genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  84  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25776739--25776788	15	3.3	15	76	17	50	24	2	2	72	1.06
25776899--25776940	22	1.9	22	90	9	68	14	4	2	78	1.01
25778357--25778398	15	2.5	17	77	18	52	16	16	28	38	1.91
25778527--25778567	21	1.9	22	85	5	57	12	4	12	70	1.31
25794753--25794927	51	3.6	51	85	10	256	32	14	22	29	1.94
25794818--25794923	44	2.4	44	93	0	176	32	14	24	29	1.94
25799230--25799271	18	2.4	18	88	4	59	71	7	4	16	1.26
25799433--25799465	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
25801757--25801833	29	2.6	29	83	4	91	48	14	11	25	1.78
25802158--25802201	21	2.1	22	83	8	56	31	6	2	59	1.36
25802711--25802757	24	2.0	24	83	8	60	48	0	0	51	1.00
25802658--25802768	49	2.2	50	79	11	127	45	1	0	52	1.11
25803266--25803300	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
25807211--25807281	12	6.3	11	82	11	81	18	4	0	77	0.93
25807209--25807281	17	3.9	18	77	19	71	19	4	0	76	0.94
25808896--25808930	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
25808896--25808954	29	2.0	29	83	6	75	44	0	10	45	1.37
25810370--25810435	27	2.4	29	77	10	75	66	12	0	21	1.23
25812074--25812111	2	19.0	2	89	10	60	50	2	47	0	1.15
25812744--25812794	26	2.0	25	85	11	68	15	3	39	41	1.66
25822132--25822171	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
25822155--25822224	36	1.9	37	91	2	115	61	7	8	22	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25822146--25822231	36	2.4	36	78	1	111	61	5	6	25	1.44
25825998--25826045	25	1.9	25	100	0	96	56	6	8	29	1.53
25829287--25829323	18	2.1	18	89	0	56	27	8	13	51	1.69
25830032--25830076	23	2.0	23	86	0	63	68	6	4	20	1.29
25830740--25830781	21	2.1	19	86	8	57	66	0	2	30	1.04
25830754--25830786	17	1.9	17	88	11	50	66	0	3	30	1.06
25833381--25833429	19	2.5	20	83	12	66	75	0	2	22	0.90
25838811--25838971	79	2.0	79	96	0	295	26	10	25	37	1.88
25840537--25840584	22	2.3	21	80	16	55	2	33	2	62	1.18
25841512--25841542	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
25842465--25842501	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
25842850--25842904	18	2.8	20	75	22	62	32	0	0	67	0.91
25843043--25843082	20	2.0	20	85	0	53	67	0	5	27	1.11
25849807--25849847	21	2.0	21	85	0	55	31	0	24	43	1.54
25850204--25850316	24	4.6	25	74	9	99	22	25	16	35	1.95
25850212--25850316	49	2.1	49	100	0	210	21	24	17	36	1.95
25850212--25850343	49	2.7	49	91	2	194	20	25	18	35	1.95
25850212--25850399	25	7.5	25	72	9	96	22	25	19	32	1.97
25850403--25850489	25	3.5	25	73	17	74	22	25	19	32	1.98
25857999--25858055	25	2.3	25	84	0	69	17	24	21	36	1.94
25871328--25871392	35	1.9	33	87	6	94	24	20	6	49	1.71
25882365--25882389	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25887301--25887354	23	2.3	23	87	6	83	37	11	22	29	1.89
25887301--25887434	23	5.9	23	73	13	80	38	13	17	31	1.88
25898968--25899004	9	4.1	9	85	0	56	43	13	13	29	1.82
25906516--25906560	15	3.1	15	96	3	83	13	13	33	40	1.83
25907619--25907661	4	10.8	4	100	0	86	23	0	25	51	1.49
25908267--25908374	25	4.3	26	70	8	89	22	10	31	36	1.87
25908198--25908359	50	3.2	50	82	0	198	22	12	29	35	1.91
25908269--25908374	50	2.1	50	83	0	131	22	10	32	34	1.88
25909947--25910123	39	4.5	39	81	0	183	44	19	6	29	1.75
25918443--25918520	25	3.1	25	78	14	88	23	24	17	34	1.96
25927834--25927870	19	1.9	19	100	0	74	40	0	10	48	1.38
25930122--25930165	22	2.0	22	90	0	70	27	11	25	36	1.90
25933546--25933570	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25945272--25945338	27	2.4	29	80	9	77	22	2	19	55	1.57
25949215--25949264	21	2.3	23	83	13	70	48	0	14	38	1.44
25950646--25950687	20	2.1	20	86	8	59	38	2	9	50	1.48
