genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21194432--21194574	27	5.5	27	70	14	95	2	44	4	48	1.36
21194507--21194681	81	2.2	82	83	11	227	1	45	6	47	1.35
21194408--21194607	51	3.9	51	83	12	243	1	46	5	47	1.35
21204108--21204514	114	3.6	114	91	2	638	33	23	16	26	1.96
21209478--21209504	8	3.4	8	100	0	54	48	14	0	37	1.45
21209749--21209904	21	7.6	21	74	7	131	44	16	21	17	1.87
21209749--21209905	42	3.8	42	88	2	221	44	16	21	17	1.86
21215731--21215799	21	3.3	21	66	22	63	69	11	7	11	1.36
21215733--21215815	42	2.0	42	100	0	166	68	12	7	12	1.38
21226002--21226241	27	8.9	27	78	6	245	44	18	18	18	1.88
21225993--21226241	81	3.1	80	79	3	277	44	18	18	18	1.87
21226579--21226648	28	2.5	28	95	0	122	20	22	27	30	1.98
21232154--21232178	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
21232718--21232892	40	4.4	40	81	2	183	33	25	21	20	1.97
21232719--21232890	80	2.2	80	82	2	211	32	25	22	20	1.98
21233573--21233607	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
21235298--21235356	30	2.0	30	100	0	118	30	13	11	44	1.80
21238782--21238807	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21243237--21243348	57	1.9	58	87	5	165	26	21	7	44	1.78
21246591--21246729	32	4.4	31	75	7	100	40	18	19	21	1.92
21246901--21246982	11	6.8	13	68	16	59	46	21	9	21	1.80
21246901--21247006	24	4.4	24	87	0	122	45	22	9	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21247028--21247181	27	5.7	27	80	4	141	22	20	20	36	1.95
21247055--21247333	54	5.2	53	76	10	244	22	18	19	39	1.93
21247027--21247200	81	2.2	81	85	3	235	22	20	18	37	1.94
21247055--21247333	27	10.3	26	81	9	172	22	18	19	39	1.93
21247056--21247294	81	3.0	81	81	8	222	23	19	19	38	1.94
21247442--21247667	27	8.4	27	84	2	303	42	19	18	20	1.89
21247443--21247693	81	3.1	79	81	8	267	42	18	17	21	1.90
21251391--21251459	34	2.0	34	100	0	138	59	8	11	20	1.58
21254434--21254484	23	2.2	23	96	0	93	31	27	17	23	1.97
21263830--21263883	21	2.6	21	93	0	99	18	35	22	24	1.96
21275165--21275197	12	2.7	13	90	9	52	66	0	0	33	0.92
21275655--21275697	9	4.8	9	85	0	50	25	34	0	39	1.56
21283215--21283506	43	6.9	42	78	9	245	41	21	15	21	1.90
21283220--21283508	86	3.4	85	80	6	311	41	22	15	21	1.90
21287998--21288046	19	2.5	20	78	15	59	20	51	0	28	1.48
21304295--21304333	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21311445--21311581	50	2.7	49	89	8	197	23	20	32	24	1.98
21313853--21313889	17	2.1	19	85	10	51	32	5	18	43	1.73
21324523--21324555	5	6.6	5	100	0	66	0	18	0	81	0.68
21332626--21332678	26	2.0	27	85	3	72	24	18	22	33	1.97
21332806--21332872	22	3.1	21	72	16	64	11	17	22	47	1.80
21336403--21336702	117	2.5	118	83	5	354	23	5	19	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21339091--21339177	45	1.9	45	90	4	140	42	16	12	28	1.84
21342725--21342755	7	4.4	7	100	0	62	12	48	0	38	1.42
21342708--21342755	20	2.3	21	85	3	62	12	45	0	41	1.42
21344860--21344885	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
21347753--21347788	9	4.0	9	88	0	54	33	11	44	11	1.75
21348382--21348422	22	1.9	22	90	5	66	31	2	0	65	1.05
21348382--21348428	15	3.2	15	78	3	51	36	2	0	61	1.08
21356226--21356255	15	2.0	15	93	0	51	76	0	6	16	0.99
21358990--21359068	30	2.7	29	76	5	70	39	0	11	49	1.39
21359240--21359296	27	2.1	27	81	12	64	49	1	0	49	1.11
21370049--21370075	10	2.7	10	100	0	54	0	11	0	88	0.50
21372204--21372251	6	7.7	6	77	9	51	54	0	0	45	0.99
21372198--21372254	12	4.5	13	72	14	57	54	0	0	45	0.99
21372206--21372257	26	2.0	26	96	0	95	59	0	0	40	0.97
21372290--21372326	6	6.2	6	96	0	65	16	81	0	2	0.81
21381042--21381098	22	2.6	22	91	0	87	35	15	26	22	1.94
21386024--21386108	41	2.1	41	95	0	152	25	21	17	35	1.95
