genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8570285--8570564	128	2.2	130	81	5	336	31	26	14	27	1.95
8571201--8571289	33	2.7	33	91	6	153	32	2	37	28	1.70
8572935--8572974	18	2.2	19	86	13	57	40	2	2	55	1.27
8572811--8573010	95	2.0	100	88	7	304	47	4	3	45	1.38
8573488--8573539	24	2.2	24	82	6	61	57	0	26	15	1.38
8598588--8598660	24	3.1	23	75	7	74	34	21	27	16	1.95
8598645--8598721	25	3.1	25	72	7	75	36	22	24	16	1.94
8603152--8603210	24	2.5	24	86	2	75	61	6	1	30	1.32
8614438--8614500	30	2.1	29	82	8	74	42	19	9	28	1.82
8625084--8625130	21	2.2	22	84	3	60	40	6	2	51	1.39
8625798--8625840	19	2.2	20	84	12	54	32	9	0	58	1.30
8634794--8634908	44	2.6	44	79	4	142	24	24	12	39	1.89
8637408--8637630	111	2.0	110	92	2	376	31	5	9	52	1.58
8638464--8638672	43	4.8	43	85	5	285	30	33	17	18	1.94
8638462--8638672	89	2.4	86	85	2	296	31	33	17	18	1.94
8643501--8643568	14	4.9	14	81	1	75	33	47	0	19	1.50
8643511--8643568	7	8.4	7	84	3	73	34	48	0	17	1.47
8644085--8644128	20	2.3	19	80	7	52	63	4	6	25	1.38
8644133--8644490	41	8.7	41	89	0	536	27	26	22	23	2.00
8649038--8649187	75	2.0	75	100	0	300	50	10	4	34	1.56
8649241--8649278	9	4.2	9	93	0	67	26	10	23	39	1.87
8650425--8650533	10	11.6	10	73	16	74	30	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8650409--8650523	27	4.2	27	77	16	103	33	2	0	63	1.08
8650419--8650459	19	2.2	19	90	0	64	36	2	0	60	1.10
8650437--8650522	37	2.4	36	83	11	97	31	3	0	65	1.10
8652006--8652191	36	4.9	36	81	12	219	30	20	11	37	1.89
8651917--8652232	82	3.9	81	82	14	368	29	22	13	35	1.92
8651960--8652196	118	2.0	118	94	0	411	29	21	13	35	1.91
8654961--8655008	25	1.9	25	86	0	69	45	0	4	50	1.21
8660712--8660749	13	3.0	13	82	17	53	39	0	15	44	1.47
8661402--8661431	16	1.9	15	93	6	51	63	0	3	33	1.11
8661492--8661528	9	3.9	9	92	7	56	59	0	0	40	0.97
8661475--8661528	18	2.9	20	78	15	62	59	1	0	38	1.08
8662327--8662430	49	2.1	49	87	1	147	28	8	10	51	1.66
8664213--8664400	60	3.2	59	70	19	165	43	1	6	48	1.35
8664276--8664309	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8664216--8664451	119	2.0	120	93	4	406	43	0	5	50	1.31
8664383--8664429	18	2.6	18	86	6	60	40	0	2	57	1.11
8664380--8664496	41	2.7	40	73	20	101	42	0	2	53	1.20
8664585--8664682	44	2.3	41	78	18	119	34	32	4	28	1.76
8664590--8664682	46	2.1	46	91	4	154	36	31	4	27	1.76
8664598--8664696	46	2.2	44	85	7	128	39	32	6	22	1.78
8669271--8669310	9	4.4	9	87	0	53	27	5	20	47	1.70
8669277--8669311	18	1.9	18	94	0	61	22	2	22	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8677080--8677123	20	2.1	22	83	8	56	36	9	6	47	1.62
8678747--8678778	3	10.7	3	93	0	55	71	0	0	28	0.86
8693156--8693181	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8698528--8698651	66	1.9	66	88	3	187	25	19	22	32	1.97
8706904--8706954	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
8709245--8709283	19	2.0	20	90	10	62	46	7	0	46	1.31
8712490--8712656	93	1.8	90	87	3	244	38	20	10	30	1.86
8712696--8712742	19	2.5	19	80	12	62	59	0	4	36	1.17
8712712--8712780	28	2.4	28	85	7	86	65	1	1	31	1.11
8712732--8712812	39	2.1	38	88	2	117	66	3	1	28	1.16
8713018--8713077	17	3.4	17	75	8	57	30	6	0	63	1.20
8713038--8713079	19	2.3	19	87	4	59	26	7	0	66	1.17
8713193--8713413	90	2.4	91	91	2	347	33	9	18	39	1.82
8713196--8713467	90	3.0	89	86	3	332	35	7	17	38	1.79
8713574--8713662	30	3.0	29	81	8	90	32	7	12	47	1.70
8713597--8713664	30	2.3	30	87	2	93	30	8	11	48	1.70
8715425--8715496	24	3.0	24	91	4	101	15	25	26	33	1.95
