genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9172640--9172703	31	2.1	31	82	5	76	39	6	10	43	1.65
9174860--9174908	23	2.2	22	79	13	55	46	0	2	51	1.12
9176218--9176250	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
9176278--9176334	15	3.5	15	73	17	60	49	3	0	47	1.18
9176792--9176827	14	2.6	14	90	0	54	30	22	5	41	1.76
9183777--9183838	26	2.5	24	82	7	72	62	0	0	37	0.95
9183777--9183862	23	3.5	26	74	13	76	62	0	1	36	1.03
9184065--9184104	21	2.0	20	95	5	71	70	0	2	27	1.01
9184282--9184312	14	2.2	14	100	0	62	41	12	12	32	1.81
9184779--9184843	21	3.2	20	76	12	62	64	3	4	27	1.28
9187212--9187249	19	2.1	17	90	9	58	65	5	5	23	1.34
9187215--9187257	19	2.2	19	83	4	50	69	4	6	18	1.29
9194574--9194663	33	2.7	33	77	5	101	43	10	1	45	1.44
9194609--9194684	40	1.9	40	84	7	102	38	7	1	52	1.39
9194682--9194730	20	2.5	20	93	0	80	44	14	0	40	1.45
9194769--9195081	156	2.0	156	98	0	608	36	10	3	49	1.53
9197462--9197511	3	16.7	3	76	15	50	62	2	2	34	1.18
9207529--9207580	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
9207477--9207664	61	3.1	61	70	14	199	42	1	6	49	1.36
9207460--9207696	120	2.0	120	97	0	447	41	1	6	50	1.38
9207658--9207699	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
9207649--9207690	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9207845--9207934	45	2.0	44	87	6	128	33	27	5	33	1.80
9219506--9219542	16	2.2	17	86	13	51	67	2	21	8	1.29
9224947--9225267	162	2.0	162	91	2	520	35	19	21	23	1.96
9238019--9238117	41	2.5	40	72	9	96	29	28	20	22	1.98
9238431--9238497	3	22.0	3	87	3	98	62	2	0	34	1.10
9239416--9239453	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
9239433--9239476	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
9239428--9239490	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
9239445--9239493	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
9241444--9241491	3	16.0	3	82	8	62	31	4	2	62	1.26
9241445--9241502	12	4.8	12	84	0	62	31	5	3	60	1.35
9244660--9244700	22	1.9	21	85	5	55	48	0	2	48	1.14
9251313--9251354	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
9253830--9253869	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
9253838--9253904	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
9253853--9253892	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
9256797--9256874	38	2.1	38	100	0	156	50	10	5	34	1.59
9260308--9260333	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
9260452--9260508	23	2.3	25	80	16	66	42	1	8	47	1.45
9266617--9266658	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
9267251--9267321	35	2.0	35	83	8	90	40	0	2	56	1.14
9269572--9269717	25	5.8	25	89	0	202	20	23	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9270528--9270559	17	2.0	17	88	11	50	62	31	6	0	1.20
9276475--9276521	20	2.5	18	82	6	58	70	2	4	23	1.16
9276497--9276543	24	2.0	24	86	0	67	78	4	0	17	0.90
9276514--9276547	17	2.0	17	88	0	50	79	8	0	11	0.94
9276636--9276666	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
9283715--9283791	40	1.9	40	89	0	118	24	29	29	15	1.96
9285089--9285131	21	2.0	21	81	0	50	55	4	2	37	1.33
9308359--9308411	23	2.3	23	86	0	70	28	20	28	22	1.99
9308371--9308421	23	2.2	23	82	6	59	31	21	29	17	1.96
9311507--9311549	17	2.6	16	75	10	50	44	0	4	51	1.22
9332140--9332172	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
9336117--9336142	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
9336779--9336818	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
9336878--9336917	19	2.0	20	85	4	55	37	7	0	55	1.29
9337095--9337125	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
