genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16099665

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7622679--7622747	26	2.7	25	86	6	102	15	2	7	73	1.17
7622673--7622743	7	10.6	7	76	13	60	15	2	9	71	1.23
7622668--7622710	19	2.2	20	79	4	52	13	2	9	74	1.16
7623442--7623602	34	4.7	34	71	13	125	48	13	18	19	1.81
7623159--7623609	210	2.2	206	87	4	654	48	13	17	21	1.80
7623195--7623611	105	4.0	104	86	5	585	48	13	16	21	1.80
7623416--7623559	34	4.3	33	68	18	98	46	11	16	25	1.81
7623584--7624200	109	5.7	109	79	8	648	47	13	19	19	1.82
7623590--7624161	36	15.7	37	70	13	235	47	13	19	19	1.82
7625243--7625291	24	2.2	24	85	10	68	10	0	6	83	0.80
7636121--7636201	15	5.3	15	73	7	74	17	1	34	46	1.56
7636130--7636177	14	3.3	14	77	11	60	16	0	35	47	1.47
7636138--7636202	16	4.2	16	68	7	53	20	1	30	47	1.59
7636123--7636201	30	2.6	31	87	4	115	17	1	32	48	1.56
7637599--7637645	23	2.0	23	87	4	67	17	4	57	21	1.56
7637698--7637734	19	1.9	19	94	0	65	16	0	13	70	1.17
7637705--7637799	26	3.7	25	88	1	127	20	1	8	70	1.19
7638672--7639188	109	4.8	109	87	1	716	19	21	14	45	1.85
7638706--7638971	38	7.3	36	65	16	118	19	22	14	43	1.86
7638650--7639188	218	2.5	218	89	0	812	19	21	13	45	1.85
7639231--7639470	68	3.5	68	69	9	202	22	17	15	45	1.85
7639304--7639525	67	3.3	67	68	10	182	22	18	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7639234--7639597	135	2.7	135	88	3	536	22	17	14	45	1.84
7639553--7639638	45	1.9	45	90	0	136	18	11	13	55	1.68
7639417--7639773	180	2.0	180	90	2	565	22	16	13	47	1.81
7641228--7641277	19	2.6	19	82	14	59	24	2	2	72	1.06
7641230--7641296	19	3.7	18	76	13	57	20	1	2	74	1.03
7641262--7641301	21	1.9	21	85	10	55	22	0	5	72	1.04
7642076--7642111	15	2.5	15	91	8	58	69	0	0	30	0.89
7643255--7643287	15	2.1	16	88	5	50	9	15	0	75	1.03
7646791--7646824	9	3.7	9	84	7	50	82	5	0	11	0.83
7646791--7646833	19	2.3	19	88	8	61	83	6	0	9	0.80
7647874--7648254	109	3.5	109	86	0	474	19	20	13	45	1.84
7648175--7648335	81	2.0	81	88	0	241	19	21	14	44	1.87
7648068--7648415	190	1.8	190	90	0	561	19	20	14	44	1.86
7648258--7648526	109	2.5	109	89	0	394	20	20	13	45	1.85
7647959--7648671	299	2.3	299	83	5	840	21	20	12	45	1.84
7648442--7648617	93	1.9	93	90	0	280	22	19	11	47	1.81
7649060--7649320	136	1.9	136	85	4	357	24	19	11	44	1.83
7649573--7649761	98	2.0	93	87	8	276	41	7	15	35	1.75
7649866--7649926	29	2.1	29	84	6	79	21	52	6	19	1.68
7651905--7651990	26	3.2	26	85	3	109	19	2	6	70	1.21
7651905--7652013	14	7.9	14	78	11	91	20	2	6	70	1.22
7651904--7651990	7	13.0	7	77	9	74	19	2	8	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7651891--7652014	45	2.7	45	78	12	121	18	3	7	70	1.24
7651973--7652007	17	2.0	18	88	5	54	22	2	0	74	0.95
7651966--7652018	24	2.2	25	89	3	81	20	1	1	75	0.99
7651945--7652014	7	10.6	7	82	11	67	20	1	5	72	1.12
7652468--7652895	105	4.1	105	86	3	598	47	13	17	20	1.82
7652653--7652892	34	7.0	34	65	11	112	50	13	15	20	1.78
7653256--7653439	36	5.1	36	73	11	142	45	12	20	21	1.84
7653274--7653336	19	3.4	19	64	24	53	46	12	19	22	1.83
7652839--7653473	145	4.4	145	74	10	512	47	13	19	19	1.83
7652868--7653484	109	5.7	109	78	8	637	47	13	19	19	1.82
7667258--7667348	24	3.7	24	82	10	103	17	4	5	72	1.21
7667258--7667350	25	3.7	26	85	5	113	17	4	6	72	1.23
7669058--7669101	22	2.0	22	86	8	63	61	2	0	36	1.09
7671294--7671322	15	1.9	15	100	0	58	17	0	6	75	1.01
7671974--7672003	11	2.7	11	94	0	51	63	0	0	36	0.95
7672833--7672889	14	4.3	14	73	22	52	71	7	0	21	1.08
