genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2672747--2672878	42	3.1	42	65	12	117	29	6	45	18	1.74
2672777--2672909	42	3.2	42	65	12	119	31	5	44	18	1.72
2672776--2673041	84	3.1	83	81	6	248	29	4	46	19	1.71
2672886--2673190	45	6.8	45	72	7	199	31	5	44	19	1.73
2673484--2673579	48	2.1	45	80	5	102	28	8	45	17	1.77
2674543--2674654	54	2.1	54	89	0	170	24	19	18	37	1.94
2675293--2675573	93	3.0	93	90	0	463	20	27	15	36	1.93
2675555--2675619	21	3.1	21	84	0	85	23	44	7	24	1.79
2685643--2685715	28	2.6	28	82	4	76	53	4	2	39	1.34
2686143--2686180	20	2.0	19	85	10	51	42	2	0	55	1.14
2690279--2690313	18	1.9	18	88	11	54	60	0	0	40	0.97
2691548--2691605	19	3.0	19	82	2	62	68	3	0	27	1.05
2691582--2691628	19	2.5	19	85	0	67	65	2	2	29	1.15
2691581--2691677	21	4.8	19	73	17	63	60	5	1	32	1.25
2692168--2692217	19	2.5	19	80	6	55	26	6	2	66	1.26
2713306--2713343	3	13.0	3	94	5	69	68	0	31	0	0.90
2723462--2723513	24	2.2	24	85	0	68	34	5	5	53	1.49
2731836--2731983	74	2.0	74	95	0	269	25	13	16	44	1.84
2741524--2741590	30	2.2	30	81	5	82	40	1	4	53	1.30
2742244--2742323	21	3.8	21	83	0	97	25	57	8	8	1.57
2745773--2745800	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2745902--2745952	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749661--2749792	67	2.0	67	93	0	228	29	34	16	19	1.94
2749914--2750060	57	2.5	57	78	12	154	23	25	21	29	1.99
2770745--2770884	69	2.0	69	100	0	280	30	17	27	24	1.97
2775772--2775832	4	15.2	4	83	6	70	24	4	26	44	1.74
2775772--2775832	23	2.5	24	81	5	79	24	4	26	44	1.74
2775775--2775829	27	2.0	28	89	7	85	25	5	27	41	1.77
2779866--2780049	46	4.0	46	89	2	278	29	11	13	44	1.80
2781345--2781396	22	2.3	22	83	9	61	51	5	0	42	1.25
2781929--2781964	18	2.0	18	100	0	72	61	0	16	22	1.35
2786916--2787108	96	2.0	96	97	0	368	24	20	19	34	1.96
2795679--2795715	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2815908--2815946	19	2.2	18	86	9	53	58	0	5	35	1.20
2819775--2819808	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2822328--2822359	5	6.4	5	96	0	55	34	0	3	62	1.11
2828000--2828028	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2840940--2840972	7	4.9	7	96	3	59	30	0	0	69	0.88
2843494--2843537	22	2.0	21	83	12	54	13	18	4	63	1.46
2843667--2843728	21	3.0	21	83	9	74	64	4	1	29	1.23
2848244--2848281	19	2.0	19	94	0	67	34	7	0	57	1.28
2851500--2851534	16	2.1	17	89	5	54	74	0	0	25	0.82
2852223--2852263	21	2.0	21	85	9	57	56	2	0	41	1.13
2852925--2852964	19	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856775--2856831	23	2.7	19	81	13	60	70	3	24	1	1.13
2857496--2857555	24	2.5	24	76	15	61	33	0	20	46	1.51
2857714--2857845	40	3.4	39	78	13	146	28	18	21	31	1.97
2860273--2860314	16	2.6	16	82	14	50	28	0	2	69	1.01
2873386--2873419	17	1.9	17	88	5	50	44	17	0	38	1.49
2879295--2879338	20	2.3	20	84	7	65	34	9	0	56	1.31
2890566--2890671	37	2.8	38	87	5	160	18	2	25	52	1.59
2890566--2890673	39	2.8	39	88	4	166	18	2	25	52	1.59
2891442--2891536	44	2.2	44	94	3	167	55	5	7	31	1.50
2891834--2891873	22	1.9	21	85	10	55	50	10	2	37	1.50
2901617--2901649	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2910129--2910158	15	2.1	14	93	6	51	13	3	0	83	0.77
2916429--2916454	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
2923856--2923912	16	3.4	16	81	13	69	31	0	3	64	1.10
2925825--2925874	23	2.0	26	85	11	70	30	0	8	62	1.24
2937687--2937721	4	8.8	4	87	0	52	28	2	20	48	1.63
2937683--2937714	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
2939707--2939772	33	2.0	33	87	0	96	22	15	10	51	1.73
