genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19468441--19468728	27	10.7	26	84	7	308	42	21	18	17	1.89
19468441--19468728	81	3.6	79	85	6	364	42	21	18	17	1.89
19468908--19468983	26	3.0	26	90	1	118	15	23	22	38	1.93
19469093--19469173	28	2.9	28	94	0	135	25	25	22	25	2.00
19474722--19474853	41	3.2	41	85	1	176	20	25	18	35	1.95
19474760--19474824	20	3.2	20	65	18	53	20	32	16	30	1.95
19482615--19482665	21	2.4	22	83	9	61	39	19	19	21	1.93
19484692--19484735	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
19490649--19490678	12	2.6	11	90	10	51	0	0	10	90	0.47
19494409--19494467	31	1.9	31	96	0	109	40	15	15	28	1.87
19498638--19498684	21	2.2	21	100	0	94	36	31	10	21	1.88
19502092--19502126	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
19505426--19505766	112	3.1	109	87	3	488	33	17	17	31	1.93
19506942--19506989	24	1.9	26	87	8	73	14	8	37	39	1.76
19510955--19511031	29	2.7	30	82	8	81	61	1	2	35	1.18
19511002--19511159	20	8.1	21	67	15	56	62	1	6	29	1.30
19511023--19511159	19	7.2	19	67	15	86	62	1	7	28	1.30
19511101--19511159	10	6.2	10	71	25	56	67	1	3	27	1.16
19511024--19511159	9	14.4	9	66	19	57	62	1	7	28	1.31
19511299--19511344	19	2.3	20	82	17	60	30	0	2	67	1.03
19511311--19511350	11	3.9	11	78	15	50	32	0	0	67	0.91
19511310--19511415	29	3.8	27	77	16	110	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19511310--19511418	28	3.9	27	77	15	105	35	0	1	62	1.06
19511310--19511418	9	11.7	9	71	14	78	35	0	1	62	1.06
19511359--19511435	28	2.9	25	77	11	66	31	0	2	66	1.05
19522088--19522148	28	2.1	28	87	6	86	65	0	1	32	1.02
19522095--19522151	20	3.2	18	75	9	55	68	0	1	29	1.00
19528388--19528479	25	3.6	25	74	9	89	17	28	21	32	1.96
19540663--19540809	43	3.4	43	74	10	172	31	2	14	51	1.55
19540658--19540856	88	2.2	90	97	2	377	32	3	13	51	1.56
19540863--19540889	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
19540863--19540914	14	3.8	14	87	2	61	28	13	1	55	1.49
19541713--19541752	14	2.6	16	82	17	50	75	0	0	25	0.81
19541878--19541909	16	2.0	16	100	0	64	37	31	6	25	1.81
19552832--19552860	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
19552947--19553022	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
19558741--19558829	35	2.5	35	79	0	97	39	31	11	17	1.85
19558870--19559198	164	2.0	164	96	0	604	34	26	13	25	1.93
19559453--19559519	31	2.2	31	91	0	107	35	13	7	43	1.72
19564252--19564415	39	4.1	39	82	10	172	20	18	20	40	1.91
19564283--19564422	45	3.2	45	84	7	150	19	17	20	42	1.89
19564402--19564450	6	7.8	6	79	6	53	20	18	16	44	1.86
19565743--19565838	49	1.9	51	83	12	128	26	13	27	33	1.93
19569678--19569844	39	4.2	39	80	9	174	20	18	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19569709--19569848	45	3.2	45	82	10	175	20	17	20	41	1.91
19569828--19569876	6	7.8	6	84	6	62	20	20	16	42	1.89
19570938--19571029	46	2.0	46	91	4	152	26	4	29	40	1.75
19570938--19571046	46	2.5	44	82	11	138	28	3	30	37	1.74
19571196--19571232	18	2.2	16	90	9	56	64	0	0	35	0.94
19571187--19571354	44	4.1	44	65	24	105	53	2	1	42	1.24
19571265--19571307	22	1.9	23	85	4	61	60	6	0	32	1.23
19571179--19571438	120	2.3	110	86	7	333	51	3	1	43	1.28
19571236--19571442	110	1.9	107	85	11	287	51	3	0	43	1.26
19571397--19571461	33	2.0	33	81	0	76	47	3	0	49	1.17
19572834--19572930	49	2.0	49	85	4	133	48	12	10	28	1.73
19575064--19575088	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
19586307--19586364	30	1.9	30	89	0	89	43	0	37	18	1.51
19586576--19586612	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19586664--19586694	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19587637--19587667	16	1.9	16	93	0	53	64	3	12	19	1.41
