genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13717406--13717443	15	2.4	16	86	4	51	26	2	2	68	1.16
13720451--13720521	3	23.7	3	100	0	142	32	0	0	67	0.91
13726071--13726144	32	2.3	32	74	21	82	40	27	5	27	1.78
13731331--13731443	45	2.5	45	92	0	181	38	22	21	17	1.93
13731329--13731479	45	3.1	50	78	13	161	37	21	21	19	1.94
13731426--13731452	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
13735603--13735645	18	2.3	19	88	8	61	48	6	0	44	1.29
13738452--13738551	42	2.4	41	80	6	112	41	16	21	22	1.90
13742030--13742151	50	2.5	48	80	6	129	23	25	18	31	1.97
13756566--13756625	31	1.9	31	83	6	77	48	8	6	36	1.60
13757181--13757234	27	2.0	26	83	16	67	48	1	14	35	1.55
13757243--13757284	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
13764494--13764518	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13770882--13770906	6	4.2	6	100	0	50	32	16	52	0	1.44
13771656--13771689	17	2.1	17	94	5	61	67	14	5	11	1.39
13771655--13771689	16	2.1	18	84	15	56	68	14	5	11	1.37
13775092--13775164	31	2.5	28	85	10	101	58	1	1	38	1.15
13775525--13775560	17	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
13777271--13777341	19	3.7	19	73	12	65	22	7	2	67	1.28
13777271--13777372	29	3.5	28	71	18	75	23	6	2	66	1.30
13790841--13790878	17	2.2	17	100	0	76	71	7	0	21	1.11
13800234--13800298	31	2.1	31	85	2	87	44	1	3	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13803227--13803259	15	2.1	16	94	5	59	63	0	6	30	1.18
13805351--13805391	17	2.4	17	84	8	57	24	26	17	31	1.97
13808497--13808547	23	2.2	23	89	6	77	29	9	19	41	1.84
13808795--13808842	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
13812032--13812086	19	2.9	19	81	7	51	61	3	0	34	1.13
13812052--13812112	10	6.3	10	82	3	63	65	0	0	34	0.93
13812052--13812112	19	3.2	19	83	2	77	65	0	0	34	0.93
13812052--13812104	9	5.7	9	84	8	70	64	0	0	35	0.94
13823414--13823476	23	2.7	23	87	2	81	38	50	1	9	1.44
13824275--13824515	57	4.3	56	82	4	254	28	10	16	44	1.81
13824275--13824561	56	5.1	57	82	3	289	28	10	16	43	1.82
13824275--13824553	113	2.5	113	84	2	339	29	10	16	43	1.82
13827123--13827177	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
13827198--13827264	9	7.4	9	78	6	64	29	7	20	41	1.80
13827198--13827264	27	2.5	27	80	4	73	29	7	20	41	1.80
13829900--13830170	94	2.9	94	86	3	368	30	18	22	28	1.97
13830025--13830170	44	3.2	44	67	21	118	30	19	23	27	1.98
13830540--13830680	64	2.2	64	90	0	228	46	18	7	27	1.75
13830540--13830681	32	4.4	32	77	12	139	46	19	7	27	1.75
13832215--13832463	50	4.8	50	84	4	291	20	28	23	26	1.99
13832214--13832463	100	2.4	104	87	5	346	20	28	23	26	1.99
13832558--13832589	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13832801--13832858	30	1.9	30	86	6	82	29	24	5	41	1.76
13840423--13840475	18	2.9	18	77	2	52	43	43	1	11	1.51
13840460--13840485	5	5.2	5	100	0	52	42	57	0	0	0.98
13840563--13840631	9	7.7	9	85	9	88	27	10	20	42	1.84
13840564--13840631	27	2.5	27	86	9	102	27	10	20	41	1.85
13840929--13841035	51	2.1	51	96	0	196	35	28	9	26	1.87
13841200--13841271	33	2.2	32	80	11	83	23	45	2	27	1.66
13842724--13843101	44	8.3	44	66	16	150	33	16	20	28	1.95
13842764--13842938	94	1.9	93	80	7	210	34	16	20	29	1.94
13842710--13843173	138	3.4	137	85	4	637	34	16	20	29	1.94
13843046--13843228	94	1.9	94	82	2	224	34	15	20	28	1.94
13843065--13843265	94	2.1	94	80	1	215	36	15	19	27	1.93
13843223--13843418	94	2.1	94	89	0	293	41	16	14	27	1.87
13843253--13843398	44	3.2	44	66	24	102	43	15	14	26	1.85
13843260--13843418	50	3.3	48	70	24	129	44	17	11	26	1.84
13843223--13843447	94	2.4	94	84	0	261	40	15	16	27	1.88
13846381--13846447	30	2.2	31	81	7	75	61	2	8	26	1.41
13847173--13847220	15	2.8	17	79	17	55	50	2	0	47	1.12
13848959--13849021	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
