genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  85  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26077175--26077252	11	6.9	11	83	11	86	21	33	0	44	1.53
26077265--26077320	25	2.3	24	84	3	76	28	3	8	58	1.45
26078554--26078595	23	1.9	23	90	9	70	30	2	2	64	1.19
26078555--26078604	23	2.2	22	82	10	57	28	4	4	64	1.30
26078630--26078660	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
26078630--26078664	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
26084461--26084572	51	2.2	52	88	3	165	13	17	38	30	1.88
26090351--26090406	17	3.3	17	78	9	60	19	1	10	67	1.29
26095277--26095354	23	3.4	23	72	8	70	52	28	0	19	1.46
26095685--26095715	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
26103094--26103135	20	2.1	20	100	0	84	33	7	33	26	1.83
26104696--26104831	25	5.4	25	63	16	75	24	14	27	33	1.94
26104696--26104860	50	3.3	50	87	0	249	23	15	27	33	1.94
26108461--26108558	42	2.3	42	82	3	126	19	27	23	29	1.98
26112131--26112165	18	1.9	18	94	0	61	20	34	14	31	1.92
26121291--26121566	27	10.2	27	90	2	421	42	19	17	20	1.89
26121914--26121995	28	3.0	28	83	1	94	23	23	21	31	1.98
26155908--26155976	19	3.5	20	76	5	70	36	23	20	20	1.95
26155930--26155974	20	2.3	19	88	3	63	37	24	20	17	1.93
26157811--26158382	297	1.9	291	84	3	761	36	11	15	36	1.83
26161094--26161154	24	2.5	24	86	0	77	39	19	21	19	1.93
26163707--26163781	26	2.9	26	81	0	87	40	22	21	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26163924--26164313	27	14.4	27	82	1	451	18	19	18	43	1.89
26171575--26171643	23	2.8	26	69	13	72	40	21	24	13	1.89
26176616--26176700	37	2.3	38	87	2	127	37	22	9	30	1.86
26180376--26180434	18	3.2	18	77	13	57	37	1	8	52	1.42
26185497--26185561	30	2.2	30	97	0	121	30	18	12	38	1.88
26185687--26185721	15	2.4	15	90	4	54	20	0	5	74	1.02
26185678--26185725	23	2.1	23	84	7	62	18	2	6	72	1.15
26185794--26185873	35	2.3	33	89	8	124	36	0	1	62	1.03
26185828--26185886	20	2.8	20	78	12	66	35	0	1	62	1.05
26185829--26185889	21	3.0	21	81	11	81	37	0	1	60	1.07
26185830--26185898	22	3.3	21	77	16	72	42	0	1	56	1.08
26185947--26186014	16	4.2	15	76	22	66	44	0	0	55	0.99
26190224--26190282	20	2.8	20	85	12	75	44	8	1	45	1.44
26190237--26190284	20	2.5	19	89	3	78	41	8	0	50	1.33
26190506--26190544	20	1.9	20	94	5	69	58	0	0	41	0.98
26190505--26190559	20	2.6	21	80	11	67	60	1	0	38	1.08
26190502--26190590	18	4.8	18	75	15	76	62	1	0	35	1.02
26190658--26190715	23	2.4	23	86	11	73	72	1	5	20	1.13
26191636--26191678	14	2.9	15	83	13	54	51	0	2	46	1.13
26193519--26193547	10	2.9	10	100	0	58	82	0	17	0	0.66
26193519--26193556	20	1.9	20	84	10	51	81	2	13	2	0.90
26193652--26193683	15	2.2	14	94	5	55	75	0	3	21	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26204198--26204309	53	2.1	54	83	5	138	24	26	0	48	1.57
26205492--26205525	12	2.8	12	95	0	59	50	20	17	11	1.77
26210273--26210313	15	2.8	15	92	3	66	31	0	29	39	1.57
26210925--26211023	47	2.0	49	86	9	141	48	7	2	42	1.42
26212310--26212335	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
26212333--26212406	8	8.0	9	72	20	55	36	1	0	62	1.04
26212289--26212440	79	1.9	79	89	6	236	36	2	1	59	1.20
26212289--26212441	38	3.8	39	84	10	195	37	2	1	58	1.20
26212332--26212392	9	6.4	9	74	10	50	31	1	0	67	1.01
26212707--26212745	16	2.4	16	91	0	60	20	46	12	20	1.83
26213452--26213863	204	2.0	204	99	0	815	17	13	23	44	1.85
26213911--26213940	14	2.1	14	93	0	51	23	13	10	53	1.69
26214156--26214198	22	2.0	22	95	0	77	27	13	18	39	1.89
26214355--26214386	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
26214772--26214812	15	2.9	15	85	7	50	43	0	0	56	0.99
26214785--26214826	19	2.2	19	83	8	50	42	4	0	52	1.22