19594626--19594814	52	3.6	52	83	4	222	23	16	26	33	1.96
19594626--19594801	26	6.8	26	82	1	176	22	17	26	34	1.96
19597417--19597529	42	2.7	43	82	12	151	23	22	27	27	1.99
19602050--19602112	30	2.1	30	82	11	76	20	50	0	28	1.48
19602477--19602557	17	4.6	17	69	20	51	35	2	4	56	1.34
19604360--19604396	3	12.3	3	100	0	74	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19605430--19605467	19	2.0	19	100	0	76	26	26	15	31	1.96
19606063--19606115	22	2.4	22	83	0	61	58	16	16	7	1.60
19609408--19609460	23	2.3	23	87	6	72	43	5	1	49	1.37
19609481--19609536	24	2.4	23	85	11	78	46	1	1	50	1.22
19609994--19610025	6	5.3	6	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19618239--19618283	23	2.0	23	95	0	81	33	15	4	46	1.66
19623114--19623283	77	2.2	78	95	1	306	50	15	1	31	1.55
19623342--19623379	19	2.0	19	85	10	51	10	31	2	55	1.48
19623481--19623535	27	2.0	27	100	0	110	32	18	10	38	1.85
19623809--19623833	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19623919--19624011	30	3.1	30	96	3	177	22	29	12	35	1.91
19623919--19624012	31	3.1	31	98	1	181	22	29	12	35	1.91
19626233--19626262	16	1.9	15	93	6	51	66	10	0	23	1.21
19629022--19629048	9	3.0	9	100	0	54	22	33	11	33	1.89
19631313--19631348	18	2.0	18	88	0	54	36	2	2	58	1.27
19633619--19633659	13	3.1	14	79	13	59	48	0	0	51	1.00
19634489--19634518	14	2.1	15	93	6	53	56	0	13	30	1.37
19639283--19639328	23	1.9	23	82	8	56	43	26	6	23	1.78
19641203--19641233	2	15.5	2	93	0	53	0	51	3	45	1.17
19646844--19646928	25	3.5	23	73	12	80	24	24	18	31	1.98
19646855--19646927	25	3.0	25	82	6	96	24	24	19	31	1.98
19647649--19647690	19	2.3	18	84	12	50	16	2	35	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19656341--19656414	26	2.8	26	79	0	85	36	32	10	20	1.87
19658833--19658874	21	1.9	23	90	9	70	35	0	0	64	0.94
19658862--19658895	8	4.0	8	85	14	50	35	5	0	58	1.22
19660080--19660130	25	2.0	26	84	3	68	37	3	21	37	1.72
19664904--19665057	59	2.6	59	97	0	290	53	0	9	37	1.33
19664903--19665059	30	5.3	30	93	3	273	53	0	8	37	1.32
19668250--19668311	24	2.4	25	78	10	63	58	9	9	22	1.59
19672778--19672831	17	3.4	17	80	12	53	40	0	3	55	1.17
19675154--19675249	46	2.1	46	98	0	183	27	17	25	30	1.97
19675772--19675876	47	2.2	46	83	10	122	32	29	16	21	1.95
19685906--19685991	33	2.6	32	78	7	91	27	22	16	33	1.95
19690274--19690329	23	2.4	23	81	3	67	46	1	3	48	1.30
19698693--19698994	43	7.0	43	87	2	372	29	23	23	23	1.99
19699310--19699363	21	2.6	21	87	0	72	7	42	16	33	1.76
19699305--19699374	21	3.3	21	83	0	68	7	40	17	35	1.77
19699335--19699512	87	2.0	87	89	4	270	11	30	19	39	1.86
19699416--19699461	21	2.2	21	84	0	56	2	36	19	41	1.64
19701002--19701231	114	2.0	114	99	0	451	26	17	22	33	1.96
19703388--19703414	11	2.5	11	100	0	54	55	0	18	25	1.43
19704293--19704344	27	1.9	27	84	0	68	48	9	0	42	1.36
19704414--19704450	10	3.9	10	79	13	51	43	13	0	43	1.44
19704935--19704987	23	2.3	23	93	3	88	43	13	0	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19705752--19705819	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
19705755--19705792	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
19706314--19706632	41	7.8	41	77	3	284	35	22	24	16	1.95
19706314--19706631	82	3.9	82	84	1	352	35	22	24	16	1.95
19706709--19706784	40	1.9	40	83	5	100	15	30	25	28	1.96
19707382--19707429	22	2.2	23	85	7	64	35	12	0	52	1.40
19737510--19737566	30	1.9	30	89	3	89	31	24	3	40	1.72
19738985--19739054	35	2.0	35	100	0	140	28	31	5	34	1.81
19741590--19741666	3	25.7	3	78	19	72	66	1	3	28	1.17
19741572--19741640	13	4.8	14	81	13	70	63	0	2	33	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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