13849470--13849521	20	2.7	20	81	3	70	53	1	0	44	1.11
13860953--13860979	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
13863116--13863153	11	3.3	12	82	14	53	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13864360--13864435	31	2.5	31	84	0	98	27	23	14	34	1.94
13864899--13864955	30	1.9	30	85	7	80	47	14	7	31	1.70
13866256--13866302	15	3.0	16	79	11	53	59	4	0	36	1.17
13866989--13867055	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
13885664--13885721	16	3.6	16	72	21	50	75	1	1	20	0.97
13885659--13885725	28	2.3	29	82	12	75	76	1	1	20	0.95
13885838--13885909	5	13.6	5	71	25	51	75	1	1	22	0.96
13896338--13896449	49	2.3	49	80	7	120	20	17	30	31	1.96
13900504--13900664	37	4.3	37	88	5	227	5	26	12	55	1.58
13900504--13900664	75	2.2	76	88	3	247	5	26	12	55	1.58
13900504--13900669	73	2.2	72	87	5	226	6	25	12	56	1.59
13902668--13902734	26	2.6	26	85	2	91	47	10	17	23	1.79
13902921--13902993	23	3.3	23	66	11	71	45	2	4	47	1.36
13902915--13903020	43	2.5	41	86	9	142	48	4	2	44	1.38
13905265--13905291	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
13906699--13906906	91	2.3	91	90	0	317	46	2	4	47	1.35
13906821--13906881	28	2.3	26	82	5	68	44	0	3	52	1.17
13907302--13907343	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
13907293--13907334	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
13907557--13907594	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71
13910368--13910394	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
13912734--13912764	16	1.9	16	93	0	53	67	0	6	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13915496--13915582	44	2.0	44	93	0	147	31	12	17	39	1.87
13919198--13919388	25	7.6	24	67	15	84	31	15	21	31	1.94
13919162--13919273	50	2.3	46	83	7	125	33	15	22	29	1.94
13919199--13919388	76	2.5	76	80	3	213	31	15	21	32	1.94
13924849--13924873	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
13929988--13930051	32	2.0	32	100	0	128	46	12	15	25	1.81
13934880--13934963	11	7.6	11	72	15	66	44	20	7	28	1.78
13934880--13935060	22	8.2	22	83	0	209	43	19	8	28	1.80
13934880--13935063	44	4.2	44	87	1	244	43	19	8	28	1.80
13934880--13935063	66	2.8	67	84	2	237	43	19	8	28	1.80
13937873--13937910	20	1.9	20	89	10	60	21	5	13	60	1.52
13943948--13944158	51	4.5	45	84	9	228	32	14	23	29	1.94
13943995--13944162	51	3.3	51	92	0	273	34	13	23	28	1.93
13943951--13944162	95	2.2	96	86	5	282	33	14	23	29	1.93
13945327--13945503	90	2.0	90	94	0	309	32	28	12	25	1.93
13954847--13955041	98	2.0	98	96	0	363	35	25	10	28	1.89
13956332--13956389	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
13956345--13956442	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
13956379--13956441	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
13956758--13957467	44	16.2	44	62	11	137	28	24	18	27	1.98
13956671--13957583	132	6.9	132	94	1	1532	29	24	18	27	1.98
13961504--13961698	98	2.0	98	95	0	354	35	24	10	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13962982--13963039	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
13962995--13963111	19	5.8	19	86	8	126	37	16	9	36	1.81
13963018--13963111	19	4.8	19	90	5	152	36	15	10	37	1.83
13987141--13987182	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
13987638--13987686	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
13993918--13993956	20	2.0	20	84	0	51	33	12	15	38	1.85
14001574--14001822	42	6.0	41	87	5	306	32	20	22	24	1.98
14001576--14001822	127	2.0	125	84	6	329	31	20	23	24	1.98
14001574--14001823	85	3.0	83	84	6	317	32	20	22	24	1.98
14002281--14002349	21	3.3	21	83	0	75	4	39	17	39	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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