genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  1  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--60	8	7.6	8	92	3	104	21	63	13	1	1.38
3--115	7	15.4	7	94	0	100	28	55	10	5	1.55
78--124	7	6.7	7	97	0	85	29	44	10	14	1.79
54--124	14	5.1	14	89	0	88	35	46	8	9	1.67
11008--11035	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
18144--18186	16	2.7	16	100	0	86	27	20	25	25	1.99
23301--23377	32	2.4	32	89	4	111	28	29	25	15	1.96
23404--23447	21	2.2	20	95	4	79	47	27	13	11	1.77
38715--38779	31	2.1	31	91	0	103	21	26	27	24	1.99
38821--38876	20	2.8	21	83	5	71	42	28	17	10	1.83
58932--58971	10	4.1	10	90	6	64	70	0	0	30	0.88
58932--58971	19	2.0	20	90	4	64	70	0	0	30	0.88
64470--64524	24	2.3	24	87	0	74	38	14	27	20	1.91
69778--69816	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
73763--73835	26	2.8	26	82	0	83	32	21	8	36	1.83
78330--78376	22	2.0	24	84	8	62	61	2	0	36	1.08
78815--78871	23	2.5	23	85	2	80	29	7	21	42	1.79
82153--82233	28	2.8	27	85	7	99	23	14	11	50	1.75
82258--82331	28	2.7	27	77	4	85	24	2	14	58	1.50
82464--82622	28	5.8	27	74	11	126	18	9	17	54	1.70
82661--82716	26	2.2	26	83	0	67	19	3	16	60	1.49
84936--84973	18	2.1	18	90	0	58	34	26	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84998--85061	20	3.3	20	70	12	71	43	17	6	32	1.74
85018--85078	17	3.4	17	70	12	50	52	14	3	29	1.58
84971--85083	37	3.1	37	94	2	192	45	15	6	33	1.71
92006--92041	12	3.0	12	91	0	63	33	11	0	55	1.35
92090--92129	21	1.9	21	89	0	62	22	7	5	65	1.38
92364--92388	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
93835--93870	12	3.0	12	91	0	63	33	11	0	55	1.35
93919--93958	21	1.9	21	89	0	62	22	7	5	65	1.38
94193--94217	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95664--95699	12	3.0	12	91	0	63	33	11	0	55	1.35
95748--95787	21	1.9	21	89	0	62	22	7	5	65	1.38
96022--96046	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
97064--97106	8	5.0	8	83	11	50	41	0	2	55	1.12
97076--97111	12	3.0	13	84	15	51	47	0	0	52	1.00
98063--98222	25	6.6	25	85	8	183	16	23	22	37	1.93
98126--98215	22	3.9	23	85	7	112	15	26	23	34	1.95
102053--102183	37	3.3	39	79	11	135	37	24	12	25	1.91
102968--103031	4	15.5	4	75	12	58	0	26	1	71	0.94
102959--103033	25	2.9	25	86	4	96	0	28	1	70	0.95
102965--103004	17	2.4	17	79	4	55	0	27	0	72	0.85
103071--103095	7	3.6	7	100	0	50	32	12	0	56	1.36
105150--105199	26	2.0	26	92	4	84	16	26	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105256--105321	24	2.7	25	81	9	73	18	22	21	37	1.94
115083--115140	30	1.9	30	83	13	75	43	5	1	50	1.35
124361--124417	23	2.5	23	69	11	55	47	3	3	45	1.37
125446--125485	13	3.1	13	77	0	53	35	30	7	27	1.84
127290--127366	24	3.2	24	78	12	77	15	25	20	37	1.92
131548--131628	42	1.9	42	82	9	103	19	35	25	18	1.95
132553--132621	16	4.1	16	70	7	57	43	1	0	55	1.08
134794--134857	30	2.1	31	83	13	80	51	3	0	45	1.17
135031--135082	13	4.0	13	76	0	59	34	25	7	32	1.84
141475--141754	125	2.2	124	89	1	425	31	19	20	28	1.97
144013--144087	30	2.5	30	82	0	87	9	16	45	29	1.78
145773--145809	10	3.5	10	86	13	56	51	0	27	21	1.48
157030--157055	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
159848--159887	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
160194--160249	4	13.8	4	81	3	67	0	25	3	71	1.02
160197--160270	12	6.1	12	74	3	58	1	24	2	71	1.07
160209--160274	29	2.2	30	86	2	89	1	25	3	69	1.11
162064--162099	3	13.0	3	88	11	51	27	0	0	72	0.85