9348514--9348553	21	2.0	20	85	5	53	22	0	25	52	1.47
9359968--9359996	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9362136--9362160	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9366435--9366587	75	2.0	76	87	6	222	47	8	7	37	1.62
9370079--9370244	73	2.3	73	86	3	237	27	21	24	26	1.99
9370144--9370704	114	4.9	114	89	0	838	26	19	26	27	1.99
9370726--9370790	14	4.6	14	84	7	62	21	0	43	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9370729--9370777	14	3.4	14	91	2	71	24	0	40	34	1.55
9372593--9372623	16	2.0	16	93	6	55	58	6	0	35	1.24
9372809--9373050	123	2.0	123	95	0	441	40	14	14	30	1.86
9373153--9373193	21	1.9	21	85	14	57	29	41	0	29	1.56
9374527--9374556	15	2.0	15	93	0	51	46	0	10	43	1.37
9377034--9377322	43	6.7	42	85	2	337	24	20	28	27	1.99
9377388--9377429	22	1.9	22	85	0	57	40	26	21	11	1.88
9379368--9379428	30	2.1	30	84	3	79	39	0	40	19	1.52
9379471--9379507	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
9389587--9389619	18	1.9	17	88	11	50	15	3	12	69	1.30
9406948--9407007	26	2.3	26	94	0	102	21	26	25	26	2.00
9407223--9407393	72	2.4	72	85	6	233	54	12	6	26	1.61
9407818--9407864	18	2.6	18	96	0	85	40	12	12	34	1.82
9409404--9409521	60	2.0	59	88	5	175	61	14	6	16	1.53
9413882--9414030	63	2.4	63	90	0	253	27	20	34	18	1.95
9421856--9422020	80	2.0	81	95	1	296	57	2	17	22	1.51
9432084--9432122	20	1.9	20	84	5	51	41	7	5	46	1.55
9433838--9433867	13	2.3	13	94	0	51	0	40	6	53	1.27
9434145--9434225	24	3.2	24	73	10	72	13	40	18	27	1.88
9438379--9438422	23	1.9	23	85	0	61	36	0	2	61	1.09
9439360--9439415	26	2.2	26	100	0	112	42	23	3	30	1.71
9440348--9440747	206	1.9	205	92	2	678	30	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9450974--9451044	15	4.4	15	75	18	63	50	0	1	47	1.09
9451534--9451596	26	2.4	26	82	12	76	34	4	4	55	1.42
9453048--9453089	14	3.1	14	90	10	61	0	21	0	78	0.75
9453049--9453094	18	2.6	18	93	6	76	2	21	0	76	0.90
9456908--9456947	20	2.0	21	85	5	55	57	0	5	37	1.21
9456949--9456987	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
9457051--9457093	17	2.5	17	84	0	68	60	0	2	37	1.10
9457025--9457093	34	2.0	35	85	2	95	57	1	2	37	1.22
9457240--9457276	17	2.2	17	90	0	56	56	0	2	40	1.13
9457299--9457343	18	2.5	19	82	10	60	48	2	0	48	1.13
9457217--9457387	79	2.1	80	83	8	206	51	4	4	39	1.42
9461830--9461873	15	2.9	15	93	0	70	43	4	4	47	1.44
9464352--9464404	13	4.1	13	80	0	70	30	7	26	35	1.84
9467029--9467068	16	2.5	16	95	0	71	50	17	0	32	1.47
9472295--9472349	22	2.4	23	79	11	60	40	0	3	56	1.17
9472296--9472350	27	2.0	27	86	6	76	41	0	3	54	1.18
9473777--9473837	22	2.7	23	77	7	72	42	14	24	18	1.88
9477946--9477989	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
9478086--9478113	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
9478056--9478197	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
9478186--9478227	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
9478201--9478261	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9478056--9478219	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
9485002--9485060	2	29.5	2	100	0	118	0	49	0	50	1.00
9491754--9491817	3	21.3	3	100	0	128	34	0	0	65	0.93
9491950--9491990	16	2.6	16	81	18	50	34	4	2	58	1.32
9501715--9501757	21	2.0	21	82	8	52	20	32	0	46	1.51
9501892--9501951	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
9505270--9505317	9	5.3	9	92	0	78	41	20	10	27	1.85
9507042--9507154	26	4.5	26	70	17	78	37	23	21	18	1.94
9510894--9511064	77	2.2	77	85	3	229	47	21	9	21	1.79
9512975--9513020	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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