genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  200  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59218547--59218663	11	11.5	10	71	17	64	56	0	2	41	1.13
59218521--59218662	10	13.9	11	70	18	69	57	0	2	40	1.11
59218521--59218712	41	4.8	40	84	7	228	59	0	2	38	1.11
59218964--59219022	4	14.8	4	100	0	118	50	23	0	25	1.49
59224605--59224665	32	1.9	32	83	6	79	11	4	21	62	1.47
59230982--59231020	16	2.4	16	86	0	60	43	5	30	20	1.73
59231000--59231092	44	2.1	46	87	4	136	29	4	30	36	1.77
59231000--59231097	46	2.3	44	83	11	116	29	4	31	34	1.76
59231248--59231600	59	6.3	57	67	17	206	51	3	1	43	1.28
59231381--59231553	51	3.2	51	69	15	150	49	4	1	44	1.31
59231248--59231600	110	3.2	110	93	3	566	51	3	1	43	1.28
59232981--59233085	49	2.1	49	89	0	156	50	10	8	30	1.67
59234870--59234983	55	2.1	55	94	0	201	36	13	7	42	1.71
59234972--59235156	64	2.9	64	93	3	309	31	8	8	50	1.63
59235273--59235334	32	1.9	32	96	0	115	37	6	12	43	1.69
59235540--59235601	25	2.5	25	97	0	115	41	19	9	29	1.83
59250619--59250662	22	2.0	22	82	8	54	65	0	0	34	0.93
59263492--59263532	19	2.1	20	86	4	57	36	0	0	63	0.95
59266866--59266930	33	1.9	33	87	3	94	52	0	1	46	1.10
59266897--59266935	13	2.9	13	85	7	51	48	0	0	51	1.00
59272785--59272889	53	2.0	53	100	0	210	30	17	15	37	1.90
59275826--59275852	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59278349--59278414	33	2.0	33	96	0	123	27	13	24	34	1.93
59281622--59281680	29	2.1	29	84	6	77	38	1	5	54	1.33
59290538--59290563	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
59290547--59290686	67	2.1	67	94	2	246	39	8	6	45	1.60
59290574--59290719	67	2.2	67	81	7	156	43	8	7	41	1.63
59317667--59317709	21	2.0	21	86	8	61	34	0	0	65	0.93
59318809--59318871	31	2.0	31	87	0	90	34	11	7	46	1.69
59325684--59325738	22	2.4	24	84	9	78	56	1	1	40	1.21
59333954--59333995	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
59334675--59334733	26	2.3	26	91	5	95	37	18	16	27	1.93
59334888--59334973	45	1.9	45	100	0	172	41	8	0	50	1.32
59337848--59338485	302	2.1	302	89	0	956	43	20	9	26	1.82
59340165--59340220	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
59347089--59347150	33	1.9	32	93	3	106	37	9	16	37	1.81
59347309--59347343	18	2.1	16	89	10	52	60	11	0	28	1.32
59348587--59348627	18	2.2	19	83	12	50	31	2	9	56	1.45
59351402--59351435	15	2.4	14	85	9	50	38	0	2	58	1.13
59355083--59355145	32	2.0	32	81	12	76	28	12	11	47	1.76
59363307--59363361	24	2.3	24	93	0	92	10	10	18	60	1.59
59371051--59371091	17	2.4	18	80	12	50	31	2	4	60	1.30
59371675--59371739	14	4.6	14	70	12	53	66	4	6	23	1.33
59376025--59376056	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59377211--59377248	16	2.3	17	86	13	53	42	5	0	52	1.24
59377537--59377614	9	9.0	9	67	13	56	39	0	0	60	0.97
59377546--59377640	24	3.9	24	85	13	115	40	1	0	58	1.05
59377546--59377640	26	3.9	24	85	13	115	40	1	0	58	1.05
59377581--59377614	16	2.1	16	88	5	50	41	0	0	58	0.98
59378312--59378342	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
59379031--59379243	93	2.3	93	78	6	234	52	7	6	33	1.57
59383724--59383757	14	2.2	16	90	10	54	52	11	2	32	1.53
59383822--59383852	11	2.8	11	95	0	53	41	25	0	32	1.56
59384098--59384126	13	2.3	13	94	5	51	27	0	6	65	1.18
59388318--59388356	19	2.0	20	90	9	64	33	17	2	46	1.62
59391208--59391242	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
59391593--59391627	18	1.9	18	88	0	52	65	2	8	22	1.34
59402682--59402718	2	18.5	2	88	0	56	51	0	5	43	1.24
59402682--59402718	10	3.7	10	96	0	65	51	0	5	43	1.24
59407857--59407884	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59407992--59408022	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59410400--59410458	29	2.0	29	100	0	118	45	13	10	30	1.76