8715428--8715532	24	4.4	24	84	4	97	17	24	25	32	1.97
8715554--8715619	25	2.6	25	88	4	98	19	30	18	31	1.96
8717079--8717105	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
8719089--8719177	41	2.2	41	85	0	115	28	26	20	24	1.99
8719453--8719483	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8726567--8726611	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
8734951--8734984	8	4.2	8	92	0	59	8	0	14	76	1.01
8737616--8737698	26	3.3	26	65	19	66	44	12	2	40	1.54
8739417--8739476	26	2.3	27	82	11	79	33	5	6	55	1.48
8741106--8741229	9	13.2	9	69	15	65	54	2	1	41	1.23
8741117--8741222	19	5.6	19	71	18	62	53	1	1	42	1.22
8744232--8744271	21	1.9	21	84	0	53	45	45	5	5	1.47
8746520--8746547	14	2.0	14	100	0	56	42	35	0	21	1.53
8747374--8747410	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
8749347--8749411	30	2.1	31	82	2	78	38	12	9	40	1.75
8751276--8751307	4	8.0	4	100	0	64	25	0	50	25	1.50
8752430--8752625	100	1.9	103	87	7	290	38	17	19	24	1.93
8752642--8752897	103	2.5	103	77	7	286	32	19	16	31	1.94
8752870--8753124	128	2.0	126	90	3	395	34	17	12	35	1.88
8771040--8771077	20	1.9	20	88	0	58	76	0	18	5	0.97
8775555--8775597	12	3.5	12	76	17	52	72	0	4	23	1.04
8775556--8775601	15	3.4	15	72	27	57	71	0	4	23	1.03
8775571--8775612	5	8.4	5	79	10	50	76	0	2	21	0.90
8775554--8775611	25	2.3	25	100	0	116	74	0	3	22	0.97
8775551--8775605	8	6.9	8	74	15	51	74	0	3	21	0.97
8775564--8775606	12	3.5	12	76	17	52	74	0	2	23	0.93
8776441--8776482	11	4.0	11	84	12	61	19	4	28	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8776443--8776482	20	2.0	20	100	0	80	20	5	30	45	1.72
8776454--8776528	9	8.2	9	79	8	71	24	9	26	40	1.85
8776446--8776493	20	2.4	20	89	0	69	22	6	29	41	1.78
8776650--8776674	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
8781912--8781997	31	2.8	31	84	7	113	47	5	15	31	1.68
8784351--8784392	17	2.5	17	73	3	50	80	2	7	9	0.97
8784356--8784394	20	1.9	21	89	5	62	79	2	5	12	1.00
8784355--8784400	20	2.4	19	82	7	56	80	2	4	13	0.95
8791534--8791585	15	3.4	16	75	25	58	59	0	0	40	0.97
8791526--8791578	24	2.1	26	86	10	74	56	0	0	43	0.99
8791526--8791590	30	2.3	27	86	7	85	58	0	0	41	0.98
8791722--8791765	3	14.7	3	81	9	54	38	0	2	59	1.10
8791720--8791763	22	2.0	22	86	8	63	40	0	2	56	1.11
8791810--8791857	22	2.2	22	85	14	64	72	8	18	0	1.08
8792770--8792855	21	4.0	22	79	8	97	17	19	24	38	1.93
8792769--8792855	44	2.0	41	82	6	102	18	19	24	37	1.94
8794660--8794733	25	3.0	25	78	7	78	35	18	25	20	1.96
8794629--8794786	50	3.2	50	72	9	119	34	18	24	22	1.96
8794668--8794781	25	4.6	25	83	4	115	35	19	24	20	1.95
8799348--8799381	13	2.6	13	90	0	50	50	2	0	47	1.16
8805915--8805954	21	1.9	21	89	0	62	77	0	17	5	0.94
8809335--8809359	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8812162--8812208	25	1.9	24	82	4	58	40	21	23	14	1.90
8812177--8812232	24	2.3	25	81	9	71	37	23	25	14	1.92
8812188--8812238	24	2.1	24	88	0	75	37	21	23	17	1.94
8812196--8812249	24	2.2	24	83	3	63	40	24	20	14	1.90
8812311--8812358	25	2.0	24	88	12	71	43	20	22	12	1.86
8812082--8812388	150	2.0	150	91	1	490	39	20	20	19	1.93
8820583--8820635	19	2.9	18	74	17	56	52	5	7	33	1.53
8820678--8820786	51	2.1	51	86	6	150	43	0	32	24	1.55
8822031--8822073	18	2.3	19	84	15	54	60	2	6	30	1.35
8822621--8822764	42	3.4	43	84	3	166	35	20	20	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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