genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322049--2322203	38	4.0	38	74	12	129	56	0	2	40	1.13
2322096--2322126	9	3.4	9	95	0	53	77	0	0	22	0.77
2322083--2322187	17	5.6	18	69	20	65	58	0	2	39	1.13
2322049--2322099	11	4.9	11	92	7	81	54	0	0	45	0.99
2322140--2322194	17	3.2	17	75	10	58	54	0	5	40	1.23
2322163--2322216	27	2.0	27	89	3	83	61	0	3	35	1.14
2351037--2351114	14	5.6	14	70	10	61	28	2	1	67	1.11
2351079--2351114	18	2.0	18	88	0	54	27	2	0	69	1.02
2351067--2351129	27	2.3	27	83	5	74	22	4	1	71	1.13
2358022--2358173	50	3.2	46	64	15	110	40	1	18	38	1.62
2357919--2358207	98	3.0	97	90	4	424	40	2	17	39	1.62
2363251--2363303	26	2.1	26	82	10	65	24	5	0	69	1.09
2366066--2366152	42	2.1	42	82	0	102	37	10	3	48	1.54
2367588--2367634	22	2.0	23	88	8	69	53	4	8	34	1.51
2368556--2368635	42	1.9	42	92	0	133	47	16	18	17	1.83
2379430--2379474	20	2.3	20	88	3	65	26	0	4	68	1.08
2380509--2380548	6	6.7	6	91	0	62	35	15	0	50	1.44
2392911--2392945	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
2403216--2403265	24	2.1	24	82	14	59	42	0	6	52	1.26
2405738--2405768	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
2405740--2405769	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
2425840--2425878	16	2.3	17	86	8	53	56	0	5	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436858--2436901	15	2.8	16	82	6	54	43	20	4	31	1.72
2437120--2437208	39	2.2	40	88	6	135	30	13	11	44	1.78
2440714--2440771	26	2.3	25	85	8	73	29	15	5	50	1.66
2442653--2442697	18	2.5	18	88	0	63	13	40	4	42	1.64
2449364--2449413	22	2.4	20	78	18	57	44	0	4	52	1.20
2454425--2455005	45	13.2	45	77	9	468	43	15	25	15	1.86
2454492--2454728	126	1.9	126	83	6	311	44	14	24	16	1.85
2454425--2455005	177	3.3	173	81	7	622	43	15	25	15	1.86
2456236--2456274	15	2.6	14	84	11	51	66	5	0	28	1.12
2469306--2469367	23	2.7	23	73	12	63	46	1	6	45	1.38
2469335--2469381	18	2.6	18	86	3	58	51	0	2	46	1.13
2469448--2469482	17	2.1	16	89	5	52	54	8	2	34	1.46
2476286--2476338	16	3.3	15	82	12	61	54	1	5	37	1.35
2489337--2489388	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
2493621--2493823	100	2.0	101	93	0	345	35	2	12	48	1.57
2494375--2494414	12	3.4	12	82	6	55	35	0	2	62	1.09
2494377--2494409	11	2.8	12	86	9	50	36	0	0	63	0.95
2496733--2496866	72	1.9	72	88	0	205	29	18	20	32	1.96
2497071--2497159	39	2.2	41	79	15	98	65	11	7	15	1.47
2499988--2500027	8	5.1	8	87	6	55	32	0	0	67	0.91
2500302--2500344	17	2.6	16	78	7	50	39	6	0	53	1.28
2506450--2506489	19	2.0	21	85	9	57	30	10	2	57	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506867--2506891	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
2507052--2507146	9	10.4	9	85	6	120	38	27	9	24	1.86
2516210--2516257	2	24.5	2	91	4	80	47	2	0	50	1.12
2530646--2530697	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2534295--2534338	19	2.2	21	88	8	65	18	15	18	47	1.83
2538767--2539030	131	2.0	131	100	0	528	44	9	13	32	1.75
2539032--2539083	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
2539728--2539798	32	2.2	32	80	11	83	64	1	2	30	1.16
2546034--2546091	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
2549127--2549152	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
2549406--2549456	23	2.2	24	82	10	61	37	7	3	50	1.50
2550419--2550506	45	2.0	44	95	4	160	47	6	13	31	1.69
2554495--2554528	17	1.9	17	88	5	50	58	0	2	38	1.13
2554260--2554548	152	1.9	152	85	7	399	49	6	3	40	1.47
2555269--2555306	19	2.0	19	89	0	58	73	5	0	21	1.02
2555795--2555857	30	2.1	30	87	0	90	22	9	9	58	1.58
2555852--2555882	12	2.6	12	94	0	53	22	0	6	70	1.09