26214960--26214993	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
26214984--26215188	9	23.7	9	68	19	98	46	20	2	30	1.64
26214993--26215030	20	1.9	19	89	5	58	57	13	2	26	1.49
26215013--26215188	25	7.2	25	67	22	90	45	21	2	30	1.64
26215013--26215160	34	4.6	34	72	14	141	45	22	2	29	1.63
26215006--26215134	61	2.1	61	90	7	199	47	22	2	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26215023--26215152	61	2.1	60	83	8	165	46	23	1	29	1.61
26217313--26217453	43	3.3	43	88	2	230	22	18	33	25	1.97
26218587--26218644	29	2.0	30	82	3	73	22	32	24	20	1.98
26219720--26219767	25	1.9	25	82	0	60	22	6	2	68	1.23
26226826--26226866	8	5.0	8	85	5	55	82	0	4	12	0.81
26227080--26227106	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26231273--26231391	42	2.8	42	76	0	121	21	21	24	31	1.98
26236741--26236770	12	2.5	12	88	0	51	6	23	40	30	1.80
26237999--26238077	25	3.2	24	77	12	97	32	17	25	24	1.97
26243582--26243679	27	3.6	27	87	4	126	28	13	25	32	1.93
26258846--26258902	21	2.7	21	86	0	78	12	14	35	38	1.83
26266671--26266709	20	2.0	20	85	5	53	48	2	2	46	1.29
26267074--26267119	23	2.0	23	86	4	65	56	0	6	36	1.25
26267086--26267119	11	3.0	11	83	8	50	61	0	2	35	1.11
26267139--26267224	28	3.0	28	77	17	88	54	5	1	38	1.32
26267155--26267185	14	2.1	15	94	5	55	67	0	0	32	0.91
26267155--26267197	14	3.1	14	81	15	54	62	2	0	34	1.08
26267615--26267657	22	2.0	22	85	0	59	69	9	9	11	1.36
26267937--26267961	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
26270563--26270711	74	2.0	74	93	0	253	39	14	10	36	1.79
26286453--26286604	69	2.2	69	85	4	200	21	23	20	35	1.96
26289201--26289279	25	3.2	25	77	0	95	37	22	12	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26289209--26289291	25	3.3	25	75	6	87	36	25	14	24	1.93
26290145--26290210	33	2.0	33	96	0	123	45	15	13	25	1.83
26297239--26297276	20	2.1	18	85	14	51	39	0	7	52	1.31
26297894--26298122	20	11.4	20	66	1	100	20	30	15	34	1.93
26297896--26298134	40	6.0	40	83	0	244	19	30	15	34	1.93
26297894--26298144	80	3.1	80	80	2	279	19	30	15	33	1.94
26297896--26298128	120	1.9	120	82	0	286	20	29	15	34	1.93
26297987--26298192	20	10.3	20	70	2	90	17	29	17	34	1.93
26303778--26303823	6	7.5	6	81	13	58	80	4	2	13	0.95
26303773--26303823	17	2.8	17	82	11	66	80	5	1	11	0.97
26310167--26310196	16	1.9	15	93	6	51	0	13	0	86	0.57
26316166--26316227	31	2.0	31	93	0	106	24	22	17	35	1.95
26318516--26318625	38	2.8	39	74	9	100	32	25	17	24	1.96
26318717--26318770	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
26320610--26320688	33	2.5	30	76	13	79	56	6	0	36	1.25
26321673--26321710	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
26322007--26322078	31	2.4	29	77	13	74	38	12	12	36	1.81
26322244--26322287	16	2.7	17	82	10	56	22	4	29	43	1.73
26324177--26324406	113	2.0	113	98	0	442	30	16	24	28	1.96
26325463--26325506	20	2.2	20	95	0	79	36	20	20	22	1.95
26326537--26326575	3	13.0	3	84	10	53	69	0	30	0	0.89
26332544--26332579	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26351640--26351754	24	4.8	24	73	16	85	16	27	22	33	1.96
26351638--26351789	72	2.1	73	82	6	193	17	25	22	34	1.96
26353767--26353813	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
26353825--26353879	10	5.6	10	74	18	53	32	0	0	67	0.91
26355448--26355537	4	22.5	4	100	0	180	50	24	0	25	1.50
26361691--26361753	26	2.4	27	83	5	83	38	14	20	26	1.91
26377447--26377489	21	2.2	19	91	8	68	18	4	20	55	1.60
26381528--26381560	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
26381699--26381733	11	3.1	11	95	4	61	51	0	0	48	1.00
26381686--26381719	14	2.3	15	95	5	61	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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