162071--162102	15	2.1	16	94	5	57	21	0	0	78	0.76
165313--165422	50	2.2	50	83	6	134	34	24	20	20	1.96
165359--165422	25	2.6	24	77	20	69	34	25	21	18	1.96
168112--168175	32	2.0	32	90	0	101	39	9	14	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184521--184554	16	2.2	15	89	5	50	35	0	2	61	1.11
187791--188035	119	2.0	120	96	2	456	24	21	17	35	1.95
192762--192853	22	4.0	22	78	12	78	42	19	21	16	1.89
192813--192867	25	2.2	25	93	0	92	38	21	20	20	1.94
215961--216021	31	2.0	31	83	6	79	34	11	11	42	1.77
219299--219337	19	2.1	19	85	9	53	66	7	7	17	1.40
219314--219385	3	24.0	3	87	5	101	66	1	2	29	1.14
228969--228994	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
229487--229511	6	4.2	6	100	0	50	16	52	0	32	1.44
231194--231262	2	34.5	2	97	0	129	49	1	0	49	1.09
252511--252535	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
272490--272515	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
321077--321101	9	2.8	9	100	0	50	0	12	68	20	1.21
323859--323889	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
328069--328104	17	2.1	17	100	0	72	38	11	8	41	1.71
331261--331330	31	2.3	31	90	7	108	38	2	0	58	1.13
337950--337974	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
345376--345448	32	2.2	33	80	9	87	30	4	6	58	1.43
352780--352912	67	2.0	67	100	0	266	25	13	18	42	1.86
355889--356172	145	2.0	143	95	1	505	23	16	14	45	1.84
367674--367698	6	4.2	6	100	0	50	52	0	48	0	1.00
374614--374674	30	2.0	30	100	0	122	16	19	9	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
380182--380245	5	12.8	5	86	6	94	39	3	20	37	1.68
390240--390297	14	4.1	14	78	12	64	34	8	13	43	1.75
392626--392665	9	4.4	9	87	0	62	42	20	10	27	1.83
392762--392805	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
392983--393034	19	2.8	19	88	2	70	28	19	19	32	1.96
394814--394867	6	9.3	6	78	13	51	66	9	3	20	1.35
394819--394875	29	1.9	30	96	3	107	66	8	7	17	1.41
395009--395049	11	3.7	11	84	12	57	21	48	0	29	1.50
397492--397540	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
398960--399009	17	3.2	16	72	21	52	38	38	4	20	1.71
398952--399009	30	1.9	30	96	0	107	34	37	3	24	1.72
398908--399156	132	1.9	132	98	0	480	31	30	8	30	1.86
399084--399141	30	1.9	30	92	0	98	32	37	5	24	1.77
399371--399458	30	2.9	30	87	0	131	32	36	3	27	1.74
400847--400986	71	2.0	72	87	4	203	45	7	21	26	1.77
412652--412928	138	2.0	138	100	0	554	41	12	6	38	1.70
413025--413063	5	7.8	5	100	0	78	0	17	0	82	0.68
416750--416801	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
428058--428169	57	2.0	57	82	3	136	41	11	16	30	1.83
435492--435558	29	2.3	29	78	0	71	43	19	14	22	1.87
439342--439430	31	2.9	31	81	1	108	42	7	12	37	1.72
459776--459828	13	4.1	13	82	0	70	32	7	24	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
461894--461958	31	2.1	31	85	5	87	46	12	10	30	1.76
466661--466700	20	2.0	20	85	9	55	45	7	0	47	1.31
484997--485036	21	2.0	20	85	5	53	22	2	17	57	1.52
490859--490892	17	2.0	17	94	0	59	29	0	2	67	1.05
490916--490949	9	3.7	9	92	4	50	35	0	5	58	1.22
490924--490953	9	3.3	9	95	0	51	40	0	3	56	1.16
493308--493342	12	2.9	12	86	0	52	51	0	5	42	1.25
496982--497056	36	2.1	36	100	0	150	28	36	5	30	1.79
499236--499299	16	3.8	16	77	6	56	34	7	1	56	1.38
499236--499279	17	2.5	18	82	14	56	31	9	2	56	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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