2953486--2953517	16	2.1	16	94	5	57	65	12	6	15	1.44
2958235--2958275	21	2.0	21	85	9	57	53	19	4	21	1.63
2959066--2959201	40	3.5	39	79	7	159	31	25	16	25	1.97
2961262--2961307	17	2.6	17	86	3	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2972771--2972867	43	2.2	43	98	1	185	21	13	20	44	1.86
2987286--2987311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2990152--2990181	2	14.5	2	93	6	51	46	3	0	50	1.18
2991182--2991223	21	2.0	21	81	9	50	45	4	2	47	1.36
2993737--2993768	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2994880--2994913	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
2996614--2996652	18	2.2	17	86	4	51	30	2	15	51	1.57
3000083--3000152	35	2.0	35	100	0	140	31	17	11	40	1.85
3001763--3001801	12	3.2	12	82	13	53	25	2	0	71	0.98
3002675--3002734	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
3013953--3014012	31	1.9	31	96	0	111	33	3	8	55	1.47
3016462--3016520	30	2.0	30	82	0	73	37	3	16	42	1.66
3016899--3016961	29	2.1	30	82	8	74	58	6	11	23	1.55
3035225--3035288	30	2.1	30	86	11	87	26	10	26	35	1.90
3036743--3037153	43	9.7	43	89	6	612	28	26	16	27	1.97
3036743--3037153	84	4.9	84	93	3	673	28	26	16	27	1.97
3036743--3037153	127	3.2	127	89	7	638	28	26	16	27	1.97
3037295--3037495	31	6.5	31	75	3	174	42	15	8	33	1.78
3037295--3037495	61	3.3	61	78	0	204	42	15	8	33	1.78
3037295--3037530	92	2.6	91	80	4	251	41	16	8	33	1.78
3046932--3046968	19	1.9	19	88	0	56	51	0	2	45	1.15
3047051--3047106	22	2.6	22	86	5	71	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3047141--3047189	25	2.0	25	83	0	62	53	0	0	46	1.00
3050120--3050150	15	2.1	15	93	0	53	38	16	0	45	1.47
3050608--3050839	111	2.1	111	80	8	249	22	22	25	29	1.99
3051176--3051224	18	2.5	21	80	9	59	61	10	2	26	1.39
3051482--3051512	15	2.0	16	93	6	55	16	0	45	38	1.47
3052705--3053159	230	2.0	229	84	5	596	29	17	19	33	1.95
3053451--3053494	19	2.3	19	80	0	52	31	40	2	25	1.68
3054580--3054644	18	3.6	18	68	12	60	55	3	3	38	1.31
3055128--3055159	12	2.6	13	85	14	50	31	0	3	65	1.08
3055283--3055418	9	16.0	9	71	13	101	44	21	2	31	1.64
3055284--3055418	25	5.3	25	76	7	121	45	21	2	31	1.64
3056677--3056747	21	3.4	20	80	7	79	32	18	45	4	1.69
3057058--3057195	43	3.2	43	90	2	197	22	21	22	33	1.97
3059337--3059365	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
3060225--3060261	16	2.4	16	86	4	58	37	8	45	8	1.63
3068416--3068450	7	5.1	7	93	6	63	31	0	0	68	0.90
3068513--3068555	22	2.0	22	86	9	61	44	0	4	51	1.22
3070894--3070966	22	3.3	21	72	14	58	53	4	0	42	1.20
3071048--3071088	20	2.0	20	95	0	73	48	2	4	43	1.37
3071511--3071541	15	2.1	15	93	0	53	48	29	0	22	1.51
3072610--3072678	3	23.0	3	96	0	129	33	1	0	65	1.02
3080067--3080128	32	2.0	31	83	3	79	37	14	17	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3101190--3101229	20	2.0	20	85	9	55	57	0	2	40	1.12
3117518--3117555	18	2.2	17	95	4	67	65	0	0	34	0.93
3149858--3149936	40	2.0	40	89	0	122	34	11	17	36	1.86
3155517--3155542	11	2.4	11	100	0	52	30	11	7	50	1.67
3157537--3157563	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
3158723--3158767	21	2.1	22	87	4	65	42	15	11	31	1.82
3160447--3160473	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
3171387--3171419	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
3189365--3189432	34	2.1	32	83	10	84	32	2	5	58	1.37
3191447--3191485	19	2.1	19	95	0	69	28	5	28	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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