25950778--25951327	290	1.9	286	85	3	755	31	18	13	36	1.89
25952353--25952400	14	3.4	14	80	11	53	20	0	6	72	1.05
25953434--25953466	6	5.5	6	89	10	50	87	0	12	0	0.53
25955635--25955717	44	1.9	43	85	7	114	45	7	1	45	1.38
25956222--25956261	19	2.1	19	85	4	53	55	2	2	40	1.27
25961129--25961196	27	2.6	27	85	2	93	13	33	30	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25961646--25961701	27	2.1	27	83	6	69	60	1	1	35	1.17
25963286--25963336	17	2.7	19	79	17	61	25	15	15	43	1.86
25966679--25966820	42	3.4	41	79	13	164	36	25	16	21	1.94
25966799--25966849	26	2.0	26	92	0	84	23	33	25	17	1.96
25974220--25974359	42	3.3	42	78	14	144	35	25	17	22	1.95
25978957--25978994	20	1.9	20	88	0	58	23	7	18	50	1.73
25984112--25984875	77	9.9	76	83	1	720	25	16	16	41	1.89
25984266--25984527	40	6.8	37	70	14	181	25	17	17	39	1.91
25984112--25984875	231	3.3	230	81	1	857	25	16	16	41	1.89
25984642--25984770	37	3.4	37	76	10	152	24	17	13	44	1.85
25984854--25984898	22	2.0	23	86	4	65	24	15	17	42	1.88
25984981--25985105	37	3.3	36	76	8	97	30	18	11	40	1.85
25984901--25985068	77	2.2	77	80	6	189	29	17	13	39	1.88
25985041--25985137	37	2.6	37	85	3	124	27	19	10	42	1.84
25985046--25985164	37	3.2	37	80	7	98	26	21	11	40	1.88
25991483--25991731	32	7.8	32	76	5	164	38	22	19	20	1.94
25991483--25991692	96	2.2	96	82	1	251	38	22	19	19	1.93
26000875--26000924	24	2.0	25	88	3	75	62	8	6	24	1.46
26001581--26001674	41	2.3	41	98	1	179	39	22	5	32	1.77
26014390--26014430	20	2.0	21	86	13	59	34	4	12	48	1.62
26020863--26020898	14	2.6	14	91	4	56	33	11	22	33	1.89
26028357--26028424	6	12.0	6	80	14	65	63	2	2	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26028357--26028424	12	6.1	11	80	14	77	63	2	2	30	1.24
26037779--26037957	45	4.0	45	82	5	202	27	21	11	38	1.89
26037880--26037951	21	3.3	21	74	11	72	26	18	13	41	1.87
26037786--26037957	90	1.9	90	84	4	231	27	22	12	37	1.90
26043926--26044017	26	3.4	27	82	7	107	36	0	22	40	1.55
26043926--26044016	27	3.4	27	87	6	96	37	0	23	39	1.55
26044006--26044108	36	2.8	37	73	4	120	24	0	28	47	1.52
26044662--26044974	110	2.9	109	85	4	402	34	18	16	30	1.94
26045168--26045206	18	2.1	18	85	9	51	64	0	5	30	1.15
26045284--26045346	14	4.4	14	78	9	65	55	0	3	41	1.16
26045295--26045349	25	2.2	24	87	9	74	58	0	1	40	1.09
26045418--26045480	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
26049897--26050376	126	3.8	126	83	2	608	38	13	19	28	1.90
26049897--26050376	252	1.9	251	86	3	687	38	13	19	28	1.90
26054581--26054776	105	1.9	104	83	4	259	30	16	26	26	1.97
26064304--26064373	30	2.3	30	92	0	113	20	32	30	17	1.95
26066548--26066629	33	2.5	32	72	5	74	36	14	18	30	1.91
26066658--26066734	33	2.3	32	80	6	82	32	16	23	27	1.96
26066553--26066782	105	2.3	99	84	7	275	31	15	24	28	1.96
26068130--26068154	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
26068508--26068551	19	2.3	19	92	0	70	20	38	25	15	1.92
26068516--26068553	19	2.0	19	100	0	76	15	42	26	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26069338--26069397	31	2.0	31	86	3	86	51	1	1	45	1.21
26073330--26073561	91	2.5	91	87	2	315	37	23	9	29	1.86
26073560--26073705	8	15.8	10	69	17	59	63	0	2	34	1.11
26073577--26073696	18	6.8	16	71	20	64	64	0	1	33	1.10
26073637--26073714	10	8.4	10	77	16	62	62	0	2	34	1.09
26073866--26073926	19	3.5	17	72	16	52	36	1	0	62	1.05
26073958--26074122	91	1.8	90	84	7	228	27	9	24	38	1.87
26073957--26074147	91	2.1	87	79	12	199	30	9	24	35	1.87
26074145--26074169	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
26075825--26075858	15	2.3	15	89	0	50	52	0	14	32	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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