genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  75  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23483748--23483778	16	1.9	16	93	0	53	67	3	6	22	1.28
23484593--23484660	9	7.7	9	79	15	70	30	2	1	64	1.17
23484594--23484660	17	3.8	17	78	11	73	29	2	1	65	1.16
23484611--23484687	26	3.0	25	84	5	100	29	3	2	63	1.25
23484791--23485006	87	2.5	86	84	6	283	31	9	21	37	1.85
23486724--23486754	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
23487717--23487770	24	2.2	24	90	0	81	16	25	7	50	1.71
23508560--23508614	25	2.2	26	72	21	64	65	0	0	34	0.93
23508578--23508608	11	2.8	11	90	0	53	64	0	0	35	0.94
23508594--23508635	17	2.5	17	92	0	75	66	0	0	33	0.92
23508612--23508687	36	2.0	39	85	12	106	64	0	1	34	1.02
23513571--23513624	19	2.6	21	77	17	58	31	0	12	55	1.38
23514998--23515032	16	2.1	17	94	5	63	45	11	0	42	1.40
23529835--23529881	19	2.4	20	79	13	53	63	2	6	27	1.30
23530677--23530747	27	2.8	25	73	21	67	43	1	5	49	1.35
23538904--23538960	28	2.0	28	81	18	66	49	7	5	38	1.53
23543223--23543263	3	14.0	3	94	5	75	31	0	0	68	0.90
23548567--23548632	30	2.2	28	84	10	87	56	3	0	40	1.15
23548596--23548634	10	4.0	10	80	6	53	58	0	0	41	0.98
23548598--23548640	19	2.5	17	82	14	52	53	0	0	46	1.00
23551479--23551535	25	2.3	24	87	6	78	21	24	15	38	1.92
23551490--23551547	25	2.3	25	85	5	73	24	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23553500--23553637	69	2.0	68	90	1	213	19	7	10	61	1.53
23562877--23563028	76	2.0	76	100	0	304	38	31	10	19	1.86
23568226--23568266	12	3.2	12	80	12	55	31	0	0	68	0.90
23573640--23573668	12	2.4	12	100	0	58	48	0	10	41	1.37
23573860--23573884	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
23573860--23573906	15	3.4	14	82	8	51	65	2	6	25	1.27
23574092--23574147	28	2.0	29	82	10	71	50	7	19	23	1.72
23575812--23576172	89	4.1	89	95	0	650	28	24	17	29	1.97
23575893--23576413	222	2.3	222	87	1	731	27	22	18	31	1.97
23575849--23576437	178	3.3	176	82	6	521	28	22	18	30	1.97
23575868--23576471	311	1.9	311	90	0	956	27	23	18	31	1.97
23575893--23576574	222	3.1	222	81	3	606	27	22	18	30	1.98
23575866--23576572	311	2.3	311	85	1	950	27	23	18	30	1.97
23576177--23576573	89	4.5	89	89	0	526	26	22	19	31	1.98
23577811--23577914	50	2.1	50	80	7	115	13	27	14	44	1.83
23584405--23584556	45	3.4	45	79	1	198	26	25	17	30	1.97
23585098--23585181	44	1.9	44	87	0	123	29	23	20	26	1.99
23589064--23589136	22	3.3	22	84	0	101	31	26	15	27	1.95
23590979--23591007	12	2.4	12	100	0	58	48	0	10	41	1.37
23591197--23591221	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
23591197--23591243	15	3.4	14	82	8	51	65	2	6	25	1.27
23591429--23591484	28	2.0	29	82	10	71	50	7	19	23	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23610318--23610370	27	2.0	27	81	7	63	50	7	3	37	1.49
23610442--23610631	47	4.1	46	79	10	208	61	1	13	23	1.41
23610474--23610609	21	6.1	21	70	20	80	61	1	12	25	1.40
23610480--23610517	20	1.9	20	89	10	60	60	2	15	21	1.47
23610470--23610676	23	9.0	24	72	20	99	59	1	14	24	1.44
23610618--23610699	5	15.6	5	81	12	94	59	1	20	18	1.44
23610618--23610699	24	3.3	26	83	11	102	59	1	20	18	1.44
23610442--23610703	92	2.8	92	79	10	221	61	1	15	22	1.42
23610966--23611014	22	2.1	25	85	11	68	61	0	12	26	1.31
23611073--23611112	17	2.2	19	86	8	57	70	0	10	20	1.16
23611101--23611379	5	51.4	5	70	20	61	56	1	16	25	1.48
23611101--23611252	35	4.3	35	70	15	109	53	0	15	30	1.47
23611101--23611185	18	4.8	18	76	15	88	51	0	16	31	1.45
23611172--23611217	24	1.9	24	90	0	74	52	2	21	23	1.58
23611101--23611228	52	2.5	51	83	10	152	51	0	17	29	1.51
23611245--23611285	17	2.4	17	91	4	64	68	4	12	14	1.36