7672833--7672886	26	2.1	25	83	16	67	72	7	0	20	1.08
7673874--7673917	21	2.2	20	83	4	52	27	2	2	68	1.14
7686325--7686816	149	3.3	149	85	3	616	28	13	21	37	1.91
7686325--7686807	199	2.4	198	83	2	576	28	13	21	36	1.91
7686329--7686809	50	9.7	50	84	3	531	28	13	21	36	1.91
7687061--7687119	13	4.4	13	75	14	57	74	6	0	18	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7687067--7687130	27	2.3	27	81	7	67	78	6	0	15	0.95
7687073--7687130	14	4.3	13	78	6	53	79	6	0	13	0.93
7688466--7688511	18	2.6	18	82	6	58	65	2	4	28	1.23
7690891--7690920	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
7691444--7691477	6	5.3	6	86	13	50	17	2	0	79	0.86
7694420--7694463	22	2.0	22	86	8	63	61	2	0	36	1.09
7698009--7698039	10	3.1	10	95	0	53	6	9	0	83	0.79
7699074--7699493	95	4.3	97	78	7	295	37	19	13	30	1.89
7699132--7699463	49	6.8	49	75	9	173	38	18	13	30	1.89
7699139--7699494	98	3.7	95	76	8	288	38	18	12	30	1.88
7699139--7699503	48	7.5	48	75	11	271	37	18	12	31	1.88
7711550--7711598	21	2.5	19	81	15	55	30	0	2	67	1.02
7711750--7711784	13	2.7	13	95	0	61	8	8	0	82	0.83
7711750--7711790	12	3.2	12	86	10	55	12	7	0	80	0.90
7712942--7712985	8	5.4	8	80	2	52	13	0	4	81	0.83
7713167--7713196	14	2.2	13	94	5	51	0	10	0	90	0.47
7713288--7713423	47	2.9	47	82	3	157	37	16	13	31	1.89
7719066--7719114	21	2.3	21	96	0	89	18	20	40	20	1.91
7720121--7720145	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
7722120--7722372	136	1.9	136	79	3	294	37	16	13	31	1.89
7722311--7722435	50	2.5	49	81	1	133	41	20	8	30	1.80
7726896--7726926	16	1.9	16	93	0	53	41	3	12	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7732290--7732323	17	1.9	18	88	5	52	8	0	17	73	1.08
7734573--7734626	23	2.5	21	77	16	56	38	0	5	55	1.23
7734582--7734626	23	2.0	23	86	8	65	40	0	4	55	1.20
7734829--7734877	9	5.8	9	79	13	59	81	16	0	2	0.78
7734832--7734876	13	3.6	13	85	11	67	82	15	0	2	0.77
7734832--7734868	11	3.2	11	92	7	56	83	16	0	0	0.64
7734837--7734878	20	2.1	20	90	0	66	83	14	0	2	0.75
7736184--7736227	19	2.4	18	84	3	52	65	0	4	29	1.12
7736488--7736866	194	2.0	193	94	1	661	36	12	15	36	1.85
7740180--7740721	109	5.0	109	85	2	642	47	13	18	21	1.82
7740398--7740554	38	4.3	37	70	18	121	47	14	17	21	1.82
7740261--7740525	36	7.3	36	67	15	116	47	12	18	20	1.81
7741753--7741799	20	2.2	20	85	7	58	10	2	4	82	0.88
7741753--7741798	11	4.1	11	82	2	56	8	2	4	84	0.83
7749540--7749574	12	2.8	12	86	4	52	25	0	37	37	1.57
7749567--7749687	14	8.1	14	65	20	50	19	0	34	44	1.57
7749682--7749725	14	3.1	14	80	0	61	13	0	38	47	1.43
7752103--7752148	21	2.2	21	84	7	58	8	2	26	63	1.35
7753808--7753858	25	2.0	25	100	0	102	7	0	27	64	1.21
7753784--7753874	31	3.1	30	77	18	102	5	2	29	62	1.29
7754209--7754263	18	3.1	18	76	7	58	69	1	10	18	1.27
7754744--7754883	35	4.0	35	76	9	115	47	14	19	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7754823--7755386	281	2.0	282	86	1	790	35	15	20	28	1.93
7755418--7755552	64	2.1	65	91	1	218	25	14	25	35	1.93
7755766--7755814	22	2.2	22	88	0	71	22	18	22	36	1.95
7756446--7756490	21	2.1	21	83	0	54	4	15	4	75	1.12
7756460--7756500	21	1.9	21	95	5	73	0	17	4	78	0.93
7756462--7756513	22	2.4	21	81	6	59	3	17	5	73	1.19
7756837--7756907	33	2.2	32	82	10	81	7	21	1	70	1.19
7756850--7756921	31	2.3	32	80	17	82	6	18	1	73	1.12
7762758--7762837	30	2.4	30	84	14	88	25	1	25	48	1.58
7762780--7762831	15	3.4	15	78	2	59	21	0	26	51	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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