59423217--59423241	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
59431837--59432256	232	1.8	231	88	1	644	35	20	15	28	1.93
59432391--59432768	187	2.0	187	95	1	686	44	14	15	25	1.84
59435270--59435405	68	2.0	68	100	0	272	47	8	10	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59441351--59441407	18	3.4	18	67	18	59	42	10	5	42	1.62
59441341--59441408	32	2.1	32	100	0	136	39	11	5	42	1.66
59446702--59446736	15	2.3	15	90	0	52	68	0	0	31	0.90
59447799--59447927	37	3.5	36	73	10	109	9	26	13	50	1.72
59448954--59449084	69	1.9	71	85	3	185	23	7	25	42	1.80
59450245--59450333	37	2.4	37	86	3	126	40	14	11	33	1.82
59450391--59450506	33	3.5	33	82	4	162	45	14	7	31	1.73
59454001--59454035	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59454391--59454426	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
59463813--59463855	21	2.0	21	100	0	86	30	41	4	23	1.74
59468730--59468761	16	2.0	16	100	0	64	12	25	25	37	1.91
59471957--59472006	24	2.1	24	81	7	57	42	0	6	52	1.26
59474557--59474582	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
59474874--59474909	18	1.9	19	88	5	56	33	11	5	50	1.61
59487362--59487609	130	1.9	131	91	0	408	32	20	21	25	1.98
59491523--59491598	23	3.3	23	94	0	134	21	19	26	32	1.97
59492698--59492730	2	16.5	2	100	0	66	0	0	51	48	1.00
59494565--59494624	31	1.9	31	83	12	79	41	10	6	41	1.65
59496765--59496790	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
59496839--59496903	30	2.2	29	81	10	69	43	9	4	43	1.57
59496846--59496905	30	1.9	32	86	6	88	41	8	6	43	1.61
59498615--59498798	100	1.8	99	82	3	235	35	15	15	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59498615--59498826	100	2.1	99	79	4	219	35	15	14	34	1.87
59499764--59499810	16	2.9	16	81	9	51	27	6	14	51	1.67
59505473--59505520	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
59506355--59506395	15	2.5	17	88	7	59	43	7	4	43	1.53
59508578--59508618	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
59514957--59515219	46	6.2	45	86	9	301	34	14	20	29	1.93
59514993--59515101	36	3.0	36	95	0	191	38	12	19	29	1.89
59515021--59515086	21	3.5	20	63	25	52	34	12	19	33	1.89
59518259--59518317	26	2.2	26	88	11	84	15	6	11	66	1.44
59518315--59518356	5	8.4	5	94	0	75	38	2	0	59	1.10
59521160--59522338	586	2.0	587	97	1	2227	28	11	18	41	1.85
59530228--59530435	90	2.3	90	74	7	215	31	25	14	28	1.95
59532913--59532973	28	2.2	28	93	0	104	63	4	1	29	1.24
59535076--59535115	21	1.9	21	85	10	55	42	2	0	55	1.13
59535516--59535568	25	2.2	25	83	9	67	54	0	1	43	1.11
59539230--59539261	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59539679--59539733	21	2.7	21	83	11	69	58	5	1	34	1.32
59545152--59545197	20	2.4	19	82	13	51	19	4	10	65	1.41
59548683--59548709	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59571465--59571510	17	2.7	17	79	0	56	47	6	4	41	1.49
59581216--59581467	9	30.3	9	73	17	224	29	1	23	46	1.62
59581225--59581495	16	17.5	16	74	16	191	29	1	22	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59581209--59581411	25	8.3	24	83	7	200	29	1	21	46	1.62
59581209--59581495	41	7.0	41	80	11	286	29	1	22	45	1.62
59581622--59581676	29	1.9	28	81	3	65	40	9	7	43	1.64
59584898--59584922	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59592837--59593273	216	2.0	216	93	0	750	29	19	18	32	1.96
59596759--59597027	9	32.2	9	74	16	258	30	0	23	46	1.55
59596763--59597018	16	16.0	16	73	17	196	30	0	22	46	1.55
59596750--59596844	25	3.8	25	92	0	145	30	1	21	47	1.58
59596845--59597002	25	6.3	25	87	2	219	29	0	24	46	1.53
59596903--59597028	67	1.9	65	95	3	225	28	0	24	46	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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