genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  69  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21818609--21818678	25	2.8	25	76	4	61	24	25	18	31	1.98
21820451--21820497	21	2.2	21	85	7	60	40	12	4	42	1.63
21822244--21822289	22	2.1	22	83	0	56	36	21	30	10	1.88
21824829--21824960	45	3.0	42	82	10	140	33	28	15	22	1.95
21825209--21825243	17	2.1	17	88	0	52	40	14	5	40	1.69
21828218--21828261	21	2.0	22	83	12	56	40	9	4	45	1.56
21837114--21837149	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
21839466--21839511	20	2.2	21	80	3	58	0	43	15	41	1.46
21844756--21844799	20	2.1	22	91	8	74	65	13	0	20	1.26
21845291--21845328	11	3.7	10	86	13	51	76	10	0	13	1.02
21845453--21845958	154	3.3	152	86	3	726	28	12	7	50	1.67
21850772--21850862	45	2.0	45	100	0	182	45	21	10	21	1.83
21851592--21851653	29	2.1	29	100	0	124	35	24	19	20	1.96
21855108--21855196	29	3.1	29	80	16	96	48	0	1	50	1.08
21859646--21859695	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
21869989--21870039	16	3.3	15	76	12	50	64	1	0	33	1.05
21872607--21872642	8	4.4	8	96	3	63	66	0	0	33	0.92
21872607--21872647	8	4.9	9	93	3	52	60	0	2	36	1.10
21872627--21872680	20	2.6	22	77	16	62	57	0	1	40	1.09
21884013--21884096	6	14.0	6	96	0	141	16	2	34	46	1.60
21896707--21896736	13	2.2	14	94	5	53	46	0	6	46	1.29
21899572--21899639	4	16.8	4	93	3	118	48	23	0	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21900195--21900231	6	6.0	6	87	6	56	16	16	18	48	1.81
21902963--21903017	27	2.0	27	89	6	85	27	5	18	49	1.69
21902945--21903050	32	3.5	32	77	15	98	25	3	19	50	1.64
21904224--21904261	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
21904228--21904271	20	2.2	20	87	0	61	50	0	4	45	1.22
21904354--21904391	14	2.7	15	88	8	53	42	15	2	39	1.61
21905945--21906014	25	2.7	25	88	4	95	28	24	25	21	1.99
21914445--21914479	18	1.9	18	94	0	61	48	0	14	37	1.44
21914446--21914484	18	2.2	18	86	4	53	48	0	15	35	1.45
21914544--21914627	25	3.4	25	93	1	134	40	5	29	23	1.78
21914740--21914794	21	2.6	21	76	2	56	14	23	18	43	1.87
21916498--21916552	22	2.5	22	82	5	67	45	18	25	10	1.82
21917029--21917058	14	2.1	14	100	0	60	43	20	0	36	1.52
21917489--21917577	5	17.8	5	100	0	178	59	0	0	40	0.97
21921797--21921827	10	3.1	10	95	0	53	35	0	0	64	0.94
21921818--21921870	21	2.5	21	81	3	61	32	0	3	64	1.12
21921911--21921956	23	1.9	25	83	16	62	28	2	6	63	1.31
21927315--21927468	43	3.6	41	81	10	157	24	19	26	29	1.98
21927312--21927468	86	1.8	86	83	6	212	23	19	26	30	1.98
21948260--21948533	43	6.3	43	93	0	458	24	16	26	32	1.96
21951006--21951074	34	2.0	34	97	0	129	46	5	7	40	1.55
21951587--21951790	91	2.3	90	84	1	257	34	16	21	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21961135--21961194	9	6.2	9	76	19	50	70	3	3	23	1.18
21961129--21961194	28	2.3	30	82	12	86	68	3	3	25	1.19
21961273--21961448	9	19.1	9	71	9	50	60	1	5	32	1.26
21961275--21961448	19	9.4	19	68	17	52	60	1	5	32	1.26
21961270--21961404	28	4.8	28	71	15	84	59	0	2	37	1.18
21961273--21961399	37	3.4	34	74	17	94	60	0	3	35	1.18
21961347--21961409	19	3.2	20	78	10	69	63	0	7	28	1.22
21961377--21961436	9	6.6	9	72	16	52	66	1	8	23	1.28
21961321--21961444	28	4.5	28	75	9	85	61	0	7	30	1.29
21961397--21961448	26	2.0	25	82	14	61	63	1	9	25	1.35
21961806--21961845	9	4.4	9	90	0	62	40	25	10	25	1.86
21961806--21961845	18	2.2	18	100	0	80	40	25	10	25	1.86
21961844--21961918	37	2.0	37	97	0	141	46	16	5	32	1.69
21961853--21961913	17	3.4	17	68	12	50	52	14	3	29	1.58
21961844--21961935	37	2.5	37	89	7	125	47	15	5	31	1.68
21962039--21962071	17	1.9	17	93	0	57	27	3	0	69	1.03