23611239--23611315	18	4.2	17	78	14	73	66	2	10	20	1.34
23611287--23611334	25	1.9	25	87	8	71	66	0	10	22	1.22
23611268--23611325	21	2.8	21	80	14	68	67	0	10	22	1.21
23611321--23611371	6	8.8	6	89	6	79	52	0	27	19	1.46
23611316--23611371	17	3.3	17	92	5	87	53	0	25	21	1.46
23613050--23613090	20	2.0	20	95	0	73	53	34	2	9	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23616598--23616827	90	2.6	90	91	1	372	56	12	6	25	1.59
23622610--23622644	13	2.7	13	100	0	70	65	8	5	20	1.40
23623167--23623252	31	2.8	31	77	12	95	52	1	2	44	1.21
23624464--23624505	13	3.1	14	76	13	52	45	0	2	52	1.13
23626238--23626284	20	2.5	19	75	6	51	55	2	2	40	1.24
23628502--23628551	13	3.8	13	73	19	50	50	16	28	6	1.68
23633441--23633467	13	2.1	13	100	0	54	37	7	40	14	1.74
23638688--23638802	51	2.3	50	82	8	128	57	6	4	32	1.43
23639322--23639360	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
23639564--23639634	21	3.4	21	98	0	133	38	12	9	39	1.77
23639952--23640067	44	2.7	44	84	6	146	27	22	19	30	1.98
23639989--23640416	210	2.0	213	88	3	628	27	22	20	28	1.99
23640289--23640401	44	2.6	44	79	6	115	30	23	18	27	1.98
23640372--23640975	132	4.6	132	89	3	934	24	24	20	30	1.99
23640410--23640931	257	2.0	257	94	0	918	24	24	20	30	1.99
23642200--23642234	11	3.2	11	88	12	54	0	20	0	80	0.72
23642201--23642256	16	3.6	15	81	13	60	0	19	1	78	0.84
23642194--23642256	27	2.4	26	79	12	67	0	19	3	77	0.90
23647495--23647535	21	2.0	21	100	0	82	26	9	9	53	1.65
23652376--23652422	23	2.0	24	83	4	60	0	23	0	76	0.78
23652376--23652425	11	4.4	11	85	7	55	0	24	0	76	0.80
23654608--23654662	25	2.2	25	80	9	67	63	3	1	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23655398--23655436	16	2.5	15	84	8	51	56	0	0	43	0.99
23661030--23661208	71	2.5	71	79	8	195	30	22	18	29	1.97
23663849--23663902	28	1.9	28	85	7	74	31	14	1	51	1.53
23663929--23663974	18	3.0	15	80	20	51	56	0	0	43	0.99
23663936--23663974	18	2.2	17	95	4	69	58	0	0	41	0.98
23670190--23670239	25	2.0	26	88	4	75	4	24	8	64	1.38
23671438--23671494	30	1.9	30	82	3	71	43	1	22	31	1.64
23671831--23672073	50	4.8	50	89	0	351	24	22	32	20	1.98
23676317--23676392	38	2.0	39	92	2	127	32	11	1	53	1.45
23680690--23680726	19	1.9	19	100	0	74	67	0	5	27	1.12
23687612--23687739	20	6.3	20	72	4	96	43	21	23	11	1.85
23693811--23693849	19	2.1	19	100	0	78	20	10	25	43	1.83
23704865--23704965	52	1.9	52	86	7	143	62	10	6	19	1.50
23704929--23705056	34	3.7	34	73	6	114	61	11	8	17	1.54
23705043--23705128	40	2.1	41	84	2	111	59	10	1	29	1.38
23707352--23707405	2	27.0	2	96	0	99	51	0	0	48	1.00
23712811--23712860	16	3.1	16	80	5	64	80	2	12	6	0.98
23712811--23712860	17	3.1	15	80	8	55	80	2	12	6	0.98
23716333--23716395	32	2.0	32	93	0	108	28	22	9	39	1.85
23720428--23720510	33	2.5	32	81	11	87	33	18	4	43	1.71
23721099--23721146	18	2.7	18	81	9	62	37	16	4	41	1.68
23730750--23730798	24	2.0	24	100	0	98	28	20	8	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23738056--23738094	19	2.1	19	95	0	69	56	10	2	30	1.46
23746851--23746920	20	3.3	20	68	27	63	67	4	7	21	1.33
23746853--23746941	44	2.0	44	100	0	178	64	4	8	22	1.41
23747678--23748271	146	4.1	146	85	7	814	42	10	5	42	1.60
23748595--23748658	3	21.0	3	83	3	56	54	0	9	35	1.33
23749111--23749285	42	4.2	42	88	1	244	36	23	18	22	1.95
23749670--23749713	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
23760570--23760608	16	2.5	15	87	8	51	0	12	5	82	0.83
23765125--23765454	151	2.2	149	85	4	455	37	11	6	44	1.65
23768823--23768865	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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