21388093--21388189	50	1.9	50	87	8	144	21	17	26	34	1.96
21388187--21388291	49	2.2	48	91	1	165	17	15	31	36	1.91
21390850--21390922	10	7.0	10	75	7	56	54	16	16	12	1.70
21390837--21390952	21	5.5	21	86	0	151	48	18	19	12	1.81
21390837--21390952	42	2.8	42	89	0	169	48	18	19	12	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21391148--21391184	17	2.2	17	90	0	56	48	16	0	35	1.46
21396936--21397008	21	3.5	21	88	0	110	49	19	19	12	1.79
21402834--21402932	23	4.3	23	92	0	162	22	20	25	32	1.98
21403062--21403134	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
21403736--21403818	22	3.8	22	90	0	112	27	14	28	28	1.95
21403962--21403987	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21404149--21404192	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
21405855--21405884	11	2.8	11	95	5	53	43	0	0	56	0.99
21416842--21416908	30	2.2	30	86	5	89	19	50	0	29	1.48
21417326--21417360	18	2.0	17	94	5	61	34	2	0	62	1.10
21417324--21417367	18	2.3	20	77	22	58	43	4	0	52	1.22
21422885--21422926	15	2.9	15	83	16	54	57	16	4	21	1.58
21424144--21424172	12	2.3	13	94	5	51	27	17	10	44	1.81
21429364--21429402	19	2.0	19	85	5	51	66	2	2	28	1.18
21432588--21432695	51	2.1	51	87	3	155	43	14	10	31	1.79
21432588--21432695	17	6.4	17	70	4	83	43	14	10	31	1.79
21433339--21433413	36	2.1	36	87	5	107	45	20	6	28	1.76
21433344--21433402	18	3.3	18	68	15	50	44	18	8	28	1.79
21435249--21435315	32	2.1	31	83	8	82	37	5	0	56	1.24
21436374--21436421	24	2.0	24	88	8	71	10	16	0	72	1.10
21440418--21440454	19	2.0	18	89	5	56	59	0	0	40	0.97
21446113--21446235	43	2.9	42	77	11	142	31	24	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21463410--21463459	21	2.4	21	86	0	73	56	6	16	22	1.62
21463558--21463620	22	2.7	23	74	16	76	55	6	11	26	1.59
21463558--21463687	47	2.8	45	77	8	145	58	9	12	20	1.61
21464922--21465004	41	2.0	41	100	0	166	42	7	19	31	1.78
21467997--21468021	11	2.3	11	100	0	50	68	0	8	24	1.16
21496530--21496627	28	3.6	27	82	9	119	29	3	3	64	1.24
21496522--21496626	19	5.7	19	70	17	78	31	2	2	62	1.24
21496531--21496711	9	19.4	9	66	20	70	29	4	2	63	1.28
21497393--21497491	34	2.9	33	86	5	144	37	1	19	42	1.58
21497579--21498849	125	10.1	126	85	2	1547	39	15	15	29	1.89
21498731--21498757	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
21497600--21498849	628	2.0	626	87	1	1781	39	15	15	28	1.89
21503530--21503563	6	5.7	6	100	0	68	17	35	14	32	1.91
21505064--21505119	27	2.0	28	96	3	105	30	10	14	44	1.79
21506398--21506437	7	5.7	7	93	0	71	45	15	0	40	1.46
21510866--21511029	87	1.9	86	85	6	224	37	23	13	25	1.92
21519111--21519145	12	2.9	12	86	0	52	8	17	2	71	1.23
21519111--21519165	24	2.3	23	84	9	67	10	18	3	67	1.35
21519149--21519212	18	3.5	18	81	8	76	9	23	1	65	1.30
21520151--21520181	12	2.7	12	95	5	55	22	6	3	67	1.28
21524373--21524430	23	2.5	24	78	13	75	36	5	1	56	1.32
21528911--21528952	22	1.9	22	90	0	66	11	7	11	69	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21535232--21535273	21	2.0	21	86	13	59	59	9	0	30	1.29
21535990--21536102	34	3.3	33	85	7	147	42	15	14	28	1.85
21546001--21546029	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
21546000--21546029	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
21546003--21546028	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
21546072--21546109	3	12.7	3	89	10	60	65	2	0	31	1.06
21547692--21548502	263	3.1	263	91	2	1276	28	24	18	28	1.98
21547692--21548502	395	2.1	395	92	1	1360	28	24	18	28	1.98
21547692--21548502	132	6.2	133	89	2	1230	28	24	18	28	1.98
21549676--21549790	42	2.7	42	90	0	185	22	29	14	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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