376759--2377191	208	2.1	207	89	3	672	34	12	9	43	1.74
2377538--2377584	3	15.7	3	100	0	94	34	31	0	34	1.58
2380983--2381011	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2382494--2382701	58	3.6	57	78	7	215	48	6	9	35	1.61
2382496--2382701	114	1.8	114	82	6	265	48	6	9	35	1.61
2382676--2382720	23	2.0	23	86	4	65	46	15	4	33	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386939--2387035	41	2.4	40	79	8	106	45	17	6	30	1.73
2392133--2392188	29	1.9	29	88	0	85	39	1	0	58	1.08
2409960--2410051	41	2.2	43	79	13	111	45	8	6	39	1.61
2412330--2412372	5	8.6	5	85	10	61	20	44	34	0	1.52
2412330--2412384	15	3.5	15	85	9	67	20	43	34	1	1.62
2412400--2412430	16	1.9	16	93	0	53	12	0	6	80	0.89
2412462--2413061	157	3.8	156	95	1	1056	29	14	17	38	1.90
2416712--2416759	25	1.9	25	86	0	69	85	0	10	4	0.73
2417971--2418462	42	12.0	41	87	8	664	22	17	22	38	1.93
2417971--2418462	82	6.0	82	90	3	749	22	17	22	38	1.93
2417971--2418462	165	3.0	163	92	2	781	22	17	22	38	1.93
2418473--2418561	9	9.9	9	85	10	94	86	8	0	4	0.69
2418469--2418570	49	2.1	47	87	7	143	85	9	0	4	0.74
2418470--2418570	7	13.2	8	82	14	101	86	8	0	4	0.71
2418470--2418563	1	94.0	1	77	0	80	87	8	0	4	0.67
2418469--2418570	16	6.4	16	79	15	113	85	9	0	4	0.74
2418680--2418737	20	2.9	20	94	0	98	18	29	29	22	1.98
2419026--2419058	12	2.9	12	86	13	52	21	0	0	78	0.75
2419374--2419445	31	2.3	32	87	2	110	22	25	23	29	1.99
2419374--2419447	32	2.4	31	88	2	112	22	25	22	28	1.99
2419510--2419553	19	2.3	19	84	7	54	22	29	22	25	1.99
2419773--2419815	5	8.6	5	80	10	52	23	41	34	0	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419773--2419827	15	3.5	15	80	9	58	21	41	34	1	1.64
2419920--2420834	316	2.9	316	97	0	1721	28	14	18	38	1.90
2419902--2420851	472	2.0	476	95	1	1719	28	14	17	38	1.89
2419920--2420834	156	5.8	156	96	1	1650	28	14	18	38	1.90
2423314--2423486	89	1.9	89	95	0	310	49	8	15	26	1.72
2429959--2429998	20	2.0	21	95	5	73	42	10	5	42	1.60
2430065--2430119	20	2.8	21	74	20	64	47	10	5	36	1.62
2430169--2430262	24	3.6	25	81	15	102	56	11	2	29	1.47
2430205--2430270	31	2.1	33	88	5	100	53	15	4	27	1.61
2430345--2430400	17	3.6	17	65	22	50	39	21	8	30	1.84
2430334--2430397	29	2.2	29	91	0	101	43	20	9	26	1.82
2430598--2430651	22	2.5	21	82	5	63	66	5	3	24	1.29
2430643--2430690	24	2.1	22	92	7	78	81	6	0	12	0.87
2430643--2430709	24	2.9	23	80	8	73	80	5	1	11	0.95
2434863--2434925	19	3.3	19	86	4	83	41	36	6	15	1.73
2434853--2434925	38	1.9	38	83	5	94	42	31	6	19	1.77
2434968--2435016	24	2.0	25	88	7	75	38	40	4	16	1.67
2434951--2435114	48	3.5	48	76	6	156	42	39	2	15	1.61
2435439--2435501	19	3.4	18	76	8	65	42	39	1	15	1.57
2435452--2435503	17	2.9	17	77	5	59	44	40	1	13	1.55
2437959--2438006	16	2.7	18	75	15	55	68	0	20	10	1.18
2437995--2438033	18	2.2	18	86	4	53	76	0	15	7	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438976--2439078	32	3.1	33	86	8	138	28	13	14	43	1.83
2439037--2439130	34	2.8	34	70	6	82	39	12	11	36	1.80
2439910--2440011	13	7.5	13	66	14	62	23	4	0	70	1.12
2439893--2440015	31	4.3	30	73	23	106	22	4	1	71	1.12
2439961--2440015	25	2.2	25	87	6	76	23	5	0	70	1.07
2444508--2444550	21	2.0	21	90	0	68	25	23	9	41	1.84
2448425--2448470	22	2.1	22	88	8	67	34	8	19	36	1.83
2449184--2449210	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2452995--2453038	22	2.0	22	100	0	88	45	9	9	36	1.68
2456876--2456926	24	2.0	24	85	7	66	54	9	13	21	1.67
2456875--2456931	26	2.2	27	78	15	66	50	12	14	22	1.75
2468131--2468163	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2468294--2468336	16	2.8	16	75	3	52	32	6	4	55	1.47
2472567--2472620	24	2.2	25	83	9	67	40	0	0	59	0.98
2474508--2474799	111	2.6	111	75	12	280	33	10	5	49	1.62
2474508--2474866	111	3.2	112	77	10	278	33	10	5	50	1.60
2474589--2474876	111	2.6	111	78	10	286	35	10	4	49	1.59
2474882--2474975	49	1.9	48	87	6	136	36	10	8	44	1.70
2475022--2475055	6	5.7	6	86	13	52	82	0	0	17	0.67
2475765--2475811	18	2.6	18	79	0	58	42	10	17	29	1.82
2476192--2476267	7	10.4	7	82	12	64	75	0	1	23	0.89
2476204--2476267	14	4.6	14	92	0	101	73	0	1	25	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476204--2476267	21	3.0	21	95	0	110	73	0	1	25	0.92
2476490--2476647	66	2.4	66	80	4	176	46	16	15	21	1.83
2481042--2481074	17	1.9	17	100	0	66	57	6	12	24	1.57
2481398--2481431	2	17.0	2	88	11	52	50	0	2	47	1.16
2481392--2481430	10	3.6	11	83	16	55	51	0	2	46	1.14
2485790--2485824	15	2.2	16	90	5	54	34	0	5	60	1.21
2485803--2485859	21	2.8	20	73	19	55	50	0	0	49	1.00
2490314--2490355	21	2.0	21	90	4	68	33	4	0	61	1.17
2492413--2492444	3	11.3	3	87	12	50	71	0	0	28	0.86
2492413--2492444	8	3.8	9	88	12	50	71	0	0	28	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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