21962042--21962097	24	2.3	25	90	6	89	28	1	1	67	1.10
21962105--21962137	13	2.5	13	100	0	66	12	0	45	42	1.41
21962541--21962583	20	2.2	20	91	0	68	32	0	0	67	0.91
21962599--21962655	18	3.4	17	83	9	73	36	1	0	61	1.07
21962613--21962682	22	3.0	24	79	12	83	40	1	0	58	1.07
21962631--21962679	15	3.1	15	85	5	53	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962748--21962788	19	2.2	19	86	4	57	34	0	2	63	1.08
21962807--21962844	20	2.0	20	89	5	60	28	2	5	63	1.30
21962840--21962866	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21967436--21967499	28	2.4	26	80	12	76	48	7	1	42	1.41
21968040--21968081	21	2.0	21	90	0	66	30	16	21	30	1.95
21968027--21968162	44	3.1	43	72	14	134	36	15	21	27	1.93
21967951--21968237	87	3.3	87	86	0	358	35	15	21	27	1.94
21968327--21968452	38	3.3	38	83	2	164	35	17	17	29	1.93
21970278--21970339	29	2.1	29	96	0	115	48	16	4	30	1.67
21978282--21978320	18	2.2	18	90	0	60	0	30	0	69	0.89
21979402--21979444	21	1.9	23	86	13	63	53	2	20	23	1.57
21980151--21980206	24	2.3	24	81	6	69	46	10	14	28	1.78
21981061--21981122	27	2.3	27	80	5	72	22	24	29	24	1.99
21981416--21981511	45	2.1	44	81	7	104	35	5	11	47	1.62
21984464--21984490	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
21987468--21987626	44	3.8	43	84	12	215	0	30	0	69	0.89
21987433--21987626	10	19.2	10	70	19	93	0	30	0	69	0.89
21987476--21987611	38	3.4	38	83	15	170	0	30	0	69	0.88
21987669--21987736	27	2.5	27	86	9	86	20	32	26	20	1.97
21993897--21993955	29	2.1	28	87	6	84	49	5	10	35	1.59
21996021--21996059	21	1.9	20	89	5	60	33	17	20	28	1.96
21999615--21999853	72	3.3	72	91	1	374	54	15	5	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22006850--22007013	48	3.6	47	65	20	112	31	20	14	33	1.92
22006850--22007079	91	2.5	91	84	2	275	32	22	14	30	1.94
22009856--22010043	95	2.0	95	91	0	304	25	16	25	32	1.96
22012884--22012926	21	2.1	21	86	4	61	44	2	2	51	1.27
22025489--22025527	19	2.1	19	90	0	60	12	12	0	74	1.08
22025509--22025556	24	2.0	25	83	4	62	25	8	2	64	1.32
22026544--22026612	32	2.2	32	84	2	86	26	5	14	53	1.63
22028068--22028120	19	2.7	19	76	2	61	62	7	3	26	1.39
22030377--22030505	49	2.6	49	82	6	154	30	21	25	22	1.99
22035078--22035112	17	2.1	17	100	0	70	34	17	17	31	1.93
22037334--22037380	24	1.9	25	82	4	60	21	10	14	53	1.71
22037782--22037960	89	2.0	89	98	0	349	33	11	20	34	1.88
22038247--22038342	39	2.4	39	83	8	122	36	25	3	35	1.72
22041743--22041793	24	2.1	24	100	0	102	29	29	15	25	1.96
22043584--22043648	34	1.9	34	90	0	103	43	10	10	35	1.75
22043580--22043656	34	2.3	34	79	2	102	44	12	9	33	1.75
22044117--22044283	60	2.9	57	85	7	210	25	15	13	44	1.83
22044118--22044283	57	2.8	58	84	7	201	25	15	13	44	1.84
22044032--22044519	264	1.8	265	84	4	662	28	14	14	42	1.85
22046642--22046883	27	9.0	27	82	7	287	41	19	17	21	1.90
22046642--22046897	107	2.4	107	80	10	306	40	19	17	22	1.91
22060881--22060913	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22061288--22061346	30	2.0	31	90	6	95	67	1	1	28	1.10
22061328--22061392	25	2.4	28	82	12	73	61	3	3	32	1.27
22061581--22061606	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
22062956--22063071	44	2.6	44	75	12	121	28	22	18	31	1.97
22063627--22063957	44	7.5	44	64	5	159	20	23	26	29	1.99
22063605--22064002	88	4.5	88	90	0	571	20	23	26	29	1.99
22068609--22068662	20	2.7	20	73	23	58	29	0	5	64	1.16
22078511--22078699	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
22078538--22078736	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
22078573--22078760	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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