2556044--2556076	17	1.9	17	93	0	57	75	0	9	15	1.03
2556063--2556367	151	2.0	149	86	5	427	52	9	7	30	1.61
2556962--2556988	13	2.1	13	100	0	54	48	14	22	14	1.81
2557096--2557147	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
2557860--2557899	16	2.5	16	80	12	55	45	2	0	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557885--2557920	19	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
2557895--2557960	30	2.2	29	82	15	80	56	0	0	43	0.99
2558945--2558975	11	2.8	11	90	0	53	29	0	0	70	0.87
2560555--2560608	22	2.5	22	78	6	56	53	3	1	40	1.29
2565175--2565228	15	3.6	15	76	16	58	42	1	3	51	1.30
2570750--2570792	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
2570900--2570948	9	5.4	9	92	0	62	24	6	24	44	1.76
2573563--2573681	39	3.0	40	87	8	163	60	0	2	36	1.16
2573580--2573640	29	2.1	28	85	8	79	62	0	3	34	1.12
2573609--2573670	10	6.4	10	74	22	53	67	0	1	30	1.00
2573634--2573667	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
2573564--2573707	39	3.7	39	77	11	134	62	0	2	34	1.12
2579231--2579274	20	2.2	20	87	0	61	40	2	2	54	1.25
2580198--2580225	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2585280--2585340	18	3.3	18	84	6	70	34	1	4	59	1.29
2585442--2585546	44	2.5	40	77	19	124	34	31	3	30	1.76
2585459--2585548	45	2.0	44	91	6	146	36	31	4	27	1.77
2585528--2585579	16	3.2	16	86	0	77	23	28	7	40	1.82
2594737--2594788	3	17.3	3	100	0	104	67	0	32	0	0.91
2596133--2596177	19	2.3	19	88	3	63	37	2	0	60	1.09
2596325--2596349	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2596927--2597226	63	4.9	62	77	6	281	18	18	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597088--2597234	60	2.5	60	82	6	165	19	17	33	29	1.95
2600076--2600115	21	1.9	21	84	0	53	37	7	5	50	1.53
2605167--2605298	63	2.1	63	90	2	203	18	15	35	30	1.92
2605167--2605391	63	3.7	59	74	12	188	20	18	31	29	1.96
2615392--2615435	23	2.0	22	86	4	61	68	0	0	31	0.90
2615553--2615614	31	2.0	31	87	0	88	33	3	8	54	1.46
2622856--2622901	7	6.4	7	82	5	56	28	0	39	32	1.57
2622853--2622908	14	3.9	14	79	11	60	26	1	35	35	1.67
2622858--2622908	21	2.4	21	90	3	75	27	1	37	33	1.68
2625437--2625744	9	34.4	9	74	13	262	46	19	0	34	1.55
2629788--2629837	22	2.4	21	80	9	66	52	4	4	40	1.39
2632133--2632215	28	3.0	28	77	10	89	22	10	28	37	1.88
2633000--2633065	34	1.9	34	87	6	98	43	15	7	33	1.74
2635974--2636013	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
2636086--2636129	9	5.1	9	86	10	65	34	0	11	54	1.36
2636083--2636120	16	2.4	16	90	0	58	36	0	10	52	1.36
2636117--2636252	68	2.0	68	97	0	254	37	6	9	46	1.63
2636242--2636272	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
2636240--2636272	17	1.9	17	100	0	66	27	0	0	72	0.85
2636245--2636274	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
2640671--2640763	46	2.0	46	100	0	186	41	10	15	32	1.81
2655521--2655545	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2657852--2657895	18	2.4	18	76	0	52	34	13	38	13	1.84
2671259--2671424	33	5.0	33	93	0	278	9	24	45	20	1.80
2671405--2671519	33	3.6	33	76	3	110	17	16	46	19	1.84
2671859--2671992	42	3.3	42	71	10	132	19	4	53	22	1.62
2671808--2672567	207	3.7	206	79	7	822	27	6	45	20	1.76
2672069--2672193	39	3.1	39	72	15	119	22	4	50	22	1.68
2672066--2672197	42	3.2	42	76	10	155	22	4	50	21	1.67
2672066--2672231	81	2.0	81	89	0	251	23	5	48	22	1.71
2672191--2672640	216	2.1	216	82	1	535	29	8	43	18	1.79
2672646--2672925	84	3.3	85	86	4	338	31	6	43	18	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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