genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  77  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23950665--23950693	14	2.0	15	93	6	51	48	24	0	27	1.51
23962598--23962640	22	2.0	22	86	4	61	46	0	13	39	1.44
23962649--23962688	18	2.2	19	90	4	64	40	2	0	57	1.12
23964987--23965016	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
23970412--23970587	63	2.8	63	80	1	165	34	34	4	26	1.77
23970433--23970650	63	3.5	64	80	5	201	35	32	6	26	1.82
23970505--23970708	63	3.2	63	80	2	178	33	31	7	27	1.84
23978488--23978567	42	1.9	41	92	2	133	33	26	21	18	1.96
23978477--23978632	41	3.8	41	79	4	136	32	25	21	20	1.97
23978913--23978939	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
23988682--23988739	25	2.3	25	90	0	89	36	15	18	29	1.92
23988683--23988790	25	4.3	25	75	13	78	32	20	19	27	1.97
24006775--24006873	20	4.9	20	71	14	78	33	20	34	12	1.89
24009519--24009632	41	2.8	40	80	4	120	34	28	17	19	1.95
24011874--24011907	17	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
24018038--24018078	6	6.8	6	100	0	82	0	0	31	68	0.90
24023103--24023163	18	3.1	18	73	26	61	19	1	1	77	0.95
24023103--24023192	45	2.1	40	80	10	90	22	1	4	72	1.09
24024759--24024793	18	1.9	18	88	0	52	5	5	14	74	1.19
24026450--24026477	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24036561--24036594	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
24037398--24037517	41	2.9	41	87	0	150	27	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24040908--24040942	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
24041025--24041072	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
24042752--24042941	100	1.9	100	83	2	247	25	21	23	30	1.99
24044525--24044557	14	2.3	15	89	5	50	30	33	9	27	1.88
24049113--24049150	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
24049191--24049220	15	2.1	15	93	6	53	70	3	6	20	1.25
24049547--24049602	25	2.2	26	81	12	71	58	5	3	32	1.37
24049521--24049582	34	1.9	33	84	15	85	54	4	3	37	1.38
24049555--24049603	24	2.0	24	88	7	73	59	6	2	32	1.34
24052229--24052267	20	2.0	20	85	9	55	41	28	0	30	1.57
24054997--24055128	27	4.9	27	80	0	147	36	18	21	23	1.95
24063537--24063589	26	2.0	26	85	7	72	30	0	1	67	1.01
24070907--24070951	22	2.0	22	95	0	81	26	20	13	40	1.89
24070911--24070958	22	2.2	22	88	0	69	31	20	10	37	1.87
24078773--24078803	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
24080998--24081035	19	2.0	19	89	0	58	28	18	5	47	1.70
24085026--24085100	27	2.8	28	85	6	100	21	32	12	34	1.90
24086637--24086886	27	9.3	27	82	5	256	23	15	19	42	1.89
24086637--24086886	81	3.1	80	79	4	295	23	15	19	42	1.89
24091113--24091210	27	3.6	27	87	0	133	26	24	27	21	1.99
24115694--24116111	4	104.5	4	95	0	719	23	1	25	48	1.60
24118583--24118619	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24119085--24119114	12	2.6	11	90	10	51	6	13	6	73	1.24
24119902--24119963	31	2.0	31	96	0	115	43	14	9	32	1.78
24125491--24125551	12	5.5	11	74	14	54	0	14	13	72	1.13
24125526--24125570	9	4.9	9	80	2	54	0	13	11	75	1.05
24125494--24125571	30	2.6	30	80	13	106	0	12	14	73	1.11
24126111--24126172	31	2.0	31	96	0	115	40	16	11	32	1.83
24132309--24132412	49	2.1	50	90	1	165	31	19	26	22	1.97
24132303--24132415	25	4.6	25	79	8	133	30	20	26	23	1.98
24132309--24132425	49	2.4	49	86	1	162	31	18	26	23	1.97
24149770--24149810	21	2.0	21	90	0	64	9	19	29	41	1.83
24149870--24149988	43	2.8	42	78	7	114	30	24	19	26	1.98
24151393--24151428	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
24151610--24151692	27	3.1	27	63	13	71	54	3	6	36	1.43
24153726--24153770	23	1.9	24	82	13	58	33	20	4	42	1.72
24154490--24154634	73	2.0	73	85	5	195	28	20	25	24	1.99
24154534--24154960	115	3.7	114	88	1	613	26	20	25	27	1.99
24155248--24155286	15	2.7	14	84	7	60	23	0	33	43	1.54
24155273--24155313	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
24156157--24156358	106	2.0	98	81	9	235	48	11	12	27	1.77
24158433--24158461	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
24159889--24159921	13	2.6	13	90	4	50	21	0	3	75	0.93
24159891--24159934	19	2.3	19	77	18	54	25	2	2	70	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24160196--24160459	43	6.2	43	81	4	268	24	19	28	27	1.99
24160196--24160461	85	3.1	83	81	5	282	24	19	27	27	1.99
24168681--24168763	34	2.5	32	81	13	89	38	24	14	22	1.92
24178169--24178204	14	2.6	14	100	0	72	38	22	11	27	1.88
24178455--24178514	28	2.2	27	82	5	68	33	23	21	21	1.97
24178861--24178969	32	3.4	32	82	5	94	38	22	21	17	1.93
24178969--24179022	26	2.1	26	85	0	72	35	20	24	20	1.96
24179016--24179075	27	2.2	27	85	11	79	31	25	23	20	1.98
24179147--24179277	24	5.5	24	85	1	156	45	18	9	27	1.79
24179294--24179626	27	12.4	27	81	3	332	23	20	19	35	1.96
24179641--24179717	38	2.0	38	94	0	136	23	19	15	41	1.89
24179679--24179733	27	2.0	27	92	0	92	20	21	18	40	1.92
24184253--24184359	50	2.1	50	82	0	133	21	32	20	25	1.97
24185021--24185056	6	6.2	6	93	6	56	2	11	16	69	1.29
24185021--24185056	17	2.1	17	89	5	54	2	11	16	69	1.29
24187488--24187822	51	6.6	51	77	9	303	29	14	25	30	1.95
24187488--24187825	102	3.3	102	80	7	368	28	14	25	30	1.95
24191906--24191940	16	2.3	15	90	5	52	20	14	2	62	1.43
24203800--24203865	25	2.6	25	83	4	89	25	19	21	33	1.97
24212215--24212319	43	2.4	43	80	12	126	36	21	20	20	1.96
24214295--24214325	10	3.0	10	95	4	53	48	0	12	38	1.42
24216822--24216949	8	14.7	9	76	14	110	29	1	0	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24216792--24216909	17	6.5	17	70	20	55	28	3	3	64	1.26
24216821--24216941	36	3.5	35	81	10	117	29	1	0	67	1.06
24217053--24217099	24	2.0	23	87	4	67	34	6	0	59	1.23
24216990--24217148	10	16.6	10	66	16	61	30	3	1	64	1.20
24217370--24217437	31	2.2	31	97	0	127	38	2	20	38	1.68
24223804--24223888	42	2.0	42	90	0	134	23	23	15	37	1.93
24226469--24226493	12	2.1	12	100	0	50	44	32	0	24	1.54
24231983--24232008	12	2.2	12	100	0	52	30	23	7	38	1.83
24237765--24238008	50	4.8	49	87	3	308	23	31	20	25	1.98
24237765--24238008	100	2.4	101	88	1	355	23	31	20	25	1.98
24240686--24240718	16	2.0	17	88	5	50	33	3	0	63	1.10
24249849--24249900	26	2.0	26	100	0	104	23	23	23	30	1.99
24250777--24250826	20	2.4	22	86	6	68	70	0	30	0	0.88
24262309--24262475	45	3.7	45	84	0	217	41	17	19	20	1.91
24262317--24262481	90	1.8	90	86	0	240	40	18	19	21	1.91
24262259--24262570	45	6.9	46	76	6	192	41	16	21	20	1.90
24262661--24262803	40	3.6	40	75	8	121	47	2	18	31	1.63
24264776--24264827	21	2.4	21	78	9	52	7	19	0	73	1.07
24264793--24264834	21	2.0	21	86	9	59	9	26	0	64	1.24
24265734--24265778	19	2.2	21	85	14	60	55	2	0	42	1.12
24277065--24277209	70	2.0	72	88	5	215	30	8	17	44	1.78
24277933--24278066	43	3.0	46	77	10	152	32	7	14	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24278041--24278155	56	2.1	56	94	0	203	33	13	8	44	1.74
24278060--24278176	56	2.1	54	81	9	128	35	14	8	41	1.77
24283915--24284069	41	3.8	41	81	5	152	20	20	25	33	1.97
24283968--24284091	41	3.0	40	79	6	124	19	21	27	31	1.97
24290404--24290428	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24292351--24292375	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
24294677--24294739	27	2.3	27	86	0	81	34	25	19	20	1.96
24294704--24294786	27	3.1	27	77	3	78	27	25	16	30	1.97
24296882--24296925	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
24297020--24297158	51	2.7	50	76	3	152	33	29	15	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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